一、念藥師琉璃光如來的功德利益
【凡有所願，所求皆得】
彼世尊藥師琉璃光如來本行菩薩道時，發十二大願，令諸有情，所求皆得。
以無量無邊智慧方便，令諸有情皆得無盡所受用物，莫令眾生，有所乏少。
聞我說是藥師琉璃光佛。各各得心中所願。仕官皆得高遷。財物自然長益。飲食充饒皆得富貴。
【除一切病、身體端正、智慧增長;身心安樂、資財豐足】
若諸有情，其身下劣，諸根不具，醜陋、頑愚、盲、聾、喑、啞、攣躄、背僂、白癩、顛狂、種種病苦;聞我名已，一切皆得端正黠慧，諸根完具，無諸疾苦。
若諸有情眾病逼切，無救無歸，無醫無藥，無親無家，貧窮多苦;我之名號一經其耳，眾病悉除，身心安樂，家屬資具悉皆豐足，乃至證得無上菩提。
複次、曼殊室利!彼藥師琉璃光如來得菩提時，由本願力，觀諸有情，遇眾病苦瘦攣、乾消、黃熱等病;或被厭魅、蠱毒所中;或復短命，或時橫死;欲是等病苦消除所求願滿。
【衣食豐足、資財豐足】
若諸有情饑渴所惱，為求食故造諸惡業;得聞我名，專念受持，我當先以上妙飲食飽足其身，後以法味畢竟安樂而建立之。
若諸有情貧無衣服，蚊虻寒熱，晝夜逼惱;若聞我名，專念受持，如其所好即得種種上妙衣服，亦得一切寶莊嚴具，華鬘、塗香，鼓樂眾伎，隨心所玩，皆令滿足』。
【遠離一切災難、牢獄之災】
若諸有情王法所加，縛錄鞭撻，系閉牢獄，或當刑戮，及余無量災難凌辱，悲愁煎逼，身心受苦;若聞我名，以我福德威神力故，皆得解脫一切憂苦!
若此經寶流行之處，有能受持，以彼世尊藥師琉璃光如來本願功德，及聞名號，當知是處無復橫死;亦復不為諸惡鬼神奪其精氣，設已奪者，還得如故，身心安樂。
【遠離一切恐怖和怪事】
若復有人，忽得惡夢，見諸惡相;或怪鳥來集;或於住處百怪出現。此人若以眾妙資具，恭敬供養彼世尊藥師琉璃光如來者，惡夢、惡相諸不吉祥，皆悉隱沒，不能為患。或有水、火、刀、毒、懸險、惡象、師子、虎、狼、熊、羆、毒蛇、惡蠍、蜈蚣、蚰蜒、蚊、虻等布;若能至心憶念彼佛，恭敬供養，一切怖畏皆得解脫。若他國侵擾，盜賊反亂，憶念恭敬彼如來者，亦皆解脫。
【解冤解仇，冤家仇敵轉生歡喜】
若諸有情好喜乖離，更相鬥訟，惱亂自他，以身語意，造作增長種種惡業，展轉常為不饒益事，互相謀害。告召山林樹冢等神;殺諸眾生，取其血肉祭祀。。。。。。是諸有情，若得聞此藥師琉璃光如來名號，彼諸惡事悉不能害，一切展轉皆起慈心，利益安樂，無損惱意及嫌恨心，各各歡悅，於自所受生於喜足，不相侵凌互為饒益。
佛言世間愚痴人輩。兩舌斗諍惡口罵詈更相嫌恨。或就山神樹下鬼神。日月之神南斗北辰諸鬼神。 所作諸咒誓。或作人名字或作人形像。或作符書以相厭禱咒咀言說。聞我說是藥師琉璃光佛本願功德。無不兩作和解。俱生慈心惡意悉滅。各各歡喜無復惡念。
若有噁心來相向者。心當存念琉璃光佛。山中諸難不能為害。若他方怨賊偷竊惡人。怨家債主欲來侵陵。心當存念琉璃光佛。則不為害。
【滅一切罪】
佛告文殊世有惡人。雖受佛禁戒觸事違犯。或殺無道偷竊他人財寶。欺詐妄語淫他婦女。飲酒斗亂兩舌惡口。罵詈毀人犯戒為惡……有如是之罪應墮惡道。聞我說是藥師琉璃光佛名字之者。一切過罪自然消滅。
南無藥師琉璃光王如來，若稱彼佛如來名者。一切殃罪悉皆除滅。
【兒女端正、聰明;少病壽長】
聞我說是藥師琉璃光佛。各各得心中所願……若他婦女生產難者。皆當念是琉璃光佛。兒則易生身體平正。無諸疾痛六情完具。聰明智慧壽命得長。不遭抂橫善神擁護。不為惡鬼舐其頭也。
或有女人，臨當產時，受於極苦;若能志心稱名禮讚，恭敬供養彼如來者，眾苦皆除。所生之子，身分具足，形色端正，見者歡喜，利根聰明，安隱少病，無有非人，奪其精氣。
【菩薩、護法保護】
(文殊菩薩)曼殊室利童子白佛言：『世尊!我當誓於像法轉時，以種種方便，令諸淨信善男子、善女人等，得聞世尊藥師琉璃光如來名號，乃至睡中亦以佛名覺悟其耳。
若於此經受持讀誦。或復為他演說開示;若自書、若教人書;恭敬尊重，以種種華香、塗香、末香、燒香、花鬘、瓔珞、幡蓋、伎樂，而為供養;以五色彩，作囊盛之;掃灑淨處，敷設高座，而用安處。爾時、四大天王與其眷屬，及余無量百千天眾，皆詣其所，供養守護。
爾時、眾中有十二藥叉大將，俱在會坐，所謂：宮毗羅大將，伐折羅大將，迷企羅大將，安底羅大將，頞你羅大將，珊底羅大將，因達羅大將，波夷羅大將，摩虎羅大將，真達羅大將，招杜羅大將，毗羯羅大將：此十二藥叉大將，一一各有七千藥叉，以為眷屬：「若有流布此經，或復受持藥師琉璃光如來名號恭敬供養者，我等眷屬衛護是人，皆使解脫一切苦難，諸有願求悉令滿足」。
【恭敬供養，一切如意】
欲供養彼世尊藥師琉璃光如來者，應先造立彼佛形像，敷清淨座而安處之。散種種花，燒種種香，以種種幢幡莊嚴其處。七日七夜，受八分齋戒，食清淨食，澡浴香潔，著清淨衣，應生無垢濁心，無怒害心，於一切有情起利益安樂，慈、悲、喜、舍平等之心，鼓樂歌贊，右繞佛像。復應念彼如來本願功德，讀誦此經，思惟其義，演說開示。隨所樂求，一切皆遂：求長壽，得長壽，求富饒，得富饒，求官位得官位，求男女得男女。
【持戒清淨】
若有無量無邊有情，於我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒、具三聚戒;設有毀犯，聞我名已還得清淨，不墮惡趣!
於所受中或有毀犯，怖墮惡趣，若能專念彼佛名號，恭敬供養者，必定不受三惡趣生。
【遠離邪教、外道、惡見】
若諸有情行邪道者，悉令安住菩提道中;苦行聲聞獨覺乘者，皆以大乘而安立。
令諸有情出魔罥網，解脫一切外道纏縛;若墮種種惡見稠林，皆當引攝置於正見，漸令修習諸菩薩行，速證無上正等菩提!
【後世升天享福或往生淨土】
佛言假使壽命自欲盡時臨終之日。得聞我說是藥師琉璃光佛本願功德者。命終之後皆得上生天上。不復歷三惡道中。天上福盡若下生人間。當為帝王家作子。或於豪姓長者居士富貴家生。皆當端正聰明智慧高才勇猛。若是女人化成男子。無復憂苦患難者也。
臨終往生藥師淨琉璃淨土，或由八大菩薩護送往生阿彌陀佛的西方極樂世界。(八大菩薩：南無文殊師利菩薩，南無觀世音菩薩，南無得大勢菩薩，南無無盡意菩薩，南無寶檀華菩薩，南無藥王菩薩，南無藥上菩薩，南無彌勒菩薩)
二、誦咒利益
【藥師咒】：那謨薄伽筏帝，裨殺社窶嚕，薛琉璃缽剌婆喝囉闍也，怛陀揭多耶，阿羅訶帝，三藐三勃陀耶。怛侄阤：唵，鞞殺逝，鞞殺逝，鞞殺社，三沒揭帝娑訶。
(拼音：ná mó bó qié fá dì。bì shā shè。jù lǔ bì liú lí。 bō là pó。hé là shé yě。dá tuō jiē duō yě。 ā là hē dì。sān miǎo sān bó tuó yě。dá zhí tuō。 ōng。bì shā shì。bì shā shì。bì shā shè。sān mó jiē dì suō hā。)
【利益】：若見男子、女人有病苦者，應當一心，為彼病人，常清淨澡漱，或食、或藥、或無蟲水、咒一百八遍，與彼服食，所有病苦悉皆消滅。若有所求，志心念誦，皆得如是無病延年;命終之後，生彼世界，得不退轉，乃至菩提。
三、佛法唯信能入，應該深信，自得利益
此是諸佛甚深行處，難可解了。。。。有諸眾生，信根不具，聞說諸佛甚深行處，作是思惟：云何但念藥師琉璃光如來一佛名號，便獲爾所功德勝利?由此不信，返生誹謗。彼於長夜失大利樂，墮諸惡趣，流轉無窮!
此是諸佛甚深所行，難可信解;汝今能受，當知皆是如來威力。阿難!一切聲聞、獨覺，及未登地諸菩薩等，皆悉不能如實信解，唯除一生所系菩薩。阿難!人身難得;於三寶中，信敬尊重，亦難可得;聞世尊藥師琉璃光如來名號，復難於是。