以下為藥師咒咒文及注音標識。括弧內為注音標識：
南謨薄伽伐帝。鞞殺社。窶嚕薛琉璃。(nāmóbóqiéfádì。píshāshè。jùlǔbìliúlí。)
缽喇婆。喝囉闍也。怛他揭多也。(bōlápó。hélàshéyě。dátuōjiēduōyě。)
阿囉喝帝。三藐三勃陀耶。怛侄他。(ālàhēdì。sānmiǎosānbótuóyě。dázhítuō。)
唵。鞞殺逝。鞞殺逝。鞞殺社。三沒揭帝莎訶。(ōng。píshāshì。píshāshì。píshāshè。sānmójiēdìsuōhē。)
發音註解：
南謨：讀作(nā那mó摩)，或讀(ná拿mó摩)(今人讀此音居多)，是「南無」的不同音譯詞。
薄：讀音為(bó伯)。
鞞：有三種讀法：(pí皮)、(bǐ比)、(bǐng丙)。這裡念(pí皮)比較合適。因鞞通毗，「鞞殺社」，也譯成「毗煞社」;「阿鞞跋致」，也譯成「阿毗跋致」;「鞞嚧社那」，也譯成「毗盧舍那」。(見《佛學大辭典》。)
窶：讀作(jù巨)。
薜：讀(bì畢)。
喇：古讀(là辣)，見《康熙字典》、《中華大字典》：音辣。今讀(lǎ)(lā)(lá)。
喝囉闍也：此句中的「喝」，應讀成(hé合)，古音「合」。
阿囉喝帝：此句中的「喝」，通「訶」，所以應該讀作(hē訶)。
囉：各地多讀成(là辣)，此字與喇通假。
闍：讀作(shé蛇)。
怛(dá答)他(tuō拖)揭多也。
怛(dá答)侄(zhí直)他(tuō拖)。
唵：讀(ōng嗡)或讀(ǎn俺)。藏語系佛教讀(ōng嗡)音，漢語系佛教多讀(ǎn俺)音。
三沒(mó古音模)揭帝莎(suō通娑)訶。