孔子說：「鬼神之為德，其盛矣乎!鬼神之為德，其智矣乎!」「敬鬼神而遠之」。孔子在註解《易經》當中，又說：「精氣為物，遊魂為變。」遊魂就是人投胎以前那種狀況，精氣是指父母所生，投胎以後的那種狀況。顯然孔子也承認人死了之後，還是有生命的存在，有靈魂的存在。許多東、西方哲學家都主張心靈不滅。
現代流行「人死永滅」「沒有靈魂」，他們認為精神活動只是大腦的功能，大腦壞了，心智功能就喪失。所以認為是大腦產生了心智，而不是靈魂。這樣的論調在邏輯推理上，不甚妥當。如果靈魂必須通過大腦，才能對外表現心智功能。那麼大腦壞了，只是靈魂對外的聯絡管道壞了，並不能證明「沒有靈魂」。就像電話打不通的時候，往往是電話線斷了，並不是電話機的問題。
說精神完全是大腦神經活動的作用，面臨著一類特異現象的挑戰：如世界上現有的幾十名「無腦人」(腦中唯腦脊液)，其智商反而普遍偏高;腦手術案例表明：切除大腦皮質一半，並不影響意識。何況僅依據精神活動和腦神經活動有極密切的聯繫，並不足以斷言死後精神活動停止。
科學尚未徹底究明的兩大問題：一、精神怎樣從人腦的神經元網路中產生，生命最初如何從無機物中產生，精神的本質和起源究竟是什麼，都是待解之謎。正因為科學尚不能揭破這個謎底，多數科學家、哲學家都迴避這一問題，或持人死斷滅之見。掃除靈魂作用的最有力的實驗證據——人造生命、人造精神離成功尚遠，生物工程人造生命，尚須利用活細胞、微生物為材料，機器人與活人還存在著某種本質上的區別。二、對心靈研究調查證實的大量記憶前生、魂靈顯現等暗示著死後續存、輪迴再生的實例，科學無法作出合理的解釋。當代有限的科學方法仍無法直接證明或反證前世的知識，沒有任何儀器能夠測試或衡量精神意識或靈魂。
人死永滅，仍然只是據尚不究竟的科學知識所作的哲學推論，確認其為真理，仍與宗教徒確認靈魂不死為真理一樣，具有信仰主義的性質，無充足理由奉為科學結論。
從系統結構來看，人和計算機的基本架構類似，計算機有硬體、套用軟體和系統軟體三個部分，人體也有身、心、靈三個部分。無論是現代或未來高超的解剖技術，都不可能在人體找出心識和靈魂存在的物質證據，但並不能就此否定心識和靈魂的存在，就像解剖計算機無法證明軟體的存在一樣。
當代腦科學權威、諾貝爾醫學獎獲得者C·艾克爾斯教授，通過多年實驗研究，得出結論：「神經細胞彼此之間有無形的溝通物質，這就是靈魂的構成……它控制著大腦，就好比人腦指揮電腦，它使大腦內的腦神經細胞發動工作，這種非物質的『識我』，在肉體大腦死亡之後，仍然存在並仍能有生命活動形態，可以永生不滅。」
英國另一位著名科學家柏頗博士經過實驗研究後，完
全同意艾克爾斯教授的結論。柏頗是二十世紀最傑出的科學家之一，他獨創的「科學正統的辯證系統」理論，至今仍為世界科學家們所採用。他和艾克爾斯都因特殊貢獻的科學成就而被英國女王冊封爵位。加拿大著名神經生理學家潘非特博士也認為，人類並不僅是有物質的軀體，必然兼有無形的非物質靈魂。英國基勒學院的麥楷博士說：「至今仍無一種已知的學說和實驗足以推翻艾克爾斯和柏頗博士的生物有靈魂的理論」。
美國加州工學院著名神經生物學家史柏理博士，曾經以其分解人類大腦兩半球的詳細功能學說而獲1981年諾貝爾醫學獎。他說：「人的自我是一種嶄新的必要的非物質，只出現於複雜分層結構組織的肉體大腦，控制著大腦的每部分，制約著合計一百億個腦神經細胞的機械功能的本能活動。」
全世界很有名的數學家約翰.馮紐曼博士，曾經發明精密的數學定理，為新興的「量子學」奠下基礎。他也提出了驚人的新理論：「人體可能具有一種非物質的『識我』控制肉體的大腦和遙控物質。」
著名物理學家菲列茲.倫敦說：「馮紐曼的精微量子學說顯示出物質上的實物只不過是人類意念所造成的而已，真正的實體是思想意念。」
1963年諾貝爾物理髮明獎得主尤金.威格納博士，這位本世紀最偉大的物理學家之一，大力支持馮紐曼博士的量子學說內涵的哲學部份：「人類具有一個非物質的意識力能夠影響物質的變化!」有些頂尖物理學家把馮紐曼的邏輯
更向前推進一步，說：「量子學可作為超感能力(心力)的理論基礎。」
幾十年前，物理學家發現了微中子(中微子)，比電子小得無法想像，它是一種無形無體的虛無的一種能，它能穿透任何物質，美國科學家觀測了三十多年，發現沒有一粒微中子衰變，不衰變就是不死亡，人體全身每個細胞都有微中子，如果將這些微中子連線起來，自然也構成一個物質軀體的形象，這就是佛經中講到的中陰身。
著名心理學家榮格在《找尋靈魂的現代人》(1961)中說：「與腦的關係不能證明心靈乃是副現象——因果地依賴生物化學歷程的次等功能……腦之結構與心理學對於心靈歷程未提供任何解釋。心靈具備不可化為其它事物的獨特性質。」
現代著名科學家愛迪生，即主張生命不滅，精神永存，相信人死再生。曾說：「我相信生命有如物質，是不能毀滅的。世界上一直有定量的生命存在，而這個量是永遠不變的。」他認為生命單位由億兆光電實體組成，人死時實體進入太空，進入另一肉體而循環。
「有靈魂」的理由是什麼呢?許多死去又活過來的人，敘述自己飄浮在天花板上，看著醫生在下面救他的過程，這些過程不是躺在病床上的人所能看見的，而他們卻看得清清楚楚。最簡單的解釋就是「有靈魂」。
有些人記得前世，許多人在催眠的過程中，能描繪前世的人、事、物，經過查證，許多案例確有其人其事，並非胡言亂語。而這些前世的人事物，今生是不可能知道的，但是那些人卻知道了。最簡單的解釋，就是「有靈魂」。
其實，只要冷靜考察自然科學對人自身認識的程度，便無理由妄稱人自身之謎已全被揭破，無理由對人死後續存與否的問題作出決斷的答案。
加拿大國家電視公司用紅內線攝影機拍攝：美國田納西州一個小鎮，心靈學會設定的祈靈帳幕之內，幾個祈靈人輪次先後苦祈，直至空氣中漸漸出現了淡淡的亡魂形象，有些是全身，有些半身，有些只出現臉部，有些是男子，有些是婦女，出現的時間短暫，有些淡淡散去，有些一閃即逝。「加視」申明，這是經過科學家驗證的，絕非偽造，又說這是現代科學無法解釋的一種現象。
愛迪生札記記述某次守望一垂死至友，在黃昏夜色中，看見友人腦前閃現有如微弱電光之輕煙一縷，一閃而逝，細看時，友人已氣絕。
人的「死亡」不是人真的「死亡」，只不過是由「分子」這一層粒子構成的最表面、最粗糙、最無用的「物質肉身」——粗身的脫落而已，而由更微觀粒子構成的細身卻並沒有死亡。這就是人們常說的靈魂。