第一章靈魂問題初探
古代人認為，正是靈魂在感覺、思考、記憶、想像和體驗。大宗教家、大哲學家等無不堅信靈魂的存在和不滅，例如猶太族的摩西、耶穌，阿拉伯的穆罕默德，印度的釋迦牟尼，以及我國的老子和孔子等。對心理現象最初的系統闡述是由古希臘學者亞里斯多德的《靈魂論》開始的。柏拉圖是西方哲學史上公認的奠基人，他在公元前四世紀就表達了人的軀體要死，而靈魂不死的論點。他認為物質是形而下的，而靈魂則是形而上的，兩者只在個體生命期間暫時結合在一起。畢達哥拉斯說：「不潔的靈魂，因為靈氣重濁，而墮地獄。」義大利詩人但丁在其著作《神曲》中，也有關於地獄的描述。叔本華也說：「死為物質生命的最後，而不是自己存在的最後」。
現代思維科學的興起，為揭開大腦和靈魂之謎，提供了新的動力和機遇。科學的靈魂學已經成了腦科學、人工智慧、心理學、哲學、靈學等學科綜合研究的對象，徹底揭開靈魂的奧秘已勢在必然。現代科學研究表明，人的大腦像一個「小宇宙」，一個多層次、多功能、多結構的複雜的開放系統。它有著150多億個形狀不同的神經細胞，1平方毫米就有10萬個神經細胞，彼此配合默契、相互獨立、各司其職，又互相溝通、互動作用，共同協調配合，控制整個人的肌體。
在大腦皮質中所進行的神經交流過程是一種生物化學過程，活著的大腦不斷地發生著特殊的生物電流，這些電流非常弱(幾十萬分之一伏特)。現代發明的一些很靈敏的儀器，能夠收到這些電流，並把它們擴大幾萬倍和幾十萬倍。為此，把電極固定在人腦上，就能接收到生物電流。然而，根據腦電圖只能判斷關於大腦不同位置活動的不同程度，以及關於人的某些心理狀態，卻無法根據它來判斷人的思想和大腦工作的具體內容，這就說明了靈魂的活動是無法觀察的。
唯物主義認為，意識是大腦對客觀世界能動的反映。它僅僅揭示了認識內容的客觀性，而忽視了認識的主體性、中介性、目的性和創造性。因此大大落後於時代發展的潮流，必然被新的認識論所代替。
唯心主義則認為，精神的本原(神、精神、思想)是永恆的，不依賴於物質而存在的，而我們的自然界是「神與精神的派生物和創造物」。
宇宙是無限發展的信息空間，作為生存在這個信息空間中的智慧生命，其潛意識功能與顯意識功能的相互交叉、相互制約、相互補充來接收、加工、處理信息以保障人的正常生存，生活。浩如煙海的信息大都經過了潛意識的篩選之後，才使少數信息進入我們的顯意識區域，從而指導我們的行動。由此可見，單純的「反映論」是無法揭示大腦真正奧秘的。
現在，走在世界科技前沿的尖端科學家們也正在用他們的科學實驗探索靈魂的奧秘。國際上越來越多的物理學家相信思維或意識也是一種能量形態，能夠產生不同種類的時空，思想位於不同於肉體的另一時空。按照能量轉換定律，思維能量是不可毀滅的，它只能通過改變形態而轉換。近年來越來越多的研究證明細胞間存在能量轉換，甚至存在於相隔一定距離的細胞之間。
生物科學家們認為脫氧核糖核酸分子的遺傳密碼中包含信息。人的大腦相當於計算機解碼器，它解譯由意識傳送的訊息或信息，使之能夠被肉體所領會。如果肉體不活動，獨立於肉體存在的意識完全能夠繼續起作用。而客觀世界通過感知反映到人的意識中是經過大量篩選的。我們意識中的客觀世界並非其全部的真實性，大腦的大部分活動並沒有到達意識之中。因此在一定的條件下，當我們的意識狀態發生改變時，我們會獲知另一些真實，而我們把它當成了所謂的神秘現象，如死後的生命是否繼續存在，即靈魂問題。
一、對靈魂的認識
靈魂，《現代漢語詞典》釋為：「迷信的人認為附在人的軀體上作為主宰的一種非物質的東西，靈魂離開軀體後人即死亡。」靈魂，是佛教以外的許多宗教的說法，一般世俗的說法，認為人有一個永遠存在、不變的精神實體，每一個人跨過肉體的死亡之後，仍然有自我意識，有思想，有一個清清楚楚的精神生命，這個生命就稱之為靈魂。
人類的靈魂含精神、情感、意識、自我感，具有自我認知、邏輯思維和情感能力，包括佛教說的「神識」、道教說的「魂魄」、基督教說的「聖靈」、伊斯蘭教說的「神靈」和民間說的「靈魂」。靈魂具有兩種存在狀態：在個體肉身之中，和脫離個體肉身存在。
如果要問靈魂是什麼?那麼就要問：人是什麼?勒奈•笛卡爾認為人是靈與肉組成，心靈(靈魂)脫離於肉體而單獨存在。現代的腦神經科學及心理科學認為人是高等動物，「心靈(精神現象)」產生於腦神經細胞的電流發放模式中。
佛學認為，人是由三度空間的物質人殼與四度空間的無形靈體合成，人死後，精神這種特殊的能量不會消滅，而是依其生前行為等的因，下一世的緣，續生必然的果，必有新的身心生滅相續。
林清泉在其名著《東方靈魂學》中提出，靈魂是一個由各式信息波組成的集合整體，可稱「靈魂虛體」。
主流社會認為「人死如燈滅」，沒有靈魂，但隨著科學的進步與發展，對人體的死亡有了新的看法。俄羅斯著名科學家、世界著名的人腦研究所的維得羅夫斯基教授對記者說：「俄羅斯的科學家經長期觀測發現，人體死亡以後，從屍體中發放出一種肉眼看不到的物質。這種物質到底是什麼?人們尚不知道。如果這種物質有靈性的話，可能就是『靈魂』。科學家們尚未得到證實之前，只能是假設，而不能肯定。我們正在追蹤，探索此物質到底是什麼。」
靈魂是生活在更高維空間的沒有肉體物質的生命嗎?
靈魂，是民間的說法，是許多宗教的說法。佛教則認為人的生命由身、心和合，而人心，機理極其複雜精妙、功用極其繁多神奇。如果將人心比喻為一座冰山，前六識(眼識、耳識、鼻識、舌識、身識、意識)只是這座冰山露出海面的一小部分，而第七、第八識(靈魂)就像這座冰山深藏海中的部分，現代心理學將之稱為潛意識、無意識。第八識又稱之為神識、阿賴耶識，太虛大師說它是「無始無終、流行變化、潛現相續之生命流。」(《真現實論》)
阿賴耶識隨時在輸入、儲藏、處理、輸出一切信息，是恆常活動不息、內涵不斷變化如瀑布的生命之流。它隱藏於內心深處，微細難知，如同虛空，既非是有，無形無相;也非是無，其作用明顯：在熟睡、昏迷、被痲醉、處胎等情況下，如果沒有阿賴耶識，是誰在起著維持生理活動的作用?為什麼遺忘幾十年的印象又能突然浮現在腦海?它們儲藏在哪裡?阿賴耶識是一種功能性存在，不是實體，用現代物理學的觀念說，它可能是場態，一種特殊的能量場，一種信息波集合體。它服從能量不滅定律，它只能轉換成為另一形式，而不可能隨便創生或消滅。
阿賴耶識的運作不僅貫徹人的一生，還貫徹過去、現在、未來三世。它是無情的、公正的心靈電腦，每個人的性格、愛好、天賦、吉凶、運氣、免疫力、壽夭等，都儲存在這裡，這就是所謂的靈魂密碼、基因密碼。思維只不過是靈魂密碼支配下的程式運算。
腦科學、神經科學的實驗證明，移動一根手指之類的活動，在意識到需要移動它的半秒鐘之前就開始了，說明「無意識」在意識之前進行籌劃。大腦處理信息的大部分過程是由無意識自動進行的，人的判斷受到已經存在於無意識中的潛在信息的影響。
所以就理上說，神識與靈魂，有本質上的不同，它不是固定不變的精神實體;如從事上說，則都顯示「死後生命不滅」之理，故隨俗使用「靈魂」一詞。生命畢竟不同於單純的物質，生命的表現就是精神——靈魂指導下的肉體活動。離開靈魂的內涵，軀體只是一團肉、一具屍。靈魂回到你身里，你才成為能思、能說、能動的活人。
古人把人的靈魂又稱做「神」，即生時為「魂」，死後為「鬼」，升天為「神」。一般來說，人死後離體的靈魂被稱為「鬼」;動物的靈魂被稱為「妖」;植物的靈魂被稱為「怪」;當眾生修煉到比較高的層次，有了很大的能量，而又未開悟，嗔恨嫉妒心強，此時則稱為「魔」。這就是我們平時所謂的妖、魔、鬼、怪。