許多人把宗教與科學對立，同時又把宗教與迷信混同。對於古老的佛教，一般人更是認為與時髦的科學格格不入，這其實是不了解佛法造成的。
科學是反映自然、社會、思惟等的客觀規律的分科的知識體系。人們對科學奉為至尊至聖,是因為所受教育和廣泛的宣傳，而且科技成果已融入人類生活的各個方面。
那麼，佛法是什麼?
佛法包含極廣，諸法本性、一切世間乃至宇宙之微妙善語、一切智慧型和方法，乃至其他真實與正確之事理等，一切真、善、美、聖，「一切法皆是佛法。」狹義的佛法指佛所說之教法，是讓人們覺悟宇宙、人生之大法，是佛的一切表現形式及其方法，也就是天地宇宙乃至超越可觀測宇宙的、涵蓋一切智慧的方法、技能，其顯現無所不在，涵蓋於一切緣起——色空——滅度及其運化之中。
本來，佛教以佛所說為教，佛弟子所說為宗，宗為教的分派，合稱宗教。而到了現代，所謂宗教是泛指對神道的信仰。
既然，佛法已經成為宗教，在人們心目中，佛教只不過是焚香磕頭，燒紙放鞭炮，保佑發財，保佑平安健康，保佑生個胖娃娃——這當然不是科學，也不是正信的佛法，而是淺層次的民間信仰與風俗習慣粘附在佛教上。
佛法，將整個生命與物質的存在分成勝義與世俗兩個層次。勝義即是最本質、最真實之義，它已超越了世間語言所能描述的範疇，是人們修行、實踐所要達到的終極境界。世俗層次是人們所能感知的表層境界，因果緣起等即是佛陀所揭示的這一層面上的真理。現代科學所致力研究的，正是這世俗範疇中的部分內容。
佛法與科學是兩個不同的體系，各有其獨特的目的和方法，各有其龐大的深奧的內涵。佛法非現今一般人心目中的科學，是具有獨特性質的文化體系、社會教化體系。
佛法很少與科學矛盾之處，「而且有許多地方和科學不謀而合」(王季同《唯識研究序》)。佛經中，有重視工巧技術(科技)及不少與科學發現相符的說法。佛法不反對而且相當重視科學，大乘菩薩自身必須具備五明的學問，其中的工巧明，就是掌握科技手段。
佛法尚智重真、真修實證的精神與科學的基本精神相通;因佛法的理論乃係對宇宙人生理性的、如實的觀察，故科學的許多發現，都可做佛法的註腳，太虛大師在《佛學、科學及其它宗教之異同》中說：「科學愈發達，佛教的真意愈顯。」科學家尤智表以科學知識考察佛教的理論，發現「佛法有一部分的理論是可以用科學來解釋的，而另有一部分已超過了科學的領域。」
尤智表還通過比較，說明佛教和科學一樣，是理智的產物，其重理智、揚棄感情、破除迷信、重實證的精神，與科學一致。參禪修定念佛等修持方法，與科學研究將研究的對象單純化的方法相通。佛教不同於一般的宗教，亦非哲學，有理論，有套用，是一種「可以實驗，可以獲得實際效果的學問」。
當代多門科學的發展，從哲學角度看，表現出某種與佛法遙相接軌的趨勢。
佛法在世俗層次，不僅具科學所覆蓋的三方面內容，而且均有極其突出的貢獻，略舉數例。
佛法對數學的貢獻
數學是研究現實世界的空間形式和數量關係的科學。釋迦牟尼在《華嚴經》卷65第11、12頁講了冪，講了無限次冪;講了大數，並為大數定名。而且說數大無限。
這些，現在中學教材上都有，但是退回去2500年前，這簡直了不得。這是對世界數學發展進步的一大貢獻，在《國際數學通史》這部書上寫得明明白白。
天文學
佛教《俱舍論》描述地輪依水輪、水輪依風輪、風輪依空輪。這表示地球是圓形的，地球四周有水蒸氣，水蒸氣外圍是大氣層，大氣層外圍是太空。
佛陀認為，宇宙本無中心、本無邊際。見《華嚴經》卷8、9、13。佛陀常說「十方虛空無有窮盡，世界國土不可限量。」這個宇宙是無量無邊，不可思議的浩瀚。
1924年，美國天文學家赫伯爾發現，宇宙在不停地擴展散開，世人此時才開始注意到宇宙的遼闊無邊。
1983年，美國哥倫比亞大學天文學家阿倫·古斯，發表「大泡泡學說」，認為我們現在的宇宙是由虛無形成，源於幾百億年前的一次「大爆炸」，這就是迄今為止科學上最先進的宇宙學觀點。符合佛經「無中生有」的說法。
現代天文學證實了佛經所說三千大千世界的結構、成住壞空四劫：太空中確實存在許多像地球一樣的行星，而且每個行星、恆星、星系、星系團都有其誕生、壯大、保持、衰落、滅亡的過程。
佛陀指出：人類住的南瞻部洲，形狀如庵摩羅果，略為扁圓。科學直到最近兩百年，才證明地球是個扁圓球體。佛陀還說天有無數層次，世界之外還有無窮的世界，有無數的各種眾生!(詳見阿含經內的起世經，起世因本經。)科學界現已不敢否定宇宙其他星球中可能有生命存在。
現在藏地通行的日曆，就是按佛經《時輪金剛續》排定，不藉助任何科學儀器，計算日食、月食等天文現象不差一秒，這即是佛法已包含先進的科學因素的一大佐證。
物理學
隨著以相對論、量子力學為代表的現代物理學的進展，科學理論揭示的宇宙圖景已越來越趨近於佛教關於宇宙「實相」的內涵。表達微觀粒子在描述上的不確定性的波函式看不到也測不到，因此可以說其本體是「空」的。這裡的空表示在實質世界及實數世界沒有實質存在的意義。波函式的這一性質說明，佛教所謂「色不異空」、「當體即空」的說法存在著微觀世界裡的量子論基礎。
《楞嚴經》中，佛陀認為沒有獨立的空間與時間，必須時、空交織才能形成世界，這正如相對論所說的時空是打成一片，不容分割的。
《妙法蓮華經》裡佛陀說：你們在這兒聽我說法，覺得經過的時間並不長，但外在的世界已經過了幾千億年了。愛因斯坦「時間相對」的理論，佛在2500年前就說過了哩!
中科院牛實為教授藉助量子理論說明佛教的修煉過程：當人體內的混態轉為純態時，特別是心腦系統內的混態平息，純態開顯時，具有寂照功能的固有真空態就以心腦之光的形式呈現出來，能為修持者所覺受，這便是參禪者所達到的頓悟狀態，其信息可能由腦中的生物量子場所產生的振盪波傳遞。
牛教授引述科學上的引力場理論詮解人的「業力」問題，認為業力的產生，「主要是由於外界物質與意識場的作用，逐漸形成業力場。又由於業力場的次級效應，輾轉相因，導致業力根深蒂固。」
以一句佛號或一句話頭擊破我執，與科學家利用中子擊破原子核極為相似，都是向內用力以解決能量的解放問題。
牛教授認為，科學問題的最終解決需要佛教所特有的思維方式和認知模式的參與，佛教的諸多理論問題也有待通過科學的途徑給予解答，二者可以互取所長，互相彌補。
量子力學專家威勒博士在對微觀世界的實驗觀察中證實，「只有受到觀察，才有存在，若無觀察，就無物存在!」這就是量子力學裡面的「觀察者促變律」。這與佛教「心外無物」的觀點如出一轍!
當代新出現的一些前沿學科，如耗散結構理論、混沌理論、協同學、自組織理論等，它們的共同特徵就是遵循非線性的思維方式，並在一定程度上打破了自然科學和社會科學之間的界限，這與整體論的佛教思維方式十分相似。佛經里許多超乎經驗法則的說法，如「一即一切」、「芥子納須彌」等，可以在「分形理論」中得到說明;佛教的因果觀，可以用當代科學中複雜系統所體現的不確定性的因果論來解釋。
生物學與醫學
佛陀說一碗清水中有八萬四千蟲(即非常多)。現在用顯微鏡才從晶瑩透明的水中看到了千萬計的微生物在遊動。佛陀說人身是個蟲窠，人體內的蟲約八十種。現代醫學證實人體內的寄生蟲，確實有數十種之多。佛陀更進一步指出蟲所在的確定位置!詳見《治禪病秘要》及《正法念處經》。
佛教所說認識發生的過程與生理心理學的說法相契，「淨色根」顯然就是感覺神經。《修行道地經》記載人類胎兒由受精卵到出生前的詳細發展過程，與現今科學發現，頗為吻合。
佛經對於一個人生病的原因也有深刻的見解和精闢的闡述。
廣西第一位中醫學博士劉立紅說：「中醫的原理及其藥方，都可在佛典中找到根據，修學佛法可以更好地進行中醫的研究與實踐。」 由此可見，佛經論典可對醫學的發展提供嶄新的思路，補充許多不足。正因如此，西方在進一步研究佛教中的醫學經典、治療方法、人體結構及對各類病源獨特的描述。
社會科學是研究人與人之間、人群與人群之間各種關係、各種現象的一門科學。它包括政治經濟學、法律學、歷史學、文藝學、美學、語言學、道德倫理學……等。佛法中包含了完備的人與人、人與社會、人與自然如何和諧共生髮展的智慧和方法。無論是在哲學、心理學、社會學、道德倫理學等方面都提供了最為完備的智慧和方法。在這些方面的智慧和方法也遠遠超越了世俗人類的層次。
1998年在北京隆重舉行的「紀念中國佛教二千年」大會上，學術界、宗教界的代表以及政府的有關領導一致認為：二千年來佛教對中華民族的思想、哲學、倫理道德、政治、社會、人民生活、文學藝術、語言乃至民風民俗等許多方面都產生過積極巨大的影響，已成為古老中華文明和傳統文化重要的組成部分，直至今天仍發揮著重要的作用。
偉大的政治家和思想家孫中山先生認為：「佛教是造成民族和維護民族一種最雄大的自然力。」
中國佛教文化研究所所長吳立民教授指出：「佛教在過去是中國文化的重要組成部分，在現在是精神文明建設的一個重要部分，在未來是解決人類精神問題的必由之路。」
思惟科學是研究在表象、概念的基礎上進行分析、綜合、判斷、推理等認識活動的科學，研究人類應當怎樣認識主、客觀世界的科學。它通常包括邏輯學、哲學……等。
孫中山先生說："佛學是哲學之母，可以補充其它科學的不足。"趙朴初先生說："佛教哲學蘊藏著極深的智慧，它對宇宙人生的洞察，對人類理性的反省，對概念的分析有著深刻獨到的見解。"恩格斯在《自然辯證法》中稱譽"佛教徒處在人類辯證思維的較高發展階段上。在世界觀上，佛教否認有至高無上的'神'，認為事物是處在無始無終、無邊無際的因果網路之中"。
佛法中講認識論，講思惟方法，講哲學，講邏輯學的經論非常多，中論、唯識可以說是這方面的專門著作。實際上，在每一部經論中幾乎均可找到非常高級的邏輯學、哲學。緣起性空的觀點充滿辯證法，能完滿解釋世界上一切現象。如以《金剛經》「所謂、即非、是名」觀察任何現象，都可得到最合理透徹的了解。不少的自然科學家、哲學家因學習佛法中的思惟科學而獲得重大成果。
威勒博士創造了專門研究黑洞的「黑洞物理學」，他還在相對論與量子力學的體系之內發展了新的「幾何力學」，他說：「宇宙的一切事態發生，都是循著因果關係而發生的。」在他眼裡，因果律無疑是宇宙間最重要的法則，他說：「倘使沒有因果律，宇宙就只有混亂，完全不是我們所知的物理現實了!」
這與佛教的因果律看法一致。英國的列摩尼爵士說：「凡作一事，造一業，必有後果。既已造成的罪惡，不可能因受到饒恕而消除，如有人損害了別人，別人雖可寬恕，而其罪業仍然存在。並且因此罪業而引起的後果，又綿延無盡。因此既造了業因，必將受到其果報，業力高於一切。」這與佛教的業力因果律完全吻合。佛陀早就在般若二萬頌里告訴我們：「只要因緣聚合，就必定會產生因業力所顯現的輪迴妄相。」
佛教的因明學與世俗的邏輯學類同，而更深刻細緻，沒有破綻。
佛教與當代心理學的對話是現代學術中最為活躍的領域之一。佛教實踐過程中所涉及的意識狀態轉換、生死體驗、宇宙覺知、人類協同等重要精神現象受到了現代心理學的關注。
現代心理學的潛意識理論和佛教唯識學的心識理論不但在觀念和結構上存在很多的相關性，而且在心靈的認識深度上也有可類比之處。精神分析學中所講的「本我」、「自我」、「超我」概念都可以在佛學中找到相應的解答，精神分析的治療機制和治療原則在佛教的各宗派理論中也有類似的套用。
現代許多學者尤其在精神分析領域的學者已證明、接受了佛法的「輪迴」、「業力緣起」等真理，知識界中學習佛典、信奉佛法的人越來越多。現代西方著名心理學家榮格一生致力於研究《西藏度亡經》，他認為書中所揭示的生死因果確實存在。他寫道：「這部著作一直是我的忠實友伴，我不僅要把許多令人興奮的觀點和發現歸功於它，而且還要把許多根本的洞見歸功於它。」
「初知科學遠離宗教，深知科學歸依宗教。」這是一個非常深刻的哲理。初知科學的人會很自大、很自以為是，以為天下事很快就可以為自己所全知，並以為科學是萬能的，可以解決一切問題。在淺層次上變得很唯物，其實是非常執著於物質世界的表相，而喪失了人性中極其寶貴的空靈、妙覺自性。認為宗教只是宣揚迷信的虛幻的東西，而根本不能領悟和感受宗教的精髓所在。他們根本不懂得偉大的宗教思想學說中，不但包含了至高妙的能在精神上超然於不可企及的無限，和超脫、化解煩惱苦難的智慧和方法，更包含了宇宙的終極智慧和方法，包含了人類如何超越自身局限，充分開發自身潛能、完善自我、提升自我進入至高妙境地的，切實可行、可操作的大智慧和至妙法門。
而深知科學以後，才會深深地知道自身的渺小和有限，未知世界的博大無垠，產生深深的敬畏感和讚嘆之心，不再自大和狂妄，進而想要追尋如何才能超越自身局限，充分開發自身潛能、完善自我、提升自我進入至高妙境地的智慧和方法。而偉大的宗教正可以提供這樣的智慧和方法，因而宗教是其自然的歸途。
愛因斯坦說：「科學只能說明『是什麼』，而不能說明『應當是什麼』。」(《愛因斯坦文集》卷三182頁)科學永遠不能回答人應當怎樣生活，也無法回答人生的意義和目的何在這類重大問題。此外，人類對美的感受、對快樂與幸福的感受、心靈對自在的嚮往及追求、對一些重大的道德倫理價值的判斷以及情感等方面的問題，科學都是無能為力的。在科學上找不到途徑或方法去成就內心世界的轉變，去 「建造」德行兼優的人民。英國著名的物理化學家法拉第曾經說過：科學不能完全解決一切事物的本相。
如果說科學著重的是事實，它針對的方向主要朝著現象界的話，佛學則無疑可為它提供靈魂。因佛學以其大智照破了現象的虛幻不實，又以其大悲引領世人走出實執的輪迴。科學可使我們擺脫貧窮的困擾，佛教則使我們不被物慾所累，並成為精神上的自由人。
科學只是把事物分門別類地加以研究，並不是高屋建瓴和以全局的觀點來看問題，更不把人心的因素考慮進去。科學研究的初衷本是為了人類幸福和社會進步，但現在的結果是：各國儲存的核武器隨時威脅著地球上的所有生命;農藥的使用最終還是危害到人們自身的健康;對森林等自然資源的破壞以及對野生動物的捕殺導致生態環境的失衡，危及到人類總的生存和發展命運;國家、地區、民族彼此之間的仇恨與衝突愈演愈烈。
原因何在?就是因為科學沒有一個更上層更高尚的精神指導，人類社會的幸福發展有賴於人心的改善和精神靈魂上的升華。低層次上的物質再怎樣發展進步，也不會使人類精神生活變得充實豐富，一味追逐物慾，只能導致人心的貧乏無聊與極端的殘忍凶劣，現代社會的許多問題就出在這裡。所以今日的科學世界急需更廣大上層的理智和更高尚慈悲精神的指導。西方人正轉向佛教，因為它超越西方物質主義和西方科學傳統局限性。
英國的鮑羅登博士說：「佛教為今日人類之救星!現今研究佛教學者漸多，只因佛教高出一切宗教。雖科學、哲學有長足進步，然其發明之最如理處也要和佛法相通，況佛法有其最深奧、廣大處，最真實適用處，決非現世一切學術宗教所可企及。」而那些科學無法涉及的方面有：紛繁複雜的因果關係，甚深的空性，遠離言思的勝觀，以及牽涉到心性奧秘的五道十地等等。
較早介紹宣傳馬克思哲學的著名學者李石岑教授說：「我以為佛學的提倡，不特於對科學毫無牴觸之處，而且能使科學的方法上加一層深密，科學的分類上加一層正確，科學的效用上加一層保證。」
現代科學之父愛因斯坦則說：「未來的宗教將是宇宙的宗教。它應當超越個人化的神，避免教條和神學，涵蓋自然和精神兩方面。它的根基，應建立在某種宗教意識之上，這種宗教意識的來源，是在把所有自然的和精神的事物作為一個有意義的整體來經歷時得到的體驗。佛教正是以上所描述的那種宗教。」「任何宗教如果有可以和現代科學共依共存的，那就是佛教。」 「佛教是一切科學的源動力。」
沈家禎博士說：「我本人是科學家，對科學很感興趣，我對佛法同樣感興趣，我個人認為佛法與科學是一而二、二而一的。」
阿諾德爵士則說：「我說過，我還要說，我還要一遍又一遍地說，佛教與現代科學之間存在著一條緊密的智力紐帶。」
科學與佛學，乃人類認識世界、改造世界的雙軌，缺一不可。越精通佛法，便越會帶來科學研究的突破性進展。這一點誠如著名學者法蘭西斯. 斯多利在其《佛教作為世界宗教》中所言：「今天的佛法同當初的佛法一樣，不受時間變化和文化發展的任何影響。無論將來人類的科學知識發展到什麼程度，在佛法的大框架裡面永遠都會有知識積累和新發現的餘地。因為它的智慧不依賴於原始大腦的局限性認知結構，而且它的優勢在於不被思想所推翻。」