靈芝在傳說中是神仙草，有起死回生的功效。靈芝可清肝熱，熱是溫度過高，器官之間有壓迫，血液粘稠，流速緩慢，嚴重的有粘連，更嚴重的有潰爛，細胞在此惡劣的環境中發生適應性突變，所以要清熱解毒。靈芝服用過量，會把肝箍住，燥寒火，對身體不好，常服靈芝每次不超過1克，飲片泡茶最多指甲那麼大。
河北省科學院微生物研究所副研究員郭振宇認為，靈芝的最大問題首先不在於栽培還是野生，也不在於是否破壁，而是重金屬、有毒元素和農藥殘留。目前市場的實際情況是，國內企業更多是把眼光盯著有效成分含量，而忽略了安全性考慮。林志彬教授作為我國靈芝方面研究的學術權威，曾和同事調查過國內幾個主產區的靈芝，結果發現，這些靈芝幾乎都存在質量問題，最主要的問題就是重金屬含量超標。林教授指出，這樣的原料如果沒有經過嚴格的審批程式，沒有任何批准文號，甚至直接裝袋加工，其鉛、汞、農藥殘留等超標嚴重，作為保健食品長期服用，不僅對健康沒有幫助，反而危害健康。林教授介紹說，針對靈芝產品的不誠實還有，一些產品並非加工提取的，而是將靈芝子實體或菌絲體磨粉後，直接裝入膠囊，含大量纖維素及雜質，服用後吸收、利用不好。市場上有一些所謂靈芝茶類產品，實際上是沖劑，加入了糖粉，含糖量高，靈芝含量低。鍺並非人體必需的微量元素，也不是靈芝的有效成分，所謂靈芝中所含有機鍺療效的宣傳缺乏根據。硒雖為人體必需的微量元素，但對於不缺硒的人群無必要服用「富硒」靈芝產品，服用量超過人體需要反而有害。
林志彬教授和郭振宇副研究員都指出，沒有證據表明野生靈芝的藥效比人工栽培的靈芝好。郭振宇認為，野生靈芝與栽培靈芝如果所處生長環境相同，生長期相同，在成分上並無明顯差異，有些藥用成分野生靈芝的含量反而不如栽培靈芝。野生靈芝由於風吹日曬雨淋，蟲蟻蛀蝕，所具有的有效成分將逐漸降低，最後整體木質化而降低功效。野生靈芝之所以被譽為仙草，是由於數量稀少，不易尋覓。自從上世紀50年代我國學者人工栽培靈芝成功後，隨著栽培水平的提高，靈芝已揭下了神秘面紗，進入尋常百姓家。林志彬教授指出，野生靈芝達100多種，而我國《藥典》只收錄了赤芝和紫芝兩種，很多品種肉眼難以區分，收購者在進行原料採購時對質量難於控制。
靈芝和靈芝孢子粉並不等同，功能也不完全一樣。北京大學醫學部藥理系教授、中國藥理學會理事長、中國食用菌協會副會長林志彬教授介紹，我國2000年版《藥典》中收入了靈芝子實體，靈芝孢子粉則未入《藥典》，它是靈芝的種子，是靈芝成熟後才產生的，只有在顯微鏡下才能見到明確個體形態的微小生物體，它只是被衛生部收入了新資源食品範疇。
郭振宇指出，關於靈芝孢子粉不破壁就不能吸收的說法根據不足。根據陳體強等《未破壁孢子與破壁孢子的比較》的研究，破壁的孢子粉（破壁率≥95%）的粗蛋白、總糖及鋅、銅、鉻、硒等微量元素的含量變化不大，包括牛磺酸在內的19種游離胺基酸含量也沒有明顯的變化，只是破壁的孢子粉粗脂肪及水溶性多糖的含量分別比未破壁的提高了38.95%和20.83%。根據楊新林博士等《靈芝破壁孢子與不破壁孢子的顯微鏡觀察與生化測定比較研究》的報告顯示，針對破壁和未破壁孢子粉連續3次水煮提取液的數據檢測分別為：破壁孢子粉的還原含糖量分別為71.6%、23.9%、4.5%，未破壁孢子粉則為64.9%、18.5%、16.6%。在多肽含量方面，破壁孢子粉分別為56.8%、38.8%、4.4%，不破壁孢子粉分別為54.5%、35.5%、10.0%。
林志彬認為，如果說農殘是靈芝產品本身存在的最大問題的話，那麼對靈芝生產企業來說，最惡劣的莫過於虛假炒作。有的靈芝類保健食品宣稱能抗腫瘤，純屬誇大宣傳。靈芝確實對腫瘤患者的放化療有增效減毒作用，但僅限於輔助作用。大量研究表明，單用靈芝治療腫瘤是不妥的。出現這種現象的原因無外乎一個利字，許多廠家眼熱腫瘤這一「市場」，人為抬高價格，牟取暴利。