《藥師琉璃光如來本願功德經》注釋
第一部分釋經題
佛說每一部經，都有一個經名，本經的全名為《藥師琉璃光如來本願功德經》，簡稱藥師經。經名開宗明義地告訴我們，此經闡述的是藥師如來在未成佛的本因位上，發大願、立大志所成就的功勳德業。經名亦告訴人們，這部經是已獲修行成功，已成為「藥師琉璃光如來」的藥師佛。《藥師琉璃光如來本願功德經》是以人法立名的。「藥師琉璃光如來」是佛的名號，「本願功德」是佛法。但此處佛的名號中的「琉璃光」是個比喻，故此經亦可看作人法喻俱足的立名。
「藥師琉璃光如來」為梵文Bhaigjyaguru-vaiduraprabhasa的意譯，音譯為「鞭殺社窶嚕辟琉璃」，也可以意譯為大醫王如來。世間眾生生理上有老病死苦，心理上有貪吵湛啵佛法不僅能解除人們生理之苦，尤能消除人們心靈之苦，所以佛是最了不起的醫生，被稱作大醫王。能治癒人們身心一切疾患，施法藥之師就叫藥師。《法華經》中稱為「藥王」。以琉璃光為佛名，顯現佛德，比喻藥師佛純粹光明、洞澈表里的智慧之光。如來，十方一切佛的十種名號通稱。如是真如，《成實論》說：「如來者，乘如實道來成正覺，如曰如來」。《金剛經》說：「如來者無所從來，亦無所去，故名如來。」如來是所有成佛者的共同稱謂。所以藥師佛也稱作藥師如來。
「本願」指藥師佛成佛以前，還處於菩薩修行的本因之位時，發下的誓願，願力是成功的動力，在願力作用下成就的功勳德業就叫本願功德。本經功德是指在寺院裡所做佛事，功是功力，如行六度，德是即得，本經指修行得來成績，名為功德。菩薩發的願分為分別願和總願。總願是所有菩薩的共同誓願，顯教菩薩的總願是四宏誓願。即：眾生無邊誓願度;煩惱無盡誓願斷;法門無量誓願學;佛道無上誓願成。這四個宏大無邊的誓願是菩薩行苦集滅道四諦法的共同決心和意願。菩薩的別願是每個菩薩獨有的誓願，如本經的藥師如來十二大願，普賢菩薩的十願，阿彌陀佛的四十八願等。佛所說法，由弟子結集、會誦、記錄整理成文，被稱為修多羅(Sutra)。為了突出佛的言教能契理契機，所以也把修多羅譯為契經。《華嚴經疏》說：「修多羅……，古譯為契經，契謂契理契機，經謂貫穿攝化，即契理合機之經，所以將記錄佛的言教所成的文字篇章稱作經。《藥師經》在我國有五種譯本：
《藥師經》在我國有五種譯本：
(1)《佛說灌頂拔除過罪生死得度經》又《佛說灌頂大神咒經》卷十二，是東晉?帛尸梨密多羅翻譯，為最早的譯本。
(2)《藥師琉璃光經》一卷，是劉宋?慧簡所譯。
(3)《佛說藥師如來本願經》一卷，是隋?達磨笈多翻譯。
(4)《藥師琉璃光如來本願功德經》一卷，唐?玄奘三藏翻譯，通俗所謂《藥師經》就是指這一卷。
(5)《佛說藥師琉璃光七佛如來本願功德經)二卷，唐?義淨翻譯，上卷述其他六佛之事，下卷述藥師如來之事。
現在譯成語體文是根據唐?玄奘三藏譯本的流通本(印光老法師重刻本)，其中在玄奘原譯本基礎上增加東晉譯本上八大菩薩名稱，和義淨譯本上的神咒及其前後文二十多行。
當時釋迦牟尼佛和他的弟子是印度人，所說的是梵浯，後來編集佛經，也用梵文寫的;傳到中國，用漢文和藏文翻譯成中國文。本經是唐代玄奘三藏法師奉唐皇帝的詔命而翻譯成漢文的。
三藏法師是全面精通「經藏」、」律藏」，「論藏」這三藏的法師，(藏是包藏的意思);此經、律、論三藏是佛教的經典，一般稱為「大藏經」，又名「佛藏」。(如道教的經書叫「道藏」。)
玄奘三藏法師的簡史：玄奘大師洛陽人，生於隋文帝開皇廿午(公元600年)，卒於唐高宗麟德元年(公元664年)，終年65歲(根據楊廷福教授考證，見《玄奘論集》第18頁)。幼年聰悟，十三歲出家，廿歲受具足戒。因感眾師講經，各擅宗途，聖典亦顯隱有異，莫知適從。發誓遠遊西方(印度)，以釋眾疑。乃於唐貞觀二年(公元628年)私髮長安，經涼州、出玉門、涉流沙輾轉西行，經高昌，阿耆尼等國，度蔥嶺，越大雪山、遍歷西域、印度諸國，前後十七年。他「遍謁眾師;備飧異說」，學識淵博精詣，所以在五印度被譽為「大乘天」。將梵文佛經650多部，經中央東亞細亞東歸，於貞觀十九年(公元645年)正月抵長安，其時僧俗出迎者數十萬眾，唐太宗迎慰甚厚，詔於長安弘福寺從事翻譯，大師網羅賢者，大開譯場。當時長安的大慈恩寺，在玄奘法師譯經的時候寺中常住七千餘僧，極一時之盛。前後十九年間共譯出重要經論75部，1335卷，計1300多萬言，並特製《三藏聖教序》。故唐?三藏玄奘大師對我國佛教作出了不可磨滅的重大貢獻。又《大唐西域記》為世界名著，這部書把他親歷的110個和傳聞的28個域邦、地區、國家的山川形勢、地理位置、歷史沿革、風土習俗、氣候物產、宗教信仰、文化語言、政治情況等作了實事求是的介紹;它涉及整箇中、南亞廣大地區的歷史、地理，作了許多的記述。已有日、英、法文譯本，是一部很有價值和影響的名著。
玄奘三藏法師是我國歷史上的卓絕人物，也是世界性的歷史人物，是國際上傑出的翻譯家、旅行家、佛學家，亦是對中亞、南亞次大陸各國歷史文化有著深遠影響的歷史人物。
第二部分譯經文
一般佛經經文都有三個部分，即序分、正宗分和流通分。現在即按此順序作些注釋。
一、序分
如是我聞。一時薄伽梵。游化諸國。至廣嚴城。住樂音樹下。與大比丘眾八千人俱。菩薩摩訶薩三萬六千。及國王大臣。婆羅門。居士。天龍八部。人非人等。無量大眾。恭敬圍繞。而為說法。
注釋：如是我聞：是我親自聽到佛這樣說表示證信。根據《智度論》卷二說：「佛入滅時，阿難問一切經首置何字?佛言『如是我聞』等言。所以在諸經的開始，都有「如是我聞」四字，表示阿難親自聞釋迦牟尼佛所說，不是自己隨便說的。
一時：指說法的時間。亦即舉佛說法時以證信。意為某一時間。
薄伽梵：是梵文的音譯，意譯為「世尊」。
廣嚴城：音譯為毗耶離城。是印度恆河邊的一個城市，在王舍城對面。
樂音樹：不是真能奏音樂的樹，而是其樹成林，當微風吹動樹枝、樹葉時發出的種種自然的聲音，聽起來好像是在奏音樂。
與大比丘：即與會大眾，道行很高的出家男眾稱大比丘。是梵文音譯，意譯為乞士。
菩薩摩訶薩：菩薩是梵文菩提薩垛的簡稱，意譯為覺有情。是指修持大乘六度，求無上菩提(大覺)，利益眾生，於未來成就佛果的修行者。
婆羅門：古印度四階級之一。
居士：印度社會的第三階級叫做吠舍，也就是一種自由民，其中富有的，有地位的紳士，稱為居士，中國一般指在家學佛者，稱為居士。
[10]天龍八部：天龍八部是八類眾生的統稱。他們分別是：天、龍、夜叉、乾達婆、阿修羅、迦樓羅、緊那羅、摩目候羅迦。這八類眾生各有部屬，所以叫八部。八部中以天、龍二部為首，所以用天、龍作八部的代表。
天，梵文Deva(提婆)或Sura(素羅)的意譯，意為光明、自在、最勝。這是居於天界的一類眾生，是六趣眾生之一，他們享受人間以上的勝妙果報。
龍，梵文Naga(那伽)的音譯，是一類身長無足有鱗大力的眾生。龍有神力能變化雲雨，得一滴之水，可散六虛以為洪流，得少水可以降大雨。
夜叉，又譯作藥叉(Yaksa)，意譯為勇健鬼，能す硪材艹勻松巳恕Ｆ湫卸靈敏快捷，能飛騰空中，也能陸行。夜叉受持佛法，能成為佛的護法神，本經後面所講的十二位藥叉大將，都是夜叉。
乾達婆(Gandharva)，意為香神。這類眾生以香為食，身體也能發出香氣。諸天舉行盛會時，由他們奏樂，是帝釋的樂神之一。
阿修羅(Asuar)意為非天，亦稱修羅，有天之福而無天之德，是一類好鬥的天居眾生，六道之一。其女子貌美，男子醜陋。
迦樓羅(Garuda)，意為金翅鳥。這類鳥很大，兩翅相去三百三十六萬里，能食龍，為佛的護法神之一。
緊那羅，亦作甄陀羅，意為「人非人」即似人而頭上生角。從屬於帝釋，是八部中的歌神，女的多為乾達婆之妻。
摩目候羅伽(Mahoraga)意譯為大蟒神，其形人身而蛇首，因多恚多妒，故受蛇首之報，也是帝釋樂神之一。
[11]人非人等：指人與鬼神而言。
參與藥師法會的學眾既有各種各樣的人，也有各部類非人眾生，所以經文說：「人非人等，無量大眾」。這些無量大眾，恭敬地圍繞著佛陀，聽他宣說微妙的大法。
二、正宗分
(一)藥師如來、十二大願
爾時曼殊室利法王子，承佛威神從座而起，偏袒一肩，右膝著地。向薄伽梵，曲躬合掌，白言，世尊，惟願演說如是相類諸佛名號，及本大願殊勝功德，令諸聞者，業障消除，為欲利樂像法轉時，諸有情故。
爾時世尊贊曼殊室利童子言：善哉!善哉!曼殊室利，汝以大悲，勸請我說諸佛名號，本願功德。為拔業障所纏有情，利益安樂像法轉時，諸有情故。汝今諦聽，極善思惟，當為汝說。
曼殊室利言：唯然，願說。我等樂聞，佛告曼殊室利，東方去此過十歹克伽沙等佛土，有世界名淨琉璃，佛號藥師琉璃光、如來、應、正等覺、明行圓滿、善逝、世間解、無上士、調御丈夫、天人師、佛、薄伽梵。曼殊室利，彼世尊藥師琉璃光如來，本行菩薩道時，發十二大願，令諸有情，所求皆得。
第一大願：願我來世得阿耨多羅三藐三菩提時，自身光明熾然，照耀無量無數無邊世界。以三十二大丈夫相，八十隨形，莊嚴其身，令一切有情，如我無異。
第二大願：願我來世得菩提時身如琉璃，內外明徹，淨無瑕穢，光明廣大，功德巍巍，身善安住，焰網莊嚴，過於日月，幽冥眾生，悉蒙開曉，隨意所趣，作諸事業。
第三大願：願我來世得菩提時，以無量無邊智慧方便，令諸有情，皆得無盡所受用物，莫令眾生有所乏少。
第四大願：願我來世得菩提時，若諸有情，行邪道者，悉令安住菩提道中，若行聲聞獨覺乘者，皆以大乘而安立之。
第五大願：願我來世得菩提時，若有無量無邊有情，於我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒，設有毀犯，聞我名已，還得清淨，不墮惡趣。
第六大願：願我來世得菩提時，若諸有情，其身下劣，諸根不具，酉鬼陋頑愚，盲聾○椋攣辟背僂，白癩顛狂，種種病苦，聞我名已，一切皆得端正黠慧，諸根完具，無諸疾苦。
第七大願：願我來世得菩提時，若諸有情，眾病逼切，無救無歸，無醫無藥，無親無家，貧窮多苦。我之名號，一經其耳，眾病悉除，身心安樂，家屬資具，悉皆豐足，乃至證得無上菩提。
第八大願：願我來世得菩提時，若有女人，為女百惡之所逼惱，極生厭離，願舍女身，聞我名已，一切皆得轉女成男，具丈夫相，乃至證得無上菩提。
第九大願：願我來世得菩提時，令諸有情，出魔網，解脫一切外道纏縛。若墮種種惡見稠林，皆當引攝置於正見，漸令修習諸菩薩行，速證無上正等菩提。
第十大願：願我來世得菩提時，若諸有情，王法所錄，繩縛鞭撻，系閉牢獄，或當刑戮，及余無量災難陵辱，悲愁煎逼，身心受苦，若聞我名，以我福德威神力故，皆得解脫一切憂苦。
第十一大願：願我來世得菩提時，若諸有情，饑渴所惱，為求食故，造諸惡業。得聞我名，專念受持，我當先以上妙飲食飽足其身，後以法味，畢竟安樂而建立之。
第十二大願：願我來世得菩提時，若諸有情，貧無衣服，蚊虻寒熱，晝夜逼惱。若聞我名，專念受持，如其所好，即得種種上妙衣服，亦得一切寶莊嚴具，華吠肯悖鼓樂眾伎，隨心所玩，皆令滿足。
曼殊室利，是為彼世尊藥師琉璃光如來，應正等覺，行菩薩道時所發十二微妙上願。
爾時：那時。即大眾環繞世尊而聽法的時候。
曼殊室利：即文殊師利菩薩，過去早已成佛，名龍種上尊王佛。
法王子：此處指文殊師利菩薩。佛說：「我為法王，於法自在」。如同國王的太子，將來要繼承王業的。所以稱法王子。
偏袒一肩，右膝著地：比丘平時所披的袈裟，是將兩肩蓋覆著的，到了將要禮佛的時候，為表示對佛致以最高的敬意，特將右肩偏袒出來，亦即露出右臂，再行將右邊膝蓋靠著地面下跪，面向薄伽梵，彎著腰像鞠躬似的，並且雙手合掌。這是當時印度大眾集合向佛請法時，所常用的一種隆重的禮節。這裡曼殊室利菩薩為利益眾生，向佛誠懇地請法，故依循此禮節而行。
世尊：音譯「薄伽梵」或『婆伽婆」。對釋迦牟尼佛的尊稱。因為佛具萬德，為世人所尊重。故名。
業障：「業」是梵文Karma的意譯，意思是「造作」，泛指一切行為、言語和思想。佛教認為眾生原來都具有靈明、洞澈湛寂常恆的本性，但因妄想執著，以致起惑造業，輪迴六道。此妄心障覆本性，也叫無明。「障」是障礙，業即我們現在此生或過去所作的一切行為。
像法轉時：佛入滅千年後，為像法時代。以佛像供養，來弘揚佛法的時期，為一千年。
有情：也稱眾生，指有情識的生物，包括人和一切大小動物。
曼殊室利童子：即是文殊菩薩的化身。
[10]諦聽：即仔細地、認真地聽。
[11]唯然：即「是的」、「好的」的意思。
[12]歹克伽沙：梵文音譯，意譯為印度的恆河。歹克伽沙，即以恆河的沙(無量數)比喻數量之多的意思。
[13]淨琉璃世界：指在我們這個世界的東邊，距離十恆河沙遠的地方。亦即藥師如來所住的常寂光淨土、清淨法界。
[14]應：即應供。佛的十種名號之一。謂應受人天之供養，故名應供。
[15]正等覺：或稱正遍覺。音譯為三藐三菩陀，佛的十大名號之一。
[16]明行圓滿：又名明行足。佛的十大名號之一。佛依戒定慧三明萬行具足圓滿而得阿耨多羅三菩提，故名明行足。
[17]善逝：佛的十大名號之一。謂如實去彼岸，不再退沒生死之海。「逝」，即去的意思，也就是入涅。
[18]世間解：佛的十大名號之一。「解」是解了，對於世間事理，眾生苦本、苦因以及滅苦的方法、離苦的究竟處，都明達了解，稱為世間解。
[19]無上士：佛的十大名號之一。「士」即士大夫。佛於天上人間，唯我獨尊，為人天的導師，故稱無上士。
[20]調御丈夫：佛的十大名號之一。調御如馴馬師，把暴躁的烈馬馴練成馴服的良馬。佛教化眾生，無論眾生的根性如何惡劣，如何剛強難制，都能善巧調御，使他慢慢轉向佛法，修學佛法而得成就。
[21]天人師：佛的十大名號之一。佛出世間，不但教化人類，也同樣教化天人，是天人的教師，故稱天人師。
[22]菩薩道：即菩薩所修之道。菩薩修行圓滿，自他二利，自未得度先度人者，名菩薩道。
[23]阿耨多羅三藐三菩提：意譯無上正等正覺。
[24]自身光明：謂佛自身發出光明。像法華眉毛、華嚴的足光一樣，藥師如來有身光，能遍照一切世間，並願一切眾生也有身光。
[25]無量無數無邊世界：形容世界之極為廣大。
[26]三十二大丈夫相：簡稱三十二相。指佛的莊嚴儀表，有三十二個顯著特徵。
[27]八十隨形：指身體某部位美好的儀容有八十種，釋尊當時即因德相莊嚴，每次出遊教化，還不曾說法，便有很多人要求皈依。
[28]身如琉璃：意謂身如青色寶琉璃一樣，內外明澈，淨無瑕穢。
[29]幽冥：原意是雖為有理，但幽遠非常識所及之處。這裡指三惡道中無真理之光處。
[30]無量無邊智慧方便：無量是指智慧深湛，堅澈真如;無邊是指智慧廣大，橫窮法界;智是證真，慧是達俗;度眾生可以方便圓通，即隨方應便。
[31]邪道：謂非理之行法。指除了如來的戒、定、慧為正覺道外，其如六師外道等都屬於邪道。
[32]菩提道：即正覺道。意思是修持正覺的途徑。
[33]聲聞：即聲聞乘。二乘或三乘之一。凡是聞聽佛音聲與修四諦法門而悟道的人，都稱為聲聞。
[34]獨覺：又名緣覺、辟支佛。即緣覺乘。二乘或三乘之一。於佛在世時聽佛說十二因緣之理而悟道者，名為緣覺。若生於無佛之世，觀諸法生滅因緣而自行悟道者，名為獨覺。
[35]大乘：音譯摩訶衍那。摩訶即「大」的意思，「衍」即是「乘載」(如車、船)或「道路」的意思。是印度公元一世紀左右形成的佛教派別，亦稱大乘佛教。
[36]梵行：謂梵天之行法，亦即斷淫慾而得清淨之行法。又證得涅之萬行，亦名梵行。
[37]缺戒：指所受的戒能夠做到完全無犯，犯了所受的戒，就是有了缺漏。船漏了就不能渡過河，唯有戒行無缺，方能登佛地。
[38]三聚戒：大乘菩薩戒之一。即攝律儀戒(不作諸惡)，攝善法戒(行一切善)，饒益有情戒(利益眾生)，三者總稱三聚戒。
[39]惡趣：即地獄、餓鬼、畜生三惡趣。
[40]攣辟背僂：即跛足、駝背。
[41]黠慧：即世俗的聰明智慧。
[42]諸根完具：藥師如來所發的第六願。也有的解說稱「諸根具足願」。謂眾生眼、耳、鼻、舌、身、意六根完全具足，沒有任何缺陷。
[43]無上菩提：即佛菩提。
[44]轉女成男：藥師如來的第八大願。只要聞聽藥師如來名號，一心稱念，禮敬供養，就可轉女成男。
[45]丈夫相：即勇健者之相。
[46]出魔綱：「」同「絹」。即出離惡魔的絹。與綱的樣子差不多，如果分別來說，捉獸的叫做絹，捕魚的叫做綱。
[47]惡見稠林：惡見，就是邪見，也即不是正見。
[48]菩薩行：謂上求佛道，下化而生，即求自利利他、圓滿佛果之菩薩大行，如布施等之六度即是。
[49]繩縛鞭撻、擊閉牢獄：即用繩子系縛，用鞭子抽打，然後關閉到牢獄之中去。古代王法的刑罰制裁是很殘酷的。
[50]刑戮：即判死刑被斬首。
[51]福德威神力：「福德」即一切善行所得之福利功德。「威神力」，即威勢勇猛不要測度的神通之力。
[52]妙飲食：即美妙的飲食。謂對於衣食無著落的人群，為了不使因求衣、食而造罪，藥師佛即以上妙飲食，飽足其身，解除他為饑渴所迫的苦惱。
[53]法味：即妙法之滋味。
[54]寶莊嚴具：即用珍寶莊嚴的飾具。
[55]華吠肯悖骸盎貳保即以花結成環，用以裝飾頭或身。「塗香」，即以香塗於身手供養佛。
2、佛土莊嚴、皆七寶成。
複次曼殊室利!彼世尊藥師琉璃光如來行菩薩道時，所發大願，及彼佛土功德莊嚴。我若一劫，若一劫餘，說不能盡。然彼佛土，一向清淨無有女人，亦無惡趣，及苦音聲。琉璃為地，金繩界道，城闕宮閣軒窗羅網，皆七寶成，亦如西方極樂世界。功德莊嚴，等無差別。於其國中，有二菩薩摩訶薩：一名日光遍照，二名月光遍照，是彼無量、無數菩薩眾之上首次補佛處，悉能持彼世尊藥師璃璃光如來、正法寶藏。是故曼殊室利，諸有信心善男子善女人等，應當願生彼佛世界。
複次：再次，又一次的意思。
佛土：指一佛所住的國土或一佛所教化的國土。
劫：為梵文劫波的音譯的簡稱。是指很長很長的時間，中國譯為時分。極長的時間，印度叫劫波，簡稱為劫。一劫：世界的一「成」到一「毀」叫做一劫，劫有小、中、大三種：一個小劫為1680萬年，(世上人的壽命有增減，從人壽十歲算起，每百年增加一歲，直到八萬四千歲，再從此每百年減一歲，直減到十歲，如此增減時間總共為1680萬年。)二十個小劫為一個中劫，八十個中劫合為一個大劫，一大劫包括「成、住、壞、空」四個時間，通稱為四劫。
一向清淨：意謂自始至終都是清淨的。
金繩界道：即用金繩作為境界、道路。
城闕宮閣、軒窗羅綱「城」，即城垣。「闕」是城門上的樓屋。「宮」是高深廣大的宮殿。「閣」是樓閣，即宮內之樓。「軒」是屋上的飛檐，遠有屋檐間的橫室也叫軒，類似於今日的陽台改成有窗的小屋。「羅綱」，是金銀絲、珍寶絲結成的網，可以覆蓋在宮殿樓閣的屋頂上，顯得更為莊嚴。這都是形容東方琉璃世界的美妙莊業。
七寶：即金、銀、琉璃、珊瑚、琥珀、硨磲、瑪瑙等七種珍寶。
西方極樂世界：亦稱西方淨土。即阿彌陀佛之極樂淨土。
日光遍照：菩薩名。日光破暗以照盡，比喻這位菩薩的威力，周遍法界，勝過一切，為藥師左侍。
[10]月光遍照：菩薩名。月光清涼以照夜，比喻這位菩薩的威力和日光菩薩一樣，周遍法界，勝過一切，為藥師佛右侍。
[11]次補佛處：即依次延補佛的處所。凡菩薩修行到最高位即等覺位，稱一生補處處，漸近佛位，將依次處補佛位而成佛。
[12]正法寶藏：「藏」的原意是庫藏，一切錢財珍寶，不用時可以放進去，要用時就拿出來名為藏。一切清淨微妙的功德法財，也都從此正法而流出，一切無邊的功德法門，也都含藏於此，所以名為正法寶藏。
[13]善男子、善女人：是指聞佛法而信受的男女。此處統稱緇素，即在家、出家的二眾，所有修持佛法者。凡和六道中有緣的眾生都可稱為善男子、善女人。
3、因果定律、學持淨戒
爾時世尊復告曼殊室利童子言，曼殊室利：有諸眾生，不識善惡，惟懷貪吝，不知布施，及施果報，愚痴無智，闕於信根，多聚財寶，勤加守護，見乞者來，其心不喜，設不獲已而行施時，如割身肉，深生痛惜。復有無量慳貪有情，積集資財，於其自身、尚不受用，何況能與父母妻子、奴婢、作使、及來乞者，彼諸有情，從此命終，生餓鬼界、或傍生趣，由昔人間，曾得暫聞藥師琉璃光如來名故。今在惡趣，暫得憶念彼如來名，即於念時，從彼處沒，還生人中，得宿命念，畏惡趣苦，不樂欲樂，好行惠施，讚嘆施者。一切所有，悉無貪惜。漸次尚能以頭目、手足、血肉、身分、施來求者，況余財物。
複次，曼殊室利：若諸有情，雖於如來受諸學處，而破尸羅。有雖不破尸羅，而破軌則，有於尸羅、軌則、雖得不壞，然毀正見。有雖不毀正見，而棄多聞，於佛所說契經深義、不能解了。有雖多聞，而增上慢，由增上慢覆蔽心故。自是非他。嫌謗正法，為魔伴黨。如是愚人，自行邪見，復令無量俱胝有情、墮大險坑。此諸有情，應於地獄、傍生、鬼趣、流轉無窮。若得聞此藥師琉璃光如來名號，便舍惡行，修諸善法，不墮惡趣。設有不能舍諸惡行、修行善法，墮惡趣者。以彼如來本願威力，令其現前暫聞名號，從彼命終、還生人趣，得正見精進，善調意樂。便能舍家，趣於非家，如來法中，受持學處，無有毀犯，正見多聞，解甚深義，離增上慢，不謗正法，不為魔伴，漸次修行諸菩薩行，速得圓滿。
不識善惡：這不是指白痴、天生的呆子，而是指那些否認善惡抹煞因果、抹煞道德觀念的人。他們不肯行善，專做惡事。
貪吝：即貪著、吝嗇的意思。
闕於信根：意思是不信佛法的基本義理，缺少信奉佛法的根本基礎。
餓鬼界：即餓鬼趣或餓鬼道。
傍生趣：即畜生趣。意謂畜生是傍行之生類。
宿命念：「宿命」，即宿世之生命。「宿命念」，與宿命通含義相仿，意謂能知宿世之生命。
血肉身分施來求者：即以自己的血肉之身分別施捨於人。
諸學處：謂七種所學之處，即自利、利他、真實義、力、成熟眾生、自熟佛法、無上菩提。此處則指學戒之處。
破尸羅：是持戒修行中的愚人邪見之一，「尸羅」意譯為「性善」，引伸為戒律。毀壞根本重戒稱「破尸羅」。
[10]破軌則：持戒修行中的愚人邪見這一。即是違犯戒律、不守軌則的人。
[11]毀正見：持戒修行中的愚人邪見之一。即是對佛之說法加以否定或歪曲。
[12]棄多聞：持戒修行中的愚人邪見之一。即是向小背大，強調片面，不能圓融的見解。
[13]增上慢：持戒修行中的愚人邪見之一。就是抬高自己，妄自傲慢，未得智慧自己說已經得到了，未證佛果說已經證得了。
[14]嫌謗正法：持戒修行中的愚人邪見之一。即是惡意毀謗佛法，甚至訶佛罵祖，毀教排禪。
[15]俱胝：意譯為億。乃印度數量之名。中國常作千萬、億解，亦有說為十萬、百萬、千萬的，都是代表極大的數目。
[16]正見精進、善調意樂：「正見」，指深信佛法。「精進」，指修善斷惡、去染轉淨;善調意樂，指自己心中制惡持戒學佛，身心清淨、法喜充滿和愉快。
[17]如來法：即出世間法，指佛陀所說的教法，亦即佛法，內容為佛教三藏經典。
[18]速得圓滿：指超直人修證了義，很快得到圓滿。
4、業因果報、往生覺岸
複次、曼殊室利，若諸有情，慳貪嫉妒，自贊毀他，當墮三惡趣中，無量千歲、受諸劇苦。受劇苦已，從彼命終，來生人間，作牛馬駝驢，恆被鞭撻、饑渴逼惱，又常負重、隨路而行。或得為人，生居下賤，作人奴婢，受他驅役，恆不自在。若昔人中、曾聞世尊藥師琉璃光如來名號，由此善因，今復憶念，至心歸依，以佛神力，眾苦解脫，諸根聰利，智慧多聞，恆求勝法，常遇善友，永斷魔，破無明殼，竭煩惱河，解脫一切生老病死、憂愁苦惱。
複次曼殊室利，若諸有情，好喜乖離，更相鬥訟，惱亂自他，以身語意、造作增長種種惡業，展轉常為不饒益事，互相謀害。告召山林樹土冢等神，殺諸眾生，取其血肉，祭祀藥叉羅剎婆等。盡怨人名，作其形像，以惡咒術、而咒詛之，厭魅蠱道。咒起死鬼，令斷彼命、及壞其身。是諸有情，若得聞此藥師琉璃光如來名號，彼諸惡事、悉不能害。一切展轉皆起慈心，利益安樂，無損惱意、及嫌恨心，各各歡悅，於自所受、生於喜足，不相侵陵，互為饒益。
複次、曼殊室利，若有四眾、比丘、比丘尼、鄔波索迦，鄔波斯迦及餘淨信善男子、善女人等，有能受持八分齋戒，或經一年，或復三月，受持學處，以此善根，願生西方極樂世界無量壽佛所，聽聞正法，而未定者。若聞世尊藥師琉璃光如來名號，臨命終時，有八大菩薩，其名曰文殊師利菩薩、觀世音菩薩、得大勢菩薩、無盡意菩薩、寶檀華菩薩、藥王菩薩、藥上菩薩、彌勒菩薩、是八大菩薩，乘空而來，示其道路，即於彼界種種雜色眾寶華中、自然化生。或有因此生於天上。雖生天上，而本善根亦未窮盡，不復更生諸餘惡趣。天上壽盡，還生人間，或為輪王，統攝四洲，威德自在，安立無量百千有情於十善道。或生剎帝利、婆羅門、居士、大家，多饒財寶，倉庫盈溢。形相端正，眷屬具足，聰明智慧，勇健威猛、如大力士，若是女人、得聞世尊藥師琉璃光如來名號，至心受持，於後不復更受女身。
慳貪嫉妒：「慳」，即惜己物是慳，戀求他物是「貪」，《成實論》說「慳有五種：財慳、法慳、家慳、處慳、贊慳。」害賢為「嫉」，忌善為「妒」。這些都是惡業，都有各自的惡報。其中慳貪是身惡業，嫉妒是意惡業，自贊毀他是口惡業。
不自在：即不能進退無礙、自由自在。
至心皈依：皈是皈投，依是依靠。意為以至誠懇切之心，把身心性命皈依佛陀。
魔：魔是魔王，貪慾為業。以八萬四千塵勞，綱羅眾生，叫做魔，意為羅網。
無明殼殳：殼即是卵殼殳。無明殼殳，是一種比喻，如小雞在未孵出之時，閉在蛋殼內，是黑暗、閉塞而不自由的。無明即是愚痴，是生死煩惱的根本。眾生在無明煩惱的蒙蔽中，愚痴暗昧，不得解脫自在，也如小雞在蛋殼裡一樣，所以叫做無明殼殳。
煩惱河：人的妄心不斷流注，慾念一個接著一個，如同滔滔河流里的波浪，此起彼落，此落彼起，沒有休止，使得人在生老病死中受盡煩惱苦楚，這就叫做煩惱河。
乖離：乖，即乖僻，遠背常理;離，即離間。乖離是指與人格不入，歡喜找別人岔子的人。屬於真惡意業。
斗訟：斗是毆門，爭吵打架，屬身業;訟是指打官司，《易經》說：「訟則凶」。屬嗔惡的口業。
告召：禱告、召請的意思。與下面所講的祭祀、咒咀、厭禱、蟲事、起屍等為同一含義，是相對上文的乖離斗訟而說的，都是用秘密方法，邪魔外道傷害他人的惡果。
[10]厭魅蠱道：「厭魅」，指以咒語咒死，使其殺害怨敵。「蠱道」，蠱為一種由人工培養的毒蟲，能害人致死。用毒蟲偷偷放入仇人的衣服或食物中以毒害人，即名蠱道。
[11]八分齋戒：亦稱八關齋戒、八齋戒、簡稱八戒。指佛教為在家的男女教徒制定的八條戒條。即不殺、不盜、不邪淫、不妄語、不飲酒、不眠坐高廣大床、不裝飾打扮、不視聽歌舞、不非時食(即過午不食，只吃早中二餐)o前七項是戒，後一項是齋，合稱為八分齋戒。此戒有的常年受持，有的在一年中的正月、五月、九月三個月內受持。
[12]八大菩薩：指位居等覺、已近佛位的大菩薩。其名稱下面經文中已有。
[13]寶華：指佛界的蓮花。該蓮花有色有香，光明淨妙，又能結果，故稱寶華。
[14]天上：泛指欲界之六欲天和色界、無色界諸天。六欲天為四天王天、忉利天、夜魔天、兜率天、樂變化天、他化自在天;色界有十八天，無色界有四天。從佛法來說，生於天上還不是根本解脫。因為天神也有壽命終時，還有可能墜落人間。只有往生西方淨土和東方琉璃世界才是最終目標，才能根本解脫生死。
[15]輪王：指世間的轉輪聖王，為第一有福之人。於人壽八萬四千歲時出現，統轄四天下。轉輪王出現時，天下太平，人民安樂，沒有天災和人禍。
[16]四洲：即南瞻部洲、東勝神洲、西牛貨洲、北俱虞洲。
[17]十善道：亦稱十善業。即不殺生、不偷盜、不邪淫(三身業)、不妄言、不兩舌、不綺語、不惡口(四口業)、不貪慾、不嗔恚、不邪見(三意業)。
[18]剎帝利、婆羅門：古印度社會四種種姓階級中的二種。婆羅門被稱為「人間之神」，是古印度一切知識壟斷者：剎帝利為印度掌握軍政的國王和武士。
5、演說真言、諸佛護念。
複次、曼殊室利：彼藥師琉璃光如來得菩提時，由本願力，觀諸有情、遇眾病苦，瘦攣、乾消、黃熱等病，或被厭魅蠱毒所中，或復短命，或時橫死，欲令是等病苦消除，所求願滿。時彼世尊入三摩地，名曰除滅一切眾生苦惱。既入定已，於肉髻中、出大光明，光中演說大陀羅尼曰。
南無薄伽伐帝、革卑殺社窶嚕、薜琉璃缽喇婆、喝口羅也，怛他揭多耶、阿口羅訶帝、三藐三勃陀耶女至怛他、革卑殺逝、革卑殺逝、革卑殺社、三沒揭帝莎訶。
爾時光中說此咒已，大地震動，放大光明，一切眾生、病苦皆除，受安隱樂。曼殊室利，若見男子女人、有病苦者，應當一心為彼病人、常清淨澡漱，或食或藥或無蟲水，咒一百八遍，與彼服食，所有病苦，悉皆消滅。若有所求，至心念誦，皆得如是、無病延年。命終之後，生彼世界得不退轉、乃至菩提。是故曼殊室利，若有男子女人，於彼藥師琉璃光如來、至心殷重、恭敬供養者，常持此咒勿令廢忘。
複次、曼殊室利：若有淨信男子女人，得聞藥師琉璃光如來、應、正等覺、所有名號，聞已誦持。晨嚼齒木，澡漱清淨，以諸香華、燒香塗香，作眾伎樂，供養形像。於此經典，若自書，若教人書，一心受持，聽聞其義，於彼法師，應修供養，一切所有資身之具，悉皆施與，勿令乏少。如是便蒙諸佛護念，所求願滿乃至菩提。
瘦攣乾消黃熱等病：「瘦攣」，指足拘縮彎曲;「乾消」即是消渴，現代醫學稱為糖尿病;「黃熱」指黃疸型腫脹症和熱性傳染病，這些都是病苦。
魘魅蟲毒：與前面所講的「鬼蟲道」含義相同。
橫死：指壽命未盡，無病不該死亡，但突然遭遇橫禍而死。
三摩地：也稱三昧，意譯為正定。又譯「等持」，即持心平等，不昏沉，不掉舉，專心保持平衡，安定、而專注於一境。佛經中說，佛將說法、說咒或現神通時，每每先入定。其實佛無時不在定境之中，無論起居、衣食、行走、說法度生，佛的心境都已安住在定中。一切功德智慧，確都由定中流出。現在藥師如來所入的三摩地，名稱叫做「除滅一切眾生苦惱定」。
於肉髻中是出大光明：頭頂上的肉髻，為佛的三十二相之一，名無見頂相、放大光明。
大陀羅尼：譯為總持。梵文陀羅尼即是咒，又名「真言」。總持即是總攝一切法，持無量義。
南無：是皈依、皈命的意思，「南無」是梵文音譯，一般念作「那摩」，表示對佛、法、僧三寶的尊敬和虔信。
薄伽伐帝：為薄伽梵的異譯，即世尊。
革卑殺社窶嚕：「革卑殺社」的意思是藥;「窶嚕」的意思是師，合譯為藥師。
[10]薜琉璃：即是琉璃。
[11]缽喇婆：即指光。
[12]喝口羅找玻閡饈峭酢
[13]怛他揭多耶：意是如來。
[14]阿口羅喝帝：意是應(供)。
[15]三藐三勃陀耶：意是等正覺。此句與上幾句連起的意思是：「皈命藥師琉璃光如來、應、正等覺」。
[16]怛侄他：是「即說咒曰」的意思。
[17]矗河Χ磷鰲拔恕幣簟Ｒ庖搴芏啵一皈依義，即是集中身心皈向三寶;是警覺義，提起注意的意思，即把精神集中起來，注意一個地方。
[18]革卑殺逝：意思是藥。
[19]革卑殺社：含意與革卑殺逝同，意謂陳棄的藥。
[20]三沒揭諦：意為普度，即普遍救度世界一切眾生之意。
[21]莎訶：也作娑婆訶。意思是速得成就。
[22]無蟲水：即無蟲的潔淨之水。
[23]咒一百八遍：煩惱有一百零八種，所以特地用一百零八遍的咒力破除一百零八種煩惱。
[24]得不退轉：不退轉，指所修之功德善根愈增愈進，不更退失轉變。
[25]齒木：古代印度人習慣於清晨起身，就嚼一種大約手指粗的樹枝木條，叫做「齒木」，木中有苦汁，可除口臭。這裡是講恭敬供食藥師琉璃佛，必須清淨身和口。
[26]供養形像：指以香花、燈明、飲食、資財等物供奉三寶，香花表示萬行，燒香表示智觀，塗香表示戒品，伎表示四攝(布施、愛語、利行、同事)。
[27]法師：指通曉佛法，又能引導眾生信受奉行佛法的人。
6、恭敬佛陀、流傳經寶。
爾時曼殊室利童子白佛言：世尊!我當誓於像法轉時，以種種方便，令諸淨信善男子、善女人等，得聞世尊藥師琉璃光如來名號，乃至睡中、亦以佛名覺悟其耳。世尊：若於此經受持讀誦，或復為他演說開示，若自書，若教人書，恭敬尊重，以種種華香、塗香、末香、燒香，華曼瓔珞，幡蓋伎樂，而為供養，以五色采、作囊盛之，掃灑淨處，敷設高座、而用安處。
亦以佛名覺悟其耳：意即修行人在睡夢中亦能聞佛名號而得到覺悟。
受持讀誦：即領受、憶持、閱讀、背誦。分別來講，即信力領納叫受;念力堅持叫持;對著經文看著念叫讀;不看經文，憑記憶而背出來叫誦。
開示：「開」為開發之意，即破除眾生之無明，開如來藏，見實相之理。「示」為顯示之意，謂惑障既除，則知見體顯，法界萬德顯示分明，意即佛菩薩以佛教道理曉喻修行者。
末香：猶如現在所燒的檀香粉，古印度則是將檀香粉直灑在佛菩薩身上。
燒香：猶如現線上香，一枝一枝的。或盤香，一盤圈成好幾圈。
瓔珞：系用各種珠寶貫串起來的裝飾品。
幡蓋：指幢幡和寶蓋。懸掛在佛菩薩像前長竿，竿柱高秀，頭安寶珠，以種種彩帛裝飾之，種為幢;長帛下墜者，稱為幡;以寶玉裝飾起來懸掛於菩薩所坐的高座上的傘蓋，稱為寶蓋，幢幡則表示禪定。
伎樂：指用琵琶、銅鈸、琴、瑟、箜篌等樂器所演奏的音樂，又歌頌讚唱佛德的佛贊，也稱伎樂。
五色采作囊盛之：即用五種不同色織成采緞作成經囊，作盛放《藥師經》和《藥師神咒》之用。是為恭敬尊重之意。
[10]敷設高座：即設定高座，用以安放經典。
7、四大天王、供養守護。
爾時四大天王、與其眷屬、及餘無量百千天眾，皆詣其所，供養守護。世尊：若此經寶流行之處，有能受持，以彼世尊藥師琉璃光如來本願功德、及聞名號，當知是處無復橫死，亦復不為諸惡鬼神奪其精氣。設已奪者，還得如故，身心安樂。
四大天王：也稱護世四天王。古代南亞次大陸的神話傳說，後為佛教所沿用。稱須彌山腹有四天王天。四天王天是四大天王和其眷屬居住之處。須彌山的山腰有一小山，名犍陀羅山，山有四個山峰，各有一天王居住，各護一天下。中國民間欲稱其為四大金剛。寺院的天王殿塑有四大天王像。東方持國天王塑像白色，懷抱琵琶;南方增長天王身青色，手持寶劍;西方廣目天王身紅色，右掌托寶塔，左手纏繞一條龍;北方多聞天王身綠色，右手持傘，左手握銀貂。他們手中的法器都是吉祥的意義，寶劍舞動生風，琵琶協音可調，寶傘可以擋雨，龍被降服變順，四方合起來就是風調雨順，以保國泰民安。
經寶：意即此經為法寶。此經寶最為吉祥，所以不會有橫死，及諸惡鬼神奪其精氣等許多災患。
8、誦思經典、一切皆遂
佛告曼殊室利：如是如是，如汝所說。曼殊室利：若有淨信善男子善女人等，欲供養彼世尊藥師琉璃光如來者，應先造立彼佛形像，敷清淨座、而安處之。散種種華，燒種種香，以種種幢幡、莊嚴其處。七日七夜、受八分齋戒，食清淨食，澡浴香潔，著清淨衣，應生無垢濁心、無怒害心，於一切有情、起利益安樂、慈悲喜舍、平等之心。鼓樂歌贊，右繞佛像。復應念彼如來本願功德，讀誦此經、思惟其義，演說開示，隨聽樂求，一切皆遂，求長壽得長壽，求富饒得富饒，求官位得官位，求男女得男女。若復有人、忽得惡夢見諸惡相，或怪鳥來集，或於住處，百怪出現。此人若以眾妙資具、恭敬供養彼世尊藥師琉璃光如來者，惡夢惡相、諸不吉祥、皆悉隱沒，不能為患。或有水火，刀毒懸險，惡象師子，虎狼熊羆毒蛇惡蠍，蜈蚣蚰蜒，蚊蟲等怖，若能至心憶念彼佛，恭敬供養，一切怖畏、皆得解脫。若他國侵擾，盜賊反亂，憶念恭敬彼如來者，亦皆解脫。複次、曼殊室利，若有淨信善男子善女人等，乃至盡形不事除天，惟當一心歸佛法僧，受持禁戒，若五戒、十戒、菩薩四百戒、比丘二百五十戒、比丘尼五百戒。於所受中、或有毀犯，怖墮惡趣。若能專念彼佛名號、恭敬供養者，必定不受三惡趣生。或有女人、臨當產時，受於極苦，若能至心稱名禮讚、恭敬供養彼如來者，眾苦皆除。所生之子，身分具足，形色端正，見者歡喜，利根聰明，安隱少病，無有非人奪其精氣。
食清淨食：即受用各種飲食，都得如法清淨，絕對不可沾染五葷及魚肉等。還有，既受八分齋戒，晚上就不能吃任何食物，如果過午還吃什麼食物，即名為叫不清淨食。
無垢濁心、無怒害心：垢濁心即垢心和濁心。垢心即是貪心;濁心即是痴心。怒害心是嗔心。貪嗔痴是煩惱中的三毒，也是佛門三忌。這裡是講沒有貪、場⒊杖毒之心。
慈悲喜舍：即四無量心。慈是予人以快樂之心，悲是撥人痛苦之心，喜是見人離苦得樂而生慶悅之心，舍是捨棄一切，對任何人都無憎無愛，一視同仁，平等對待之心。
惡蠍：尾部有毒鉤刺，有劇毒，可刺人使之中毒，故稱惡蠍。
蚰蜒：生活在潮濕陰暗處，欲稱草鞋蟲、蓑衣蟲，與蜈蚣同類。體短而微扁，灰白色。全身分十五節，每節有細長的足一對，最後一對特長，足易脫落，觸角長，毒顎很大。
虻：狀如繩，略大。專咬牲畜，也要叮人，有牛虻、花虻、食蟲的區別。
不事餘天：即不事奉其餘諸天。就是不事奉外道天、魔王天和凡夫天，認為只有皈依三寶，依教修行，才能達到無漏的無餘涅磐。
禁戒：亦稱淨戒。「禁」是禁止身、口、意三惡業，「戒」是戒諸惡行。
形色：即形體與色相。如人有長短、方圓、高下、正不正等形相，可見於眼者。
利根：卽鋭利的根性。意謂眼、耳、
非人：指天龍八部、夜叉、惡鬼等等。
奪其精氣：即奪去人的性命。
9、頌揚世尊、佛理教義
爾時，世尊告阿難言，如我稱揚彼世尊藥師琉璃光如來所有功德，此是諸佛甚深行處，難可解了、汝為信不。阿難白言，大德世尊，我於如來所說契經，不生疑惑。所以者何。一切如來，身語意業、無不清淨。世尊，此日月輪、可令墮落，妙高山王、可使傾動，諸佛所言，無有異也。世尊，有諸眾生，信根不具，聞說諸佛甚深行處，作是思惟，云何但念藥師琉璃光如來一佛名號，便獲爾所功德勝利。由此不信，返生誹謗，彼於長夜、失大利樂，墮諸惡趣，流轉無窮。佛告阿難，是諸有情，若聞世尊藥師琉璃光如來名號，至心受持不生疑惑，墮惡趣者，無有是處。阿難，此是諸佛甚深所行，難可信解，汝今能受，當知皆是如來威力。阿難：一切聲聞、獨覺、及未登地諸菩薩等，皆悉不能如實信解，惟除一生所系菩薩。阿難：人身難得，於三寶中、信敬尊重，亦難可得。聞世尊藥師琉璃光如來名號，復難於是。阿難：彼藥師琉璃光如來、無量菩薩行、無量善巧方便、無量廣大願，我若一劫、若一劫餘、而廣說者，劫可速盡，彼佛行願善巧方便、無有盡也。
大德：系對自覺、覺他、覺行圓滿的三覺圓滿者和萬德具全者的尊稱。佛具三覺：即本覺(一切眾生本來具有的自性清淨心)、始覺(外緣助薰開始覺知本有的自性)、究竟覺(發心修行，達到惑盡智圓證成佛道的究竟清淨)。故稱佛為大德世尊。而對菩薩、阿羅漢，有時也稱大德。
契經：謂契理契機之經典。即指佛教經典。
日月輪：即日轉和月輪。日輪即日宮，是日天子所居之宮殿，一般稱太陽。月輪即月宮，是月天子所居之宮殿，一般稱月亮。
妙高山王：指佛經上所說的須彌山。其山高大無比，為眾山之王，故稱為妙高王。
信根：五根之一。指信三寶、四諦。是對佛法信仰的基礎或對佛法信仰的根本。
長夜：謂凡夫流轉生死，無明昏暗，猶如長夜。
未登地諸菩薩：指尚未登十地位的一切菩薩。菩薩行共有五十一階果位，由淺入深。即十信位、十住位、十行位、十回向位、十地伴及等覺菩薩位，合為五十一果位。其中十住、十行、十回向的三階位稱為三賢位。因尚未登十地、未入聖位，故稱為未登地菩薩。
一生所系菩薩：即一生補處菩薩，亦稱等覺菩薩。大乘階位五十一位中最後一位之菩薩稱等覺，因為是即佛位的一位補處大菩薩，是系屬於一生補處的，故稱一生所系菩薩。
10、皈依三寶、免墮六道。
爾時眾中有一菩薩摩訶薩，名曰救脫，即從座起偏袒右肩，右膝著地，曲躬合掌、而白佛言：大德世尊，像法轉時，有諸眾生、為種種患之所困厄，長病贏瘦，不能飲食，喉唇乾燥，見諸方暗，死相現前，父母親屬，朋友知識，涕泣圍繞。然彼自身臥在本處，見琰魔使、引其神識至於琰魔法王之前。然諸有情、有俱生神。隨其所作，若罪若福，皆具書之，盡持授與琰魔法王。爾時彼王推問其人，計算所作，隨其罪福、而處斷之。時彼病人，親屬知識，若能為彼皈依世尊藥師琉璃光如來，請諸眾僧轉讀此經，然七層之燈，懸五色續命神幡。或有是處、彼識得還，如在夢中，明了自見。或經七日、或二十一日、或三十五日、或四十九日，彼識還時，如從夢覺，皆自憶知善不善業、所得果報。由自證見業果報故，乃至命難、亦不造作諸惡之業。是故淨信善男子、善女人等，皆應受持藥師琉璃光如來名號，隨力所能，恭敬供養。
爾時阿難問救脫菩薩曰，善男子，應云何恭敬供養彼世尊藥師琉璃光如來，續命幡燈、復云何造。救脫菩薩言，大德，若有病人、欲脫病若，當為其人、七日七夜受持八分齋戒。應以飲食、及餘資具，隨力所辦、供養比丘僧。晝夜六時、禮拜供養彼世尊藥師琉璃光如來，讀誦此經四十九遍，燃四十九燈，造彼如來形像七軀，一一像前、各置七燈，一一燈量、大如車輪，乃至四十九日光明不絕。造五色采幡，長四十九搩手，應放雜類眾生、至四十九。可得過度危厄之難，不為諸橫惡鬼所持。
救脫：菩薩名。此菩薩以救人病苦、脫離災難而得名。身呈紅色，坐蓮花座，右手執持妙法藏供養，左拳按胯。
死相：即人臨死時顯示出來的種種外相，如瞳孔散大，體溫漸降，呼吸緩慢，只呼不吸，心跳微弱，脈象似停，人氣將斷，神識欲去。
琰魔使：「琰魔」即琰魔法王，又名閻摩王，即民間俗稱的閻羅王。是冥界之王，對善惡賞罰、禍福升降法中有操縱權，故名法王。「琰魔使」，即琰魔法王的使卒，欲稱鬼差、無常等等，又叫勾魂使，名目繁多。
神識：即一般世間所說之靈魂。
俱生神：即與生俱來的神。佛經載，此神常騎在人之雙肩，在人死後即向閻摩王報告該人之出生與善惡。有男女二神：女神名同生，通常坐於人之右肩，記錄該人所作之惡事;男神名同名，通常坐於人之左肩，記錄該人所作之善事。
七層之燈：為對治身三口四之七支惡業而燃點之七層智慧明燈。惡業有七支，身三(殺生、偷盜、邪淫)，口四(妄語、綺語、兩舌、惡口)。七層智慧明燈照出七菩提路，以防止七惡業，故稱七層之燈。
五色續命神幡：「續命神幡」，又作「壽命幡」。乃延壽祈命之神幡。此幡有五種顏色，即青、黃、赤、白、黑，故名五色續命神幡。
六時：古印度將一日一夜分為晝三時和夜三時，合計六時。晝三時為早晨、中日、日沒;夜三時為初夜、中夜、後夜。
搩手：亦稱磔手。(音哲)手，即張開手指，從大拇指端到中指端的距離叫一搩手。中國欲稱「一虎口」。古代印度多以搩手量物，中國民間木工也有用此以估計長度的。
放雜類眾生：即佛教所說的放生。「雜類」指家禽、家畜、水族、爬蟲之類。放生就是解脫這些生物的災難，使之延長生命，由此可獲得消災延壽的功德。
諸橫：謂一切橫死的簡稱。橫死指非因往世之業果致死，而系遭受意外災禍而死亡的。如得病無醫、王法誅戮、非人(惡鬼、夜叉等)奪精氣、火焚、水溺、惡獸啖、墜崖、毒藥咒詛、饑渴所困等，均屬於橫死。現代的車禍、飛機失事等，也屬於橫死。
11、國泰民安、無病歡樂。
複次、阿難，若剎帝利、灌頂王等、災難起時，所謂人眾疾疫難，他國侵逼難，自界判逆難，星宿變怪難，日月薄蝕難，非時風雨難，過時不雨難。彼剎帝利灌頂王等，爾時應於一切有情起慈悲心，赦諸系閉，依前所說供養之法、供養彼世尊藥師琉璃光如來。由此善根、及彼如來本願力故，令其國界、即得安隱，風雨順時，谷稼成熟，一切有情，無病歡樂，於其國中，無有暴惡，藥叉等神、惱有情者，一切惡相、皆即隱沒。而剎帝利灌頂王等，壽命色力，無病自在，皆得增益。阿難，若帝后妃主，儲君王子，大臣輔相，中宮采女，百官黎庶，為病所苦，及餘厄難，亦應造立五色神幡，然燈續明，放諸生命，散雜色華，燒眾名香，病得除愈，眾難解脫。
剎帝利：古印度四姓階級之一，四姓階級為婆羅門、剎帝利、吠舍、首陀羅。剎帝利是掌握軍政的國王和武士階級。
灌頂王：古印度國王的太子在即位時，由國師取四大海之水盛金瓶中，灌灑太子頭頂，表示祝福。此為印度帝王即位的儀式，灌項以後就稱灌頂王。
星宿：星官名。二十八宿之一，朱鳥七宿的第四宿。有星七顆，故早期亦稱「七星」。這裡指星象。
儲君：即王儲，太子。
黎庶：即平民百姓。
12、免遭橫死、藥叉護法
爾時，阿難問救脫菩薩言，善男子，云何已盡之命、而可增益。救脫菩薩言，大德、汝豈不聞如來說、有九橫死耶，是故勸造續命幡燈，修諸福德，以修福故，盡其壽命、不經苦患。阿難問言：九橫云何。救脫菩薩言，若諸有情，得病雖輕，然無醫藥、及看病者，設復遇醫授以非藥，實不應死、而便橫死。又信世間邪魔外道妖孽之師，妄說禍福，便生恐動，心不自正，卜問覓禍，殺種種眾生、解奏神明，呼諸魍魎，請乞福佑，欲冀延年，終不能得，愚痴迷惑，信邪倒見，遂令橫死，入於地獄，無有出期，是名初橫。二者、橫被王法之所誅戮。三者、畋獵嬉戲，耽淫嗜酒，放逸無度，橫為非人奪其精氣。四者、橫為火焚。五者、橫為水溺。六者、橫為種種惡獸所啖。七者、橫墮山崖。八者、橫為毒藥，厭禱咒詛、起死鬼等之所中害。九者、饑渴所困，不得飲食，而便橫死。是為如來略說橫死、有此九種。其餘復有無量諸橫，難可具說。複次，阿難彼琰魔王，主領世間名籍之記，若諸有情、不孝五逆，破辱三寶，壞君臣法，毀於性戒，琰魔法王、隨罪輕重考而罰之。是故我今勸諸有情，然燈造幡。放生修福，令度苦厄，不遭眾難。爾時眾中有十二藥叉大將。俱在會座，所謂
宮毗羅大將伐折羅大將迷企羅大將
安底羅大將額你羅大將珊底羅大將
因達羅大將波夷羅大將摩虎羅大將
真達羅大將招杜羅大將毗羯羅大將
此十二藥叉大將，一一各有七千藥叉、以為眷屬。同時舉聲白佛言：世尊!我等今者蒙佛威力。得聞世尊藥師琉璃光如來名號，不復更有惡趣之怖。我等相率、皆同一心，乃至盡形、歸佛法僧，誓當荷負一切有情，為作義利，饒益安樂。隨於何等村城國邑、空聞林中，若有流布此經，或復受持藥師琉璃光如來名號，恭敬供養者，我等眷屬、衛護是人，皆使解脫一切苦難，諸有願求，悉令滿足。或有疾厄、求度脫者，亦應讀誦此經，以五色縷結我名字，得如願已，然後解結。
爾時世尊贊諸藥叉大將言，善哉善哉，大藥叉將，汝等念報世尊藥師琉璃光如來恩德者，常應如是利益安樂一切有情。
初橫：指第一種橫死。即生了病本來可以醫治好，不當死而死亡的;信世間邪魔外道、妖孽之師妄說禍福等而橫死，入於地獄，無有出期的。
五逆：即殺父、殺母、殺比丘、殺阿綻琛⑵坪禿仙(破壞僧團)。
十二藥叉大將：藥叉名夜叉、閱叉、夜乞叉等。意譯「勇健」、「輕捷」、「捷疾鬼」等。藥叉多住天上，或深山竅谷，或偏僻海島，游離虛空，行跡不定。夜叉受四天王中的毗沙門天王統領。夜叉有善有惡，有的以威勢惱害人，有的則守護正法。十二「藥叉大將」，即藥叉中的大將。本經中十二位藥叉大將都是誓言衛護《藥師經》之受持者的善藥叉。
宮毗羅：又作金毗羅，意譯為極畏。身呈黃色，手持寶杵。
伐折羅：又作跋折羅，和耆羅，意譯金剛。身呈白色，手持寶劍。
迷企羅：又作彌去羅，意譯為執嚴。身呈黃色，手執寶棒或獨鈷。
安底羅：又作額你羅、安奈羅、安陀羅，意譯為執星。身呈綠色，手持寶珠。
額你羅：又作額爾羅、末爾羅、摩尼羅，意譯為執風。身呈紅色，手持寶叉或矢。
珊底羅：又作娑你羅、素藍羅，意譯為居處。身呈煙色，手持寶劍或螺貝。
因達羅：又作因陀羅，意譯為執力。身呈紅色，手持寶棍。
波夷羅：又作婆耶羅，意譯為執飲。身呈紅色，手持弓矢。
摩虎羅：又作薄呼羅、摩休羅，意譯為執言。身呈白色，手持寶斧。
真達羅：又作真持羅，意譯為執想。身呈黃色，手持絹索或寶棒。
招杜羅：又作朱杜羅、照頭羅，意譯為執動。身呈青色，手持寶錘。
毗羯羅：又作毗伽羅，意譯為圓作。身呈紅色，手執寶輪或三鈷。
七千藥叉：為十二藥叉大將的部下眷屬。每一位藥叉大將的部下各有七千藥叉，合計為八萬四千藥叉。八萬四千藥叉，是用以對付八萬四千塵勞的。
五色縷結我名字：五色縷，亦作五色線、五色繩、五色鋌。系用青、黃、赤、白、黑五色之線係為一根線樓。「結我名字」，即結十二藥叉大將的名字。這有兩種說法：一說為用五色系絲線結十二藥叉大將名字;另一說為稱念一位藥叉大將的名字就用五色絲線打一個結，如次稱念十二藥叉大將，打十二個結。
第三部分流通分
爾時，阿難白佛言，世尊，當何名此法門，我等云何奉持。佛告阿難，此法門名說藥師琉璃光如來本願功德。亦名說十二神將饒益有情結願神咒，亦名拔除一切業障。應如是持。時薄伽梵說是語已，諸菩薩摩訶薩，及大聲聞、國王、大臣、婆羅門、居士、天、龍、藥叉、健達縛、阿素洛、揭路荼、緊捺洛莫呼落伽、人非人等、一切大眾聞佛所說，皆大歡喜，信受奉行。
法門：即佛所說的法。謂佛所說言語，為世之則，稱為法。此法為眾聖超凡入聖之門戶，故稱門。這裡是指釋迦牟尼佛所說的《藥師經》。
藥叉：即夜叉，又名捷疾鬼、能啖鬼。是鬼的一種，為天龍八部眾中之一。
健達縛：即乾闥婆，意譯香神，為天龍八部眾中之一。樂神名。不食酒肉，唯求香以資陰身，又自其陰身出香，故有香神之稱。為奉侍帝釋司奏伎樂者。
阿素洛：即阿修羅，意譯無酒、飛天等。為天龍八部眾中之一。常與帝釋戰鬥之神。
揭路荼：即迦樓羅。鳥名，亦名金翅鳥、妙翅鳥等。為天龍八部眾中之一。居四天下之大樹，取龍為食。
緊捺洛：即緊那羅，意譯歌神。為天龍八部眾中之一。樂神名。能作歌舞。
莫呼洛伽：即摩目侯羅伽。為天龍八部眾中之一。是大蟒神，其形人身而蛇首。
信受奉行：佛經文末用語「信」即深信無疑，「受」即完全領受，「奉」即尊奉佛的教導，「行」即學習修行。信受如來所說之法而奉行之，即稱「信受奉行」。