本經的內容，一方面是令我們學習如何消除身心的病苦，本經的修法可以用很多方法來概括，可以用一個字來概括藥師法門——禪。分別包括了如來禪、祖師禪和秘密禪。如來禪是由定發慧，漸修的方法，從呼吸下手，斷惑證真。祖師禪是心法，以慧攝定，明心見性，頓證菩提。秘密禪是色法，告訴我們如何在飲食之中修行。不管我們學佛不學佛，一個人要活下來，離不開飲食、呼吸、睡眠，而藥師佛就在飲食、呼吸、睡眠之中告訴我們如何來修秘密禪、如來禪和祖師禪。藥師法門如果用兩個字來概括就是——健康。身體健康無病苦，心靈健康無煩惱，靈性健康出輪迴。這個是我們每一位佛弟子都希望得到的，但是並不是說你會念《藥師經》，你自然地身體馬上就健康了，那不見得。我們還要知道，《藥師經》裡面，藥師佛開示我們怎樣獲得健康，善於正確地運用好這個身體，那麼她基本上是不會生病的，就算是生病，也很快可以調理過來。現在雖然說科學進步了，醫學技術也發展了，但是我們可以很明顯地知道，現代的醫學對一切的慢性病都沒有辦法徹底根治，只能夠控制，你看好像高血壓、心臟病、糖尿病、腫瘤、紅斑狼瘡、尿毒症等等，許許多多的慢性病都只能夠依靠終身服藥來維持，而最後的結果是身心煎熬，人財兩空，都是因為我們不了解藥師法門的緣故。希望我們透過藥師法門，能夠在身體沒有發病之前，透過一些徵兆你就會知道可能會產生什麼病，我們要怎樣子去預防、去調理。藥師法門裡面有一些口訣，就從當下所處的時空點上可以知道怎樣來判斷我們的身體健康狀況，「上醫治未病」。不單單是你的身體狀況可以看得到，並且每個人他的壽夭、窮通都可以看得到。壽命會有多長，什麼時候差不多會命盡，事業上面有沒有前途，存在哪些障礙，都可以通過藥師法門知道。當然更進一步是要超出輪迴。藥師法門如果是用三個字來概括，就是——色、息、心。色法、心法、息法：色法在飲食中間修，是秘密禪；息法在呼吸中間修，是如來禪；心法在睡眠之中修，是祖師禪。