我們的煩惱之所以滋生不斷，大都是因為太懼怕煩惱，又像強迫症般的想與煩惱劃清界限。這種對於煩惱的患得患失，又想通過蠻力制止打壓的方式，來杜絕煩惱再生的隱患，可能不是明智之舉，或許能緩一時之急，但終究不是長久之計。
如果說，起初我們給予煩惱的講解認知和制定「消除」煩惱的方法，是類似於告訴大家「煩惱不是快樂，快樂不是煩惱。」這個層面的引導，目的是為了降低和淡化大家對於煩惱未曾認知前的恐懼心理，在之後的進程中，我們通過佛法知識的系統聽聞及務實的修行實踐引導，會循序漸進的讓大家從開始對煩惱的恐懼到淡化恐懼、進而認識煩惱產生的緣由，到掌握可以對治煩惱的方法，再進一步，會剖析煩惱的產生根源及尋覓其來去軌跡，以此來警醒我們在此刻的探尋，指出煩惱的出處並非在心外，其作用力僅在心內，起點便是終點……這樣層層指引，層層剖析，層層去自覺發心的修行實踐，其實最後，會發現煩惱與我們，基本屬於「剝洋蔥」的遊戲。
回歸到現實中，我們每個人所能感受到種種現象，是各自的煩惱業障顯現而成，都是不清淨的現象。這裡所指的不清淨，是指我們因為這種煩惱業障的習氣制約，從而使得我們的每個起心動念都可能成為產生煩惱的因。有人會疑問說，不是善念的善報，就會有快樂嗎?那麼怎麼拿「不清淨」的說法來一概而論呢?這裡需要強調一點的是，在未斷產生煩惱習氣的一切執念前，無論我們的善念還是惡念，都還是會在五毒「貪、嗔、痴、慢、疑」的交織作用下運轉。所以，我們很難維持真正不產生煩惱心的狀態，基本都是時快樂時煩惱。這就是不究竟的起心動念，不純粹。修行的整個過程，乃至成佛悟道的層級，基本就是看我們的煩惱被斬斷了多少，而且能不起煩惱心的清明狀態持續多久。最後的成佛，另一層含義就是完全的清淨，完全的不產生煩惱，徹徹底底的斷除煩惱心的意思。
對於現階段的我們，在與煩惱「鬥智鬥勇」的過程中，在教理與方法的實踐中，小乘、大乘顯宗和密乘，基本屬於階梯型的遞進。
小乘指導我們的方法，認為煩惱是實有，因此修持的重點是遠離、斷絕煩惱，不可有絲毫的附著。這個層面就是先要讓我們不懼怕煩惱，進而用合理的方式方法避開煩惱，起到「井水不犯河水」的作用。這種方法的認知和運用，在開始的層面及修行時，是有必要的，最起碼能引導我們對於「煩惱」的合理處置，解我們的一時之需。
大乘顯宗認為，煩惱並非實有，但必須藉由菩提心、空性等方法，加以轉為道用。此方法的教導中，強調空性的重要性，也是「色即是空，空即是色」的指導。實踐中，觀空性較為提倡。讓我們認知，一切起心動念的產生及發展並非是實有與堅實存在。煩惱同樣是空無實體，如夢幻泡影一般。此方法在於，轉化我們對於煩惱的認知。在這個過程中不強調躲避煩惱，而是更一步指導我們，學會淨化煩惱。
金剛乘密法中，認為煩惱不是實有，也並非不清淨，其本質即是清淨的智慧。這就開始提高我們的認知了，「煩惱即菩提」我們常聽，但對於其真正含義，還是模稜兩可。這裡在教導我們，不要排斥煩惱，重點在於認識它的本質。這裡的不排斥，並不是說任其煩惱自由發揮，而是從根本上認識煩惱的本質，帶著智慧利用煩惱的習氣和力量，煩惱就會變成修心上助力，也就是認識五毒里的本質，並轉為五智的種種善巧方便。這裡就到了認知「煩惱為煩惱」不去躲避，不去周旋、不去壓制、不去妥協……等等善巧，而是直接看破，煩惱心與智慧心本是「同根生」的實質。
密法中對於很多問題的修行指導，不在於強調轉化，而在於當下的識破其事物的一體兩面性。這種識破，會是一種讓我們掌握「超越」固執己見的本領。也是一種如實知，如實見，如實信解，不造作自心的培養。不告訴我們問題玄而又玄的層面，而是直接告訴我們問題的實質。就像對於「煩惱」不是周旋一圈去指引我們從外圍如何攻破，而是強調從核心瓦解。培養我們「轉識成智」的本領。
其實對於煩惱的認知及接受的方法，還是要因人而異的，循序漸進是有必要的。需要說明的一點是，修行到最後並不是一件神叨叨而且玄而又玄的經歷，越是修行的層次越高，就越會落於實處。就像很多的高僧大德，煩惱對於他們就是煩惱，但是他們此時的心境已經基本脫離凡夫心的顛倒妄想和造作。如實知，如實看，但心卻如「晴空萬里」一般，並無實質的所住、所貪著，而且對一切外境，會如實的反映，但卻是「應無所住而生其心」。就像我們會疑惑，為什麼這位師父會有修行，也會看見他的喜怒哀樂一樣。這裡要強調的是，修行的好壞，不是說就像木頭一樣毫無聲色，真正的修行人，早已在心上下到確實的功夫，並與煩惱「化干戈為玉帛」的相處，進而方便運用且已明了，煩惱心與智慧心，同一無異的本質。他們是如實知，如實見，如實反映，但心卻了了分明，無有掛礙，無所住。這不同與凡夫心，我們的煩惱與喜怒哀樂，在沒有實修實證的經驗前，煩惱心與我們，就是「剪不斷理還亂」。因為我們，處處都是心有掛礙，而且處處都留存執念。