明世宗嘉靖二十五年(公元1546年)，全椒(今安徽全椒縣)人蔡彥高的妻子洪氏已經懷孕十月，馬上就要臨盆生產了。
這天晚上，她突然夢見觀音大士攜帶著一個小男孩，蓮步款款地來到自己家裡，蔡洪氏一見，情不自禁地迎上前去，順手就將大士手中牽著的這位面容溫潤、骨格清峻的小男孩一把摟入懷中，眉宇之間，備示憐愛……
正當她歡歡喜喜地打量、撫摸懷中小兒時，蔡洪氏驟然驚醒過來 —— 隨著一聲小兒男清脆而宏亮的啼哭傳出內室，蔡府上下歡欣。夫人順利地生產了，而且還是一位人見人愛的公子！
蔡洪氏生產的這位公子可不是一般人。他生性聰穎，出類拔萃。就在他年僅七歲的時候，他的叔父一命西歸而去，屍體陳列在靈床之上祭奠。蔡公子見了，就大惑不解地問父母：「『死'是從哪裡離開的呢？」不久，他看見有人家生產了小孩子，又問父母：「『生'又是從哪裡來的呢？」就好像他在這樣小小的年歲便已經在思考生、死這些人生大哲理似的。
等到他年才舞勺(未成年，一說十三歲)的時候，終於是辭別了對他抱有厚望、希望他光宗耀祖的家人，來到江寧(今江蘇南京市)報恩寺，依從西林和尚剃染出家，做起了和尚。內江(今四川內江縣)人趙文肅公一次看見了他，就用手輕輕地撫摹著他的頭頂說：「這孩子日後一定會成為一代大師！」
趙文肅的預言果然不是虛妄之辭。我們的主人公後來終於成為明代的得道高僧，與蓮池、紫柏、藕益三位大師齊名 , 並稱「明朝四大高僧」！
他，便是鼎鼎大名的憨山大師！
憨山大師名德清，字澄印。明神宗萬宗元年(公元1573年)，他遊歷四方，來到佛門聖地五台山，不期而遇秀麗、幽雅的憨山，不盡耽醉其中，樂而忘返，就乾脆以憨山自號。從這以後，他的名與字反而不如晚年的這個號傳播邈遠，人們都習慣地喚他作「憨山大師」！
憨山大師出家後剛過半年，就開始參究《法華經》，四個月之後，他竟然就把這部博大精深的《法華經》給參通悟透了！於是，他就趁熱打鐵，一口氣通貫了內外典籍。到十九歲時，憨山大師就依從無極禪師受具足戒；又聽講《華嚴玄談》。當他聽到「十玄門海印森羅常住」 的地方，悟通了「 法界圓融無盡」 的宗旨 。這樣，他便就跟隨雲谷禪師在天界寺結禪參玄。但沒想到的是，正當他發奮努力、盡心參證的時候，後背上卻長了一個很大的毒瘤。憨山大師就來到伽藍神像面前，祈禱叩頭，發願努力誦念《 華嚴經》，以三月不期，誦通十部，以見自己的堅貞決心。等到三個月過去，這天晚上，憨山大師在深更半夜過後，已然能夠進入酣然香夢之中。到第二天東方剛剛泛出魚肚白，憨山大師爬起床來，卻驀然發現：沉疴頑疽在轉瞬之間，突然一去無蹤了！再回憶這九十個日日夜夜，一切都顯得那麼虛無漂渺，恍如夢中！
明世宗嘉靖丙寅(公元1566年)，報恩寺在一場意外的大火焚燒中，頓時化作一片灰燼。因為這座寺廟本來是皇室建築，建寺所需費用全都出自皇宮大內，因此，寺廟被焚毀，寺院中的住持、執事等等十五名首領僧侶一齊被官府拘捕入獄。按照律令，他們全都應當被處以死刑。
這時，寺院中其他僧侶，早已紛紛逃竄。但是，憨山大師卻不僅沒有跟隨那些作鳥獸散的僧侶逃命，反而孤身一人，鎮定自如地到處提缽化緣，奔走法庭與監獄，給那些被囚禁的僧侶們看點鹽菜，運送⊙粥 ，並儘自己的努力，設法解救他們，最後終於使他們得以解脫，倖免死罪。
在這之前，報恩寺住持西林和尚在臨終之前，把全寺僧侶都召集攏來，卻親手撫摹著憨山大師的手，囑咐大家說：「在我圓化之後，寺中事務，無論大小，只要聽任這個孩子的主張就差不多能夠保證寺廟不遭受災難。」當時，大家見憨山大師年輕望淺，對西林和尚的話持有疑慮，直到經在過救人護僧這件事，大家才佩服西林住特的先見遠識。
此時，憨山大師卻已經和雪浪恩和尚一起商量，決心興復昔日古寺。而要復興廟宇，首先就要努力修煉自身，四方化緣。在這種思想的支配下，憨山大師便開始了他雲遊四方、遍參高僧的艱辛歷程。
他曾經來到天界寺聽講佛經，卻發現寺中廁所十分髒亂，他就在參習之餘，將它們一一打掃乾淨；不僅如此，憨山大師還進而將整個寺廟後院趕在大家起床之前，一一清除乾淨。後來，寺中執事見了，頗覺納悶，就仔細探訪、打聽，卻發現，原來不過是一名面黃飢瘦的貧病僧侶乾的。但抬頭看他的眼睛，卻炯炯有神，射人眼目。執事就與定參相約，在第二天天才亮時 再去探訪這位其貌不揚、道望深厚的外來遊方僧侶。可是，等他們第二天一清早相約來到後院時，憨山大師卻早已不辭而別，雲遊他方去了。
憨山大師認為江南天氣溫煦，地氣柔暖，不利於修煉；對於一名僧侶來說，應該到苦寒的朔國北方，頑強磨鍊、砥礪。於是， 他便手托一缽，飄然北來。在瀰漫的大雪天裡，憨山大師在廣陵(在今江蘇揚州市)市中化緣乞食，卻很樂觀而豁達地說：「我一隻缽盂在手，足以輕看萬鍾厚祿！」
憨山大師來到京師(今北京市) 郊外的妙峰山，拜訪高僧名剎，憨山渾身上下，全都自茸茸，一身霜雪，就像河朔一帶的客商，風塵僕僕，渾身艱辛。但憨山大師對此怡然自適，無以為苦。
他曾經去拜訪編融禪師。編融禪師卻並不傳授給他佛法要典，而只是一味地張著一雙大眼睛，炯炯射人地看著他。憨山大師就又去參拜笑岩禪師。笑岩禪師問他：「你是從什麼地方來的？你還記得回去的道路嗎？」 憨山大師回答說：「來一趟便夠了，還怕找不到路徑嗎？」 笑岩禪師一聽，說：「原來你果然來處去蹤都很分明。」
到了明神宗萬曆元年(公元1573年)，憨山大師來到盤山(在今天津薊縣)，在千像峰石室之中，他看見了一位不說話的僧侶，就和他一起砍柴、挑水，度過炎炎酷夏。
第二年，憨山大師又與妙峰和尚相邀來到蒲坂(在今山西永濟縣)，一齊度過朔風隆冬。一天，他正在頌讀《物不遷論》。 當他讀到其中描寫梵志法師的一段文字時，突然大徹大悟。這段文字寫的是：梵志法師從小就出家事佛，白首皓面了，才回歸家鄉。鄰居見了，就問他說：「你還活著啊！」梵志說：「我確實像你的故人，卻又不是你的故人啊！」
憨山大師讀到這段文字後，頓時了悟旋嵐掩岳的宗旨，就書寫了一首偈子：
死生晝夜，水流花謝；
今日方知，鼻孔向下。
妙峰和尚看見了，就問他說：「 你是從哪裡悟到這些佛理的？」憨山大師說：「昨天晚上，我夢見兩隻鐵牛在河水中使勁打架；打來打去，便鑽入到河水中去了，至今還沒看見它們上來。」妙峰和尚一聽，信以為真，就說：「不管如何，我為你擁有了住持山寺的本領而高興！」
不久，憨山大師遇見了牛山寺法光禪師。當時，法光禪師正在參禪，憨山大師就向他請教。法光禪師有一大特點，就是他說起法來，聲音宏亮，有如天鼓擂響，足以振聾發聵。憨山大師一聽之下，大感欣悅。
接著，憨山大師又遊方來到五台山(在今山西五台縣)，居止在北台的龍門。在這裡，不過幾間老屋，危然掩映在一片冰雪荒原之上；到了春夏之交，深山窮谷之中凍結時冰雪開始化融，夾雜在溪流泉水之中，源源不斷地傾瀉出山。因為是深山野處，靜謐非常，所以，這冰塊流動、碰撞、衝擊的聲音，在這種寂靜的氛圍之中聽起來，便有如是萬馬奔騰、聲傳十里。憨山大師就問妙峰和尚，看他是否也和自己一樣，聽得如此驚天動地。但是，妙峰和尚卻告訴他說：「古人告誡我們，說：如果我們修禪之人，用三十年的時間能夠修煉到聽見水聲潺潺而不轉動自己的心思禪念，那麼，我們就能夠證通觀音菩薩所說的圓通之法。」憨山大師一聽，頗受啟發，就在白天尋找到一處溪流溝澗，正襟危坐在上面的獨木橋上，刻意修煉。剛開始的時候，他聽得水聲宛然，聲響如雷；過了很久，他漸漸地便忘卻了自己身在何處。至於大自然里的種種聲響萬籟，也一齊離他的身心遠去，仿佛真的不存在了似的。
一天，吃完早粥，憨山大師又要前去修煉身心，卻突然站定，仿佛之中，感覺到佛法大光明；覺得這大光明法便有如一枚圓鏡，所有山河大地、萬事萬物，都能夠從中發現它們的影像。過了一會兒，憨山大師從這種佛法聖境中甦醒過來，只覺得自己身心湛然，清靜如水；再尋思剛才的佛法聖境，卻半點也找不到它們的蹤影了。
於是，他就又寫了一首偈子：
瞥然一念狂心歇，內外根塵俱洞徹；
翻身觸破大虛空，萬象森羅徒死滅。
後來，憨山大師遊方來到雁門(在今山西北部代縣一帶)，當時駐紮在這裡的兵將統帥胡君請求他寫幾首詩偈。憨山大師答應了，就開始構思。突然之間，他感到文思泉湧，詩句流瀉，直逼喉嚨口而來；以至於以前的記憶、見聞，無不一齊擁擠上來。憨山大師這時就覺得一張嘴哪裡夠用？即使是自己渾身是嘴，也不能將心中所感全部說了出來。可是，即使是在這種情況下，憨山大師卻依然頭腦清晰，思維敏捷。他回想當年法光禪師曾經告誡過自己，說這種情況正是所謂的「禪病」，只有熟睡酣夢，才能消解。
於是，憨山大師就不顧大家的猜測、議論和疑惑，擁著一襲僧衣，端然跏趺。他這一坐，竟然就長達五天五夜！胡君百思不得其解，搖幌他又不見動靜；後來，他終於是忍耐不住了，就在憨山大師的耳邊使勁地敲打了幾下磬鼓，聲如雷鳴，動人心魄，憨山大師這才悠悠醒轉過來，邈然出定。出定之後，他就又默默地坐著，卻觀知自己的出入動止、住山行腳，無一不是睡夢中事！……在他自己看來，這種樂趣之大，怎麼能夠言盡呢？
憨山大師還歸山寺之後，就刺破自己的肌膚，用自己的鮮血來抄寫《華嚴經》。他一邊抄寫，一邊誦念；而且當有人來各他參究經義時，他也不廢應對。真是口誦而手書，涇渭分明。住在他的僧房隔壁的僧侶們見了，無不感驚訝，就前來詰難，可最終，卻又無不是心服口服，讚嘆而去。
憨山大師曾經夢見自己登上了彌勒樓閣，聽見彌勒佛說法道：「分別是識，無分別是智；依識染依智，淨染有生死，淨無諸佛。」從此以後，他對於識與智的區分，便一目了然。
憨山大師又曾與妙峰和尚等人一齊在五台山搭建為皇帝祈禱子嗣的祈儲道場。不多久，明光宗朱常洛應期而誕，足見佛法靈驗，應試不爽。
這之後，憨山大師就遠遠地避居東海上的牢山(今山東青島嶗山)。慈聖皇太后命令龍華寺僧侶瑞庵到處尋覓，最後終於把他找到了。慈聖皇太后又派遣使者再去徵求，憨山大師卻依然拒不赴命。慈聖皇太后就賞賜給他內庫純金三千金，憨山大師也不接受，堅決推辭。使者見狀，大感為難，不敢回宮復命。憨山大師就對他說：「古代不是有矯詔賑饑的舊例嗎？現在，山東地帶雨水不調，糧食歉收，人民無以為生，你正好借慈聖皇太后的名義，就近賑濟饑民，不正是一件功德無量的大好事嗎？」使者如言做了，人民感恩戴德；慈聖皇太后聞報之後，更是感念不已，就率領整座宮殿內的妃嬪婕嬙，布舍黃金白銀，捐贈給憨山大師，在勞山之上建造了一座金碧輝煌、佛容莊重的寺廟，並賞賜扁額，叫「海印寺」。
這樣，憨山大師不得不從東海出發，北上京師，向慈聖皇太后謝恩，同時又為報恩寺請藏。好幾天晚上，寺中寶塔都放射出熠熠金光，照耀周圍；尤其是近取佛經的那天晚上，這金光更是閃亮，而且，那形狀就像是一座金碧輝煌的浮橋。
憨山大師回到牢山，又考慮到報恩寺沒有完全建設好，就向慈聖皇太后請求，願意將自己和寺廟中僧侶們的供奉膳饈每天減免百金，這樣，累計時日，十年之後，便能重新完整地修復報恩寺，了卻自己多年的耿耿心愿！
慈聖皇太后答應了他。
可就在這時，道教門徒誣陷憨山大師的災難發生了！
原來，憨山大師在牢山居止了十三年，住持海印寺，講說佛法，以致東海附近的人們，爭相前去聽講，甚至皈依三寶。可是，道士們卻因此而假借憨山大師侵占道教觀宇為理由，飛章京師，誣奏聖上。明神宗傳布聖旨，下令將憨山大師逮捕入獄。
就在這場變故發生之前，因為慈聖皇太后特別崇信佛教，四方派遣使臣，尋羅寶典，探訪高僧；致使有些地方不勝煩苦，上奏帝命，反映情況，皇帝對此卻不聞不問。但時間一久，人數一多，這件事情漸漸地便被朝廷中有些大臣們聞聽到了。他們為了糾正這種現象，就有意處理此事。這樣，憨山大師便因此而受到株連。
慈聖皇太后前後賞賜的內庫黃金，足可以數十萬來計算。職有專司為了弄清這些錢財的去處，便對憨山大師施以酷刑，備至拷掠，但憨山大師卻一無所言。而等到他們鞭打完了，他卻又鎮定自如，從容斥問：「你們想要誣陷我，使我低頭認罪，這是很容易的事情。只是，我想問問你們，你們製造成了這一冤獄，卻把慈聖皇太后置於何處？你們所要查詢的幾十萬兩黃金，對於官府與皇宮來說，不過是九牛一毛，錙銖小數而已。當今聖上以純孝而著稱於世，人們有口皆碑。我想，皇帝他不會因為這錙銖小數目的一點點金錢就傷害慈聖皇太后的心。這個冤獄逼成之後，皇帝他一定很害怕，無以報謝皇太后，皇帝他自己又將置身何處？！」
審問官員一聽，無不相對吐舌，面面相覷，不知道如何結案，就草草地具結，只在案卷上列出賑饑所用的三千金確與為內庫帳冊可考稽云云，就算將這場官司了結了。
但是，憨山大師卻到底沒有逃過這場劫難。他雖然在內庫金銀案上過了關，卻最終還是被官府以「私造寺院」的罪名流放雷州(今廣東海康縣)。
真可大師(即紫柏老人)聽說之後，就想奔走朝廷，替他申訴冤情。二人在長江上相遇了，憨山大師勸阻真可大師說：「這是皇帝的命令，誰又能夠違抗得了？！」於是他就寫了一篇《逐客說》，兩人便分別了。
憨山大師向南翻越過過五嶺 ( 在今湖南與廣東交界處 ) ，進入曹溪(在今廣東曲江縣東南)，來到五羊(今廣東廣州市)。他一身粗布衣裳，拜見了住廣東的守軍帥將，便編伍到雷州。
就在這一年，廣東發生了大疾疫，死人之多，仿佛發生了一場大戰爭，屍首遍地，互相枕籍。憨山大師雖然身充役犯，卻不忘自己的佛門弟子身份，慈悲為懷，帶領大家將這些屍首一一掩埋地下。緊接著，他又親自登壇，作廣薦法會，超度死者亡魂。
廣東的參政長官周鼎石看見憨山大師慈悲心性，而又佛法高邁，就率領莘莘學子前來叩拜，大有收穫，嘆服不已。當地的文秀之士馮昌歷等人聽說之後，也一齊前來歸依。憨山大師就在壁磊之間，構建了一間禪室，因陋就簡，向大家演說《法華經》，感動了上天，瑞應四應：寶搭婆裟，華藏湧現，人們見所未見，無不在驚訝之餘又深加欽服。
憨山大師在廣東一呆就是五年時間。在這段時間裡，他曾經住持曹溪名剎寶林寺，宣揚禪宗，主張禪宗與華嚴宗融合，釋、道、儒三教一致。而且，他還替寺廟收回了被人侵占了的田產，極力護寺弘法，以致屠門酒舍，蔚為寶坊；僧俗人等，齊來朝拜。這樣一直到明神宗萬曆丙午(公元1606年)方始遇赦，他便辭別寶林寺，一路顛踣，風塵僕僕，北還中原。
萬曆癸丑(公元1613年)，憨山大師遊方來到南嶽衡山上，禮拜八十八祖道影。第二年，他終於又回到湖東。慈聖皇太后派遣使者將他召入宮中相見，彼此不禁大為感慨，涕泣泗流。皇太后還給他僧衣度牒。這樣，被削去僧籍、流放雷州的憨山大師，終於又得以回歸僧侶名冊之中。
又過了兩年時間，憨山大師感念早已圓寂的紫柏大師，就來到雙徑山，為被冤獄囚沒的紫柏大師舉行盛大的遷葬典禮，並一併祭奠。隨後，為了規勸吳越(今江蘇、浙江一帶) 地方的習禪之人的的一些流病，憨山大師又特地寫作了一首《擔版歌》，藉以憑弔蓮池大師，並將蓮池大師的密行發揚光大，明示學佛求法之人。
離開吳越繁華之地，憨山大師便沿江西行，來到風景秀麗、聞名遐邇的廬山(在江西九江市) ，並在五乳峰下構築佛庵，效仿遠公六時刻漏，一心一意，專門修研淨土佛法，在這時，他作了一首偈子道：
但觀一句彌陀佛，念念心中嘗不斷；
若能念念最分明，即與彌陀親相見；
只想淨土在目前，日用頭頭無缺欠；
佛土全收一句中，便是往生異方便；
只在了了分明時，不可更起差別見。
在廬山居停、修煉了四年之後，憨山大師又再次南下廣東，來到昔日故地曹溪寶林寺。到了明熹宗天啟三年(公元1623年)十月十一日 ，憨山大師告別了熱愛和敬仰的僧俗人眾，冥然西歸佛國淨土。
就在這時候，一直湯湯流瀉的曹溪水，突然全不見了蹤影，溪流為之乾涸；而寺宇周圍數里，但聽得百鳥哀鳴，頻送淒涼。到了晚上，更是有金色光照沖天而起，使得墨如漆黑的暗夜，突然之間，竟然恍如白晝……
憨山大師的屍首在寺宇中停放了三天之後，方始送入佛龕之中。但即使是此時，人們走攏了去仔細看，發現大師的容顏一如活著的時候，絲毫不見兩樣；而毛髮髭鬚，也依然在一如既往地生長；在大師的鼻尖上，分明還冒出些許汗珠！再撫摸一下他的屍身與四肢，溫軟柔膩，就像棉花一樣，全然不像已經圓化了幾天的樣子……
憨山大師世壽七十八歲高齡，而僧臘則長達五十九年。他的著述很多，其中包括：《楞伽筆記》、《華嚴綱要》、《楞嚴懸鏡》、《法華擊節》、《楞嚴經、法華經通義》、《起信唯識解》；以及《觀老、莊影響論》、《道德經解》、《大學、中庸直指》、《春秋左氏傳心法》和《夢遊集》若干卷，一起流行在世上。
憨山大師的得法弟子很多。據《夢遊集》記載，當年跟隨大師在獄中，隨侍左右的，是福善和尚；自始至終，跟隨他流放廣東的，有善與、通炯、超逸、通岸諸人；當大師圓化之後，將他的屍身送歸廬山五乳峰下法雲寺，將他的爪發遺留在曹溪寶林寺，並在大師僧塔題寫銘文的，則是他的另外兩名大弟子：安徽舒州(今安慶市)的吳應賓和常熟的錢謙益。另外，為大師作傳，並題寫碑記的，是會稽(今浙江紹興縣)人陸夢龍，而另外還有一位劉起相，則是記述大師靈龕還歸曹溪寶林寺供奉始末的人。