菊花茶雖然有如此多的好處，但也並非人人皆宜。這是因為菊花性微寒，比較適合於陰虛陽亢或實熱體質的人服用，《本草匯言》認為菊花對於「氣虛胃寒，食少瀉泄之人，宜少用之」。現代研究也發現，極少數人長期大量飲用菊花茶會出現食慾減退、腹疼腹瀉、咽喉疼痛加重等症狀。所以，在飲用菊花茶時必須因人而異。平素怕冷、手腳發涼、脾胃虛弱等虛寒體質者最好和菊花茶保持適度的距離。 此外，需要注意的是臨床上已有服用菊花導致過敏的報導，因此，過敏體質者一定要格外注意，飲本品時一旦出現皮疹等過敏反應時，應立即停服，必要時及時就診。