三藏十二部經就是一面鏡子，讓我們來看清楚我們整個生命的來龍去脈;三藏十二部經也等於是教我們怎麼發願，教我們怎麼懺悔，教我們怎麼樣莊嚴我們的生命的手冊。
以懺悔來講，那是在不斷清理我們生命中的垃圾，一堆一堆的障礙，都要清理掉。懺悔基本上有兩層意義。
禪宗六祖惠能大師講的：「懺者，懺其前愆」，這是要我們把自己那些思想觀念、那些行為不對的地方都給檢查出來。檢查出來了，還不一定做得到，但最起碼已先懂得自己問題在什麼地方。你懂得錯誤了，這個人嘴巴不會硬了，自己慚愧都來不及了，怎還有跟人家爭論的立場呢?有爭論就有是非，大家公說公有理，婆說婆有理，各說各話，一意孤行而去。
惠能大師又說：「悔者，悔其後過」，這進一步了，等於要我們檢查出錯誤後，不要再犯，也就是做到不二過。不二過，這個難!這要有大智慧、大決斷力的人才能，一般人，曉得自己錯，已經不錯了。而如果一旦你做到了，你也非聖即賢了。
我們佛教三皈與日常功課所念的懺悔文「往昔所造諸惡業，皆由無始貪嗔痴，從身語語意之所生，一切我今皆懺悔」，是依照佛陀在鹿野苑初轉四聖諦法門，度五比丘，講的苦集滅道，那對生命的一種觀察，一種深入的自我觀照的理路而來。我們心的種種煩惱痛苦，這是苦果，不管身體的不健康，情緒的起伏，人事上的不祥和，這些都是苦報。它們從那裡來?從集諦，也就是苦因來。苦因在那裡?皆由無始貪瞋痴。貪嗔痴是痛苦的原因，那造業的工具呢?每個人自己的身語意。身業、身體的行為;口業，口舌的搬弄;意業，心中念念之所思、所想。懂得我們身口意是業主的道理，又懂得懺悔，它便可轉來幫助我們修行，不懂得，則它便是造作惡業的幫凶，好比刀子可以殺人，也可以救人。
你不要說身口意既然那麼壞，我討厭它。你討厭它，沒有用，你乾脆好好用它，利用它來行好、好說、善思，在這世上為大家，也為自己創造生命的美景，而這一切都要從念頭不對，馬上轉念頭就徹底懺悔開始。
「菩薩畏因，凡夫畏果。」菩薩因為智慧高，動個念頭，他知道不對，馬上轉了，馬上改了，這是隨時隨地徹徹底底的根本懺悔，第一等的修行人。我們凡夫就是要等到果報現前，悔不當初才行。但真能悔不當初也還不錯，他終究還是懂得了啊!還曉得啊!到佛前，一把鼻涕，一把眼淚也還不慢。最後他還不是跟上了第一等修行人，與第一等修行人並駕齊驅嗎?