前面剛講完，禪修入定有「五蓋」煩惱的障礙，另外還有身體的某些障礙。這裡簡單地講一下，身體的障礙大致可分三種。
一、氣脈阻塞的障礙如果人的氣脈阻塞了，就很容易引起身體上的一些疼痛，身體的障礙與病痛有兩種，一個在胸前，一個在後背。當我們靜坐入定的時候，身體裡會有氣和血在自動運轉。因為當靜坐入定時，我們的精神就會專注在所緣境上，自然就會全身放鬆。身體一放鬆，自身的氣就運轉起來了，同時血也能流轉起來。當你的心專注在一個所緣境上，你對身體不去理睬，你的身體自然就會放鬆，身上的氣也就會運行起來。當身體的氣運行到一些有氣脈阻塞的部位時，就會感到疼痛，如果氣運到背後就會背痛，氣運到胸部就會胸部痛，那時候，根本無法修好禪定，因為心會跟隨病痛跑而無法入定。受風寒的氣脈阻塞一般都在後背，呼吸或心理的問題會造成前胸的氣脈阻塞，心裡憂鬱、勞心、嗔心等就會感覺胸口悶。還有些胃寒的人，靜坐到一定時候就會打嗝、發抖或發熱發涼。如果受寒的氣脈阻塞都在胸部時，就會有背痛、頭暈、心慌、怨恨等情形出現。
當你靜坐禪定時，如果你的身體感覺到有點疼痛，但又不是酸痛的話，就表示你靜坐得很好。這一點你也許會不理解，其實在你還沒有靜坐禪修之前，你的身上就已經有了病痛，只是於忙碌之中並沒有發現自己的身體有病而已。一旦靜坐下來，當氣阻塞在病灶時就會開始疼痛，氣沖病灶時你才發現了自己的疼痛。你一旦發現自己身體有病痛，就必須去及時診治，如果不去治療，氣就會繼續干擾你的靜坐禪修。如果你不去治療而是每天仍然堅持靜坐禪修，經過很長時間的靜修，也會慢慢地自動打通氣脈，可是這樣需要用很長時間的靜修才行。如果以前你在靜坐時受到過驚嚇，以後每當靜坐禪修時就會感覺到胸前痛，為了不讓病痛繼續干擾你的靜坐禪修，就要立即找醫生治療。如果你在靜坐禪修時受到意外驚嚇的話，千萬不要馬上睜開眼睛或起身。應該把身心慢慢定下來，清醒鎮靜下來，首先喝點水，或者吞口水，或者找人來將自己扶起，再慢慢恢復調理。總之，發現了病痛，就要及時診治，不要拖拖拉拉，猶猶豫豫，懷疑出現病痛是因為自己的業障很重，或者上師教錯了，或者教法有問題了，或者是自己修錯了，或者是自己本身原來就有病痛，等等。
我們後背還有幾個穴位，就是玉枕、大椎、肺腧、命門、會陰等。當靜坐禪修有氣通過這幾個穴位時，如果遇到阻塞就會出現一種冷或熱的現象。如果氣阻塞在肚臍背後的命門時，也會感覺很冷，兩腿也會感到又冷又痲。如果氣阻塞在胸口背後的肺腧穴，當受到風寒時也會感到疼痛。患感冒的時候，大椎穴就會被阻塞而感覺發冷疼痛，因此，當你靜坐禪修的時候，就會覺得雖然後背是很熱的，但脖子以上卻是涼的，這是由於氣通不上去的緣故。這些不是沒有道理，而是很有道理的，因為，人冷熱都要依靠氣和血的能量。如果腦後的玉枕穴阻塞了，就會出現整個頸項發燒頭重的現象。這也是由於氣不通、阻塞的緣故。出現這種現象時，你一定要去處理它，不能鑽牛角尖，如果處理不了，只要能堅持長久地靜坐禪修，雖然會被干擾一段時間，但最終它還是會通的，這也說明你靜坐有了進步。持續靜坐自然就出現疼痛是正常的現象，也是好事，但不明白真相的人就會因痛而打退堂鼓，令人惋惜!
二、頭上留氣的障礙頭頂上留氣的時間太久了，自然會頭痛與頭暈。大多數人靜坐禪修沒有幾天之後就會感覺到頭頂和眉心這一帶脹痛，這是由於靜坐禪定時緊張、時間過久、過於執著、太過專注、氣仍然留在頭頂而造成的。為什麼這樣說呢?因為，靜坐禪修的時候，我們體內的氣一定會上升到頭頂，但是很多人並沒有覺察還有氣留在頭頂上就休息了，或者在緊張的狀態下將靜坐禪修停下來，有時專注過度時，頭頂也會留下氣，或者每一次都不知不覺地留一點氣在頭頂，這樣用功靜坐禪修幾天之後，頭頂就會疼痛。情況嚴重時，還會出現虛火上升，嘴唇乾裂，或口舌生瘡，或者失眠等症狀。這是由於氣留在頭頂上所造成的「虛火病氣」所致。好多靜坐禪修者都遇到過這方面的問題，被自己留在頭頂上的氣干擾成病，修成了「虛火外道」，因此很多人罵氣功是「外道」。
我們應該在每次靜坐禪修之後，將頭頂上留下的氣處理好，處理氣的方法有很多種，最好的方法就是：靜坐禪修完之後，首先搓熱自己的雙手，然後用手指「乾梳頭」(十指分開，從上到下，由前到後用指肚梳頭)，以掌洗臉，以手指搓按脖子的脈絡，之後再按摩身體各部位。按摩時千萬不要立刻睜開眼睛，要等按摩完了之後再慢慢睜開眼睛。按摩的目的就是為了將積在頭上或身上的氣散掉。有很多修行者甚至禪師，靜坐禪修完後立刻就睡覺，這樣也很容易頭疼與頭暈，而且對身體有害。如果你能處理頭頂留下的氣，你就不會再被干擾。如果你不會處理頭頂留下的氣，靜坐禪修到最終，你也許就會因氣造成的不適而退轉。
三、粗細氣混亂的障礙現在很多禪師與密宗大師們靜坐禪修的時候，不管粗氣和細氣都往頭頂運轉，不分清淨的氣還是染垢的氣，都往頭頂上運轉，而且還將氣留在頭頂，導致頭頂發漲，成為打通中脈的障礙，他們還認為是自己的修煉很高，實際上，是他們沒有分清楚清淨的氣和染垢的氣，將所有的粗氣和細氣都往自己頭頂運轉，這樣容易傷脈傷身及傷大腦，而且氣留的時間太久了，自然就會頭痛，久而久之身體也自然很虛弱。
人的悟性和性格有所不同，有些人悟性高，很敏感，有些人悟性低，不敏感。敏感的人靜坐到了一定時候，他們都會發現有氣在運轉，大多數人都體驗過頭頂會發漲，很多人不明白這是為什麼，因此，很執著，很希求打開中脈而一直堅持修下去，這樣就很容易有身體虛弱等問題的出現。實際上，我們用舍心、愛心、清淨心等去修心養性就會產生清淨的氣;貪心、嗔心、淫慾就會產生污濁的氣。清淨的氣是向頭頂上升的，如果是很清淨的氣就會越升越高，這時污濁的氣就越降越低，使我們的身心感覺無比安樂與舒暢。如果一個人貪嗔痴很重，邪氣與污濁的氣也運轉到頭頂，那時候，清淨的氣就會下降到小腹下，因此，身心不安，頭腦發漲，頭頂發熱，心緒不寧，這樣很容易上火，也會傷害肝和胃。氣運轉最高會到頭頂穴門，最低會到小腹下的會陰穴。按靜坐禪修來講，當你心念清淨到接近初禪的時候，你身上清淨的氣就會上升到眉毛甚至一直到頭頂。
我們每次靜坐完之後，一定要將清淨的氣也好，污濁的氣也好，統統都降下來，不能留在頭頂。有些敏感的人他們會知道自己頭頂的氣降下來了，可是有些人不敏感，他們就不知道頭頂的氣有沒有降下來。因此，在靜坐之後，要好好地按摩，以免氣留在頭頂上。如果你用按摩也處理不了時就要用「觀想」來處理，在心裡觀想氣從頭頂上慢慢地一點一點降下來。還有一個方法就是，用自己的手掌心面對自己的頭，慢慢地從頭頂往下拉，一直拉到胸前中間，再拉到肚臍，這樣反覆做這個動作。如果還是不行的話，就用另外一個方法，用自己的手拍打自己的頭頂到胸部，就這樣處理留在頭上的氣，手掌要用空心，而不是掌心來拍打，這樣對靜坐禪修有幫助，進禪入定也是不難的。還有一些修行者，雖然靜坐的時間很久，心裡也沒有什麼雜念妄念了，可還是不能入定，身心也沒有體驗到樂受。為何如此呢?原因有兩種，其一，是身體有病，被病痛干擾而無法心力集中，所以就很難入定，因為進入禪定需要心力的高度集中，反之，就入不了定。因此，身體有病或體虛的人，有條件的話可以在靜坐之前吃一些能補氣的補品;其二，是頭頂的氣沒有降下來，頭腦不清醒，所需要的能量不足而導致心力無法集中，這些都是禪修入定的障礙。