人類也好，其他六道眾生也好，只要還在輪迴中，從無始以來到現在，就都沒有看透過自己。
在六道眾生中，比較聰明，情緒比較多，思想也比較複雜的，是人類。人的眼、耳、鼻、舌、身一直在看、聽、聞、嘗、觸外面的世界，卻從來沒有去感受自己的思想。而正是思想，從生至死一直在折磨你，讓你每天為它奮鬥，一會它想要吃這個，一會兒它想要喝那個，為了它的貪婪，你要不停奮鬥，如此度過一生。為了讓自己的感官能覺得舒服與美好，人們去貪車子、房子、衣服、包包等等，其實是「貪」別人對他說一個「好」，耳朵聽到了，思想就產生了欲望及情緒。
思想，是個很複雜的概念。為什麼佛陀宣講了八萬四千法門?因為人的思想有八萬四千不同的雜念。情緒的發展也是如此，要把所有的念頭摸清底細，實在不是一件容易的事。佛教概括出比較大的念頭，就是貪、嗔、痴、慢、疑等，而最為核心的是三毒：「貪、嗔、痴」，人們為貪嗔痴等有毒的意識服務著，一輩子都是精疲力盡。
往往到死之前，人都沒能看過自己的思想、靈魂，卻被各種粗糙的念頭，一直折磨著自己。有人曾質疑佛菩薩是否存在，原因就是沒有見過、摸過佛菩薩。可就像我們的思想，其實並不存在於你能掌控的範圍內，就算你知道這個大腦是「我」的，你也無法控制住自己的思想。這個思想，實際上每秒鐘它是跳躍的，也是隨時改變，隨時否定的，只有透過佛陀的教育，學習往內觀察自己，才有可能「與心對話」，遇見真實的「我」。
長久以來，人們已經習慣向外觀察，可環境、工作、朋友、家人等等給「我」帶來了什麼?以至於延伸出很多想法：這些是美還是醜，是好還是壞，是我想要的還是不想要的等等。而跟隨佛陀的腳步，你要學會把這些慢慢「砍」掉，往內去看自己的思想。當你向內觀察就會發現，眼睛看到的，不真實;耳朵聽到的，也不真實;鼻子、舌頭、身體感受到的，也越來越不真實，你的思想就會開始把雜念一一斷掉。當雜念斷掉以後，你會發現原來有個活躍的思想在那兒，分別、主導著一切，我們稱為主意識。
當你往內觀察、分析的時候會發現：你閉上眼睛，它就看不到任何事物;你關上耳朵，也聽不見任何對錯是非之音。這時的意識，看似安靜了，其實依然很活躍，一會跑到美國，一會跑到加拿大，可以在世界各地到處跑。你再慢慢觀察它，真是一浪接著一浪，原來「我」是這麼複雜。讓它沉澱，你會發現，意識如此活躍，是因為你有起心動念，就像六祖惠能曾說過，「非風動，非幡動，乃仁者心動。」是念頭在動。當你把念頭往下再沉澱，就動不起來了。
動不起來，這個沉澱下去的意識之下，你會發現，像海水的浪起不來，下面的水如同停頓在那兒。海水裡面有什麼呢?有很多海洋生物，各式各樣的，就如同你的阿賴耶。就像大家現在使用的電腦晶片一樣，它儲存了你無始以來，眼耳鼻舌身意捕捉到的一切，並把它們囤積在裡面。
有很多人搞不清楚，為什麼佛教徒一天到晚都說，「我要消業」，到底有多少業力要去消?那要看你的阿賴耶裡面存了多少東西。就好像如果你的電腦才買了一兩天，那還好辦;如果你買了幾十年，你自己就不知道裡面存了多少內容。如果你不把它們洗乾淨，隨時從裡面會釋放出東西。你的眼睛突然看到某件事，或耳朵聽到某件事，情緒就會開始波動。比如，一個人以前跟你有仇，但這個人離開你已經很久了，你也幾乎忘了他。突然有一天，有個人告訴你，某某人現在去到哪裡了，你的阿賴耶里囤積的仇恨，就像一敲電腦鍵盤，它飛快地搜尋、查找，極其迅速地調出以前的種種，你的嗔恨心馬上就會點燃起來，後面跟著的業力，就開始產生力量。
人的阿賴耶識，可以說是輪迴中的大晶片，如果囤積的是好東西，那也許會「升值」，讓你可以享受著善果福報;但如果囤積的是一大堆負面的垃圾呢?那這個阿賴耶識，就會非常髒亂臭，隨時都可能給你帶來痲煩。
在我們的思想層面，我們稱為靈魂也好，上面這個阿賴耶儲藏室，還不是佛性。等阿賴耶裡面不好惡業全部清乾淨，覺醒的本性才是真正的佛性。這一切我們可以稱為「靈魂」。佛教用「識」比較多，意識。靈魂與意識，兩個概念差不多，不用靈魂的原因，主要是道教提出的三魂七魄，是可以分散的，但佛教的中心思想只有一個，儘管通過眼耳鼻舌身意分別可以去存儲很多東西進入阿賴耶，但是靈魂只有一個，一個生命一個靈魂一個主意識，但「識」是可以發展出來的。
佛陀告訴了我們，如何把阿賴耶儲存的不好業力給洗乾淨的方法，因為佛陀已經洗乾淨了，所以他叫覺悟者。好的儲存起來，等待開花結果，不好的洗乾淨，使之清淨無染。佛陀剛開始也跟我們一樣是凡夫俗子，後來他將自己靈魂的潛能百分百開發了出來，完成了從凡夫俗子到佛陀的偉大升級。