以十二緣起做思惟，共分十二緣起支分的差別、十二緣起支分所包含的內容、十二緣起含攝了幾世的因果關係、十二緣起所總括的意義共四個部分。
第一、介紹十二緣起支分的差別
十二緣起(無明支、行支、識支、名色支、六處支、觸支、受支、愛支、取支、有支、生支及老死支)的第一為無明(猶如盲嫗)。
所謂無明，就像處在巨黯的黑暗一樣，所以稱為無明。
《俱舍論》中說：「無明猶如非親非實等。」就是說，無明是非親友及非真實親友。非親非實不完全表示否認阻止「親(取親愛)」和「實(真實)」二者，亦非除此二者以外的其他;而是說，無明與我們最親愛的「明」和「真實」是互相違背的。「無明」就是無法遮止對治它的「明」，也無法遮止「明」以外的其他東西，而是無明和明是互相違背而已。只有明才能真正對治無明，所以，這個「明」對眾生而言，是最親密的，最真實的。
對治無明的「明」是指正確明了眾生的無我真實義而言，因此，其所對立(違背)的是眾生的「我執」之「壞聚見(薩迦耶見)」。這就是法稱論師對無明的解釋(認為壞聚見是無明的根本)。
然而，無著及世親論師二位兄弟主張無明與矇昧無知兩個不同而做解釋。對於實相而言，其有顛倒執著及愚昧無知兩種因素，這兩位論師是按後者做闡釋的。總而言之，對於無明來講，其根源不屬於邪
見，而是屬於不了解的範疇。我們無論執持哪一種見解，對治無明最重要的還是屬於無我的智慧。
無明的反面就是明慧(明了智慧)。對於無我智慧的解釋，以理論為主的法稱論師及其弟子等，以及由經教為主的無著、世親論師及其弟子的究竟見解是一致的。前者主張無明是由顛倒妄執而引起的;後者主張無明的原由是未能明確其意而以矇昧無知所引發的。
在《集學論》中把愚痴無明分為兩類，就是對因果的無明及無我空性的無明。前者能積集墮生惡趣的果報，後者能招集受生善趣的果報。不知因果的道理，就難免行惡，因此，墮生惡趣;不明無我性空的道理，所做的善業只不過僅生善趣而已。
十二緣起的第二支為行支(猶如陶師)。
所謂行支，就是造業。有引生惡趣的非福業及引生善趣的業。引生善趣的業，又分為引生欲界的福德業及引生色界、無色界善趣的不動業。
十二緣起的第三支為識支(猶如獼猴)。
所謂識支，在經中曾說是六識。這裡主要指主張阿賴耶的行者為阿賴耶識(八識)，不承認阿賴耶者為意識(六識)。
因眾生愚昧無明而造惡業，此中產生苦苦之果，造作不善業，其惡業之習氣所染之際，這時的神識是屬於因位時的神識。依這個因，而造成了未來投生惡趣，所入胎時的神識是屬於果位時的神識。
同樣的道理，由於眾生對無我空性的道理而愚昧無明，以為善趣的苦是安樂，執苦為樂，所以，積集了福德業及不動業，這時的神識是屬於因位時的神識。依止這個因，而成為將來受生善趣欲界、色界及無色界，所入胎時的神識是屬於果位時的神識。
十二緣起的第四支為名色支(猶如入船)。名是指受、想、行、識非色蘊的四蘊;色是指色蘊。色是如果受生無色界時，只有其色的種子，而沒有實色。除此之外，其他(欲界天眾、色界天眾等)阿布丹(梵音，住胎第一個七日時)都有色蘊，應當推知。十二緣起的第五支為六處支(猶如空宅)。所謂六處，就是指眼、耳、鼻、舌、身、意六根。若是胎生，最初神識進入父精母血之中，第一個七日中凝結成阿布丹。諸蘊增長，胎兒逐漸形成眼、耳、鼻、舌四根，身根及意根在阿布丹之時就存在。
若是化生，在結生之際，諸根同時形成，沒有漸次生長的次序。
若是卵生及濕生，除了住胎的情況不同外，其餘的情形皆與胎生相同。上述內容在《本地分》中曾有所闡述。
因此，名色(五蘊)的形成，就表明了身體主體部分已經成就;六根的形成，也就表明了身體的體支已經成就。六根可以受用六塵。對無色界的眾生來講，沒有眼、耳、鼻、舌、身五根，意根是存在的。
十二緣起的第六支為觸支(猶如接吻)。六根、六境(六塵)、六識三種因緣和合，就對外境產生樂意、不樂意，以及樂不樂意(中庸)，取其三境(樂意、不樂意、樂不樂意)外，又說「六處的緣故」也表示了六境及六識。
十二緣起的第七支為受支(猶如眼中箭)。以「觸」取喜歡、不喜歡，以及喜不喜歡三境，而隨著產生樂、苦、不苦不樂三種感受。
十二緣起的第八支為愛支(猶如飲酒)。所謂愛，就是對於愛受
產生貪慾，不願失去，對於苦受，欲想遠離的心態。
所謂「以感受的緣故而產生愛」，就是說，由於無明的緣故，以觸緣而產生愛受，若不存在無明，雖有感受，也不產生愛受。
由此可知，觸是指境的受用;受是指生受用及成熟受用。前者是根、境、識三緣結合而生三境(樂意、不樂意、樂不樂意三境，是境的受用);後者是由觸產生樂、苦、不樂不苦之感受，隨生三毒，感受輪迴果報。如果觸受圓滿，也就是受用二者圓滿。愛又包含了三界的三種愛，依次是欲愛、色愛、及有愛(無色界所引發的後有的有愛)。
十二緣起的第九支為取支(猶如摘果)。所謂取，就是對四境，產生貪慾。四境，就是指對色聲等五欲境的貪慾：除了壞聚見以外的諸惡見;與惡見相應的惡戒或惡行;薩迦耶見(壞聚見)。這四境以五欲塵、見取見、戒禁取見以及壞聚見而導致了欲取、見取、戒禁取和我語取。這也是對四境依次而言的。
十二緣起的第十支為有支(猶如孕婦)。所謂有，就是對原有的神識(因時的神識)上，薰習業力的習氣，然後再加上愛取的滋潤，所以，變為引生後的神識(果時的神識)。其實在這果時的神識上，假立了一個「有」的果名。
十二緣起的第十一支為生支(猶如生子)。所謂生，就是指四生(胎、化、卵、濕四生)之中，最初神識結生(八胎)的情況。
十二緣起的第十二支為老死支(猶如負屍)。老就是諸蘊成熟後轉變衰相;死就是諸蘊分散息滅的現象。果時的眾生生後叫「產生」;名色支至受支之間所引發的一切屬於「老死」。
第二、說明十二緣支分大略所包含的內容
在《集學論》中說：「十二支分所含攝的內容，是能引支、所引支，能生支及所生支四種。能引支包括無明、行及識三支;所引支包括名色、六處、觸及受四支;能生支包括愛、取及有三支;所生支包括生及老死二支。」
能引支、所引支、能生支、所生支兩重因果，使一位眾生顯示受生一重因果，或者是兩重因果呢?若以一重受生的因果來講，從無明、行二支為因，引生果位的神識、名色、六處、觸、受之間是一重的因果，再無法生起愛、取、有、生、老死諸支，因此，一重受因果，難以成立。如果以兩重受生的因果而言，後者(第二重因果)因果方面缺少無明、行和因位的神識。前者(第一重因果)因果之中，可缺少愛、取、有支，這樣就能否成立?回答是，完全可以，沒有任何過失。能引因的無明、行和因位時的神識，也就是能生因的愛、取和有。中陰身的因位時的神識受生時，也要依止愛、取的滋潤，才能形成果位時的後有(未來生)，此間(第一重因果)已包括愛、取、有三者;若引生了所引的果位神識、名色、六處、觸及受五支，就產生了後世的生命，其中已包含了生、老死支，所以，兩重受生因果的說法，是合理的。
既然能引支及所引支，已包括能生支及所生支，為什麼又講兩重因果的道理呢?那是為了分明所引果的苦諦及所生果的苦諦之性相各自不同的原因。前者所引的果位時含藏有種子，還未造業，未形成自體，還沒有起惑造業。因此，這時的苦，變為未來的苦;後者所生的果位時，以愛、取的潤發，產生煩惱而造業，形成痛苦，所以這時的苦也就是現世的苦。
另外，果的受生有兩種因，是以能引因引起的果和由所引果而生起的能生因，所引起的果。為了認識這兩種因素，因此講說了兩重因果的道理。
在《本地分》中說：「又人提問：從識乃至受的所引支，以及老死的所生支，既然互相是夾雜的性相，為什麼又要分為兩種不同的性相呢?回答是：為了說明兩種不同痛苦事性的緣故(兩種不同的苦諦)，以及說明所引果，所生果二者，是以能引因及能生因兩種不同的受生因中產生的，所以才成立了兩重因果的區別。」
又說：「有人問：哪些支是由苦諦所包含，成為這世的苦諦呢，回答是：生與老死二支。又問：哪幾支是成為將來要造受的苦諦呢?回答是：識、名色、六處、觸及受五支，這五支中含有業習的種子，因此，將來起惑造業時會感受苦果。」所以，能生支的愛與引發的愛的受，此二者並不是一重緣起。引發愛的受是另一種緣起果位(就是說，能生支的愛、取、有與由愛、取的滋潤，而取後有的識，名色、六處、觸及受的所引支，這二者不是同一重緣起。愛、取、有的第二重因果的能生因;從識到受是第一重因果的所引果，一個在因位時，另一個在果位時)。
對於能引及所引而言，以四個方面應當了解。其一、所引的方面，應當了解果位識、名色、六處、觸受支四支半(半支屬果位識、另半支屬因住識，這兩個半支皆屬能引之中)。
其二、所引支是以什麼而引的?是依無明、行以及因位識二支半所引的，因此，這二支半是屬於能引因。
其三、如何從能引因，而引至所引果的?是由於因位識中，含藏有業力習氣的種子所染髮的緣故。
其四、所引的規律，就是這些種子遇到愛、取等能生因，由愛的滋潤，而有欲取、隨著產生後有，所以，從因位識轉變成果位識了。
至於能生及所生來講，以三個方面應當懂得。
其一、以什麼而能生因呢?是以愛緣取而能生因。由貪而對樂苦產生取，後有由此產生。
其二、以哪些為所生之果呢?是生及老死為所生果。
其三、如何而生的呢?是由行染於識的業力習氣，使其習氣成為一股強大勢力的緣故。在《緣起經注釋》中，單獨把生支作為所生支，將老死歸納在生支以後的過患之中。因為老死是生以後才出現的現象，所以，歸屬在生的過患之中。
由此可知，我們對因果的道理產生迷惑，由無明行不善業，在識中播種了惡習的種子，成為將來受生三惡趣的因，從果位識至受，形成苦果(這些都來自惡習種子因位識)。再者由愛與取二者不斷地潤發，使這些惡習轉弱為強，來生墮惡趣，感受生、老等。
又，對於無我之理產生愚痴，由無明而對欲界所涵攝的戒律等做福德善行，以及上二界所涵攝的四禪八定等做不動行，而在識中播種了善習的種子，成為未來受生欲界、色界、無色界天的因，從果位識
至受，形成樂果。再由愛與取反覆潤發，使這些善習轉弱為強，來世受生善趣，感受生等。
總的來說，這十二緣起支，含攝在煩惱、業及苦道之中。龍樹菩薩曾說：「無明支、愛支與取支是屬於煩惱;行支及有支是屬於業;剩餘的其他七支是屬於苦的範疇。」
《佛說稻稈經》中說：「十二緣起支攝為四因：無明播種者，在業田中播下了識的種子，以愛的水所潤發，在母胎中形成了名色的幼苗來。」
第三、說明十二緣起含攝了幾世的因果關係
在能引支所引支中間，可以容有無量劫長時間的間隔，也可以來世生起，或間斷二世者也有之。至於能生支和所生支中間，不需要間隔，十二緣起，最快者二世就能完成。譬如：現世造的是來世受生天道的善業，現世中就以無明造業，並以行支所造的習氣種子，含藏在識支中，這二支半及臨死以前，愛、取、後有三者已經圓滿，產生來世之生命，生於天道，就有了果位識。名色、六處、觸及受這四支半，並圓滿了所生支(生、老死)二支。這十二緣起在二世中就能圓滿，最多也不過三世。能生支、所生支及能引支三者，各需要一生，因為所引支含攝在所生支內的緣故。能引及能生中，雖然間隔多世，這是另一個十二緣起的形成(開始)，並非屬於同一個十二緣起之內。這當中間隔中有的壽命，未能含攝在三世圓滿的十二緣起之內，要另外計算。
由此可知，已經形成了一切果支時，造業者及遭受感果的眾生，
對十二緣起從因支的煩惱、業中產生果支的苦，都是沒有通達輪迴的道理，而愚痴無明，妄執為我(我執);為求我的安樂，而造作了身、語、意三業的善及不善業，因此而流轉生死輪迴。
所以，無明、愛、取三惑中產生行、有二業，這二業中又產出識、名色、六處、觸、受、生、老死七種苦果，就這樣七苦中又產生煩惱
(三惑)，如此不斷地輪轉，所以，世間輪迴之輪子無有間斷，流不
息。
龍樹菩薩說：「從三惑中出生二業，二業中生出七苦，再從七苦中產出三惑，世間輪迴的輪子，就這樣反覆不停地永遠輪轉。」之所以眾生輪迴苦海的原因，就是未能通曉無我空性智慧而造成的。因眾生執我為實，產生貪嗔，以貪嗔引起造業。若要破除我執，必須要懂得一切法蘊，皆無實性，定要證悟空性之理。
若以十二緣起的道理來思惟漂流生死輪迴，是修出世心、解脫輪迴的最殊勝的方法。從無量劫以來，積集了引生輪迴的善、不善業，這些業報還未成熟期間，又沒有修持對治而淨除，再加上現在的愛與取所滋潤，因此，藉此力量而漂流於善趣及惡趣的輪迴之中。可是，阿羅漢在過去凡夫之際，雖秘集了很多引生生死輪迴的善惡之業，但因他在這世就破除煩惱的緣故，證得脫離輪迴。為了獲得脫離輪迴的堅定信仰，我們把煩惱(我執等)看做是最大的怨敵，務必為斷除煩惱而更加努力修持。
大善知識普強瓦，就是誠心修持十二緣起的內容，並思惟修持緣起還滅的道理，為淨修自心而撰著道次第。
思惟造惡業而受生惡趣，這十二緣起支流轉還滅的道理是屬於下士道所修持的內容;然後思惟二善趣的十二緣起支流轉還滅的道理是屬於中士道所修持的內容;再緊接著觀察自身，使自己脫離輪迴的願望，觀想給無始以來曾為我母親的一切眾生。並要思惟由於十二緣起的緣故，眾生仍然漂流於六道之中，使一切有情速離苦海，所以，生起慈悲之心，為了能利益遍及虛空的眾生，發願成就無上佛果，如此而修持的次第，是屬於上士道所修習的內容。
第四、說明十二緣起所總括的意義
十二緣起所總括的意義，以引發出離心、清淨正見習氣成熟的方法;顯密典籍中闡述之道理;昔時所發生的緣起(故事)三個方面來說明。
一、說明以引發出離心、清淨正見習氣成熟的方法。如同前文中所說的那樣，由於無明而起惑造業的緣故，形成了輪迴的苦蘊，我們要懂得這個道理。尤其是以十二緣起支的道理來明白如何轉動六道的輪子，善於思惟，修持其中的道理，加以熟悉的話，必定會摧毀一切衰敗的根本——無明黑暗;又能夠滅除邪因所生的邪見和身心內外妄執的種種邪見。這樣修持就能重視佛法的珍寶，也能正確了知生死輪迴的性相本質，便發起勇猛的出離之心，通達前面所述的各種內容(十二緣起支、解脫道等)，從無明中覺悟，成熟獲得聖者果位的習氣，這就是最殊勝的法門。
二、說明顯密典籍中闡述的道理。在《妙臂稟問經》中說：「對愚痴無明的眾生，宣說十二緣起的道理，而破其無明。」在《佛說稻稈經》中又說：「若能明確十二緣起的道理，就可以遮止過去、未來以及現在所現起的一切邪知惡見。」龍樹菩薩也說：「這個緣起的道理，是佛所說法寶中最珍貴、最深邃的寶中之寶。」
三、說明昔時所發生的緣起(故事)。在《毗奈耶》經中曾講，二勝(釋迦牟尼佛的兩大弟子，智慧第一的舍利子及神通第一的目犍連)經常以神通游觀五趣(也稱六道)，然後返回南贍部洲後，再給四眾弟子們，講述了六道輪迴的種種痛苦。與佛共住一塊或者近住的弟子當中，不願意修習清淨梵行者，都送到二勝(舍利弗及日犍連)近前，使這二位尊者傳授教誨，這些弟子經過二勝的教導，樂於修持梵行，並且都證得了殊勝的果位。
佛知道此事以後，問阿難陀是何原因，阿難回答了事情的經過。佛說，無論各地方或任何時候，都難以有舍利弗及目犍連這樣的人，應當在門房上畫上六道輪迴圖，中間分為五分，周圍畫上十二緣起以及說明為何流轉和還滅的道理。於是，就在房門上畫了六道輪迴的圖案。後來又給仙道王(古印度南部勝雲城之王，曾在世尊座前受過具足戒)寄佛像時，在佛像的下方繪畫了十二緣起流轉生死及輪迴中還滅的內容。當仙道王收到佛像以後，到大亮的時候，結跏趺坐，端正其身，舍諸惡行，取諸善行，善觀細思緣起的道理，因此，證得了聖果(摩竭陀國的影勝王跟仙道王是互相遞信的好友，一次仙道王向影勝王寄了一陽起石所制的鎧甲，貴如珍寶，影勝王收到後沒有同等的禮物寄給仙道王，怕他是邊緣的國王，定會帶兵來攻打，這時候，該王有位聰穎的公主向國王說，不如把這件事稟告給世尊。他們稟告以後，按世尊的說法畫了一幅佛像，在佛像的下方寫了十二緣起偈及繪畫了六道輪迴圖後寄給他，晚上他背誦十二緣起偈的內容，以及思惟其中道理的緣故，在天亮的時候證得了聖果)。