十一、神通見母
萬曆十七年(一五八九)，大師四十四歲。這年大師開始閱藏經，並為僧眾講解《法華經》和《大乘起信論》。
大師自從離五台山後，常有拜見父母之心，但恐落世俗知見，所以一直沒去。
不久前大師擬為報恩寺請一部大藏經，在十月份到了京都，太后即命人贈給一部。大師奉經到了龍江，這時報恩寺的寶塔連日放光呈瑞。大師到了金陵報恩寺，在迎經的那一天，寶塔的光明好象一座橋一樣，呈半圓形向北伸延，迎接藏經的僧人都從光明中走過。直至安置藏經，建立道場，光明仍連日不絕。
這罕見的奇妙光明，吸引了千千萬萬的人們來瞻仰觀禮，面對如此瑞詳之相，無不嘆為稀有。
大師送經到報恩寺的訊息，不脛而走，一直傳到他老母親的耳朵里。老母親欣喜異常，先派人去問候大師何日到家，大師說：「我這次是為朝廷之事而來，不是為了家庭來的。如果老母親在相見時，如同過去未離時一樣歡喜，那我最多可回家過二夜，否則我就不回去了!」老母親見大師這樣說，就派人再去說：「現在能再相見，已歡喜的不得了，那裡還會悲傷?見一面就可以了，又何況是二夜呢?」
大師在靜坐中以神通力回到家裡，老母親一見兒子，因過於激動，竟高興得昏倒在地。晚上，大家聚在房間裡敘談，一位族中的長者問：「你乘船來還是乘車來?」老母親說：「何必問乘船來乘車來!」長者又問：「哪從何處來呢?」老母親說：「從空中來!」大師聽了驚訝地想：「怪不得若母親當年能舍我出家啊!」於是問若母親：「我出家後，你想念我嗎?」老母親說：「哪能不想念呢!」大師又問：「你怎麼排遣這想念之情呢?」老母親說：「我起初不知如何是好，後來知你在五台山，就去問師傅五台山在什麼地方，師傅說『在北斗之下，即你令郎盾住之處'。我從此後，每夜朝北斗星的方向禮拜，稱念菩薩的名號，漸漸地就不再想念了。假如說你死了，就不再拜了，也不再想念了，今天見到你，是神通變化而來呀!」
第二天，大師隨二親去祭祖墓，又去卜擇二親的葬穴，這時老父親已八十歲了，大師開玩笑說：「今日活理老子，省得他日再來!」並把鏟斫在地上，老母親見了一把奪過鏟說：「老婆婆自埋，又何必煩別人來!」連斫了數十下。第三天，大師向二親告別，老母親歡喜如故，未嘗蹩眉，大師知道老母親並非尋常之人。
有一位黃子光，是當時大司馬的弟弟。大師到牢山後不久，年齡還只十九歲時，就已在大師處皈依請益。大師授以《楞嚴經》，二個月即能背誦。從此茹素勤修，儘管父母反對，也不改變修行的決心。他平日用功，切志於參究明心，常常脅不至席，坐禪達旦。一次大師到南方去，黃子光心中暗想：「我生在邊地，長期不聞三寶之名，今天幸遇大善知識，倘使大師不回來，我們就失去依靠了!」於是就在觀音菩薩像前，刺臂燃燈供養菩薩，求觀音菩薩加被大師早日歸來。燈臂之後，火瘡發痛，可他仍然日夜正襟危坐，持念觀音菩薩聖號。這樣過了三個月，火瘡才痊癒。但在臂的瘡痕上卻結了一尊觀音菩薩的形像，眉目身衣，宛然如畫。大師回來後，他求出家的心很切，但大師始終不同意。第二年黃子光坐脫而去。
大師在這幾十年的修行歷程中，時刻不忘重興報恩寺，以前居五台龍門時，雖已有機會，但因需要費用太巨，未能行動，到東海牢山時，也時刻在等待時機。現在、大師認為機緣已熟，因此就以送藏經的因緣到了京都，將報恩寺的始末奏上太后，並且說：「工程浩大，需要經費很巨，難於輕舉，願乞聖母每日減少膳饈日用百兩，這樣積累三年，工程即可開工，積累十年，工程即能完成了。」太后聽了十分高興，這年十二月就開始積儲經費。
萬曆十八年的春天，大師書寫《法華經》，表示感謝太后的德意。在這期間，有一伙人策劃破壞道場。他們購買了方外的黃冠道袍，假稱大師占了他們的道院。並還聚集許多人，諍訟到撫院。當時的開府李公，了解了事件的真相後，非常痛恨這伙無賴之徒，就把他們送到萊州府治罪。大師也去菜州府聽察，並盡力替他們解救。可那數百名無賴不知大師的慈悲，依舊在府城裡作哄鬧事，並圍著大師不去。大師見狀，讓身邊的侍者到別處去，獨自一人徐徐而行。
到了城外，這伙無賴的首領，持刀在大師前揮舞，欲想殺死大師。大師鎮定地看著他，笑了笑說：「你殺了我，怎樣處理自己呢?」這首領聽了大師的話，一時感到心虛，即刻收了刀，隨同大師到了城外的二里地。將要分路時，無賴們認為首領對大師有利，想動手毆打他。大師心中暗想：「他們要是一鼓動，這首領就有危險了。怎麼辦呢?」大師乾脆拉著首領同至寓處，關了門，脫了外衣，大師又擺出瓜果招待他。二人邊吃邊談，首領完全被大師感化了。這時滿市喧譁著這樣一片聲音：「方士殺僧了!」太守聽到了這一訊息，就派遣了府役把無賴捕了起來，無賴們惶懼地叩頭求免。大師就對無賴們說：「你們不要怕，待我去說說看。」大師到了太守前，太守問：「狂徒要殺你嗎?」大師說：「沒有，府役來追捕時，我正和他們的首領在吃瓜果呢!」太守又問：「哪他們又為什麼鬧事呢?」大師答道：「他們只不過是一般性的市集喧鬧而已。」太守想把他們拘留起來，大師說：「應把他們放掉，如栗用枷鎖把他們拘起來，等於把惡人常放在身邊，這是沒有好處的。」太守聽大師這麼一說，忽然醒悟，立即下令叫地方官兵把他們驅散，狂徒不到三日，全部解散。這樣，狂徒鬧事的事就安寧下去了。
這年，大師還寫了一本《觀老莊影響論》共八篇，其中論心法一篇文字雖最短，但卻已概括了儒釋道三教的中心思想。論心法中說：「我幼年學習孔教，俗不知孔教的源流;後來學習老莊學說，也不達老莊學說的宗旨。當退出世務，進人深山大澤時，努力於習靜觀心的法門。因為習靜觀心的功能，明白了三界唯心，萬法唯識的深妙道理，既然三界萬法都是心與識的幻現，那麼一切有形相的事物都是心的幻影;一切聲音語言，都是心的幻響。而一切聖人身體，是心的幻影中顯現最莊嚴的形相，聖人的言教，是心的幻響中最順於真理的聲音。正由於萬法唯心的緣故，因此治世的政治、法律、文學、藝術，以及資助人們生存的一切事業，如果它們是善的，有益於人類大眾的，那麼，也都是順於正法的。這是因為心外沒有一事的獨立存在，所以說萬事萬物都是真心所現。迷了真心的人，執著了客觀環境和主客心識，他們就無法徹證真心本有的妙用;假如悟證了自己本具的寂而常照，照而常寂的真如妙心，那麼，宇宙人生的一切現象，當下即是不可思議的妙有境界。但要悟證這萬事萬物的統一本源，而產生不可思議的妙用，這隻有聖人才能達到啊!」
十二、為法忘軀
萬曆二十年，大師四十七歲。這年七月到京都訪紫柏尊者達觀大師，相會於都門西郊園中。達觀大師見大師到來非常高興，兩人相對兀坐四十晝夜，目不交睫，談論著如何撰寫明代《傳燈錄》，並約定在曹溪相見，共同開闢禪宗的一代法脈。後來又同大師一同上石經山，觀看了石經洞。石經洞望石板刻的藏經是晉朝的一位靜碗法師，因顧慮三災壞劫無佛法，就在房山縣鑿石為板，刻了一藏佛經貯藏在山洞裡，又用石門封閉。到了明朝時，這石經洞的塔院被和尚出賣，達觀大師發心把它贖了過來。因此保全了石經法寶。這時，大師作了《琬公塔院記》和《重藏舍利記》，刻在塔院裡。
第二年，牢山東區出現災荒，餓死了很多人。大師把山中儲存的齋糧，全部分給近山的居民。但仍不夠，大師又乘船到遼東，買來豆數百石，使靠山的居民，沒有餓死一個。
十月冬至節，大師到京朝賀太后，太后留大師過冬，並請大師在慈壽寺說戒。這時大師知太后儲蓄已厚，就請她修建報恩寺。但因日本侵犯朝鮮，朝廷正商議派兵討伐，修建之事只得暫停。
神宗皇帝因信仰道教，對內使經常為佛事行走，素來憎惡。有一次，太后派內使到東海牢山時，內庭以偶然事故觸怒了神宗，又傍及了太后，大臣們都覺得很危險。這正給朝內反對太后的朝貴一個下手的機會，有些打算先把送經內使除掉，然後惜用以前方士鬧事的流言來打擊大師和太后。因此他們先命令監視官員的服投人員，扮作道士的模樣，上殿擊鼓呈狀，告大師侵吞國家庫銀，皇上一閱，不禁大怒，下旨逮捕大師與送經使者。
大師聽到這一訊息，就召集了大眾說：「佛陀的慈悲拔苦精神，就是為了一個眾生，也不捨三塗苦趣。這東海是邊地，素來不聞三寶的名號。我在這裡教化十三年，連三歲的孩子都知道念佛了。至於那些舍邪歸正，修行佛法的，連鄉比戶都是。看到佛法在這裡生根發芽，我的願心已滿足了，死又有什麼值得遺憾呢?只是未能重興報恩寺，感到有些痛心罷了!」
當大師告別大家，離開即墨城的時候，城中的百姓老少，都流著眼淚來送別，對大師此行的安危都十分擔心。
大師到了京都，奉聖旨下押鎮撫司。在升堂拷問時，執事官先受風旨，準備迫大師盡招太后在各山所施的資財。在苦刑的拷訊下，大師說：「我作為僧人來說是慚愧的，因為無法報答國家和人民給我的恩典。今天，我不會可惜這生命的完結，只是這樣不分青紅皂白的死去，的確有傷於皇上對太后的大孝啊!我如果為了奉迎皇上，曲意妄招而損壞了倫常之道，的確不是臣子愛護君王的誠心，這樣做怎麼對得起歷史上那些清白高尚的賢哲們呢?」大師以精誡之心抵制了誣告，僅招認了以前供養的七百餘金，願請皇上查內庫帳簿。當查清了內庫後，除了以前代賑的七百餘金外，果然沒有絲毫差錯，神宗這才明白過來，於是母子和好如初。但皇上還是以大師私自建寺為由，貶大師流放雷州充軍。
自大師三月下獄起，京城內外諸寺院都為大師誦經禮懺，有些和尚還燃香煉臂持咒加詩大師。
到了十月底大師將南行時，朝中許多士大夫們，大多穿著褻服，偏倚一足來相送。
十一月，大師到了南京，在長江邊上老母親來與大師訣別。大師見老母親歡喜交談，音聲請亮，胸中沒有絲毫的滯礙，於是問：「當您聽到兒死生之際，難道就不憂愁嗎?」老母親說：「死生是由業力而定，我自己的死生尚且不憂，何況是你呢。但人言參差，我對此事又沒有決定的見解，所以覺得有些懷疑。」母子倆就這樣坐談到天亮，在即將訣別時，老母親囑咐說：「你應善以大道自愛，不要替我擔憂，今天我也與你長別了!」老母親說完，頭也不回地欣然上路去了。大師望著母親遠去的背影，感慨地想：「天下的父母都能這樣，豈不可以頓盡生死之情了嗎?」於是下筆寫了一首《母子銘》：
母子之情，磁石引鐵。
天然妙性，本自圓成。
我見我母，如木出火。
木已被焚，火元無我。
生而不戀，死若不知。
始見我身，是石女兒。
達觀大師因在石經山與大師相約，願在曹溪共振宗風，當大師遇難時，達觀大師正在匡山天池等候，聽到大師遇難的訊息，內心大驚道：「要是失去憨山大師，那曹溪共興的願望也不能實現了!」
達觀大師先趕到曹溪，然後到京請友好相救。再折回聊城，聽說大師準備離京，就回南京等待。
大師到南京後，在長江邊一個庵中與達觀大師相見。達觀大師提議要大師陳白冤屈，大師不同意，認為這是定業所感，不必多言。臨別時，達觀大師把住大師的手臂說：「我在無地聽說你遇難，就對佛許下誦《法華經》百部的願，為了你平安，只有靠我的心愿和你的口舌來完成了!」大師聽了，唯唯謝別。達觀大師又把所作的《逐客說》贈給大師。
十三、一路到曹溪
大師到了圓中，讀《圓覺經》時作了一篇四相章：
一、我相
鐘鼓鈴鑼不斷聲，
聲聲日夜說無生。
可憐醉生夢死宕，
鏡里相看涕淚傾。
二、人相
突兀巑岏聳鐵城，
刀林劍樹冷如冰。
誰知火向冰山發，
燒盡冰山火不生。
三、眾生相
鐵門緊閉杳難開，
關鎖重重亦苦哉。
可怪呻吟長夜客，
不知因甚此中來。
四、壽者相
一條血棒太無情，
觸著須教斷死生。
痛到切心酸鼻處，
方知王法甚分明。
出了圜中，路過長安市，又作了四首詩：
(一)
長安風月古今同，
紫陌紅塵路不窮。
最是喚人親切處，
一聲雞唱五更鐘。
(二)
體苦虛空自等閒，
纖塵不隔萬重山。
可憐白日青大客，
兩眼睜睜嘆路艱。
(三)
飄風驟雨一時來，
無限行人眼不開。
忽爾雨收雲散盡，
大虛原自絕塵埃。
(四)
空裡乾城野馬人，
目前仿佛如煙村。
直須走人城中看，
聲色原來不是真。
這詩中的禪味法味，耐人尋思。
第二年正月，大師渡過文江，訪問了鄒給諫。廬陵的大行王性海，拜謁大師在文江畔，請大師為《楞伽經》作注。二月，大師上大庾嶺，在嶺頭觀看了惠明奪衣缽的遺址，並作了一旨詩吊念，其中有：「翻思昔日宵行客，何似今朝度嶺心」的句子。大師見行人度嶺艱難，汗流滿身，就囑咐一位行人，要他設立一座茶庵在嶺頭。又見山路崎嶇難行，勸人修造山路，幾年後這條山路即成平坦了。
大師到韶陽，入山禮六祖大師。當他喝了一口曹溪水時，內心感慨地吟了一首詩：
曹溪滴水自靈源，流入滄溟浪抽天。
多少魚龍從變化，源頭一脈尚冷然。
大師到了祖庭時，看見一片調敝不堪的樣子，只得懷著淒涼的心情離去。到了五羊，大師身穿充軍的囚服朝見了大將。大將軍親自替他鬆了縛，又以齋食供養他，晚上就宿在海珠寺。
大師住下後，一位常講陰陽之學的周鼎石先生，一天率門生數十人來訪大師。談話間，周先生提出「通乎晝夜之道而知」的《周易》論題，其中一位老道長提出自己的見解說：「人人都有知覺，日間應付事務的是這個知覺，夜裡做夢的也是這個知覺，所以說：『通乎晝夜之道而知'」。周先生說：「大家都這樣說，我心裡認為不一定如此。」又問大師：「老禪師，請見教!」大師問：「這句話出那部典籍?」周先生回答說：「《易經》的繫辭，」接著便把繫辭的章句連續了幾句。大師聽後說：「這是聖人指示人要悟不屬生死的一著。」周先生一聽，立即拍案叫好，說：「還是老禪師指示的親切!」大家聽了都覺罔然，紛紛提出問題。周先生解釋道：「死生即是晝夜之道，通達於晝夜，就不屬於晝夜了。」這樣一說，滿座嘆服。
三月十日，大師抵雷州，住在城西的古寺里。
四月一日，大師開始著手注《楞伽經》。
這年雷州鬧饑荒，疫癘橫發，經年不下雨，死傷不可勝計。大師所住之處，好象屍陀林一樣，到處都是屍體，因為有法力加持，才得安穩無礙。天時乾旱得連井水也都枯竭了，隨從大師的侍者福善，在半夜時等了一罐井水，以充一日之渴。
到了七月，城內外橫屍遍地，大師勸人收拾掩埋了數以萬計的屍體，又為當地百姓作濟度道場，道場的儀式完畢，天即下起傾盆大雨，地面上的雨水上漲了三尺，從此厲氣即解，百姓於是得救。
第二年正月，會城也死傷了許多人，屍體遍地暴露。大師命人收拾掩理了數以千計的屍體，又建了普濟道場七晝夜，會城也便安寧下去。以前廣東人士多不知有佛教，自大師教化以來，有很多人皈依了三寶。
四月，大師寫成《楞伽筆記》。因為皈依大師的許多讀書人士未入佛理，大師又為他們撰寫《中庸直措》，發揮佛法的道理。
大師初到五羊時，上下官員見大師是帶罪的僧人，都很輕視。當時的制台大同馬陳罔如，對軍法極嚴格，大師也沒去見他，但陳大司馬卻常派人侍候大師。這年九月，大師同丁右武去拜訪他，門役回說不見，大師只得折回。晚上陳大司馬親到船中拜訪大師，還攜帶了茶點，一直談到三更。大師非凡的才能，使在座的大為驚佩。此後，陳大司馬對部下極力稱讚說：「憨山大師是僧中的麟鳳啊!」又下令讓三司往拜大師。從此，嶺南都知道大師是十分有德行的高僧，同時也知道恭敬三寶了。
十四、曹溪風景
萬曆二十六年(一五九八)，大師五十三歲。正月來了一位侍御軒樊，因堅持建立太子為副主的意見，被貶滴雷陽。他來到五羊訪大師，大師正在校對《楞伽筆記》。軒樊問大師：「雷陽風景如何?」大師拈起經卷說：「這就是雷陽風景啊!」軒樊聽了驚嘆大師非凡的胸懷，即為大師薦募集資金，刻印《楞伽筆記》。
有一儒生龍璋，一次聽到大師議論佛法，心裡非常驚異，回去對他的朋友王安舜、馮昌功說：「北來的一位禪師，說佛法很奇異。」這二位聽後即來向大師請教，大師對他們開示了禪宗的向上一著。他們聽後即深信不疑，切志於禪宗的參究。從此，五羊在這三人的帶領下，來皈依大師的人日益增多。
大師常常回憶起達觀大師許下的誦經之願，但因一直沒有條件，所以未能遂願。到了夏天，大師在山岩疊壁之間建了一座禪室，模仿大慧禪師冠巾說法的事跡，召集了舊日皈依的弟子，一邊誦經一邊為弟子說法，當誦到「見寶塔品」時，忽然悟入佛陀的深意即是指娑婆世界人人目的便是華藏，但須「三變」的目的，特為劣根人漸示一斑罷了。於是立即著手寫了一部《法華擊節》。
大師的弟子丁右武，生性急烈，為人慷慨，但只知敬僧，不知有佛法。他將要回家去時，大師送他到船，並重下鉗錘，這時丁右武幡然大悟。大師替他取了一個號叫「覺非居土」，又作了一篇《澄心銘》警策他：
真性湛淵，如澄止水;
僧愛擊之，煩惱浪起。
起之不休，自性渾濁;
煩惱無明，愈增不覺。
以我取彼，如泥入水;
以彼動我，如膏益火。
彼亂我真，亂實我生;
我苦不生，劫燒成冰。
是故至人，先空我相;
我相若空，彼從何障。
忘我之功，在乎堅忍;
習氣才發，忽然猛省。
省處即覺，一念回光;
掃蹤絕跡，當下清涼。
清涼寂靜，挺然獨立：
恬澹怡神，物無與敵。
第二年春，《楞伽筆記》刻成，大師為弟子講了一遍後，印了一百多部，遍送海內外佛教界的善知識和護法宰宜。
廣東風俗好殺，到了中元節，家家都要殺牲口祭先輩。這時節，市場上牲口堆積如山，真是慘不忍睹。大師此時建了盂蘭盆會，又講解了《孝衡鈔》，勸大家齋僧、放生，用蔬食祭先輩，聽從的人很多。從此凡遇喪祭大事，父母壽日，或者祈禳，或者拜懺，都放生素齋，後來還成立了放生會。佛法的慈悲救世精神，在大師的倡導下，逐漸在這裡生根發芽。
萬曆二十八年，權使初出朝廷，橫行於民間，加上日本入侵，人心惶惶不安。大師見局勢不便於弘法活動，即分散了弟子們，獨自閉關絕跡，深藏以避擾亂。
會城一帶因荒年而糧食不足，常從福建用白艚運米，時值地方混亂，大家只恐商人乘機提價，百姓都為此事擔心。
會城大將軍的公子即將外出，停船在海邊，這時湊巧有幾隻白艚也停在公子船旁。稅使早已蓄謀打擊大將軍，便藉口這幾隻白臘是大將軍為公子送行的，集合幾千個市民，投擲磚石，打破了公子的船隻。他們又圍住師府，待刀相逼，情況十分危急。這時正巧三司府縣的官員都赴端州行節禮去了，會城沒有一個正官，如果再無人解救，危險就在呼吸了。
大將軍無決解圍，即派中軍到大師關前求解，大師不答應，說：「我並沒有什麼神術。」中軍跪下哭泣說：「大師即使不考慮兵主的安危，難道就不考慮地方生靈的死活嗎?」大師聽他這麼一說，心中不禁惕然，即刻起身到稅使處，從容勸化，開曉其意。稅使聽大師一勸，果然明白了道理，願意去招安百姓，解散亂民。這時，大師先來到亂民前說：「你們今天所要求的，無非是想吃價格便宜的米，但如果今天犯了大法，就會有殺頭的危險，即使有了價格便宜的米，誰來吃呢?」亂民聽了都覺愕然，頃刻之間，帥府之圍即解開了，父老們都十分感激大師。
這時三司官員正在軍門吃飯，聽說市民作亂，都放下碗筷，一齊趕到會城，見亂民已散，心裡才鬆了一口氣。
秋天，南韶觀察使祝惺存，請大師入曹溪祖庭，大師乘興而入，看見四方流棍集於山門，打賭的，開酒食店的，無所不有，環境被搞得非常穢污。這積弊己有百年之久了，更可嘆的是，墳墓占了祖山，僧產多被侵占，並且寺中惡僧勾合外棍挾騙寺產，寺中僧人沒有一個敢正視現狀。大師不禁嘆息說：「這是心腹之患啊!假使不除去，那六租的道場終將化為狐窟，永遠不可藥救了。怎麼辦呢?我即使住在這裡又有何用?」大師考慮了半天，只得去告訴戴制台，戴說：「這事好辦，我試為大師去做。」即下令本縣坐守，限三天內把流棍全部驅逐，不留一人，拆除店鋪，不存片瓦。從此，曹溪山門的積垢如洗，又恢復了往日的清淨。
戴制台留大師過齋，談話間制台說：「六祖道場的腥膻，我已為大師洗淨了，目前地方生靈塗炭，大菩薩有何慈悲之法來救濟呢?」大師問：「這是什麼意思?」制台說：「這一帶海上有一夥強盜，他們擁有採珠船千艘。近來欽差奉旨採珠，又資助了他們的勢力。採珠結束後，他們橫行於海上，到處劫掠，這是第一。第二是地方開礦，朝廷采役橫暴亂來，挖掘墳墓，破壞百姓的財產，百姓處處遭受毒害，這比強盜的劫掠更殘酷，有上述這二害，所以百姓不能安寧地生活，請問大師如何處置呢?」大師回答說：「此事不容易，慢慢地再想辦法吧!」
朝廷派來的李採礦使，對佛教頗有信心，這年秋天他到曹溪進香，在山住了好幾天，大師對他開示了佛法，他聽了非常高興。大師勸他做重興祖庭的布金擅越，他慨然獨力承擔。大師又暗中對他說：「開採礦山對地方百姓損害很大，這大概不是皇上的本意吧?請你把採礦的船隻約束以期限，往來超過期限的就處以罪，礦一采完，應儘快地撤除差役，使他們無害於百姓，可以嗎?」李采使聽了唯唯應諾。回去之後就力行約束，從此山海地萬就安寧下來。
戴制台很感激大師的幫助，寫信感謝大師說：「今天我才知道佛祖的慈悲廣大!」因為這樣他護法的信心更切了。大師也因為有他們的幫助能夠在曹溪安心弘法。大師開闢了祖庭，改修道路，選擇優秀的僧人授戒，設立教育沙彌的義學。又設方了庫司，清規。查閱了租課，贖回了僧產。僅在一年之間，百廢俱興。
第二年，大師重修祖殿，改路徑，辟神道，移僧居，拓禪堂，又創立了新的清規。
十五、達觀大師的逝世
萬曆三十一年秋(一六零三)，大師在曹溪寫信給達觀大師，請他來重興祖庭，但因發生了震動海內的「妖書事件」，達觀大師不幸被捕入獄。所謂「妖書」即達觀大師要求朝廷減免礦稅的諫文，因為奸臣的挑撥，所以一片為國民的忠心，竟被冤屈入獄。
這時，執政者想把達觀大師處死。達觀大師說：「世法如此，久住何為!」就洗了浴，點起油燈，端坐說了一首偈：
一笑由來別有因，
那知大塊不染塵;
從玆收拾娘生足，
鐵橛花開不待春。
說畢即溘然而逝。達觀大師的近侍曹學程，聽說達觀大師已逝，急忙赴到，見師端坐不動，就撫著師的背說：「師傅去得好!」達觀大師又開目微笑而別。這時年齡只有六十一歲，他這樣灑脫自在的了脫，使朝野上下聞之，無不嘆服。
憨山大師聽到達觀大師逝世的訊息，便想趕去弔唁，但因路途遙遠，未能如願。大師從南嶽啟程，經過數千里的長途跋涉，終於趕上荼毗法會上，大師舉起火把說：
「性火真空，性空真火，狹路相逢，定沒處躲。恭維紫柏尊者，達觀大和尚，偶來人世，誤落塵寰。赤力力，脫盡娘生花衫;光礫爍，露出本來面目。荷擔正法，純剛就練就肩頭;徹底為人，生鐵鑄成肝膽。生死路上，直往直來;今事門頭，半開半掩。六十餘年松風水月襟懷;千七百則兔角龜毛在仗。饒地未後風流，未免藏頭露尾。撇下髒私，誰料落在憨山道人手中，今日恃為人天眾前，當場拈出，大眾還見嗎?」大師用火把畫了個O相，又說：
柱仗挑開雙徑雲，
通身湧出光明藏。
珍重諸人著眼看，
這回始信無遮障。
荼毗了達觀大師後，大師和達觀大師的弟子們將達觀大師的舍利安置在塔中，憨山大師又作了一篇塔銘，其中說：「師誕生後，五歲不語，一僧過門，摩其頂而謂其父曰：『此兒出家當為人天師。'言訖忽然不見，師逐能語。髻年，性慷慨激烈，婦女無敢近。年十七，欲仗劍北游，至蘇州閶門，天下雨，值虎丘僧明覺，見師少年不群，心異之，因與同蓋，歸寺餐宿。師夜聞誦八十八佛名經，侵晨，即解腰纏十餘金，請剃髮，禮明覺為師，往來三吳間。
「一日辭明覺師去，聞僧誦張拙見道偈，至『斷除妄想重增病，趨向真如亦是邪'遂大疑之。每至一處，輒書二語於壁間，疑至頭面俱腫。一日齋次，忽悟，頭面立消，自是陵躒諸方。
「過匡山，窮相宗奧義。一日行二十里，足痛，師以石砥腳底，至日行二百里，乃止。游五台，至京師，參遍融大長老，留住掛搭。遍參笑岩、暹理諸善知識。
「見大千潤公，上堂講公案，以口耳為心印，以帕子為真傳，師嘆日：『西來意果如是乎?'遂不入眾。南還，至嘉禾，有密藏道開，南昌人，棄青衿出家，依師為侍者。郡城有楞嚴寺，為長水疏經處，久廢。師與太宰陸五台公光祖心契，始議恢復，建禪堂五楹。成日，師行錐刺臂血盈盂，書一聯云：
若不窮心，坐禪徒增業苦。
如能護念，呵佛猶益真修。
「師念大藏卷帙重多，致遐方僻陬，有終身不聞佛法名字者。欲刻方冊，易於流通，普使見聞，作金。剛種子，即有謗者，罪當自代，遂倡緣。」
達觀大師在一些居士的幫助下，大量印刷了佛經方冊的單行本，便於流通，易於翻閱，對佛教的傳播產生了不可估計的作用。
塔銘中接著說：「師即刻藏嘉禾，有成議，」乃返吳門，省的得度師覺公，已還俗，以醫名。師乃詐姓名，稱病舟中。延明覺和尚珍視，覺見師，大驚，師即涕泣，勸之剃髮。覺慚愧，還執弟子禮。」由此可見達觀大師對師的至誠心和報恩心。
塔銘中又說：「予度嶺南五年，師以予未歸初服(即僧服)，每嘆日：法門無人矣!若坐視法幢之摧，則紹隆三寶者，當於何處用心耶?老憨不歸，則我出世一大負，礦稅不止，則我救世一大負;傳燈未續，則我慧命一大負。若釋此三負，當不復走王舍城矣。」
達觀大師時刻念念於懷的，是佛教的興盛、人民的幸福，可他這三負，在他在世時，卻沒有一件能圓滿成功，這責任無疑留給了憨山大師。
十六、風雲歲月
達觀大師逝世後，憨山大師回憶起他曾說過：「楞嚴經七趣因果，世間書籍沒有與它對應的註解。」大師當時說：「春秋正是說明因果的書啊。」於是發心寫《春秋左氏心法》，借發揮因果的道理，彈劾政治上不明因果而致的腐敗，提倡因果乃立世不本。
萬曆三十三年，大師六十歲。這年三月，大師渡過瓊海，訪尋蘇東坡曾在此住過的桄榔庵和白龍泉，又尋找覺范禪師的遣跡，結果沒尋到。晚上住在明昌塔院，寫了一篇《春秋左氏心法序》。
第二天，大師游石山，寫了《瓊海探奇記》和《金栗泉記》。晚上登上郡城，看見城中生氣不佳，立刻對地方人士說：「瓊城將有災難了，你們趕快逃避吧!」但人們都還以為大師在騙他們。當大師收拾行裝準備離城時，郡城的土大夫們苦苦相留，但他無論如何也堅持要去。
第二天大師印渡過瓊海，半個月以後，瓊城即發生強烈的地震。城東的舊壁和門都陷了下去，城中的官舍完全傾塌，明昌塔倒下正壓碎了大師曾居住過的樓房。許多知情人都認為大師有神通。
四月制府檄大師回五羊。七月大師到曹溪。這時祖殿已完成十有六七，修建時欠工料費千金，大師向兩位內使化緣，償還了借款。大師又修建了五羊青門長春庵，作曹溪的廨院，為六祖大師辦供。
萬曆三十四年，神宗皇上的長孫誕生，朝廷大行恩赦，凡在充軍的老年有病者，及有錯貶的，都聽其辯明釋放。大師也在釋放之例。
第二年，大師遷籍曹溪，在山中常為弟子說法。
大師幼年時曾讀《老子.道德經》，因文古意幽，文句艱澀難懂，決心參究其中的義理。後經梢家弟子請求為《道德經》作注，因此，大師從萬曆二十年開始落筆構思，一定到參究透徹才落筆，如有一字未通，決不輕易放過。這樣努力了十五年才完成了《道德經注》。大師曾說過：「我在寫經註解時，總是凝神入觀，體契佛心，到了內心智慧明徹時，才寫在紙上，如東一涉思議，不中用。」可見大師的文章，都是從般若心中流出的。
萬曆三十六年，大師計畫修建曹溪大殿，化緣金，運木材，都親自奔波。
第二年二月，大師從端州運木材回來，被大風阻在羚羊峽。這時大師漫遊端溪，寫了一篇《夢遊端溪記》。木材運到蒙江，大師先入山，正想召集僧眾搬運木材時，不料有幾個奸僧被奸商所動，出來反對大師，造謠說大師侵吞了常住，並鼓動大眾反對大師，寺內一片喧譁。大師看到這情況，心中嘆息說：「這都是我重建佛教，太著相的過錯啊!」
正當大眾混亂時，大師獨坐在堂上，焚香誦《金剛經》，誦到佛說四見即非四見時，忽然大悟，即下筆寫了一篇《金剛決疑》。稿成時，大眾也寂鋒了，但這幾個奸僧卻上告到按院，按院準其辯明是非。
大師飄然出門到按院聽理，但困在芙蓉江病了二年，到了第三年七月才到郡縣。這時「直指按部」也到郡訪大師，因司理聽信奸僧的誣告，欲加罪於大師，「直指按部」出來反駁說：「大師大有功於六祖，他捨去了自己的一切來振興祖庭，現在奸僧反而得利，這難道是平等法門嗎?」司理只得下放本府嚴究。本府到了曹溪，調查了實際情況，了解到大師對常住財物絲毫無犯，本府重怒奸僧，要不是大師的解救，難免一死。
本府見大師如此高潔，再三請大師留住山中，但大師對修建叢林之事已生厭倦，因此力辭。大師把禪堂交付弟子懷遇掌管之後，自己一人飄然長往了。
大師離曹溪時有付弟子詩十絕，錄三首如下：
福田種子要深栽，
因果如臨明鏡台。
親到寶山千萬次，
這回不可又空回。
功德園林不可輕，
腳跟步步要分明。
莫教錯落隨他去，
免使盲人又夜行。
少小能存向上心，
毫芒終長到千尋。
只須歷盡冰霜苦，
姑得成材出郭林。
大師到南嶽時有留給嶺南弟子詩十絕，錄四首如下：
底事分明在己躬，
不須向外問窮通。
但能觸處回光照，
莫被塵勞困主公。
大道從來絕本真，
多因分彆強疏親。
直須看破娘生面，
方是塵中特達人。
塵勞浪跡久和光，
只為拈提此事忙。
千尺釣竿幾斫盡，
海天回首更茫茫。
為法寧辭道路賒?
空雲瘴海是天涯。
頻將一點曹溪水，
灌溉西來五葉花。
十七、在匆忙的弘法中
萬曆三十九年，大師在端州鼎湖山養痾。有許多懦生相依請教，大師便寫了一篇《大學決疑》。
第二年大師轉住五羊長春庵，對榮子講解《大乘起信論》、《八識規矩頌》、《百法明門論》等。又因以的所著的《法華擊節》文義联絡不分，學者難以領會。於是又寫了一部《法華品節》。
萬曆四十年，大師在長春庵結夏，對弟子請解《圓覺經》。經文剛講至一半，突然發了嚴重的背疽，請來醫生也洽不愈，生命極其危險，五羊大將軍準備為大師安排後事，正在這時，來了一位本地土醫，一見大師的背疽便說：「很危險了，再過一會兒就沒救了!」他立刻到山采了草藥，搗碎敷上，隨即奏效，到了冬天就完全恢復了。背疽好後，大師寫了一篇文章感謝地。大師這時發背疽和四十八年前初坐禪一樣，同是宿業怨債，雖然在這四十八年中常有發生，但都隨禱而止，而這一次卻算是最後償還怨債了。
次年，大師離開長春庵到衡陽去，在大善寺為眾僧說戒。馮元成居士替大師造曇華精舍，作弘法道場。這時太后逝世，大師在此建報恩道場，才開始脫去俗裝，穿還僧服。
大師在東海時曾立意寫《楞嚴通議》，因一直無暇寫作，到這年五月動筆，五十日稿成，適大師高足悟心、顓愚來看望，大師即作詩贈之：
《送悟心融營座還京口》
空山擬伴若餘年，「
何意東歸上法船。
好待海門孤月上，
話頭一為老僧圓。
《訊頻愚衡公病》
四大久觀如泡影，
痛魔何處用潛蹤。
主人自有安閒法，
只在無生一念中。
萬曆四十三年(一六一五)，大師七十歲、這年春天，大師為大眾講解《楞嚴通議》。四月，大師著《法華通議》，因為《擊節》和《品節》都未能融貫法華全文，因此又作通議來補充其疏略。接著大師又講解了《大乘起信論》及寫《起信論略疏》。
第二年，正是達觀大師逝世的十二周年，大師難忘法門友誼，一直想親自去弔唁。至四月，大師離湖東，端午節又到武昌禮大佛。游九峰山禮無念禪師塔。六月到了潯陽，游東林寺，寫懷主詩。登上廬山吊徹空禪師塔。夏天在金竹坪避暑，在此寫了《肇論注》。廬山的幽勝環境，使大師產生了在此歸隱之意，於是遊覽了全山勝景，一路來隨緣弘法。七月，游歸宗，登金輪峰，禮舍利塔，又在這裡留下一些詩篇。
這時有一僧人把五乳峰讓給大師，大師見環境非常幽靜，很滿意，後由弟子們建造精舍。
八月，大師到黃梅禮四祖和五租，入紫雲山，過桐城，游浮山，登九華，抵金沙、渡梁溪，達惠山，過吳江，一路上會好友，談佛法，最後到達徑山寂照庵。
大師在徑山和達觀大師的許多弟子一同紀念達觀大師。大師先後寫了一篇祭文，後又把達觀大師的舍利藏在又殊台，弟子法鎧建了一座塔，大師又作了一篇塔銘刻在塔前。
這年大師在徑山過年，開堂為大眾講《參禪切要》。因為法鎧請問法相宗義，大師便寫了一本《世相通說》。這時間大師還寫了一篇《擔板漢歌並引》，玆引於下：
「徑山法窟，自大慧中興臨濟之道，相續慧命，代之不乏。近來禪門寥落絕響，久矣。頃一時參究之土，坐滿山中，至有一念瞥地，當體現的，得大自在背，惜乎!坐在潔白地上，不肯放舍，以為奇特，不知反成法礙也。教中名所知障。所以古德云：『直饒做到寒潭皎月，靜夜鐘聲，隨叩擊以無虧，觸波瀾而不散，猶是生死岸頭事。所謂荊棘林中下腳易，月明簾下轉身難，各抱守竿頭，靜沉死水，尚不許坐住，說有未到瞥地，偶得電光三味，便以為得，弄識神影子者乎。'此參禪者得少為足，古今之通病也。恐落世諦流布，疑誤多人，有請益者，乃笑為《擔板漢歌》以示之。歌日：
擔板漢，擔板漢，
如何被他苦相賺。
只圖肩上輕，
不顧腳跟絆。
縱繞擔到未生前，
早已被他遮一半。
這片板，頂上枷。
渾身骨肉都屬他。
若不快便早拋卻，
百千萬劫真怨家。
坐也累，行也累，
明明障礙何不會?
只為當初錯認真，
清淨門戶生妖魅。
開眼見，閉眼見，
白日太空生閃電;
乾闥婆城影現空，
痴幾說作無宮殿。
要得輕，須放下。
臭死蝦蟆爭甚價;
烏豆將來換眼睛，
魚目應須辨真假。
有條路，最好行，
坦坦蕩蕩如天平;
但不留戀傍花柳，
管取他年入帝京。
捨身命，如大地，
牛馬駝驢不須避;
果能一擲過須彌，
劍樹刀山如兒戲。
如愛他，被他害，
累贅多困費管帶;
一朝打破琉璃瓶，
大地山河多粉碎。
我勸君，不要擔，
髑髏有汗當下乾;
分身散影百千億，
從今不入生死關。
看了《擔板漢歌》，那深含理性的生動言句，使人明了參禪的路頭風光及其到家的訊息，確是宗門實修的指南。
十八、菩薩應世
萬曆四十五年，大師七十二歲，正月在徑山為大眾說戒，結束後辭別徑山的大眾，到雲棲山弔唁雲棲大師。這時雲棲大師的弟子千餘人，久侯在山中。大師在禪堂里對大眾發揮了雲棲大師在生時的密行，弟子們聽著聽著，有的落下了眼淚，發出悲泣的聲音。他們又請大師作了《雲棲大師的塔銘》。
大師出生時，玄津法師、譚孟恂居士，以及許多儒生紳土，留請大師在淨慈堂說菩薩大戒。這時大師作了一篇《宗鏡堂記》。
大師在杭州的訊息使全國許多名德慕名而來，他們匯集在西湖，各抒己見，提出詰難，大師一一予以答覆，氣氛十分熱烈，是一次東南法會中盛說況空前的殊勝法會。
玄津法師、譚孟恂居士在此將大師以前遊歷中所作的另星作品，整理成《東遊集》刊行於世。
此時，大師的功夫日趨成勤。雖然到處弘法，卻不須塵拂和錫杖隨身，他的面色玉一般的光晰，身體非常強壯，即使在酷暑中行走，也無半點汗水。晨夕盥沐時，盆中之水依舊清澈無濁。大師坐的時候，總是雙枷跌，而且不須用手幫助。無論開眼合眼，二六時中，常在定中。不論是日間或夜裡，在行住坐臥中，一聞他人啟請法語，眼光如電，限眶里沒有絲毫的纖留，也不須用手去拭。大師上堂說法時，辯才無礙，一啟口就是數千百享，從來不吃一字，而且聲如洪鐘，震動堂外。大師提筆寫開示法語時，不起於坐，敘述數千百字，筆無停留。平時，大師左手時刻轉著數珠，右手握一柄白竹骨的析疊扇，無論冬夏常在手中，但不是為了扇涼，而是當遇著人天三界大指麾時，當案一擊，靡不呼應。
大師的道力神通的顯現是無數的。在宗鏡堂時，一天大師正升堂說法，見兩僧挾持一僧走上台階，而那被挾的僧人顛狂不止。這兩僧乞求大師說：「這位師兄持大悲咒五年，平時行為也端正，不知何故會著魔成這個樣子，請大師替他治吧!」大師說：「這病可醫!」就命侍者在堂里尋到三位持穢跡金剛神咒的僧人。大師先在座位上自持神咒，又叫那三位僧人把神咒傳給顛狂僧。開始時，那人不省人事，大師以扇在案上震威一擊，再提授一句，顛狂僧即能隨持，這樣逐句傳完後，顛狂僧如夢初醒，從此就再也無病了。大師叫他到香積寮去。
又一日，有一僧來頂禮，還未禮畢時，大師即擊扇喝值：「殺人賊，見我作什麼?!」知客僧聽見急忙趕來，那禮拜僧不說一句話就去了。大眾都驚愕不解地看著。第二天這僧被官府所捕，大眾這才明白大師的神通妙用。
大師的神通事跡是不勝枚舉的。又有一次，大師在嘉興金明寺禪堂，晚上和道友們在談論著佛法，忽然有一個提挺直馬鞭子的人，在堂門外呼叫，有認識的說這是糧衙錢皂隸，都當做他喝醉了，想把他趕走，但他非但不去，反而越叫越響，聲音中還夾雜著佛教術語：「今日活菩薩降臨，我應該受超度了!你們不要攔阻我。」大家聽了覺得奇怪，就去告訴大師。大師說：「可以讓他進來。」那人一進來，即合掌禮拜具佛子威儀。大眾都好奇地望著他，見他雙膝著地，作鬼話說：「弟子仲日仁生的持長齋，修淨土八年，今天是我亡故的五七期，借錢皂隸的身體求大師超度。我不願到陰府去，應該往生西方淨土，望菩薩慈悲指引。」說畢伏地流淚，悲泣不止。大師叫侍者中專修淨土的耆宿六人侍立，自己親自捻著數珠，並叫給他一數珠念千聲佛號，這托鬼的身體即能跟隨念佛，一堂大眾，肅然無聲。念佛結束後，大師又演蒙山施食文，當誦到：「應觀法界性，一切唯心造」時，舉扇擊案大喊道：「速得解脫!」那人即答道：「解脫竟!」這樣一連三呼三應，速度快極。過後，托鬼身站了起來，具佛子威儀，向大師稱謝往生淨土，又頂禮東西兩旁的大眾說：「各各努力，龍華會上相逢!」大約過了二小時，大眾還聚在禪堂里未散，有的在哭泣，有的在嘆息，也有的在偷偷暗笑，甚至有的還在訾議著，大師無動於衷，處之晏如。
第二天，大師送他到臨崖，他感激地頂禮大師，然後依舊返回禪堂門口，說了幾句謝錢老宮賴托得度的話，便猝然撲地而醒，又是原來的錢皂隸了。這時旁邊的一位知情人說：「仲日仁是隔河仲癢士、名聞韶的父親，在生時修淨土十分虔誠，這感應確是應該的。」大師的弟子福征也在旁說：「日仁是我的壁經社友。」就同善信等數十人去拜訪。到了他家，這才知道已死了五七三十五日了，而那個錢皂隸因催糧到了地的靈座前，仲日仁乘他醉時，就引魂得度。
過了幾天，有一位許泰惟居土，素來信佛，他見過大師的神通感應，就請大師到他家，為父親設靈，叩求大師說法。大師一席法語中，處處都指出他父親在世時的陰暗事，聽到的人都被大師驚人的道力懾服了。
僅只幾天，人們奔走相告，相傳著活菩薩應世。無論男女老幼，都懷著一顆虔誠心想見一見大師。此刻，大師正在東塔，片刻之間，人們蜂湧而至，成千上萬的人群站滿了山門到方丈室的所有空間，人們要見大師的呼聲一陣響依一陣。這時，大師和幾位侍者，走到東塔的二層視窗，向大眾慈悲致意，大眾一見大師，禮拜的人群此起彼伏，如煙加雲，人們從大師的道德神通，看到佛教的偉大，內心的虔誠和欣喜不可言喻，一直禮拜到天黑後，才漸漸散去。
第二天，前來供養大師的人仍很多，大師覺得這樣下去不好，第三天即渡江到淞陵了。
十九、指歸淨士
萬曆四十六年(一六一八)，大師七十三歲。這年開始在五乳峰造佛殿和禪堂。大師為了追效廬山慧遠大師六時念佛的芳規，又囑咐弟子在佛殿中精造西方三聖像。
次年，殿宇修成後，大師在正月開始諷誦《華嚴經》，在此期間並為大眾講解了《法華通議》。到了夏季，大師又為大眾講解《楞嚴經》、《大乘起信論》、《金剛經》、《圓覺經》、《唯識論》等。八月十五日;講經法會圓滿後，大師閉關靜修，謝絕一切外緣。在靜室中，大師以刻香代漏，六時念佛，專意淨土。
不久，大師又考慮到華嚴一宗將要失傳，因為清涼疏鈔文廣義繁，學者心志不及，大多不敢深入。於是大師但取疏中大旨，落筆寫《華嚴綱要》，對華嚴宗的復興起了一定的作用。
萬曆四十八年(泰昌改元)，大師七十五歲。這年春季，侍者廣益請大師著述《圓覺經直解》、《起信論直解》及《莊子內七篇注》。
夏天，大師足生疾病，行走不便。秋天，許多居士上山問道，大師在病中對他們開示佛法，又作了列代祖師傳記七十多首，每首都附上贊文流通於世。
大師自離曹溪到廬山已有八年時間，那些住在曹溪的弟子們日夜思念著大師。他們常派代表去廬山問訊，想請大師回曹溪，但大師不同意即刻前往。後又有許多曹溪的居士們前來請大師，大師都以有病為由，婉言謝絕了他們的誠意。
次年夏天，弟子眾請大師講解《楞嚴筆記》。十月，大師弟子孝廉劉起相等再請大師去曹溪，大師又以病為由謝絕了。
天啟二年(一六二二)大師七十七歲。這年大師寫成《華嚴綱要》。又為大眾講解《楞嚴經》、《圓覺經》、《大乘起信論》、《肇論》。這時，曹溪吳郡守、韶陽太守等許多弟子，第三次又請大師去曹溪，大師情不獲已，決定去一趟。這年冬天，大師出廬山、度彭湖，在臘月初八登上嶺南，十五日入曹溪。這時大師在大眾的請求下即開始寫年譜。
天啟三年(一六二三)，大師七十八歲。春天，韶陽太守等居土入山請大師說法，五羊法性等弟子也來到曹溪。大師雖已年邁，但菩薩悲心，法施無厭，在禪堂里先對大眾說大戒，次說《起信論》、《唯識論》、《楞嚴經》。
八月，大師遣侍者去感謝吳郡守的護法誠心，持者將行時，大師囑咐說：「佛祖弘法，貴在時節因緣，緣與時違，化將焉托?一期事畢，吾將歸矣!」大眾聽了都覺罔然，還以為大師想歸廬山了。
重陽節，大師替侍者深光書寫的山居詩跋中說：「老人雖慵於筆硯，恐一息不來，又作來生欠耳。若以詩字觀之，則孤思多矣!」
十月初一，弟子通炯從廬山來拜見大師，大師遍間了五乳的常住大眾以及山中諸剎的耆舊，心裡非常高興。這時弟子淨泰請大師作「自贊」一首，敘述生平大意。
十月初三，少宰蕭玄圃入山訪大師。大師與他交談了三晝夜，少宰問大師求法要，大師隨手寫了二則法語、三首詩贈給他。
初六，少宰出山，大師囑咐他說：「你是社稷蒼生的仰望，前途珍重!」少宰與大師相約再晤之期，大師說：「山僧老了，四大將離，你我再晤的時候當在龍華會上了!」
初八，大師示現微疾，弟子大眾都來問候，大師對他們說：「老人勞倦了，不是生病!」
初九，弟子送藥給大師，大師說：「我就要去了，藥物對我有什麼用!」侍者廣益聽了，大驚失色地說：「和尚脫苦不諱，有何咐囑?」大師聽了斥責道：「你持老人多年，如何作這等見解?」又對大眾說：「你們當念生死事大，無常迅速，切實念佛!」廣益又問：「和尚不示一言，何以道遵行?」大師說：「金口所宣，當成故紙，我言何用!」於是不留一字。
十月十二日，正是大師的生辰。這天緇素弟子云集曹溪，韶陽太守入山送給大師紫譜羅禪衣，為大師祝壽。兩人相對坐談了一日，晚上，太守出去後。大師即叫侍者倒水沐浴。第二天早上，大師披上太守所送的紫譜羅衣，去與太守訣別。當太守再次來到大師榻前時，大師對他說：「山僧行矣，多謝大護法盛心!」太守說：「大師法身無恙，不佞是地方守土，即是主人，一切都由不佞來護法。」大師聽了微笑合掌稱謝。到了中午，太守告辭下山，大師即叫侍者瑞淨水漱口，又對待者說：「今日乃截斷葛藤。」又叫侍者瑞湯沐浴更衣。之後，又召集大眾圍繞念佛，佛聲一停，大師對大眾說：「你們不要驚惶，應當依佛制度，不得披痲服孝，勿得悲哭。你們要一心念佛!」
晚上申時，人天限目，三界導師端坐而逝了，這夜，大師身上的毫光照亮了天空，山中的眾鳥發出悲鳴，緇素弟子的哀慟之聲振憾著山谷。
大師圓寂後，面色依然加玉般的潔潤，嘴唇依然還是那麼紅澤，手足依然還是那麼柔軟，就像平時入定一樣。
大師弟子遣報太守，太守即差官臨吊，替大師封龕。
這時少宰蕭玄圃別大師還只五日，尚在雄州，聽到大師逝世的訊息，悲哀竟日。又聽到大師臨終的因緣，便又非常高興他說：「大師是聖位中人，若非生死關頭了徹，怎有這等自在!」立即撰寫挽章遣吊。又捐資兩百，寫了一封信，囑咐二太守替大師建造影堂。
在廬山五乳峰的弟子，聽到大師逝世的訊息，弟子福善等，立即趕到曹溪。在正月二十一日，扶大師靈龕歸五乳，二月二十八日報廬山五乳峰法雲寺。
二十、金剛不壞的肉身
弟子們將大師的肉身護送到廬山後，因廬山氣候陰濕，侍者福善建造了一座塔院，將大師肉身龕安供在塔上。
十一年之後，廬山猛虎作亂，五乳峰法雲寺處在危險之中。福善拍塔地不安全，就恭敬地請出大師的肉身龕，見護龕有一半被蟲蟻侵蝕，因不敢入葬，就照舊封在塔中。
又過了九年，嶺南弟子陳宗伯、劉起相等受曹溪佛教界的委託，去廬山迎大師歸曹溪。當大師肉身護運到梅嶺時，正遇到新任廣東總鎮宋昭明，就命土卒用車載龕，親自送至曹溪。
宋昭明居士上任後才幾個月，又來到曹溪。這時護龕的弟子廣成、慈力，見龕內有罅，就在罅上私自鑿了一個小洞窺視，見大師肉身端坐如生，想打開龕室，但心裡又猶豫不決。宋昭明知道後，即抽出佩刀，劈開罅龕，看見大師雙跌端坐，如在生時一樣莊嚴，指爪頭髮都在生長，膚色依然鮮紅，紫譜羅衣和掛珠還嶄新。這時一陣風吹來，衣服忽然如雲碎星散，隨風飄舞，地方民眾把它們掇拾去，作為吉祥的象徵。
正在這時，忽然來了一位僧人，他請求要用印度保護肉體的方法來保護大師肉身，徵得大眾同意後，他就用海南的栴檀香末，塗在大師身上，在外表看來，好似一層油漆一樣。這僧人塗畢後，竟自而去。
大師在生時，曹溪的一位善信婦女，她發願繡制千佛衣一襲供奉大師，她怕口氣不淨，就用黃絹裹口繡制，千佛衣製成後，大師卻已人龕，這件千佛衣就藏在寶林庫笥里。現在又取出此衣，披在大師肉身上，雖然經過了二十二年，但光彩照人，如新制的一樣。
封龕圓滿後，弟子們就將大師安置在舊塔院供養，並改號為憨山寺，距離南華寺寶林禪堂的半里地。
弟子們根據洪養六祖大師的慣例，每日早晨用熱水香湯一盂，熏大師面出汗，又以毛巾拭乾，接著和在生時一樣，供給飲食。一周年還要進行一次沐浴。
每年到了二月和八月，全國各地佛弟子們成群結隊地上山朝拜憨山大師的肉身，帶著萬分敬抑的心情，在大師前禮拜發願，吸取了上求佛道、下化眾生的精神力量。四百多年後的今天，大師依然以他堅固不壞的金剛之身端坐在那裡，誰說大師逝世了?大師不依舊以那慈悲的雙眼關注人間、利益一切眾生嗎?
(《憨山大師的一生》完)
本書根據《憨山大師蘆譜疏》、《東遊集》、《夢遊集》等書編述。
附錄，大師法脈四十字：
德大福深廣，慈仁量普同。
修持超法界，契悟妙心融。
寂靜覺常樂，圓明體性通。
慧光垣朗照，道化久昌隆。
附《東遊集》法語三則
徑山禪堂示參禪切要
禪宗一門，為傳佛心印，本非細事。始自達磨西來，立單傳之旨，以《楞伽》四卷印心。是則禪雖教外別傳，其實以教印證，方見佛祖無二之道也。其參究工夫亦從教出，《楞伽經》云：「靜坐山林，上中下修，能見自心妄想流注。」此實世尊的示工夫之訣法也。又云：「彼心意識，自心所現，自牲境界，虛妄之想，生死有海，業愛無知，如是等因，悉以超度。」此是如來的示悟心之妙旨也。又云：「從上諸聖，轉相傳授，妄想無性。」此又的示秘密心印也。此黃面老子，教人參究之切要處。及達磨示二祖云：「汝但外息諸緣，內心無喘，心如牆壁，可以入道。」此達磨最初示人參究之法要也。傳至黃梅，求法嗣時，六祖剛道得本來無一物時，便得衣缽，此相傳心印之的旨也。及六祖南還，惠明等追至庾嶺奪衣缽，祖棄石上，明提掇不起，明云：「我為法來。」祖云：「汝為法來，但屏息外緣，不起一念，當為汝說。」明良久，祖云：「不思善，不思惡，正恁麼時，阿那個是明上座本來面目?」明即大悟。此是六祖第一示人參究之的訣也。
是知從上佛祖，只是教人了悟自心，認得自己而已，向未有公案話頭之說。及南嶽青原而下，諸祖隨直開示，多從疑處敲擊，令人回頭轉腦便休。即有不會者，雖下鉗錘，也只任他時節因緣。至黃檗，始教人看話頭。直至大慧禪師，方才極力主張教學入參一則古人公案，以為巴鼻，謂之話頭，要人切切提撕。此何以故?只為學入八識田中，無量劫來惡習種了，念念內熏，相續流注，妄想不斷，無可奈何。故將一則無義味語，與你咬定，先將內外心境妄想一齊放下。因放不下，故提此話頭，如斬亂絲，一斷齊斷，更不相續。把斷意識，再不放行。此正是達磨外息諸緣，內心無喘，心如牆壁的規則也。不如此下手，決不見自己本來面目，不是教你在公案語句上尋思，當作疑情，望他討分曉也。即如大慧專教看話頭、下毒手，只是要你死偷心耳。如示眾云：「參禪唯要虛卻心，把生死二字，貼在額頭上。如欠人萬貫錢相似。晝三夜三，茶里飯里，行時住時坐時臥時，與朋友相酬酢時，靜時鬧時，舉個話頭，狗子還有佛性也無?州云：『無'!只管向個裡看來看去，沒滋味時，如撞牆壁相似。到結交頭，如老鼠入牛角，便見倒斷也。要汝辦一片長遠身心，與之撕挨。驀然心花發明，照十方剎，一悟便徹底去也。」此一上，是大慧老人尋常慣用的鉗錘。其意只是要你將話頭堵截意根下妄想流住不行，就在不行處看取本來面目。不是教你在公案上尋思，當疑情討分曉也。如云：「心花發明。」豈從他得那?
如上佛祖，一一指示，要你參究自己，不是向他玄妙言句取覓。今人參禪做工夫，人人都說看話頭，下疑情，不知向根底究，只管在話頭上求，求來求去，忽然想出一段光景，就說悟了，便說偈呈頌，就當作奇貨，便以為得了，正不知全墮在妄想知見網中。如此參禪豈不瞎卻天下後人眼睛。
今世少年，浦團未穩，就自稱悟道，便呈口嘴，弄精魂，當作機鋒迅捷，想出幾句沒下落的胡言亂語，稱作頌古，是你自己妄想中來的，幾曾夢見古人在!
若如今人悟道，這等容易，則主人操履，如長慶坐破七個蒲團，趙州四十年不雜用心，似這般比來，那古人是最純根人，與你今人提草鞋也沒用處。增上慢人，未得謂得，可不俱哉!
其參禪看話頭，下疑情，決不可少。所謂小疑小悟，大疑大悟，不疑不悟。只是要善用疑情，若疑情破了，則佛祖鼻孔，自然一串穿卻。只如看念佛的公案，但審實念佛的是誰，不是疑佛是誰，若是疑佛是誰，只消聽座主講阿彌陀佛，名無量光，如此便當悟了，作無量光的偈子出來，如此喚作悟道，則悟心者如痲如粟矣。苦哉!苦哉!
古人說話頭如敲門瓦子，只是敲開門，要見屋裡人，不是在門外做活計。以此足見依話頭起疑，其疑不在話頭，要在根底也。只如夾山參船子，問云：「垂絲千尺，意在深潭，離釣三寸，子何不道?」山擬開口，師便一橈大落水中。師又打，山大悟，乃點頭三下。師日：「竿頭絲線從君弄，不犯青波意自殊。」若是夾山在鉤絲上做活計，船子如何捨命為得地。此便是古人快便善出身路也。
在昔禪道盛時，處處有明眼知識，天下衲子參究者多，到處有開發。況云：「不是無禪，只是無師。」今禪家寂寥久矣!何幸一時發心參究者多，雖有知識，或量機權進，隨情印證，學人心淺，便以為得，又不信如來聖教，不求真正路頭，只管懵做。即便以冬瓜印子為的訣，不但自誤，又且誤人，可不懼哉!且如古之宰官居士，載傳燈者，有數人而已，今之塵勞中人，粗戒不修，濁亂妄想，杖己聰明，見僧便斗機鋒，亦以自己為悟道。此雖時弊，良由吾徒一盲引眾盲耳。老人非敢妄自僭談，今遵佛祖真正功夫切要處，大家商量，高明達士，自有以正之。
雲棲方丈示念佛切要
念佛求生淨土一門，元是要了生死大事，故云念佛了生死。今人發心，因要了生死，方才肯念佛。若只說念佛可以了生死，不知生死根珠，畢竟向何處了?若念佛的心，斷不得生死根株，如何了得生死?如何是生死根株?古人云：「業不重不生娑婆，愛不斷不生淨士。」是知愛乃生死之根株。以一切眾生，受生死之苦，皆愛欲之過也。推此愛根，不是今生有的，也不是一、二、三、四生有的，乃自從無始最初有生死以來，生生世世，捨身受身，皆是愛欲流轉，直至今日。翻思從前，何曾有一念暫離此愛根耶?如此愛根種子，積劫深厚，故生死無窮。今日方才發心念佛，只望空求生西方，連愛是生死之根的名字也不知，何曾有一念斷著。既不知生死之根，則念佛一邊念，生死報只聽長，如此念佛，與生死兩不相關。這等任你如何念，念到臨命終時，只見生死愛根現前，那時方知念佛不得力，卻怨念佛無靈驗，悔之遲矣!故勸今念佛之人，先要知愛是生死根本而今念佛，念念要斷這愛根。即日用現前，在家念佛，眼中見得兒女子孫家緣財產，無一件不是愛的，則無一事無一念不是生死活計，如全身在火坑中一般。不知正念佛時，心中愛根未曾一念放得下。直如正念佛時，只說念不切，不知愛是主宰，念佛是皮面。如此，佛只聽念，愛只聽長。且如兒女之情現前時，回光看看這一聲佛，果然敵得這愛麼?若斷不得這愛，畢竟如何了得生死?以愛緣多生習熟，念佛才發心，其生疏，又不切實，因此不得力。若目前愛境主張不得，則臨命終時，畢竟主張不得。故勸念佛人，第一要知為生死心切，要斷生死心切，要在生死根株上念念斬斷，則念念是了生死之時也。何必待到臘月三十日，方才了得，晚之晚矣!
所謂目前都是生死事，目前了得生死空，如此念念真切，刀刀見血，這般用心，若不出生死，則諸佛墮妄語矣!故在家出家，但知生死心，便是出生死的時節，豈更有別妙法哉!淨慈宗鏡堂示持準提咒
為弟子譚捐征等說
在家弟子，五欲濃厚，煩惱根深，日逐現行，交錯於前。如佛湯滾滾，安能一念清涼?縱發心修行，難下手做工夫。有聰明看教，不過學些知見，資談柄，絕無實用。念佛又把做尋常看，不肯下死心。縱肯，亦不得力，以但在浮想上念，其實藏識中習氣潛流，全不看見，故念佛從來不見一念下落。若念佛得力，豈可別求玄妙耶?今有一等好高慕異的，聞參禪頓悟，就以上根自負，不要修行，恐落漸次。在古德機緣上，記幾則合頭語，稱口亂談，只圖快便為機鋒，此等最可憐愍者。看來，若是真實發心怕生死的，不若持咒入門，以先用一片懇切心，故易得力耳!
譚生福征，問在家修行之要，故示之以此，觀者切莫作沒道理會，以道理誤人力多，故此法門，尤勝參柏樹子、乾屎橛也。