佛陀成道之神聖菩提樹歷經佛教史上多次的大風大浪：
釋迦牟尼佛在菩提樹下悟道降魔，而守護聖菩提樹的菩提樹神，可說是世尊成道時最早的見證者及護持者之一，關於此菩提樹神的相關記載，在《金光明經》及『阿育王傳』等等經論，多所提及。釋迦牟尼佛在許多生前，在寶勝如來的時代行菩薩道時，菩提樹神就已在幫助他了。
根據玄奘大師的記載：最原始的菩提樹，枝葉青翠、冬夏都不淍落，受到信眾們的崇仰敬拜，但由於阿育王剛繼位時崇信外道，於是親率軍隊前來砍伐，將樹的根、枝、葉砍得粉碎，再命令事火婆羅門放火焚燒以祭天神。不料在一片灰燼中忽然又長出了兩棵樹，於熊熊烈火中蒼翠生長。阿育王目睹這一切，心生悔恨，於是用香乳灌溉餘下的殘根，到天將破曉時，菩提樹已長回了原來的樣子，阿育王欣喜異常，親自在此供養此樹，樂而忘返。
然而，由於阿育王妃虔信外道，秘密派人在夜裡又將樹砍掉，等到第二天阿育王前來禮敬時，只見殘敗的樹椿，悲痛之餘他再次虔誠祈禱，並用香乳灌溉殘根，結果不到一天的時間菩提樹又重生了。
數百年後孟加拉國王設賞迦(Sasanga)信奉外道，再度毀寺焚樹，手段殘酷較前人更烈，幸而數月之後在原樹根上又抽出了新芽。之後這株命運多桀的菩提樹維持了一段很長的時間沒有再遭人破壞。
直到1870年左右，亞歷山大·康寧漢重修寺院時，老樹又被大風颳倒!幸而公元前三世紀左右，阿育王的公主(比丘尼僧伽蜜多)曾帶著聖菩提樹的枝條至斯里蘭卡插枝，因此，又從斯里蘭卡採取樹枝條再度插枝於佛陀成道處，重生聖菩提樹。如今，當時的小枝苗再度長成了高約20餘公尺的巍峨大樹，它濃密的枝芽覆蓋著一片廣場。