東方淨琉璃世界
藥師如來成佛後，在東方淨土化導眾生，且誓願為眾生消除災苦、求得現世安樂。其世界名淨琉璃，位於東方十恆河沙等佛土之外，因此，藥師佛又稱藥師琉璃光如來。其國土莊嚴如極樂國，其中有日光、月光二菩薩，為二脅士。藥師佛的誓願不可思議，若有人身患重病，死衰相現，若能為此人晝夜六時供養禮拜藥師如來，誦此經四十九遍，燃四十九燈，乃至四十九天光明不絕，造五色彩幡，放生至四十九個，此人即神識還復，得續其命。
據傳說，藏醫學名著《四部醫典》，即為藥師佛所傳。在仙人居住的藥城善見城裡，有一座用五種珍寶建成的無量宮。宮殿裡裝飾著各種珍貴的藥物。這些藥物能醫治龍病、赤巴病、培根病、合併症、綜合症等四百零四種疾病；能使熱病轉涼、寒病轉溫，並能消除八萬邪魔，使一切願望都能實現。在無量宮中的琉璃寶座上，端坐著導師世尊醫藥上師琉璃光王。導師的周圍有天神、仙人、外道徒、佛教徒等。其時，導師世尊醫聖琉璃光王，進入消除四百零四種疾病的醫王之名的禪定中。進入禪定不久，從心房裡發出了千萬道各色佛光，普照十方，消除了十方眾生的心理疾苦和無明所產生的一切三毒疾病。佛光復又消失在心房裡。而後，又從導師的心房裡變化出一位明智大仙，端坐在空中，向仙人們講道：「善哉！眾道友！你們應該知道，人類為了預防和醫治疾病，應當學習醫學秘訣；為了長壽，人們應當學習醫學秘訣；為了法、財富、安樂，人們應當學習醫學秘訣；為了從疾病的痛苦中解脫眾生以及受人尊敬，人們應當學習醫學秘訣。」此時，從導師琉璃光王的舌面上發出了千萬道各色佛光，普照十方，糾正了十方眾生在言論上的過失，消除了病魔之苦，佛光復又消失在舌面上。之後，又從導師的語音里變化出一位稱為「意生」的仙人，他嚮導師頂禮之後，在導師面前做了個獅子顧盼的姿勢，請求道：「善哉！導師明智仙長！為了自己和他人的事業，應該如何學習醫學秘訣，請導師賜教。」明智大仙講道：「善哉！眾仙長！應當學習醫學秘訣論，應當學習其中的支分，應當學習其中的點分，應當學習其中的會分，應當學習其中的經分，應當學習其中的章分。」二者一問一答，由此演說出四部醫典。
關於藥師如來的形像，《藥師如來念誦儀軌》說：「如來左手令執藥器，亦名無價珠。右手令作結三界印，一著袈裟結跏趺坐。」 一般流傳的形像為螺發形，左手持藥壺，右手結施無畏印（或與願印），日光、月光二菩薩脅侍左右，並稱為藥師三尊。也有以觀音、勢至二菩薩為其脅侍者。此外，還有以文殊師利、觀音、勢至、寶壇華、無盡意、藥王、藥上、彌勒等八菩薩為其侍者。
依《藥師琉璃光七佛本願功德經》載，藥師佛又作七佛藥師。即善稱名吉祥王如來、寶月智嚴光音自在王如來、金色寶光妙行成就如來、無憂最勝吉祥如來、法海雷音如來、法海慧遊戲神通如來、藥師琉璃光如來。其中前六如來為藥師如來的分身。