藥師佛法門的內涵
釋法雲
《大智度論》說：「佛如醫王，法如良藥，僧如瞻病人，戒如服藥禁忌。」所以藥師法門的內涵，雖然敬奉藥師琉璃光如來等七佛，但凡是佛法就是我們所要修學及弘揚的。
因此修學藥師法門，不分十誦、有部、四分律；不分瓔珞、瑜伽、梵網戒；不分唯識、中觀、如來藏；不分禪宗、密宗、淨土宗；不分極樂、兜率、淨琉璃。
雖然如此，但弘一大師說：「《藥師經》，決非專說世間法的。因藥師法門，惟是一乘速得成佛的法門。所以經中屢云：『速證無上正等菩提，速得圓滿』等。若欲成佛，其主要的原因，即是「悲智」兩種願心。《藥師經》云：『應生無垢濁心，無怒害心，於一切有情起利益安樂慈悲喜舍平等之心。』就是這個意思。前兩句從反面轉說，『無垢濁心』就是智心，『無怒害心』就是悲心。下一句正說：『舍』及『平等之心』就是智心，余屬悲心。
悲智為因，菩提為果，乃是佛法之通途。凡修持藥師法門者，對於以上幾句經文，尤宜特別注意，盡力奉行。假使不如此，僅僅注意在資養現實人生的事，則惟獲人天福報，與夫出世間之佛法了無關係。若是受戒，也不能得上品圓滿的戒。若是生西，也不能往生上品。
所以我們修此藥師法門的，應該把以上幾句經文特別注意，依此發起『悲智』的弘願。假使如此，則能以出世的精神來做世間的事業，也能得上品圓滿的戒，也能往生上品，將來速得成佛可無容疑了。」
所以藥師法門是以「悲智為因，菩提為果」的法門，這也是佛法的通途。因此藥師法門是非常甚深廣大，可以速得成佛的法門。
藥師法門初啟於藥師七佛本地所發無盡大願，中則釋迦如來於廣嚴城演說法門，後繼歷代譯師、大德傳譯、弘揚經典，由是法門廣被眾生、繞益有情。
《藥師琉璃光七佛本願功德經》云：「爾時七佛。告諸菩薩釋梵四天王曰。我今以此神咒付屬汝等。並此經卷於未來世後五百歲法欲滅時。汝等皆應護持是經。此經威力利益甚多。能除眾罪善願皆遂。勿於薄福眾生誹謗正法毀賢聖者。授與斯經令法速滅。」
值此五濁惡世，末法時期，藥師七佛的慈悲大願，就更顯得珍貴難得。玉琳國師說：「予見世人，順境淪溺者不一；富貴可畏，甚於貧賤。今此如來，使人所求如願；遂從此永不退道，直至菩提。則欲於王臣長者，一切人中，作同事攝。不乘如來願航，何從濟乎。」所以國師又說：「人間亦有揚州鶴，但泛如來功德船。」