麥彭仁波切所造的儀軌後面有一些小字，是關於修金剛薩埵懺悔的功德：
第一層意思，《集密意續》裡面講，誰聽到金剛薩埵的心咒，或者接觸到，這是他以前在很多佛陀面前積累過資糧。所以，在座的人來到這裡參加金剛薩埵法會，看起來是一種偶然，但實際上都是曾經有過佛緣的人。
第二層意思，金剛薩埵是其他所有本尊的總體，我們修什麼本尊都可以修金剛薩埵，比如你修文殊菩薩，或者其他本尊，你念金剛薩埵心咒也可以成就。這非常重要。
第三層意思，金剛薩埵以前曾發願，在業力深重、破誓言的這些人面前，願清淨彼等一切障礙，他願已成就，從而加持了他的咒語和名號。所以我們罪業深重的人念「嗡班匝薩埵吽」的時候，他特別地加持。就像我們洗澡的時候，用洗面乳或者香皂等洗漱品，同樣的道理，在三寶的加持當中，有些是開智慧的，有些是增長財富的，有些是往生淨土的，有些是罪障清淨的……我們這次是息、增、懷、誅四大事業裡面息業的清淨罪業。
我們在懺悔的過程當中，不可能24小時一直有一種負罪感，那麼就儘量地在一天當中，至少也是一兩次，在心裡一一想起自己以前所造過的罪業。也許跟別人說會不好意思，但是跟金剛薩埵默默地說應該是可以的。
最後，麥彭仁波切說這個咒語的功德不可思議。你們念誦的時候，先應該懂得它的功德，這樣你會有興趣，有力量。不然光是口頭上念誦，心裡什麼也不想，不是很好的。有時候我們可能心會散亂，但是有時候在金剛薩埵和這麼多的僧眾面前，真正有一種發自內心的懺悔，那麼你回去的時候會覺得，這次到藏地來，不但灌頂的時候降下雨水在外面做了沐浴，而且開法會的時候，通過念誦金剛薩埵心咒，在內心上得到了沐浴。
我們內心通過懺悔之後，儘量直至臨死之前不做大的罪業。有時候我們可能會犯一些罪，但是不像以前一樣。以前無惡不作，尤其殺生最為可怕，很多人肯定殺過很多生，那麼這次應該好好地懺悔，這是個很好的機會。
——選自索達吉堪布仁波切第77次UC開示《懺悔的修法與功德》
念修金剛薩埵的功德，實際上麥彭仁波切也講過，他引用一些教證說，如果念10萬遍的話，即使破了密宗根本戒，也得以遣除。密宗根本戒是所有罪業當中最可怕的一個，破了以後是很難以恢復的。原來法王說，根本續當中說念10萬遍就能清淨，但是現在末法時代，尤其是現在，就是再念4倍，原來是10萬遍，現在我們念誦40萬遍，那麼一定會清淨。麥彭仁波切原來在儀軌裡面說念10萬遍能夠清淨，我以前也遇到過很多藏傳佛教的大德，他們也說根據續部念誦10萬遍能夠清淨。以前我剛開始出家的時候，有一個老喇嘛，一個老出家人，老和尚，當時處理一件事情的時候我記得很清楚的，他說：「相關的續部裡面說，如果念了10萬遍，那麼即使犯了密乘根本戒的話也一定會得以清淨。」那麼更何況是40萬遍。對這件事後來我印象很深。
——選自索達吉堪布仁波切2013.05.18UC開示《金剛薩埵懺悔法》