(一)三大利益
一、利他
親人好友生病難過，可為他持咒，每次持咒108遍，加持在病人的藥物、食物或煮開的水裡給病人服用，可以幫助病人脫離病苦恢復健康。為病人持咒治病，最好能夠先洗澡漱口，保持身口的清淨。
二、自利
自己生病依前面方法為自己解除疾病。多念藥師咒可以無病延年，常保健康。
三、往生藥師佛淨土
念藥師咒命終可以往生美麗的藥師如來淨土，不會有墮落三惡道的恐怖，也不必再來人間受冷暖之苦。
回向：
念「藥師咒」請作如下回向：
(加持物品時念)
弟子○○○至誠祈求大慈大悲藥師琉璃光如來及藥師海會諸大聖眾，不違本誓，憐憫有情，加持此藥(或食物或純水或病人◎◎◎)令◎◎◎及法界一切有情眾生，病苦消除，身心健康，壽命延長。
(經云：若見男子女人有病苦者。應當一心為彼病人清淨澡漱或食或藥或無蟲水咒一百八遍與彼服食。所有病苦悉皆消滅。)(若有受持此真言。能拔身中過去生死一切重罪。不復經歷三途。免離九橫超越眾苦。十方世界隨處安樂。自在無礙法應如是。)
(二)念藥師咒的感應實例
初接觸佛法時，我老往寺里跑，導致內人於當時相當反對!(那時候她完全不信佛，不知道佛法是什麼?)不過現在反而是她老往寺里跑，而導致她對佛教產生好奇的原因：在於她經驗了兩件事(我先說一件)....
長子生來就遺傳到：祖傳的過敏性體質!時常感冒鼻塞，尤其咳嗽起來，往往咳到臉色發黑，有時候咳到連哭都哭不出來!看在當父母者的眼裡，實在很難過!
就這樣西醫也看中醫也看，台北地區的醫院三天兩頭就跑一趟，為了醫孩子的咳嗽氣喘，幾乎聽到哪個醫生好就帶去看!結果還是沒有起色，時常看到孩子咳得哭叫不已!
就在有一天深夜一點左右，又被孩子的咳嗽哭聲給吵醒了!當時實在拿不出主意，也不好意思再去三更半夜敲醫生的門，因為前兩個晚上，永和市有位我較熟悉的鐘醫生，都被我在深夜二點時吵起來看病!
由於當時實在是對於〔看醫生〕已經失去信心，也拿不出好方法來減輕孩子的痛苦，就在那時候，想到了：據說〔藥師咒〕只要誠心的持誦，有不可思議的感應!於是....
就用紙杯倒了一杯開水，放在客廳矮桌上，跪在磨石子地板雙手合掌，看著桌上的課誦本，念起藥師咒!(當時藥師咒還不會背，只能一字一字念)想要念108遍藥師咒，求一杯〔藥師咒水〕給孩子給孩子喝喝看!反正：死馬當成活馬醫!
當時很虔誠的跪著念完108遍藥師咒，花了一個多小時!(現在念108遍藥師咒，不須要15分鐘!)由於直接跪在磨石子地板上，念完時爬都爬不起來!兩個膝蓋各都有一個地方，跪得都跪出一個〔平面〕來了!
內人把〔藥師咒水〕餵給孩子喝並哄他睡覺!
隔天早上，內人告訴我一件怪事.....
半夜內人醒來，想要看孩子有沒有蓋棉被時看到了一尊：正常人一般大小的坐佛，就漂浮停在孩子睡處的半空中，頭部幾乎接觸到天花板佛像的金光正好罩著長子!
此後的一星期都沒有聽到長子的咳嗽聲!而長子目前已讀大學三年級了，長得比他爸爸還健康!
或許有的人會認為：若要消災或超度，必須延請老修行才比較有效!自己念似乎功夫不夠!
我個人倒是覺得：一切的〔佛號〕〔咒語〕〔經典〕，只要是發於：至誠肯切的心所誦出的都有效驗!
只在於：〔心意〕誠不誠?不在於：〔修行〕久不久!
(三)藥師佛的大願
藥師佛發了十二個大願幫助一切眾生：
一、藥師佛要幫助所有眾生如祂一般，威相光明、功德巍巍，個個都能修學有成，成就人中至尊─佛陀。
二、藥師佛身相通徹透明，如琉璃一般無瑕清淨，在祂大光明照耀之下，一切眾生皆解脫煩惱痛苦，隨自己意願無事不成。
三、要讓所有的人，需要什麼就得什麼，沒有貧乏，一切稱心如意。
四、走邪路，懷邪心的人，藥師佛轉變其心，讓他心生柔和，能夠利益別人。或只求個人了生死，藥師佛轉化其狹隘心量為大眾發心，由小我而走向大我。
五、聽到藥師佛號一心受持，可得戒行清淨，不墮三惡道。
六、外貌不揚、身體或四肢有缺陷、精神失常、被種種病苦折磨的人，聽了藥師佛號後專心修持，可得其威神力加持，一切都得以救治。
七、貧窮及病痛纏身，稱念藥師如來聖號，一切病痛都可消除，生活物資也能圓滿無缺。
八、女人身心多苦多病，若要捨棄女人身，專心念藥師佛名，來生可轉女相為男相。
九、思想偏激、行為偏差，藥師佛將用種種方法導邪歸正，令其覺悟而起正行修持。
十、犯罪坐牢或遭種種災難身心受苦，稱藥師佛名，以藥師佛的福德威神力可以解脫一切憂苦。
十一、生活困難、為了謀生而造惡，專念藥師如來名號能夠獲得改善，衣食無缺，過著良好的生活。
十二、貧苦的人修藥師法門，一心念藥師佛號，所要求的都能圓滿如願。
藥師佛特別重視生病的、痛苦的、貧窮的人，致力救濟這些人，讓他們身心及環境能轉惡劣為良善。