祖師大德創造了許多懺悔法，比如《梁皇寶懺》，《慈悲三昧水懺》，這兩種懺法專門懺悔惡道眾生的，尤其是幽冥界眾生的。而祖師大德修懺悔過去自己過去宿業的，則以法華懺為主。
法華懺以懺悔六根罪業為主。有兩種方式，一種是專門頌法華經來懺悔，一種是修法華懺來懺悔，法華懺是智者大師創造的。根據《法師功德品》講到的六根清淨的功德來製作的。因為我們六根造業，無量無邊，所以導致六根都有毛病。眼睛近視，耳朵失聰，舌根喜歡污濁的食物，身根貪求樂，鼻根貪求世間惡香，比如抹香水。意根常起貪嗔痴。六根罪業太重，應該要清淨。六根清淨，則身心清淨，智慧開發，病苦消除。所以歷代許多祖師，生病後都專門修法華經來懺悔。
明末四大高僧，憨山大師是開悟的大德，他修行精進，曾經發願刺血寫經，但仍然有宿業。曾經被貶到了雷州。在經過雷州時，遇到了紫柏禪師，紫柏禪師也是明末四大高僧之一。他和憨山大師說，前段時間聽說法師有難，因為宮廷鬥爭，被貶。他就發願要專心念一百部《法華經》來化解宿業。所以他就勸憨山大師修法華經一百部，憨山大師到了雷州，就專門在安靜的地方念法華經一百部來懺悔宿業。
憨山大師當時可以說是犯了官司，他修行很精進，但宿世業障仍然能障礙人。所以歷代祖師都比較注重消業障。最有名的修法華懺四十九天的，就是遵式灌頂大師，他虔誠修滿四十九天，就夢見觀音菩薩從他嘴巴里拉出幾條黑蟲，又倒給他甘露，從此他的聲音變得洪亮，頭上湧起了猶如五嶽，而後開大智慧，辯才無礙。這也是用法華經來懺悔過去的惡業。
人的業障是由六根所造，而六根造下的業，就導致人六根不清淨，就容易蒙蔽了本來的風光。法華經就剛好有這個不可思議的功德。但如果要修法華經懺悔，先修四安樂行。受持好戒律，然後配合法華經懺悔，就比較有效。
業障可以通過身體可以看出來。色身就是報身，凡夫因為業障，感召的報身都是不圓滿的，污濁的。修行就是把污濁的色身修成清淨圓滿的，那從哪裡開始起修。就是從六根清淨開始。六根清淨了，身心就莊嚴，不僅可以得到現世的利益，而且可以開悟。歷代頌法華經開悟的，也不計其數。