念珠的作用主要是幫助修行者收攝心意，消除妄念，專注修行。同時也使修行人完成每日規定的課誦不致懈怠，記數而用。
《木穗子經》中，佛陀開示毗琉璃王「欲滅煩惱障報障者，當慣木穗子一百八，以常自隨，若行，若坐，若臥，恆常至心無分散意，稱念佛陀、達摩、僧伽名、乃過一木穗子，如是漸次度木穗子，若十若二十，若百若干，乃至百千萬，若能滿二十萬遍，身心不亂，無諸謅曲者，捨命得升第三焰摩天，衣食自然，常安樂行；若復滿一百萬遍者，當得斷除百八結業，始名背生死流，趣向泥洹，承斷煩惱根，獲無上果。」
《佛說校量數珠功德經》說「受持數珠校量中功德，獲益差別，若有誦念諸陀羅尼及名號，為欲自利及護他人」《金剛頂瑜珈念珠經》中載金剛薩壎菩薩偈曰：「靜慮思念心專注，念諸如來菩薩名，當獲無量勝功德，所求勝願皆成就。」
一粒粒念珠，圓潤飽滿，象徵著菩薩圓滿的正果。用線貫串起來，是表示菩薩的種種功德，串珠中的一粒母珠(俗稱佛頭)是表示彌陀佛的無量光明無量壽。念珠是串起來的，但也可以分開和斷結，這表示以菩薩的種種殊勝功德來斷除眾生的種種煩惱。
念珠又被有些人稱之為「栓馬索」，是比喻人心如狂奔的野馬，雜念紛紜，剎那不停，所謂「心猿意馬」。唐玄奘曾上表唐太宗謂：「願托慮於禪門，澄心於定心。制心猿之逸燥，系意馬之賓士。」手掐念珠有助於遏制妄念，收攝心猿，栓系意馬，增加定力，專注一心，不生懈怠，精進修行，斷除報障，升起智慧，利已擴人，成就菩提。
手掐念珠，口誦佛菩薩真言或聖號(如淨土宗以行住坐臥不離念誦「南無阿彌陀佛」以收攝身心：藏地居民隨時隨地念誦觀音菩薩的心咒，即六字大明真言「嗡嘛呢唄美哄。」)，心想諸佛菩薩的莊嚴慈悲德相，久而久之，煩惱自然減少，心地自然清淨。正如夢東禪師云：「清珠下於濁水，濁水不得不清；佛號投於亂心，亂心不得不佛。」念珠攜在身，使人時時反省內心，提醒自己：「諸惡莫作，眾善奉行。」
同時，據《數珠功德經》中曾說，若有人手持數珠，雖不念誦佛名及陀羅尼者，此人亦獲福無量。而《金剛頂念珠經》偈云：「若安項髻淨無間，由戴項上滅四重。手持臂上除眾罪，能令行人速清淨。」