南無常住十方佛南無常住十方法南無常住十方僧（三稱）
願此香花雲徧滿十方界一一諸佛土
無量香莊嚴具足菩薩道成就如來香
藥師贊：皈命滿月界淨妙琉璃尊法藥救人天因中十二願
慈悲宏誓廣願度諸含生我今申讚揚志心頭面禮
淨身業真言：唵修多利修多利修摩利修摩利莎訶
淨口業真言：唵修利修利摩訶修利修修利莎訶
淨意業真言：唵縛日囉怛訶賀吽
安土地真言：南無三滿哆母馱喃唵度嚕度嚕地尾莎訶
普供養真言：唵耶耶曩三婆縛伐日囉吽
贊文:南無藥師會上佛菩薩（三稱）
蓮花花瓣安住八佛及經卷迎請藥師七佛聖眾集海會八大菩薩十六大士來圍繞十二藥叉神將各領諸眷屬大梵帝釋天王金剛力士等土地龍神城隍諸護法龍天八部護正法助揚藥師法門得圓滿普能利樂諸有情同證如來無上道
一心皈命藥師海會諸佛菩薩祈請加持佛光照耀除滅弟子眾等無始貪瞋痴以此修法所集善功德普皆回向十方法界諸眾生安住正道圓成佛智
祈請護法:
奉請大梵天王奉請帝釋天王奉請四大天王
奉請宮毗羅大將奉請伐折羅大將奉請迷企羅大將奉請安底羅大將
奉請頞儞羅大將奉請珊底羅大將奉請因逹羅大將奉請波夷羅大將
奉請摩虎羅大將奉請真逹羅大將奉請招杜羅大將奉請毗羯羅大將
稱佛名號與十二大願:
南無本師釋迦牟尼佛（三稱）
南無藥師琉璃光如來（三稱）
南無藥師琉璃光如來本願功德經（三稱）
藥師琉璃光如來本行菩薩道時發十二大願令諸有情所求皆得
第一大願：願我來世得阿耨多羅三藐三菩提時，自身光明，熾然照耀無量無數無邊世界，以三十二大丈夫相，八十隨形，莊嚴其身，令一切有情，如我無異．
第二大願：願我來世得菩提時，身如琉璃，內外明徹，淨無瑕穢，光明廣大，功德巍巍，身善安住，焰網莊嚴，過於日月．幽冥眾生，悉蒙開曉，隨意所趣，作諸事業．
第三大願：願我來世得菩提時，以無量無邊智慧方便，令諸有情皆得無盡所受用物，莫令眾生有所乏少．
第四大願：願我來世得菩提時，若諸有情行邪道者，悉念安住菩提道中，若行聲聞獨覺乘者，皆以大乘而安立之．
第五大願：願我來世得菩提時，若有無量無邊有情，於我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒，設有毀犯，聞我名已，還得清淨，不墮惡趣．
第六大願：願我來世得菩提時，若諸有情，其身下劣，諸根不具，醜陋，頑愚，盲，聾，瘖，瘂，攣，躄，背僂，白癩，顛狂，種種病苦．聞我名已，一切皆得端正黠慧，諸根完具，無諸疾苦．
第七大願：願我來世得菩提時，若諸有情，眾病逼切，無救無歸，無醫無藥，無親無家，貧窮多苦，我之名號，一經其耳，眾病悉除，身心安樂，家屬資具，悉皆豐足，乃至證得無上菩提．
第八大願：願我來世得菩提時，若有女人，為女百惡之所逼惱，極生厭離，願舍女身，聞我名已，一切皆得轉女成男，具丈夫相，乃至證得無上菩提．
第九大願：願我來世得菩提時，令諸有情，出魔羂網，解脫一切外道纏縛．若墮種種惡見稠林，皆當引攝，置於正見，漸令修習諸菩薩行，速證無上正等菩提．
第十大願：願我來世得菩提時，若諸有情，王法所錄，繩縛鞭撻，系閉牢獄，或當刑戮，及余無量災難凌辱，悲愁煎逼，身心受苦．若聞我名，以我福德威神力故，皆得解脫一切憂苦．
第十一大願：願我來世得菩提時，若諸有情，饑渴所惱，為求食故，造諸惡業．得聞我名，專念受持，我當先以上妙飲食，飽足其身，後以法味，畢竟安樂而建立之．
第十二大願：願我來世得菩提時，若諸有情，貧無衣服，蚊虻寒熱，晝夜逼惱，若聞我名，專念受持，如其所好，即得種種上妙衣服，亦得一切寶莊嚴具，華鬘塗香，鼓樂眾伎，隨心所翫，皆令滿足．
藥師偈：
藥師如來琉璃光焰網莊嚴無等倫無邊行願利有情各遂所求皆不退
安住眾生於正道悉皆成滿菩提願
南無東方淨琉璃世界藥師琉璃光如來（三稱）
南無藥師琉璃光如來（一０八）
南無日光遍照菩薩（三稱）南無月光遍照菩薩（三稱）
藥師灌頂真言：
那謨薄伽筏帝，裨殺社窶嚕薜琉璃，缽剌婆喝囉闍也，怛陀揭多耶，阿羅訶帝，三藐三勃陀耶。怛侄阤：唵，鞞殺逝，鞞殺逝，鞞殺社，三沒揭帝娑訶
消解病咒：
唵室哩哆室哩哆喗咤唎娑訶(七遍)
解冤偈:
解結解結解寃結解了多生寃和業洗心滌慮發虔誠今對佛前求解結藥師佛藥師佛無上醫王藥師佛隨心滿願藥師佛
回向:
十二藥叉大將助佛宣揚五色彩縷其名隨願悉圓成．寃業冰清福壽永康寧佛光注照○○○本命元辰災星退度福星臨九曜保長生運限和平福壽永康寧
願此勝功德普施諸眾生四恩皆總報三途定濟資一切修法者
感應隨時現佛陀正法興廣利諸有情一切弘揚者圓證如來智