藥師琉璃光如來本願功德經講記
──二十三年六月在寧波育王寺講──
懸論
一緣起
甲近人學佛注重現生套用
乙中國名東震旦土即為東方世界
丙依藥師琉璃世界建立新中國及人間淨土
二釋名題
甲分釋
乙合釋
三稽譯史
四提綱要
甲智示藥師依正行果
乙悲濟像法轉時有情
1拔除一切業障
2十二神將饒益有情
釋經
甲一敘請分
乙一敘述證信
丙一聞時主處
丙二聽眾法會
乙二禮請許樂
丙一敬禮
丙二啟請
丙三讚許
丙四樂聞
甲二正說分
乙一示體相
丙一總標依正體
丙二別陳行果相
丁一行願
戊一總標大願
戊二別陳諸願
己一正報莊嚴
己二身光破暗
己三智慧資生
己四導入大乘
己五得戒清淨
己六得身健美
己七安康樂道
己八轉女成男
己九魔外歸正
己十解脫憂苦
己十一得妙飲食
己十二得妙衣服
戊三結成妙願
丁二果德
戊一說略指廣
戊二舉西喻東
戊三贊伴顯主
丙三勸信願生彼
乙二明機益
丙一藥師加被益
丁一聞名利益
戊一滅罪益
己一滅貪吝罪得能施益
己二滅毀犯罪得持戒益
己三滅妒礙罪得解脫益
己四滅惱害罪得安樂益
戊二往生益
己一化生寶華益
己二或生天人益
丁二誦咒利益
戊一佛觀病苦
戊二光中說咒
戊三持咒除病
丙二有情持奉益
丁一佛說消災周
戊一釋尊標示
戊二曼殊奉揚
戊三釋尊重詳軌益
己一開示儀軌
己二指陳效益
庚一獲福益
庚二免難益
辛一百怪出現難
辛二一切怖畏難
辛三他國侵擾難
辛四犯戒墮落難
辛五婦女生產難
戊四阿難問增益
己一佛問信不
己二阿難正答
庚一答應信佛言
庚二明不信獲罪
己三重詳信益
庚一示不疑利益
庚二明希有難信
庚二結略說指廣
丁二救脫延壽周
戊一救脫示延壽法
戊二阿難問儀軌
己一救身病以延身命
己二救國難以延身命
己三救諸難以延諸命
戊三答阿難問延壽
戊四救脫重勸修度
丁三藥叉誓護周
戊一列藥叉眾
戊二感恩護法
甲三流通分
乙一結名奉持
乙二列眾信受
【懸論】
一緣起
甲近人學佛注重現生套用
人生在世之大事，莫過生之與死，而最難解決之問題，亦唯生死而已矣。是以諸佛興世，無非將自己所證知的如何解決生死問題之經驗與方法，宣揚開示，使一切眾生依之實行，而得解決人生最難解決的生死問題。如釋迦世尊之降生為娑婆教主，應此界之機，示現成佛說法等事;其所為之目的，即使吾人由之而對生與死之問題獲得相當的或究竟的解決辦法。故吾人稱釋迦為本師，通常皆目之為『三界導師，四生慈父』，凡佛弟子，皆奉為根本之師，亦以現今世上所流傳之佛法，皆導源於釋迦佛也。但中國諸大叢林之大雄寶殿中皆供三佛：中供釋迦，其左右兼供藥師與彌陀者，正顯釋迦在此界為主中主，藥師、彌陀為主中賓。主中主者，乃如如不動之無為妙體，雖無為而無不為，一切諸法莫不依止此，一切作為鹹皆歸向此，故能達生死本空而究竟解脫者，即為主中主而更不須他求。然對世界眾生之未了生死者，從如如不二之妙體中，開出藥師與彌陀之兩大法門：將濟生之事，付與東方之藥師;度死之事，付與西方之彌陀。蓋東方位四方之首，居四季之春，生長萬物，故資生延壽之事屬之。西方位四方之三，居四季之秋，萬象蕭條，故救死度亡事屬之。是知藥師、彌陀，乃從此界釋尊全體所起之大用，雖有消災度亡之別，攝用歸體，鹹不外乎無為而無所不為之釋迦佛;而體用別論，亦不妨列有三佛也。中國自唐宋以來，於佛法注重救度亡靈或臨終往生，偏向彌陀法門，故以彌陀法門最極弘盛。中國人有不知釋迦與藥師之名者，而彌陀則人人皆知;可見唐宋後之中國佛教，遍於度亡方面，信而有徵矣。由此之故，社會人民往往有認佛教為度死人之所用，死後方覺需要，而非人生之所須，是甚昧於佛教之全體大用。近年以來，佛教漸普及於中國現社會各界人士中，種種經建設立佛教之團體，且依之修學者，不乏其人。尤其注重於套用到現代社會之新佛教精神，如辦佛教孤兒院、義務學校、施醫所等社會公益事業，改善家庭社會之生活，使一般人於現生中得佛法之益。過去偏重於薦魂度鬼之佛教，已一變而為資養現實人生之佛教矣。然此資生之佛教，即為釋迦付託與藥師之法門，而說明在此經中者。此於過去專重度亡之佛教，有補偏救弊之功能，尤合於現代人類生活相資相養之關係，故今有講此經之需要。但人生依是藥師、彌陀二佛，對於生死二事雖得相當辦法，然究竟辦法，仍在直達如如不動之主中主釋迦佛;此即真如法界，人人本具，各各不無之天真佛也。若能契會於如如理，則真如境內本無生佛假名，平等慧中何有自他形相!涅槃生死，等同空花，是則第一義諦中尚覓生死了不可得，何有生死大事之欲待解決耶!良以無始不覺，飄墮於如夢幻泡影之生死海中，旋轉無已，此諸佛所以出世，佛教所由建立也。由是而體達生死本空，了不可得，固毋須向外他求。若或生存之欲求未盡，則須仗藥師法門而消災除難，成就福壽，即此人生可得無上利樂。如由父母妻子之相資相生，即成家族;由各個家族相助相養，即成社會;由維持社會秩序，即成國家;乃至諸國互濟相資，即成全人類世界。不但此也，即宇宙間之形形色色，動物植物，皆有相生相養相資相成之關係，而構成有情與器世間也。
複次、世界既有成住壞空，則眾生棲息其中，亦有生老病死，死生生死，生死流轉，故無生而不死或死而不生者。所謂：『死者乃生之始，生者乃死之終』;此正明生死不斷。而生時即有父母、妻子、朋友、家族、社會、種種關係，若能依此消災延壽之法門，作種種資生之事業，則生之問題解決矣;然死後須隨善惡業因，升沉於天上、人間、鬼、畜、地獄，若依出世三乘教法修行，即得超越輪迴六趣;或依彌陀法門而得生淨土，則死之問題解決矣。故人生時則有相資相生之關係，依佛教法，得消災延壽之益;臨命終時，則轉生善道，或往生淨土，乃至六親眷屬廣作佛事，水陸空行超度亡靈;而人世之生死二大事均有辦法矣。故於釋迦佛法中，濟生之事，須藉此經;度死之事，乃屬彌陀等經。今欲將唐宋以來偏重度亡之佛教，變為適應今日現實人生之佛教，以逗近人學佛注重現生套用之機宜，乃提倡講演此經之第一因緣也。
乙中國名東震旦土即為東方世界
藥師佛所住之東方琉璃世界，乃以此娑婆世界為標準而言。謂從此界東去經十萬殑伽沙──恆河沙──世界，有一國土，名淨琉璃，其佛名藥師琉璃光。此以佛眼視之，十萬殑伽沙世界外之世界，亦猶吾人視法堂前之舍利殿耳。而在凡夫觀來，渺渺茫茫，不可捉摸，非特想像不能及，即言說文字亦莫能到，入於不可思議矣。但依佛法而隨順凡夫心量，不妨將廣大之事，縮小而說：假如以釋迦佛降生之中印度當為娑婆世界，則從中印度經東印度及諸小國，而至東震旦土──亦譯支那，真丹。震旦者，八卦東方曰震，東方日出曰旦，皆符萬物生長義──，則東震旦土即可視同東方琉璃世界也。不但此也，即此世界人類之思想、文化、道德觀之，吾人所居之東震旦土，亦與東方琉璃世界之藥師法門相符。蓋吾中國之思想文化，如孔、孟、老、莊等學說，及堯、舜、湯、武、周公等古聖先賢，皆重於人生道德之修養，修身、齊家、治國、平天下等，皆現生之事。若由中印度而西之天方、猶太、埃及、希臘、羅馬等古國視之，就其所倡之摩西、基督、回回等教，說世界人類為上帝所創造，人生在世無別事，只求死後回復到上帝之天國，故其對現實人生更不求辦法，唯一之目的，在求上帝哀憐早生天國，故皆偏重於死事。由此將範圍縮小觀之，以中印度為娑婆，由中印度而東震旦土，宛然東方之藥師琉璃世界也。且其注重資生事業，尤皆與藥師淨土極相符合;中印度而西至猶太、羅馬等，偏於度死之事，正近似於西方極樂世界之往生法門。由是觀之，今東方中華民族之東震旦國，其民族性，及古聖先賢之道德文化，皆與琉璃世界之藥師法門相宜，乃提倡講演此經之第二因緣也。
丙依藥師琉璃世界建立新中國及人間淨土
依據前二義以合明之，謂此藥師經中，釋迦佛說東方有琉璃世界，其世界有藥師琉璃光如來，其世界如何嚴飾，其佛因地時如何發大願利樂有情而得此報，乃至於中有日光、月光等菩薩住其中。若近攝之為東震旦土，即可視為現今中國人民之理想國。如何實現此理想國?到佛教中所謂：『三界唯心，萬法唯識』。依吾人心理中所想像之琉璃世界為模型，如工程師之先有計畫圖樣，依之而施建築工作，則此東震旦土亦即可成為琉璃世界。故願吾國人民，應以琉璃世界為理想國，定為趨向之標準，依藥師之本願而發願，使將來世界如何莊嚴集修眾行，則因圓果滿，琉璃世界實現匪遙矣。再推廣言之，以今世交通所及之地球人類，概依藥師如來如何發願修行而成琉璃世界之方法行之，則人類之理想世界，亦不無實現之希望也。故今日之學佛者，應將藥師如來如何發願修行之方法牢記於心!孤掌難鳴，眾擎易舉，集眾人之力量，方可轉此污濁娑婆為清淨琉璃也。以今日重重困陷於水深火熱中之中華人民，尤宜急依此法以求安全之出路。即今全世界人類，鬥爭熾然，人命朝不保夕，亦唯依此藥師消災延生之法，乃能轉禍為福。則提倡講演此經之第三因緣也。
依此藥師經而作延生法事，雖尚流行於中國，然能講解修行者，則如鳳毛麟角。就吾數十年足跡之所至處，皆未遇見講習此經者。今能於此釋迦如來舍利道場之阿育王寺宣講此經，亦誠為現代佛教中極可紀念之盛事也!
二【釋名題】
甲分釋
1.藥師藥師者，即吾人日常所誦之消災延壽藥師佛。藥師、乃梵音「鞞殺社窶嚕」之義譯，亦可稱為大醫王佛。所謂佛為無上醫王，拔除眾苦，善療諸病，故以藥師為喻。藥乃世間治病之物，例如藥店中所陳列之藥品。但以佛法言之，不惟人於得病時方吃藥，凡世界眾生無時不浸在惑業苦之病中，身心充滿諸病。若身病，則有世俗藥物可治;若心病，則須以法藥對治之。在藥之意義上說，藥是治病之物，若無病則非藥，故從無病非藥之反面，而顯有種種治病之藥。然亦不外二種：一、治身病之藥物，二、治心病之法藥。
物藥者，即世間治身病之藥。中國自神農嘗百草製藥以來，為物藥之發源。但物藥非唯草木等植物，即金土炭石等礦物，飛禽走獸等動物，皆為製藥之原料。吾人試檢店中所制之藥，其要素原料皆不外乎此礦物、植物、動物之三種。但依藥病之本義言之，則唯病時為病，藥時為藥，此屬狹義。若廣義言之，則寒而需衣，餓而需食，倦而需住，困而需行，乃至旅行憊倦以舟車代步，睡眠來時以床座歇息;此飢、寒、困、倦等無非是病，此衣、食、住、行等無非是藥。總之、人生之有需要，無非是病;所需要者，無非是藥。故眾生充滿諸病，宇宙萬物莫非藥也。此以普賢菩薩與善財童子之一段問答因緣，更可顯明藥與非藥之義意：一日，普賢命善財入山採藥，凡能為藥之草木，皆可采來。而善財踏遍山岩，徒手而歸。詢之，則言滿山皆藥，無從采起。普賢又命入山，將非藥者采來。善財依然空手而歸。再詰之，則見滿山，又皆非藥，亦無從采起也。此其從是藥之心視之，故滿山皆藥;從非藥之意看之，故滿山皆非藥。是知藥與非藥，全在醫生之得當與否，得當則砒霜亦可為藥，不得當則人參亦能死人。故從廣義言藥，雖宇宙萬物皆可為藥之原料;若不經醫生配製，礦植等物又皆非藥。藥須經醫生制方配成，方可治病。又藥中復有丸、散、膏、丹等已製成之藥，此即所謂「祖傳秘方」，『配時雖無人識，良心自有天知』，隨時可以治病者。綜上而知物藥不外三種：即有礦、植、動物等為藥之原料;以之有按方制配之藥;有丸、散、膏、丹等已成之藥。
法藥亦有三種：一、經律論，二、五乘、三乘、一乘，三、陀羅尼。佛依眾生而施設經律，皆為對治眾生身心之病。眾生墮無明惑，得業報身，充滿諸病，佛說諸經、諸律廣為醫治;乃至菩薩、聲聞結集經律，造論申義，真理重重，法門無邊，取之不盡，用之不竭，亦猶充滿宇宙間之礦植等物，皆為藥之原料。雖然、眾生有八萬四千病，佛說八萬四千法門，對機施藥，方能治病，故有五乘、三乘、一乘之教法。五乘：即人乘、天乘、聲聞乘、緣覺乘、菩薩乘。為人乘，則施五戒，十善之法，對治五逆，十惡之病;為天乘則施四禪、八定等法，對治散心位中諸病。此二為出世三乘之基礎，是必經之階梯，故亦說為五乘共法。推而上之，復說出世三乘共法，使聲聞、緣覺，依四諦、十二因緣等教法，滅除三毒煩惱，解脫生死病苦。聲聞等所行四諦等法，雖屬二乘，而為大乘之所共行，故亦曰三乘共法。又為一類發菩提心修大乘行之機，遂直施一乘不共之教。佛對眾生之根性差別，而施五乘、三乘、一乘之法藥，亦猶世俗醫師，對病人而制方配藥也。陀羅尼者，此雲總持，總持無量教法;亦云遮持，遮一切惡病持一切善法。此能治一切病，亦猶物藥中之丸、散、膏、丹為祖傳秘方，不可示人。蓋總持咒語，義不可解，且亦無須推尋其義;若能依之修持，身密結印，口密持咒，意密觀想，三密相應，便得遂願所求，解除生死，消滅過患，得大妙用。如此經中之藥師咒，若能依之誦持，亦可消災獲福，有起死回生之功效也。綜上藥與非藥，列表於下：──
師者，正顯其能以物藥、法藥善治眾生身心之病，謂之為師。古謂藥師，義兼醫師。前明礦植動物之物藥，與經律論之法藥，皆須得師調製，方可為藥;若無師，藥亦無。唐黃檗禪師所謂：『大唐國里無禪師』。復言：『不是無禪、乃是無師』，故以師為最要。世俗如神農、扁鵲等以物藥治身病，即為物藥之師;佛以種種法藥善治眾生之病，故為法藥之師。地上菩薩對地前人言，亦稱藥師，而對佛言，亦為病人，蓋微細無明未盡，猶須佛之法藥治故。地前菩薩對二乘、人、天言之，亦稱藥師，對地上菩薩言，亦為病人。乃至人天對邪外眾生言，亦稱少分藥師，但推而上之，實是病人也。唯邪外眾生，但屬病人而非藥師。又九界凡聖，皆為病人，唯佛界乃為究竟無上之藥師也。若從非師邊言之，則邪外、人天等皆為非師，二乘、菩薩少分屬非師，唯佛不在非師中攝。又佛之法身，遍一切處，隨物應生，神變莫測。而自受用身，住佛自果功德。現他受用，應地上機，為地上師。現大化佛，應地前機，為地前師;現小化佛，應二乘、人天之機而為師;現隨化佛，應人天及邪外之機而為師;是故唯佛一人，乃為究竟藥師。今復以表明之：
2.琉璃光琉璃光者，合梵華方言，梵音為「薜琉璃缽拉婆喝囉闍也」。琉璃、具雲薜琉璃，或吠琉璃。平常聞見琉璃二字，即想到大殿中懸於佛前之琉璃燈的體質，其實不然。琉璃乃順梵音薜琉璃相近而譯，其義為青色寶，──即寶石中之蔚藍色者。寶石即同寶玉，其體透明，如天青之色，有晶瑩之質，表里洞徹，內外相映;所謂琉璃光者，即此天青寶中所含之淨光。其為相也，如萬里無雲蔚藍深青之天空，充滿杲日光輝，由光明清淨故，更顯其高遠蔚藍，由高遠蔚藍故，更顯其光明清淨，可以仿佛似之。此無雲無障之清空，即顯絕言絕相之如如第一義空;於此如如第一義空中，充滿般若之如如無分別智光，由般若無分別智照第一義空之境，同時由如如境而顯如如之智，境智如如不二，即是青色寶光之琉璃光也。又四寶所成之須彌山，其覆於吾人所居南閻浮提之上者，即吠琉璃寶，吾人對高日麗天迥無雲翳障隔之晴空，即為吠琉璃寶所放之青色寶光。此顯離垢真如，或出障圓明之如來藏。蓋由天空一切障翳淨盡，所顯潔無瑕疵之吠琉璃寶光，亦猶以般若無分別智，掃空無明惑染而照耀真如法界如來藏性也。複次、此琉璃光義，與今日中華人民所欲實現之理想目標，亦極相符：蓋孫中山先生以青天白日為建立中華民國之國旗，此青天即琉璃寶，白日為琉璃寶充滿之淨光。佛陀說法，無不契理契機，此琉璃光尤深契第一義空境智如如之理性，與中華民族建立民國之機宜也。
3.如來如來者，可綜上藥師與琉璃光二義而顯之：如、即琉璃光，來、即藥師。如即琉璃光者，不變不異謂之如;無二無分別，遍一切處，盡未來際謂之如。謂如如智契如如理，如如理冥如如智，理智泯合，故曰如如;亦即根本無分別智，證於根本無分別之真如妙性。此真如妙性，地前三賢、二乘未證，地上菩薩分證，唯十方諸佛究竟明證，猶吠琉璃寶光之純淨圓明也。來即藥師者，諸佛契證真如妙性，自他平等，不可思議。但以十方眾生，迷而不覺，妄想顛倒，未能證得。為欲令除顛倒之妄想，撥無明雲霧而見佛日麗天，乃由大悲願力，從真如性中來示成佛，應病施藥，教化眾生，此非來即藥師乎!如來之梵音為「呾他揭多」;亦即余經『多陀阿伽陀，阿羅訶，三藐三佛陀』中之「多陀阿伽陀」。總之、約證真如妙性，皆屬於如;在現身說法教化眾生之來去生滅行住坐臥等儀相，皆以來義攝之。故如來者，來即非來，非來而來。自其來義觀之，若行、若住、若坐、若臥等，皆即如而來;自其如義觀之，若行、若住、若坐、若臥等，皆即來而如。故不於行住坐臥等中見如來，亦不離行住坐臥等中見如來，金剛經所謂：『如來者，無所從來，亦無所去，諸法如義，名為如來』也。
4.本願功德藥師果上所成之功德莊嚴，皆出本因地中行菩薩道時所發之大願;由此本因地中所發大願而成果德莊嚴，故名本願。但諸佛菩薩因地所發之願，有通有別：通願者，即『眾生無邊誓願度，煩惱無盡誓願斷，法門無量誓願學，佛道無上誓願成』之四弘誓願;亦可加『福智無邊誓願集』為五願。然此第五願已在第四『佛道無上誓願成』中攝盡，蓋所成之佛道，即福智兩足尊也，故毋須再立第五之願。此為十方諸佛菩薩所發之通願。其於通願中各有別願者，即如彌陀之有四十八願，藥師之有十二大願，乃至其餘諸佛所發之八願四願等，皆為別願。而諸佛菩薩所發通別之願雖無量無邊，不妨彌陀以四十八願為本，藥師以十二大大願為本，乃至一一佛各有其根本願，以攝其餘諸願為枝葉，故本願又即根本願也。所謂發願者，即普通所謂立志，志既立定，則抱有志者事竟成之決心，雖赴湯蹈火亦所不辭，以達到其目的為止。如普通人入學校、進教會等，亦須立志願書，方能允可。志之所在，為成功建業之本因，故立志願者，誠人生先決之問題也。諸佛菩薩因地發願，亦復如是，誓願既定，雖經艱難困苦而必具不屈不撓之犧牲精神，實現其所志之目的。但其所以與普通立志不同者，以諸佛菩薩因地中發上求佛智、下化迷情之願，皆從清淨心中出發。謂由五遍行中思心所，五別境中欲心所、勝解心所、慧心所，十一善中信心所等以成，非但別境之欲也。又稱為誓願者，誓為誓約，正明志願既立，復以誓約束，則非志願完成不可。故平常所謂人之患者，患不立志，若志既立，必定成功。今菩薩既立眾生無邊誓願度等志願，雖經若干波折違礙，亦必有達到目的之一日。如江河百川之水，雖經山丘土石之阻而終匯于海，所謂『溪澗豈能留得住，終歸大海作波濤』也。故自諸佛菩薩之通願觀之，其所發誓願無量無邊，而本此誓願修行所證之果，其施設普濟群生之法門，亦無盡無滯也。自其願上之誓以觀之，例如彌陀之願成佛時，名稱普聞，若聞我名皆得往生，若不得成，誓不成佛;則今日彌陀既已成佛，其所誓亦必成矣。又如水陸儀軌上每有『惟願不違本誓』，此不違本誓，為保持人格信譽之要素，若違背本因誓願，則即為自欺矣。即如中國古來之聖賢，凡有所為，務必躬行實踐，成其志行。故學佛者，亦須先發誓願，範圍自己，督促自己，鞭策自己也。
複次、雖有本願，必藉功行圓滿，方使其本願之得遂;如發眾生無邊誓願度等四弘誓，則須修六度、四攝等諸勝行，功成果圓，方能實現眾生無邊誓願度之理想;若無功行，有願徒然!故平常謂發菩提心，修菩薩行：此菩提心，即上求佛道、下化眾生之心;此菩薩行，即四攝六度等萬行。四攝者：布施、愛語、利行、同事。六度者，布施、持戒、忍辱、精進、禪定、智慧。必藉此等功行圓滿，方得果位莊嚴妙用，是即所謂功德也。功德、謂功家之德;但有功所顯德，與功所生德：所顯德者，即無為性德，如如本具，但因妄想執著覆蔽而不能彰顯，若修六度等功行圓滿，掃蕩無明障翳，即顯於本然性德也。所生德者，即如修六度萬行，由布施故，得種種法財珍寶，乃至由禪定故得種種自在妙用。故由功行有所顯德，亦由功行有所生德;而此二德，鹹由本因地誓願所起功行而成就者。故藥師琉璃光如來之依正莊嚴果德，亦由因地本願策發功行以圓滿焉。
5.經梵語修多羅，或素怛纜，此翻為經;直譯其義為線。如布帛須經緯線而織成，散亂之花，線能貫穿;正喻法界諸法，生佛平等，不增不減，而眾生迷故散亂忘失，不成體系，諸佛如證而說故，如握網之綱，貫穿而顯現也。又、修多羅廣則總包一切經典，狹則唯局十二部中修多羅部之直說者。又、佛時藉音言以聞法，初無寫本，佛後由眾弟子之結集，貫穿佛語，猶線串花而成經本也。經在中國訓常，訓法。蓋古聖先賢之言教，足令萬世奉為圭臬，而四海效作模範者，則謂之經;此與佛之修多羅相當，故譯為經。又譯契經，有契理、契機二義：契理者，佛之說法，皆與真理契合，為實相印與三法印印定，方可稱經，否則、說同魔外。契機者，佛所說法為使眾生開示悟入佛之知見，若不能悟他，等於廢話，故須契機方得其用也。
乙合釋
1.藥師琉璃光藥師琉璃光，正是此佛之別號;雖是別號，而此藥師琉璃光，亦正為一切佛及菩薩共證共修之悲智。由大悲心故，倒駕慈航，應病施藥，而為大藥師，度無明顛倒之眾生，出生死險惡之苦海，故成其為大悲藥師。但獨悲不能成事，須藉琉璃光之無分別妙智，方可成滿因中不思議之本願，而發生不思議之德用。由不思議之大悲，起無分別之妙智，由無分別之妙智，成不思議之大悲，則藥師琉璃光之義彰矣。此以藥師與琉璃光為並列之悲與智，即六合釋中之相違釋;若藥師之琉璃光，即依主釋;若藥師即琉璃光，亦持業釋。
2.藥師琉璃光如來藥師琉璃光如來者，藥師琉璃光，為此佛別名;如來，為諸佛之通號。其能有被稱為如來之資格者，皆已五住究盡，二死永亡，位登妙覺極果，化被九界群機者。而此藥師琉璃光，於諸佛自覺覺他之本領，應具盡具，故亦稱為如來。但藥師琉璃光為別義，如來為通義，攝通就別，依別名通，故今言藥師琉璃光之如來，乃依主釋也。
3.藥師琉璃光如來之本願功德藥師琉璃光如來之本願功德者，正顯此經乃說藥師之本願功德者;謂本因地中所發之誓願而成果位之萬德莊嚴，此亦為六合中之依主釋。故經中文句，可合可分，分則每一文句各自獨立，以表其義;合則如線串珠，可貫穿攝持也。
4.藥師琉璃光如來本願功德之經藥師琉璃光如來本願功德之經者，此以能詮之言教為經，所詮之義理，為藥師琉璃光如來本願功德。所詮義別，唯局此經;能詮教通，通於經律論三藏中之經藏;依別名通，依主釋也。若從廣義言之，一切諸佛之教理行果，皆名為經;故此所說藥師佛之義理行果，亦即是經。如此、則藥師琉璃光如來本願功德即經，亦持業釋，故曰：藥師琉璃光如來本願功德經。
三稽譯史
此稽譯史，即考此經譯來之歷史。佛經皆須考其譯史者，明其來源，方可證信。中國之佛經皆出翻譯，因佛降生於中天竺，當時以音聲說法，原無經典，後經弟子結集，始有梵本文字。又印度文字，亦極複雜，而其古來最通用者，厥唯梵文，故中國經典，多譯自梵文。但亦有其他文字，如南方之巴利文等。故中國之經典，有自梵文譯來，有自巴利文譯來;而大乘經典，多譯自梵文。亦有從印度先傳丘慈、于闐等國，而間接譯來中國者，由梵語而成華言。但此經在中國曾經五譯，今此流行本言唐三藏法師玄奘奉詔譯，正為五譯中之第四譯。今略明五譯之概史於左：甲、晉帛尸梨密多羅譯在六朝之初，東晉之時，有西域三藏名帛尸梨密多羅者，此雲吉友，──善友之義──初翻此經，名佛說灌頂拔除過罪生死得度經。但無獨立本，乃附於佛說灌頂大神咒經中。此經古有十二卷，今在清藏合訂六卷，而屬於最後一卷。此帛尸梨密多羅三藏，為中國密宗經典初翻之人。普通謂密典至唐善無畏、金剛智、不空等時始有，其實唐前已有;如大灌頂神咒經，大孔雀王經等，皆屬密部。又謂唐前為雜密，言其未成系統，但此為唐人言論;其實、東晉吉友等翻大灌頂等經，亦為中國密典之叢書;而此師為中國唐前之極重密宗者，亦見其所從來之西域，其時密部已極流行。故翻譯時，將此藥師經，亦攝入大灌頂神咒經之最後品。故此大灌頂經，亦猶大寶積經之糅集多經而成，在此師譯附於大灌頂經觀之，固視為密宗之經典也。
乙、宋慧簡譯此在東晉後，南北朝之劉宋孝武帝時代，有慧簡法師，在鹿野寺再翻此經，名藥師琉璃光經，今藏經中已佚此本。但古大藏目錄中，尚載其名。又在達磨笈多第三譯之序文上，亦敘述其事，故信有此譯也。
丙、隋達磨笈多譯在六朝之末，隋文帝大業十一年時，達磨笈多復翻此經。達磨譯法，笈多譯行，即法行三藏所譯。法行為主譯，尚有餘人為助譯，故其經上表法行等譯。名佛說藥師如來本願經。序因慧簡之譯，於梵文、華文未善，故作第三譯雲。
丁、唐玄奘譯今本題唐三藏法師玄奘奉詔譯，即此第四譯是。玄奘三藏於唐太宗貞觀初年間，因感經典義理殘舛，發願入印求法，所謂策杖西遊，周曆諸國，居印度十七年，遍學大小乘教典，至貞觀二十年外，重回中原，從事譯經。在中國譯經史上，翻譯最多，亦最正確。今此藥師琉璃光如來本願功德經，即其所譯。玄奘其名，三藏法師乃所稱之德號;以其能通徹經律論三藏之法，依此為師，且能將三藏法廣為宣揚為人天之師，故名三藏法師。其譯經歷唐太宗、唐高宗兩朝。奉詔譯者，即奉太宗或高宗之詔，建立譯場。其翻譯時，有度語者，筆受者，證義者，潤文者多人，而以唐三藏為主，故標以斯名耳。
戊、唐義淨譯自唐太宗後，經過唐高宗，至武則天朝，約在玄奘三藏後二三十年間，有義淨法師者，踵法顯之芳躅，慕玄奘之高風，遍游印度，歸而復譯此經，名曰藥師琉璃光七佛本願功德經。然玄奘既譯此經，義淨何須再譯?其所以重譯者，藥師佛雖與奘譯相同，而餘六佛，則為奘譯所無，故須重譯。其譯本今在藏中，上下兩卷，七佛本事，備述其中。總觀其全文，初亦由曼殊室利菩薩，請佛說諸佛名號本願功德，釋迦佛乃告曼殊室利：東方去此，過四殑伽河沙佛土，有世界名曰無勝，佛號善名稱吉祥王如來，彼佛國土，清淨莊嚴，乃至初發心時，發八大願等;此為第一大段之文。復告曼殊室利：東方去此，過五殑伽河沙佛土，有世界名妙寶，佛號寶月智嚴光音自在王如來，乃至彼佛初發心行菩薩道時，亦發八大願等;此為第二大段之文。復告曼殊：東方去此，過六殑伽河沙佛土，有世界名圓滿香積，佛號金色寶光妙行成就如來，乃至彼佛初發心時，發四大願，及見眾生苦惱，為除業障，即說神咒等;此為第三大段之文。復告曼殊：從此東去，過七殑伽河沙佛土，有世界名無憂，佛號無憂最勝吉祥如來，乃至彼佛世尊，行菩薩道時，發四大願等;此為第四大段之文。復告曼殊：從此東去，過八殑伽河沙佛土，有世界名法幢，佛號法海雷音如來，乃至彼佛行菩薩道時，發四大願等;此為第五大段之文。復告曼殊：東方去此，過九殑伽河沙佛土，有世界名善住寶海，佛號法海勝慧遊戲神通如來，乃至彼佛行菩薩道時，亦發四大願等;此為第六大段之文。以上六佛，初二佛各發八願;後四佛，各發四願;此總為卷上之文。其卷下之文，即從此娑婆東去，過十殑伽河沙佛土，有世界名淨琉璃，佛號藥師琉璃光如來，從初發心，即發十二大願，且有咒語，皆與今本相同;惟藥師佛說咒後之經文，較今本稍異。今本咒後之文，明聞藥師佛名所獲之利益，而彼則皆明聞七佛名號之利益，此其不同一也。又彼於藥叉神將，聞七佛名號已，發願衛護是法。時諸天人之眾，有疑惑不信者，佛知彼等心念，即入驚召一切如來甚深妙定，十方世界六種震動，七佛應召來會證盟其事，為今本所無，此其不同二也。複次、七佛既來，即異口同聲，說大神咒，其咒名如來定力琉璃光，亦為今本所無，此其不同三也。其後、執金剛菩薩與釋梵四天，復說一咒，亦為今本所無，此其不同四也。最後執金剛菩薩復說一咒，又為今本所無，此其不同五也。是故彼經共有五咒：即初、香積佛說除業障咒;二、藥師佛說消災咒;三、七佛說咒;四、執金剛與釋梵四天說咒;五、執金剛說咒是也。今大清龍藏中，尚有番字藥師七佛本願功德經，考其文義，與義淨所譯相同。昔人認作梵文，實為西藏文本，此諳藏文者一見即知也。此西藏番字本，亦譯自印度梵文，故與義淨之譯相同，今存藏中，即在淨譯之下。今聽講所用民國十一年之寧波版本，其說咒語，與舊本不同者，即自番本中錄出。以其誤認番本為梵文，故抄錄之，然實非梵文也。如以「薄伽筏帝」為「八葛瓦帝」等，與西藏音相近，是其明證。又奘譯無咒，其咒乃自淨譯中添入，而義淨譯自梵文，故知今所誦之咒，乃唐譯梵音。如上所言五譯之同異，其藥師佛之文旨大同，而與七佛詳略差別。又中三譯無咒，前後二譯有咒，復加西藏之番字本;此為本經譯傳中國之略史。由是觀之，初帛尸梨密多羅所譯有咒，且屬大灌頂經之一品，則此經屬於密部。自第二、第三、第四，三譯觀之，既無咒語，復無說咒之文，則此經即近於淨土經典。迄至義淨之譯，前後五咒，則此經又屬密部無疑矣。由此五譯之相異，亦可窺見佛教流行變遷史之一斑。蓋帛尸梨密多羅來自西域，想其時西域密教已甚盛矣，而在印度、中國則未極流行。以宋、隋及唐玄奘時，印度中國皆大乘性相，法幢高建，故其譯此近淨土經也。及義淨時，印度密教復盛，故其譯時多添咒語，則此復屬密部焉。此在佛經翻譯史上，佛教因各處地域之異，各時趨勢之別，亦隨之而變易，然吾人亦正由是而可知佛教變遷之歷史與情勢矣。由上說來，知今誦講之流通版本，非全出玄奘所譯，其咒乃從義淨譯本增入;即文句亦間參揉淨譯，故今本可說奘淨二譯之合訂本。且民十一年之寧波版本，尚誤刊「厭」、「魔」等數字，及在觀世音菩薩等名上，增添南無二字，較諸舊流通本，不無出入。此乃總稽本經譯史之概要也。
四提網要
未講經文之義，先提綱要者，如網得綱萬目皆彰，如衣提領全襟齊直。聞者能握得此宗要，則全經文義，自可瞭然。通常解釋經題，如天台之五重玄義，賢首之十重玄談等，今在此經之釋名題，考譯史，提綱要亦可攝之。蓋隋唐前諸德開講玄要，本無固定的呆板方式，亦不斤斤乎五重或十重。其講解時，每就各經之所宜，懸談大義，今提綱要等，亦與其理相合也。此經之總綱，可作兩大段觀：一、智示藥師依正行果，二、悲濟像法轉時有情。
甲智示藥師依正行果
此經之綱宗，可由曼殊與佛之問答中顯示。如金剛經須菩提問佛：『云何應住?云何降伏其心』?由此兩大問題，引起佛之解答，已將金剛經綱宗，昭然如揭。本經云：『爾時曼殊室利法王子，承佛威神，從座而起，偏袒一肩，右膝著地，向薄伽梵曲躬合掌，白言：「世尊!惟願演如是相類，諸佛名號，及本大願，殊勝功德」。此以曼殊之大智上求佛道，故作此問。由此問故，佛說藥師佛之名號國土，及其本因地中行菩薩道時所發十二大願，與夫果德圓成之依正莊嚴。此一大段文義，為本經上半部之綱要，亦即「藥師琉璃光如來本願功德」之所由立名也。
乙悲濟像法轉時有情
曼殊之問，含有二義，初以大智感佛說藥師本願行果功德。次曰：『令諸聞者，業障消除，為欲利益像法轉時諸有情故』。此由曼殊之大悲下濟有情，故發斯問，感佛說藥師本願功德，使諸問者得大法益，拔除業障，消災安樂。此皆由曼殊之大悲心所驅使而發問，故佛讚許言：『曼殊室利!汝以大悲，勸請我說諸佛名號本願功德，為拔業障所纏有情，利益安樂，像法轉時諸有情故』。故此一大段文，為曼殊大悲恩濟像法轉時之有情，為本經下半部之綱要。但此大段文中，又可分為兩段：一、拔除一切業障，二、十二神將饒益有情。
1拔除一切業障
(一)、如來加被此言聞說藥師名號，本願功德，依之修習，即可拔除一切業障，得大利益安樂，蒙佛加被，消災延壽，故此經亦名拔除一切業障得度生死經。但此中亦可分二段言之：一、聞名滅罪往生，二、誦咒除病離苦。
聞名滅罪往生者，即諸愚痴無智眾生，闕於信根，生造諸不善業，死招三途極惡之報，但由聞此藥師名號本願經故，使得滅罪往生。如云：『爾時、世尊復告曼殊室利童子言：有諸眾生，不識善惡，惟懷貪吝，不知布施及施果報，愚痴無智，闕於信根，多聚財寶，勤加守護，見乞者來，其心不喜，設不獲已而行施時，如割身肉，深生痛惜!復有無量慳貪有情，積聚資財，於其自身尚不受用，何況能與父母妻子奴婢作使，及來乞者?彼諸有情，從此命終，生餓鬼界，或傍生趣。由昔人間，曾得暫聞藥師琉璃光如來名故，今在惡趣，暫得憶念彼如來名，即於念時從彼處沒，還生人中』。此等經文，皆明由聞名滅罪，並得轉生善道或往生淨土者。
誦咒除病離苦者，上言聞名故蒙佛加被，拔除業障，得生善處。今明若能念誦藥師真言，即可消除病苦，延年益壽。如言：『曼殊師利!若見男子女人有病苦者，應當一心，為彼病人，常清淨澡漱，或食，或藥，或無蟲水，咒一百遍，與彼服食，所有病苦悉皆消滅。若有所求，志心念誦，皆得如是，無病延年。命終之後，生彼世界，得不退轉，乃至菩提』。此言於此真言若自誦，若教人誦，皆得消災獲福者也。
(二)、有情奉持此言若人信受奉行讀誦此經，即得獲福免難與救命延壽之二種功德。
獲福免難者，若能依教修行，受持此經，即於現實人生，獲福免難。如云：『復應念彼如來本願功德，讀誦此經，思惟其義，演說開示，隨所樂求一切皆遂：求長壽得長壽，求富饒得富饒，求官位得官位，求男女得男女』。此言讀誦此經故，即於現生遂願所求，獲大福利。又云：『或有水、火、刀、毒、懸險，惡象、獅子、虎、狼、熊、羆、毒蛇、惡蠍，蜈蚣、蚰蜒、蚊虻等怖，若能至心憶念彼佛，恭敬供養，一切怖畏皆得解脫』。如是等文，皆言持誦此經，即得免除種種患難也。
救命廷壽者，上為佛說消災周，此乃救脫延壽周。救脫菩薩為利有情故，示現種種延壽之法，使諸有情壽命相續。如救脫菩薩答阿難言『大德!若有病人，欲脫病苦，當為其人，七日七夜受持八分齋戒，應以飲食及余資具，隨方所辦，供養苾芻僧，晝夜六時禮拜行道，供養彼世尊藥師琉璃光如來，讀誦此經四十九遍，燃四十九燈。造彼如來形像七軀，一一像前各置七燈，一一燈量大如車輪，乃至四十九日，光明不絕。造五色彩幡，長四十九搩手，應放雜類眾生，至四十九日，可得過度危厄之難，不為諸橫惡鬼所持』。此為救身病以延身命者;復有救國難以延身命，及救諸難以延諸命等文，皆救命延壽之法也。
2十二神將饒益有情
此即藥叉誓護周。十二藥叉神將，因聞佛說此經功德，即發願於後末世，擁護此經，利樂有情。所謂：『我等今者，蒙佛威力，得聞世尊藥師琉璃光如來名號，不復更有惡趣之怖。我等相率，皆同一心，乃至盡形歸佛法僧，誓當荷負一切有情，為作義利饒益安樂』。是故此經，亦名十二神將饒益有情經，不無所以也。以法臨像季，道高一尺，魔高一丈，行者因魔障故，唐捐其功;故先以曼殊之智悲感佛說法，復得藥叉神將擁護是法，誠難事也。昔之講者，往往將十二神將之文判入流通，實則應歸正宗：蓋像法轉時，荷負是法甚仗藥叉神將，饒益有情;況釋尊定此經亦名十二藥叉神將饒益有情，理宜歸屬正宗分也。上來所言兩大段文，由曼殊之大智，示藥師佛之依正行果;復由曼殊之大悲，濟渡像法有情;而此悲濟像法轉時有情文中，復分拔除一切業障與神將饒益有情二段，則此全經之總綱彰矣。
前來釋名題，稽譯史，提綱要之三科，可為經前之玄談，但尤重於提綱要。蓋提其綱要，則全經段落章句，昭然分曉矣。且菩薩之法，不外上求無上菩提，下濟有情諸苦，故遍一切大乘經旨，亦可於此曼殊之問而顯之也。又如菩薩造論，意在自利利他，故經論中言其緣起時，皆曰『為正法住世，利樂有情故』。所謂正法，即諸佛菩薩因中所發之誓願，籍此修行而得證佛果依正莊嚴;亦使聞者依此修持而得佛果者是。如此經所明藥師因果功德，吾人依此修行，亦可同證。又菩薩不同凡夫自私自利，其一舉一動，一言一行，皆以利樂有情為前提，普為眾生，方是菩薩發心。故菩薩之行位愈高，其悲願愈切，末世眾生愈苦惱，則菩薩愈顯其悲濟之能事也。通常所謂『好醫門前病人多』，菩薩亦復如是，病苦之眾生愈多，愈為其深切悲願之所關也。複次、像法多魔，不特出世善法不易建立，即世間善法，亦受邪魔外道襲擊與覬覦而欲毀滅之。故此經實由諸佛菩薩之悲願，與夫藥叉神將之護持，得以建立世出世間善法於今日，使眾生依而修持。自其屬淨典觀之，則為隨願往生修行不退於琉璃淨土;自其屬密典觀之，則可拔除業障消災延壽於娑婆當人，故此經乃兼具淨土、真言、無量法門之功德者矣!
【釋經】
甲一敘請分
乙一敘述證信
丙一聞時主處
如是我聞：一時、薄伽梵游化諸國，至廣嚴城，住樂音樹下。
入文解釋，須分段落，方顯文義。中國自晉道安法師已來，皆以序、正、流通三科，詮釋經文，妙能契合天竺菩薩釋經之方式，故千百年來胥依循之。雖三科大旨相同，而名稱不妨隨宜而異;故今解此經，亦分敘請、正說、流通三分。自如是我聞下，為敘請分;自爾時佛告曼殊室利東方去此下，為正說文;自爾時阿難白佛言世尊當何名此法門下，為流通分。敘請文中，又分通敘與別敘;通敘為證信敘，別敘為緣起敘。今此即證信之敘。此證信敘，古來解釋二家不同：一、出龍樹大智度論，明六成就：如是、為信成就;我聞、為聞成就;一時、為時成就;薄伽梵、為法主成就;廣嚴城、為住處成就;至下與大苾芻眾等，為聽眾成就。佛經有此六種成就，方可崇信。二、出親光佛地經論明五種證信，其言如是為指法之詞，乃通指此經而言，如言如是之法，為我結集者所親聞。或如是之法，為當時佛在某處所親說，而有法會大眾之所共聽。敘以證信，乃具五重：即一、如是我聞，為親聞證信;二、一時、為說時證信;三、薄伽梵、為說主證信;四、廣嚴城、為說處證信;五、與大苾芻眾等，為聽眾證信。此二解，雖稍有出入，然其理亦大致相同。今依五重證信講之。
如是二字，集古德之解，有十七種，或二十一種之多。於中亦可作如此說：如者，維摩所謂：『一切法皆如也』。諸法緣生無性，當體如如，見此如如真理者為是，不見即不是，故曰如是。又佛說法，契理契機，契理即真為如，契機所宜為是。今解、結集者言：如是之經，為我親聞，非輾轉由他而聞，更非由外道天魔等而聞，乃依佛宣揚，為我親聞。
此言我者，似與佛法常言無我、無人、無眾生、無壽者之理相違，其實不然。
以佛法言人法無我，乃無凡夫外道迷執之我，非無假名之我。凡夫眾生上自天人，下至鬼畜，皆有俱生我執，恆執此五蘊業報之身為自我。而凡夫中之外道者，更於五蘊身上妄起計度分別我執：或計色為我，如言色大我小，我在色中;或色小我大，色在我中。或計受為我，或計想為我，或計行為我，或計識為我。如是等執，過患無量，故佛經說五蘊無我，即破此凡外妄計之我。金剛經云：『無我相，無人相，無眾生相，無壽者相，無法相，亦無非法相』;此之謂也。但五蘊法雖無實我，亦不妨以我為五蘊和合假相之代名詞，隨俗稱謂藉以辨別賓主，以便彼此呼應。如育王寺之名，本無固定之物，乃是由數百畝之山地，數百餘之住眾，及千百年來之儀軌等，眾緣湊合而成之假相而已。故泛常亦稱五蘊和合之假相為我，原無實體。今此言我，乃當時結集此經者，對法會大眾之自稱。但其與凡夫之稱我不同，乃為無我之假名我，以內無凡外妄計之執故。金剛經所謂『如來說我者，即非是我，是名為我』;故此無我之我，純為對機而稱。又有深義者，此無我之我，乃諸法無我理所顯之真如實性，此中無自他彼此相，無好惡是非相。結集此經之菩薩，深達此諸法空性而假呼我名耳。
聞者，依字義解，如平常言眼見耳聞等，則為耳根所聞。其實、耳根不能聞，聞者屬耳識，不過以根為增上緣，聲為所緣緣，識種為親因緣，三緣和合，方能發識以聞。但耳識聞聲時，無文義相，須待同時意識生起，方有文義相現，以成了別音義之用。故此聞之成就，操諸意識。是則由耳根發耳識，由耳識聞聲音，由意識了別音義也。但既由根、塵、識三和合而聞，何不言耳等聞，而言我聞耶?然曰耳聞，則通諸耳，不能表現結集菩薩之親聞;菩薩為舉親聞證信，故云我聞也。
一時者，即舉佛說法之時以證信。其不指出某年某月某日某時者，因世界地域不同，年月日時隨之而異，故不固定說為某時。如今地球上各國所用之曆本，紀載時間，各各相異。即以中國言之，有陰曆，有陽曆，陰曆之初一，非陽曆之初一，陽曆亦然。又如印度以初一至十五為白月，十六至三十為黑月，而以黑月之十六為初一，亦與中國適得其反。又佛說法，時而天上，時而人間，隨眾生之知解所見各異，故諸經中，皆不說定其時。今此所指之一時，即佛說此經結集菩薩與法眾共聽之時也。
薄伽梵者，為舉說法主以證信。薄伽梵亦作婆伽婆，譯音之異，其義為吉祥王、大威猛、極尊貴等;因其含義甚多，故不翻譯。中國譯經，有五不翻，此為多含不翻。但亦有翻為世尊者，即經中──如來、應供至天人師、佛、世尊──十號中最後一號。亦有自如來至佛為十號，以世尊為總稱佛之德號。蓋佛於六凡、三乘世間中最極尊勝，所謂天中天、聖中聖是也。故此薄伽梵，即指佛而言。但佛為諸佛十號之通稱，三覺圓，萬德具，皆號曰佛;然以此土之教主為釋迦佛，故只舉一佛字時，即顯為此土之釋迦佛。若他土諸佛言此佛時，則須置釋迦之名，方可區別。然佛佛道同，說此佛世尊，即通說十方諸佛世尊，說此佛法時，即通說十方諸佛之法，故佛常言：『住世四十九年，未曾說過一字』。正明此佛所說之法，乃為過現諸佛所同說之法。而吾人推崇本師，言此法為此佛所說，而佛實非以說法者自居;故說此佛所說之法，即過現諸佛所說之法，亦無不可。
游化諸國至廣嚴城，住樂音樹下者，此說佛說法之處所以為證信。佛自證菩提先至施鹿林中，為五比丘轉四諦法輪，然後游化經摩竭陀國而至此廣嚴城。諸國，於仁王護國經說十六國;或說佛滅度時，國王共爭舍利;故知佛說，實有諸國。此指人間而言，若其游化天上及龍宮華藏等，廣施法雨，化無量眾，則諸國之所包廣矣。廣嚴城、即毗離耶城之譯義。此城廣大，人民豐富，樓閣修飾，極其莊嚴，故以為名。樂音樹、為樹名，其林木中，迦陵頻伽出和雅音，微風吹動，天然歌樂，故以為名。此廣嚴城，喻如寧波;樂音樹則如寧波之阿育王寺。佛游化經此，即憩息樹下說法，此為住處證信，亦猶今之開會講經，必有其住處也。
丙二聽眾法會
與大苾芻眾八千人俱，菩薩摩訶薩三萬六千，及國王、大臣，婆羅門、居士、天龍八部、人非人等，無量大眾，恭敬圍繞，而為說法。
由前聞時主處，已可證信。但為流傳千古，不使稍有懷疑，故此復引法會大眾證信。如《彌陀經》等引眾證信，並列其名，如長老舍利弗等，而今唯言苾芻等眾。苾芻與比丘音同，有言苾芻指香草，從喻立名。其實、同音譯比丘。比丘譯義甚多，而其本義，厥惟乞士。乞士者，乞食以活身命，乞法以資慧命。乞食以活身命者，依出家法，捨棄家產游化人間，乞食活命，隨處宣教，度諸有緣，威儀端嚴，導俗敬信，令施食者廣種福田，故乞食資身，屬利他德。乞法資慧命者，乞求佛法，慧命相續，功德成就，乃屬自利。具此二德，方號苾芻。苾芻眾中，其無學者，為大苾芻;未具戒者，有沙彌眾。又依戒律，在家出家，各有男女二眾。而此專指苾芻眾者。眾、為僧伽和合之義。此大苾芻眾，已證四沙門中果，為眾中上首故。此苾芻眾，數有八千。復有菩薩摩訶薩其數三萬六千者：菩薩、具雲菩提薩埵。菩提、為無上覺，薩埵、為有情。正顯菩薩初發心時，即上求正覺，下化有情。約四弘誓願說：法門無量誓願學，佛道無上誓願成，為上求;眾生無邊誓願度，煩惱無盡誓願斷，為下化。但約廣義言，從初發心至等覺地，皆為菩薩。則此為初心耶?抑等覺耶?故以摩訶簡別;摩訶為大，即大菩薩。自十信初心菩薩至初住位，復經十住、十行、十回向，至登初地即稱大地菩薩，乃證諸佛菩薩所證之真如實際理地，方稱為大;具無量義利故為多;居三乘之首故為勝;具此大、多、勝、三義，方是菩薩中之摩訶薩。今此會中，摩訶薩眾，三萬六千。苾芻為佛近眷屬，常隨侍佛;菩薩眾乃佛之大眷屬，能助諸佛轉法輪者。國王為一國之主，猶今共和民國之元首、總統、或主席。大臣為國王之輔弼，左宰右丞，以及文武大官，皆輔助國事者;如今之院長，部長等。婆羅門、此譯淨裔。釋迦佛未應世時，印度有外道言：天地萬物未生之前，有大梵天，超然獨上，人類萬物由之而生。其生時，有自腳底而生，有自兩膝而生，有自兩肩而生，有自其口而生，此為形成印度四姓階級之因素也。
而此婆羅門種，即由梵天口生;梵為淨義，故曰淨裔。此婆羅門世掌全國文化事業，教導人民，如中國古之文人大儒，教育民生，而居執軍政之剎帝利上;故知印度實為教重於政之國。居士、乃素封之家，可端居樂道，為農工商界之領袖，社會之優秀份子也。如是等眾，皆為人間聽法之眾。復有天龍八部，無量大眾。奘師譯本，天龍之下加有藥叉二字，今本則無，乃將藥叉攝八部中。天在人上，有欲界天，色界天，無色界天;三界共有二十八天。龍、通常專指興雲施雨者;在佛教中，具大神變，有大威力，護天護人，皆為龍眾。藥叉、即夜叉，譯為勇健，言其威猛神武，是大力士。又譯捷疾，言其陸空飛行，往來迅速。平常水陸道場中，發符使者，即此藥叉神將。八部者，即天、龍、藥叉、乾闥婆、阿修羅、迦樓羅、緊那羅、摩睺羅伽。此中略去藥叉以下。國王、大臣等，皆是人眾;天龍、藥叉等，為非人眾;故曰人非人等。如是苾芻等無量大眾，隨佛住樂音樹下，恭敬尊重，圍繞於佛，求佛說法，故啟下文曼殊之問佛。既有如是等盛會勝事，故結集者，敘述流通以證信也。
乙二禮請許樂
丙一敬禮
爾時、曼殊室利法王子，承佛威神，從座而起，偏袒一肩，右膝著地，向薄伽梵，曲躬合掌。
此下為敘請分中第二科禮請許樂，為此經之別敘，亦名為緣起敘。此中有四：
一、敬禮，二、啟請，三、讚許，四、樂聞;今為敬禮之文。敬禮者，以表三業清淨，恭敬歸佛。若無懇切至誠之心，則雖曲躬合掌，徒然無益。故須意業敬之於內;身業形之於外，頂禮膜拜;然後口業，唱讚嘆詞;故知敬禮，即建立於三業之恭敬上。又三業恭敬，則身意嚴淨，與諸佛無漏功德相應，則無明、貪、慢等皆可折伏;尤足除憍、慢、嫉，生信、慚、愧。故平常學佛者，見佛聞法，先致敬禮，即有此等意義。又由眾人三業恭敬，能使法壇嚴肅莊重;亦由世俗開會設宴，須先潔淨場所，方可款待大賓也。
爾時者，即當爾之時，當佛在樂音樹下大眾圍繞說法之時。法會摩訶薩眾中有曼殊室利者，從座而起。曼殊室利，即文殊師利，譯音稍異;其義譯為妙吉祥。妙、即曼殊，吉祥、即室利，顯其於諸法中最為吉祥。又稱大智曼殊室利，表其智慧最勝。以佛弟子各有一勝，此曼殊即菩薩眾中智慧最勝，不唯於釋迦佛法中智慧最勝，即於十方諸佛法中鹹皆智慧最勝。又佛果功德不可思議，須藉因地菩薩以表顯之，故曼殊之大智，即表佛果之智德，如普賢之大行，觀音之大悲，亦皆表佛果之一德。尤其是曼殊之大智，特表諸佛功德所由生起之般若無分別根本智，亦曰實相智或如理智，以顯圓滿難思之智海也。曼殊室利稱法王子，亦稱童子。法王為佛之德號，佛具如來等十號外，復有無量德號，如一切智者，最勝者，大醫王，大悲救世等，而法王亦其一也。法王、自其字義研究之，法之一字，義無邊際，遍一切處，無非是法。法華云：『我為法王，於法自在』;即解王為自在之義。但欲解王，須先明法。法在天親菩薩解『諸法無我』句，說有五位、百法。五位者：一、心王法，二、心所法，三、色法，四、不相應法，五、無為法。百法者，即所謂：『色法十一、心法八，五十一個心所法，二十四個不相應，六個無為成百法』是也。但五位百法中以心法居首者，『一切最勝故』;以一切諸法，莫不由此心法而轉變而顯現，故諸法中以心法為最勝，而心法即為法王矣。然心法人人皆具，凡有心者皆可為王，則不能顯法王所以為法王之殊勝。或以諸法實相之真如為法王，即維摩對彌勒所謂：『一切法皆如也，彌勒亦如也』之如。蓋諸法因緣而生，緣生無性，當體即空，即空所顯真性為如，故真如法性，常常時，恆恆時，安住不變動而自在，為法王義。設如此言法王，則作法王比前更易，以草木瓦石以至一塵一芥、一色一香，無非真如，則隨拈一法皆為法王，益不能表顯佛為法王之殊勝!故又須以無漏智德為法王，以表特勝。蓋前明心法，乃以有為法為法王;次言真如，乃以無為法為法王;而此無漏智，乃遍有為無為究竟真淨之法王。佛無漏智，即無上正覺智，故佛亦號覺王。由此無漏無分別智，斷惑證真，方顯證真如為諸法之王;否則障蔽不顯，何以為王?故須以無漏智伏滅一切煩惱，廣修六度萬行，漸轉八識而成四智;至轉第八識為大圓鏡智，方為真正法王。而大圓鏡智唯佛果方具，故唯佛為無上正覺之法王也。曼殊獨稱法王之子，以能傳佛心印，繼承佛位，如太子之繼父王位。然如此以稱法王子，亦宜於彌勒等，以彌勒繼釋迦之後成佛故也。因是曼殊之獨稱法王子，又有殊勝意義;蓋曼殊表根本般若無分別智，無漏清淨不可思議，與佛果難思之根本智體，如如不二，所有佛果功德，皆由此智而生，故曼殊之獨稱法王子，即依根本無分別智表其獨勝也。由是觀之，此經之明佛果依正莊嚴功德，尤重大悲利他，非法王之佛不足以說此;亦非法王子之曼殊不足以啟此。至如彌陀經由舍利弗啟請，大彌陀經由阿難啟請，觀無量壽經由韋提希啟請，皆問往生淨土法門，因念佛而解脫，以淨土為歸宿，偏屬自利;而此經由大智曼殊之大悲而啟發，欲以利樂有情，則專重利他也。承佛威神，從座而起，正顯非仗如來大悲願海之威神力，雖曼殊亦不能起於此座;亦即曼殊之智乃承法王之智而起，故曰：承佛威神而起此座。此座者，正是自證境界之位置，自六凡眾生以及三乘聖人，各有其自住境位，而曼殊此時即從其自位之座起而上求佛道，下濟眾生也。偏袒一肩者，印度慣習，比丘等所穿之禮服，平常兩肩遮覆，遇禮佛時，即袒一肩以致恭敬。右膝著地者，右即左逆右順之意，表與佛意順契。又、一肩表上承佛德;一膝著地，表下濟眾苦。又、普通以右臂右膝動作較為方便，表曼殊由智悲所起之方便用，能上同諸佛慈力，下濟眾生悲仰也。如是儀容，端嚴恭敬，向薄伽梵，曲躬合掌。曲躬、即低頭鞠誠，合掌、表福智兩足。又、十指並豎，即表布施等十度，而前五度屬福，後五度屬慧，故與佛之福慧兩足尊相應也。
丙二啟請
白言：『世尊!惟願演說如是相類諸佛名號，及本大願殊勝功德!令諸聞者業障銷除，為欲利樂像法轉時諸有情故』。
曼殊於無量眾中，啟請世尊演說如是相類之法。演如流水不絕，喻佛法音演演相續。如是相類，即指下文諸佛名號，及本大願殊勝功德如是相類之法。又、相類之言，亦通指他經如是之法。如下文云：『亦如西方極樂世界殊勝功德，等無差別』。此顯佛已說過彌陀經等諸佛名號，及本大願殊勝功德如是相類之法。今曼殊追憶所及，故言如是相類。諸佛名號，即此經藥師佛等名號，及其依正莊嚴。本大願，即本因地初發心行菩薩道時，所發通願、別願，由是而成佛果功德。故此殊勝功德之言，通因通果：由因地殊勝之願行功德，方成佛果殊勝之福智功德。此上數句，請佛說法，使自了知佛果功德，可稱自利;而亦為利他故，故言：令諸聞者業障消除，為欲利樂像法轉時諸有情故。此言障者，通惑、業、報、三障。惑障、有煩惱障與所知障：煩惱障亦曰事障，斷之較易，所知障亦曰理障，欲除則難;此二通名惑障。惑、即煩悶惱亂，使心神不寧，故名障。業、為作業，即是行為習慣，如人習染不良嗜好，雖樂善事而欲作不能，故為障。報、即苦報，由惑造業招感報體，報體陋劣，不得自在，故為障。然考苦報由來於業，業由來於惑;由貪等惑而業而苦，使吾人長淪三有，不獲出期。所謂：『我昔所造諸惡業，皆由無始貪瞋痴』，真可慨也!雖然，業處惑、苦之間，實為諸障中心，能將業障消除，惑、苦自滅，如截木心，兩頭自斷;故聞佛法，先令業障消除，則像法轉時之有情，乃可以利樂矣。像法者，蓋佛之教法住世有三時：曰正法，曰像法，曰末法。正法住世，見佛聞法，即能得果;以諸三乘賢聖等眾，皆為已熟之機，一遇勝緣即得斷惑證真。佛滅度後一千年間，亦有聲聞、菩薩住世行化，人民不生邪解，不起邪行，易以修行得果。一千年後，即為像法，或以像為形像，佛既滅世鑄像代佛，及塔廟中皆供佛像，故亦稱佛教為像教。其實、此義不然，如言設像，佛世優填王亦已雕佛像，即於末法豈無佛像?故像法言，乃指像似之法，已失其真。言至其時，雖則修行者有，證果者難;於佛法既鮮實證，故已失真。迄今末法，非唯證果者無，即真能實行者亦寥如晨星;雖有少數，亦多盲修瞎練，可憫殊甚!故正法住世，百修百證。及至像法，修行者百，取證者不得其一;蓋像法多魔，不易取證，即多退墮!如今世修行未證真聖果，來世業增，前功盡棄!而有勇猛有情，努力勤修，今世不證，來世再修，黽勉求證，其志可嘉!然其事極艱難而可悲憫，故菩薩為下濟有情之大悲心所驅策，求佛說法，獨標利樂像法轉時諸有情者，不無深意焉。
丙三讚許
爾時、世尊贊曼殊室利童子言：『善哉!善哉!曼殊室利!汝以大悲，勸請我說諸佛名號，本願功德，為拔業障所纏有情，利益安樂像法轉時諸有情故。汝今諦聽!極善思惟!當為汝說』。
此稱曼殊為童子;童者、獨也，表般若無分別智，獨一無二。又、此無分別智出障圓明，最極清淨，一切無漏功德皆由此生。蓋真見道位，此智現前，舍前諸漏，具足無漏，故稱為童子;即表根本智。善哉善哉，乃雙嘆之詞;以曼殊之問，具足上求下濟之義故。諸佛名號本願功德，此非過未諸佛，即指現在十方諸佛。說諸佛法故，可令聞者業障消除，解脫諸纏。纏、即纏縛，如人犯罪，杻械枷鎖被縛其身.不得自在;眾生被三障所纏，囹圄其身，亦復如是!若能聞法修行，即可解脫諸縛，出三界樊籠，如鳥翔太空，魚游淵海，得以逍遙自在也。雖一切時皆有業障眾生，今曼殊唯指像法者，正為像法有情極可悲愍。佛體其意，嘆為甚難，故允所求。汝今諦聽，極善思惟，為誡勸詞。諦者、審也，誡聽法時，須深審察，一字一句不得含糊，方能得益。既審聞後，又須如理思惟，乃與無漏法義善能契應;此乃由聞慧而起思慧也。又、善謂善巧，能善巧思惟，即可觸類旁通，會融其義。須能如是聽法，方不辜負說法者心，故先警誡。
丙四樂聞
曼殊室利言：『唯然，願說!我等樂聞!』
曼殊既蒙世尊讚許，心懷踴躍，隨聲作答，故曰唯然。唯然，形容其答應得迅速自然，毫無勉強。故常人答應之快者，亦曰唯唯。樂字之本義為音樂之樂，圈入聲，為快樂之樂;今為好樂之樂，宜圈去聲。
上為本經緣起之敘，依曼殊之問及佛之讚許，說此經之緣由，可以顯矣。如金剛經之法會因由分，善現啟請分，皆為說經之緣起也;故此亦可稱曼殊啟請分。
甲二正說分
乙一示體相
丙一總標依正體
佛告曼殊室利：『東方去此，過十殑伽沙等佛土，有世界名淨琉璃，佛號藥師琉璃光如來、應、正等覺、明行圓滿、善逝、世間解、無上士、調御丈夫、天人師、佛、薄伽梵。
從此文起，為正說分。於中先示體相，後明機益。此經之體相，即以藥師佛果依正功德，及其依正功德所由成之本因願行，為此經特有之體相。通常判經之體，曰實相，曰真如，曰中道第一義，往往儱侗含糊，不能彰顯各經之特殊體。如以真如為體，則諸法緣生無性，即空之所顯，通於一切;然於其中，不妨地以堅為體，水以濕為體，是則如是諸法，各有別體。故今明此經，即以藥師之因果、依正示其體相;由此體所起之功能，即全體大用也。後明機益，即顯眾機聞此法所獲之益利，乃此經之功用也。示體相中分三科，今第一總標依正體。
總標依正體者，有世界名淨琉璃，即總標藥師依報之體;佛號藥師琉璃光等，即總標藥師正報之體。佛告曼殊室利，即佛向曼殊室利說。從此娑婆世界東去，經過十殑伽沙等佛土，有一世界，名淨琉璃，其土有佛，號藥師琉璃光。殑伽沙、即恆河沙;奘師以前，多譯恆河沙，奘師以後，多譯殑伽沙。恆字音短，殑伽音長，稍有區別，實為一河。恆河在印度，亦猶中國之黃河。有言其發源於天上，實則出之阿耨達池;如中國古探黃河之源於星宿海，而今日考察所得，實與長江同出自青海。恆河多沙，佛說法處多在恆河流域，故為順便通曉起見，經中遇說數目極多時，即以恆河沙為喻。如七佛藥師本，則從四殑伽沙說起;今本但明藥師佛土，故直從十殑伽沙說。佛土、即世界，一佛土，即一大千世界。淨琉璃、即清淨青色寶，言其國土居七佛之後，最極清淨，無漏莊嚴;故前言青色寶時，以萬里無雲之白日清空為喻也。此藥師佛，具足十號：一、如來，義如前。二、應，亦譯應供;梵音阿羅訶。依法華論，有十九義，通常或三、或五，言應受人天供養，應已斷惑證真，應更不受生死;而應供之義，通聲聞、獨覺。三、正等覺，亦作正遍知，梵音三藐三菩提。四、明行圓滿，亦稱明行足。明、為智，行、即萬行，明以智慧為先導而修萬行，故能成福慧兩足尊也。五、善逝，善能順法性而寂逝，蓋佛用而常寂，住於無住涅槃。不同二乘子縛已斷，果縛猶在，住於有餘涅槃;佛則五住究盡，二死永亡，為度生故，非生現生非滅示滅，雖現生滅而常寂靜，故云善逝。六、世間解，佛具十力等智，事理、相性，明解照了，如脫桶底。七、無上士調御丈夫，亦作無上丈夫調御士。士為人中才智之多能者，如普通社會農、工、商中，以智足多謀、文武雙全有力用者，名之為士;故亦以無上之士稱佛也。調御丈夫者，丈夫為有大志荷大事者，平常仆妾之於男子，亦稱丈夫，正顯丈夫勇敢無畏。善能調御一切，如善騎馬，調伏猖獗，喻佛善能摧伏魔軍，駕馭三界之眾生也。八、天人師，佛為三界之導師，四生之慈父，故名。九、佛，梵語佛陀，此雲覺者，三覺圓滿，故號為佛。無明漏盡為自覺，調化眾生為覺他，自覺之果圓，亦即覺他之行滿也。十、薄伽梵，即世尊。涅槃等言，自如來至佛為十號，薄伽梵乃十號之總稱。而佛地、唯識等，則將無上丈夫調御士合為一號，故自如來至薄伽梵，方成十號。此二說者，各有其根據也。
丙二別陳行果相
丁一行願
戊一總標大願
『曼殊室利!彼世尊藥師琉璃光如來本行菩薩道時，發十二大願，令諸有情所求皆得』。
此下為示體相中第二別陳行果相。行為因中所發誓願，果乃佛位所成之果德。
此中復二：一、行願，二、果德。行願文中復三：今第一總標大願也。
彼世尊，即指藥師如來;以釋迦為此土之佛，故以藥師為彼。由藥師琉璃光如來本行菩薩道時，發十二大願之二句，則本願二字亦顯矣。此十二大願，在藥師未成佛之因地中，同為凡夫，行菩薩道時所發。道、為菩提行之總相;但道雖廣，可攝為三十七道品，即三十七菩提分法。其修道所獲之果為菩提，亦名為道;其修因之差別行為分法，亦名為道品。欲證菩提涅槃之果，須由所趨之道路，如行者欲達其目的，須由路途。此舉道之總相。若別明真菩薩道之自體，由初發心三慧所起：由聞教故，生起聞慧;聞而極善思惟，如理作意，即成思慧;然後如實修習，即成修慧。成聞慧時，與信相應;成思慧時，與戒相應;成修慧時，與定相應。由修集資糧至加行位，引發根本智無漏無分別般若之大慧;復由根本智而起後得無分別慧。所謂加行無分別慧，根本無分別慧，後得無分別慧，皆由加行慧而引發;各以慧為自體，與諸善心所及善遍行、善別境等相應而起者，即由善等心所相應。根本親證諸法真如自性，起後得智，通明法界事理，與此無漏智相應而等起施戒等萬行，皆為修習道行。故有道自體，道引發，道相應，道所緣，道等起，綜合之皆為道也。十二大願者，為藥師如來因地所發之本願，蓋其所發四弘誓願為通願，此為別願。發願即是立志，由內心策發，確立而定;以此志願督促之、鞭策之而行其道，方遂其願。如地發芽，生根不動，而得成婆娑之大樹。但普通人雖亦立志，督策自己，然因意志薄弱，見色聞聲，往往情不自禁，不堪外境之誘惑，而為其所轉!諸佛發願，與之迥異，既發願已，三業依之修習，堅固無有動搖，由此必證菩提，故能令諸有情所求皆得。蓋既證菩提，則一切行願之所求自然滿足矣。由本行二句，行道發願，智斷成就;由令諸二句，廣被有情，恩德成就矣。
戊二別陳諸願
己一正報莊嚴
『第一大願：願我來世得阿耨多羅三藐三菩提時，自身光明熾然照耀無量無數無邊世界，以三十二大丈夫相、八十隨形莊嚴其身;令一切有情如我無異』。
此別陳諸願，即有十二大願。概而言之，此中自第一至第五願，乃依四諦中滅道二諦境而發;自第六至第十二願，乃依苦集二諦境而發。前五願中更可分別，第一、第二依所證滅諦果而發;後三依菩薩所修道諦而發。後七願中，前三後三皆由苦諦而發;然苦因於集，故中間一願乃依集諦而發。今此第一願，明藥師之正報莊嚴。
願我來世得阿耨多羅三藐三菩提時者，即藥師在因地行中說：願我當來成佛之時也。成佛一名，每多濫稱，其實須成阿耨多羅三藐三菩提時，方稱成佛。梵語阿，此雲無;耨多羅，此雲上;即是無上最高之義。三藐三菩提，譯正等覺，亦遍正覺，或作正等正覺。此菩提覺之上，復加阿耨多羅與三藐三之言，正簡此覺與泛常之覺有異。泛常覺冷熱是非等曰感覺，曰知覺，自以為覺，實則迷而不覺，乃顛倒妄想之錯覺;雖雲覺悟今是而昨非等，亦非正覺。以正等覺者，覺悟宇宙萬有之真理，平等平等，無有高下，如理如實而覺，方為三藐三之正等覺。故單言覺時，即通凡外。但凡外為錯覺非正覺，故以三菩提簡之。又單言三菩提時，即通二乘菩提，但二乘不能普遍正覺，雖破我執，覺生空真如，而法執未破，法空真如覺而不顯，雖覺生空而非普遍，乃以三藐三菩提簡之。又登地菩薩，雖可稱為分證三藐三菩提，而不能冠以阿耨多羅，以初地至二地乃至十地至等覺，後後勝於前前，皆有上故;是故惟佛與佛，方為究竟阿耨多羅三藐三菩提者。今藥師因中願其當來成佛時，自身光明照耀一切世界。身、有三身：一、法性身，亦曰法身;二、受用身，亦曰報身;三、變化身，亦曰應身。法性身為諸法之真實性，為諸佛究竟覺之所徹證，故遍一切處，具無量智德光明。然此所謂熾然照耀無量無邊世界，乃指受用身而言。受用有自受用與他受用：自受用身，佛果無漏不思議界，唯佛與佛之所能知，即等覺大士亦如隔雲望月，朦朧非真，何況地下聖凡!但此不思議自受用身土，一佛一切佛，非異非不異，無量無漏福智功德，自佛他佛無有分齊，等同一味。然亦不妨各從自受用身而現起他受用身土。他受用身，乃為教化地上菩薩而現，所謂『如來現起他受用，十地菩薩所被機』。如華嚴之毗盧遮那，梵網之盧舍那，皆為地上菩薩所現之他受用身，光明灼耀，微塵剎海;故此身光熾然照耀無量無數無邊世界，即他受用身也。佛光既照無邊世界眾生，故今吾人皆在藥師佛光照耀之中，不亦甚親切乎!熾然、狀況光力盛而且大，盡虛空法界之邊際，無所不照，無有限量;故彌陀號無量光，而此藥師亦具無量光明。三十二相，八十隨形，隨其一形相等遍法界而言，亦是他受用身;而依通常教理說，則屬變化身。此有大變化身、小變化身、隨變化身三種。大變化身，為三賢入四加行位菩薩所現，在定中所見色究竟最高大身，亦為此身;所言佛身千丈，或十六萬由旬，皆屬此身。小變化身，如今娑婆教主釋迦如來，現丈六身，三十二相，八十隨形好者屬之。其實釋迦佛身，通法性身、自他受用、及大變化;而依標準教義，唯局小變化身。今藥師願將來成佛，亦現此身，應化眾生。大丈夫相者：如人間之轉輪王相，天上之梵王相，佛法中則為大士相，佛相。具此大丈夫相者，即能荷負教化眾生之偉業，如轉輪聖王，即能負擔一四天下眾生之事業──詳見大般若經及諸大論。三十二相者：一、足下安平如奩底。二、足千輻輪相，乃至三十二頂成肉髻相──詳見法數。此等寶相，皆自修得，非偶然成，所謂『三祇修福慧，百劫修相好』，可以知矣。八十隨形，即三十二相上所現之種種形好，如眉間白毫相光，其體通明透徹，其色極白潔淨，即此體明色白為相上形好。既有寶相，復具形好，故其身極莊嚴，無與倫匹。藥師如來，願其佛果正報莊嚴如是，亦願令其世界一切有情正報如是莊嚴，故能生琉璃世界者，皆具三十二相，八十形好;亦如往生極樂世界，即無男女相，無六根殘缺等相，皆具大丈夫相、大士相焉。
前年戴季陶等朝野名人，迎班禪大師於寶華山建立藥師法會，亦本藥師之十二大願，而發十二種願，其云：『第一遵行世尊本願：政本優生，教重安養，使一切人民身心美善，相好端嚴』。今科學有優生學，本此優生學施優生政策，能使人民生活善良，身心健美，此正與藥師之第一本願，遙相呼應。故前講此經緣起時，亦言依藥師佛法門可實際套用於現實人生之改善也。
己二身光破暗
『第二大願：願我來世得菩提時，身如琉璃，內外明徹，淨無瑕穢，光明廣大，功德巍巍，身善安住，焰網莊嚴過於日月;幽冥眾生，悉蒙開曉，隨意所趣，作諸事業』。
前第一願，諸佛大體相同;今第二願，則唯藥師獨具。得菩提時，即成佛時。
身如琉璃者，身有三身，三身中現自受用、他受用、大變化、小變化時，皆現佛相，唯隨類變化，或現人天，或現鬼畜，無有定相。今身如琉璃之身，且據變化身言。此變化身，如青色寶，內外明徹，淨無瑕穢。瑕為玉中疵，玉有污點，即成美中不足;吾人之身亦具琉璃之光，而為肉血煩惱所障，不能內外明徹。例如水晶珠等，亦能內外明徹，而每不免瑕疵。唯此藥師琉璃光身，內外明徹，淨無瑕疵，其廣大遍一切處，功德無量，如山巍巍，善能安住焰網莊嚴，即所謂『藥師如來琉璃光，焰網莊嚴無等倫』!焰、即光上之線，如曙光東升，光線奪目。一光焰照一一光焰，一一光焰照一光焰，光光相映，結成羅網;而此琉璃光身，即善安住於此由光線所組成之光明燦爛的焰網之中。藥師如是，其土眾生亦各能身善安住於焰網莊嚴，此其所以光明過日月也。蓋吾人所居之世界，以日、月、星為三光，而尤以日月之光為大;然日月雖能照破幽冥，若黑夜即無日月。如今交通所及，知吾人所居之地球上，亦有半年無日月光照者，有終年無日月光照者，而亦有人物生其處;此誠如佛教所謂黑暗地獄眾生也。但淨琉璃世界，有藥師琉璃光身之光明，則一切黑暗皆破除，幽冥眾生悉蒙開曉。如盲者得眼，即能於光明熙和中隨意所趣，平等自由，作諸事業者也。
藥師法會願云：『第二遵行世尊本願，培植德本，發揚慧力，使一切人民本力充實，光輝普耀』。培植德本，發揚慧力，使世界和平，人民安樂，一切作業，悉得成就，亦藥師此願之實際套用者也。
己三智慧資生
『第三大願：願我來世得菩提時，以無量無邊智慧方便，令諸有情皆得無盡所受用物，莫令眾生有所乏少』。
此第三願，標以智慧資生者，以藥師成佛時，欲以無量無邊智慧方便資濟眾生。此第三願至第五願，依道諦而發。道者，廣則八萬四千波羅密多，略則三十七品，再略之、則為戒定慧。而此三願，即依此三而發。是第三願，乃依慧發。無量無邊智慧，出智慧之體;無量無邊方便，為智慧之用。故方便之自體即智慧，智慧之妙用即方便;若無方便無以顯智慧之深廣，若無智慧無以起方便之巧妙。故智慧與方便，皆是無量無邊。無量者，普通言量，約有二義：一、讀平聲，如升斗量米，尺寸量布之量，為動詞，表現動作;二、讀去聲，如言度量數量之量，為名詞。又如言不可以尺秤量其長短輕重，亦為平聲。此無量乃無有限量之量，乃去聲之量也。以今通用名詞言之，量即空間。空間、在數理學上有三度量：一、量長短，二、量闊狹，三、量厚薄高低。如一墨點，不成為量，須成一線，方有長短之縱量。但祇一線不成為物，物必有闊狹，故有第二度闊狹之橫量，所謂先量長短，後量闊狹。既有長短、闊狹，既有南北東西之方向，然亦未成其為完整之物。蓋完整之物，既如一紙，必有其反面的厚薄，故第三度即量其高下淺深。如此經過長短、闊狹、厚薄之三度量，乃成為物，既有東西、南北、上下、之六方分。故無論何物，凡成其為物者，須具足此三度量之空間，知其自南至北有幾何，自西至東有幾何，自高至下有幾何，方成一物，否則不成為物。小自茶杯房舍，大至地球、華藏世界，其為有情世間及器世間，皆具此三度量以各占其空間。若超此量，無彼此，無分別，則不能說成一物，亦即無可思想分別而入於無量矣。此乃無量之本義，佛果智慧方便功德，亦復如是無量。無邊者，邊依量立，若有量，即有四方上下，此量盡處即有邊際。有此方物，有彼方物，即有邊際分齊;故立有邊，即基於量，若無量、則邊亦不可得矣。今中國人皆能說佛法無邊之一語，佛法無邊，誠如所言，惜深知其義者鮮耳。其實、一切世法皆落邊際，唯有佛法確實無邊。然佛法無邊，非離世法之外另有一無邊之佛法，若離世法另有一個無邊佛法，即此世法與佛法之間已落邊際矣!故須無量，方成無邊。前言量有三度量，以明四方上下之空間，今更進而言之：依最新學說有四度空間，乃將時間加入空間而成第四矣。楞嚴經言：『四方上下為界，過現未來為世』;以之說明世界為空間時間之交織，頗相近似。是故一物之成為一物，不特有六方，且有三世;如今講經之法堂，占有上下四方之空間;經未造、落成、朽壞、三時之時間。有此一法堂，即具六方、三世四度量;擴而言之，凡物皆有此空間與時間而成立也。故平常所謂人生幾何，天長地久，皆自空間量上顯明時間。六方、三世界量無，則邊際乃無矣。但如何言唯佛法無邊耶?此蓋諸法實相，法爾如是，本無邊際;故無量無邊，實為諸法之本來面目。自佛法言之，若真若俗皆無量無邊。何以故?自第一義之真諦言之，量不可得;以量從分別而起，諸法真實相無此分別量故;既無量，復何有邊耶?自眾緣所成之俗諦上觀之，諸法亦無量邊，以諸法從眾緣生，緣生無性，一法之生，即依法界諸法為緣，故一切法不出一法，一法即括盡一切法，則無一一之定量可得，何有一法一切法之邊際哉?如一小杯，為四大成，土質為地，調泥為水，燒煉為火，鼓扇為風，容受為空，加以人工之思想模樣，由此種種因緣，即成此一小杯;則此小杯，即依虛空法界眾生輾轉增上之緣力而成，即可攝盡宇宙萬法。故能通達一物，此物即遍虛空法界，無可限量，亦無邊際;此在俗諦而論諸法，諸法亦無量無邊矣。但諸法小自微塵草木，大至華藏世界皆無量邊，何獨唯指佛法無邊耶?良以諸法雖無量邊，倘無佛智慧，即不得而知，而妄執有量有邊，並認定此有量有邊之法，方為實法，而以無量無邊為非實法，顛倒是非，混亂黑白!自具縛凡夫乃至三乘賢聖，未得諸佛智慧，皆不免此顛倒分別而執有量有邊!是故唯有佛法無邊，其理亦瞭然矣。
複次、人之心境上有此分別量故，世界隨之有成住壞空，人生隨之有生老病死，一切皆由此分別心量境之生滅而生滅，則世界人生皆落生滅之窠臼矣!若了真俗諸法其實本無量邊，如是如是，則當下即不生滅，當下即了生死矣。如人計我，我生於何時，我作若干事業，我經幾何年月日時而死，此在量上作邊際想，故人生之生老病死起矣。又如：計此世界為上帝創造，創造於何時，至何時毀滅，則世界之成住壞空作矣。若知佛法真俗二諦之理，諸法本性無量無邊，一法如是，一切法亦如是，一即一切，一攝一切，一入一切，一切即一，一切攝一，一切入一，無定量可立，無極邊可得，則人生生老病死即非生老病死，世界成住壞空即非成住壞空，當下本無生滅生死可了，即是菩提大般涅槃。是知法法無邊，洵惟佛無量之智慧方顯焉!復依此無量無邊之智慧，等起無量無邊之方便，依方便之權智，達智慧之實智，由智慧之本體，起方便之妙用，隨機設法，應物施功;是知一切方便，皆由智慧而成。如十度之方便、願、力、智，皆依般若而開發。經云：『菩薩於菩提，當於何求?當於五明處求』。五明者：一、因明，二、聲明，三、醫藥明，四、工巧明，五、內明。此除內明為佛學外，其餘四明皆為濟世利人之方便用;而此方便之無礙自在，功由智慧。如今科學發明，供給吾人衣食住行上種種享受之物質，皆是方便之用;但因無無量無邊之智慧以為妙體，故雖有用而非妙用，有盡際相可得，此有彼無，起貪瞋痴互相爭奪，世界禍亂從此起矣!人民痛苦由是生矣!故此世界非無方便，實由無無量無邊之智慧不成妙方便耳。由此、今日之人世，若依藥師之智慧，則科學資生之方便，妙用無盡，鬥爭永息，世界和平，人民衣食豐富，所受無缺乏矣。
藥師法會願文云：『第三遵行世尊本願，廣行四攝，勤修六度，使一切人民自他方便，萬事鹹宜;世尊第三本願，如實成就』。
己四導入大乘
『第四大願：願我來世得菩提時，若諸有情行邪道者，悉令安住菩提道中;若行聲聞獨覺乘者，皆以大乘而安立』。
前願明佛之智慧無量無邊，由此無量無邊之智慧，復起無量無邊之方便妙用。
正如法華所云：『諸佛智慧甚深無量，其智慧門難解難入』。此願使諸凡外、三乘安立大乘，即屬於定。蓋安立即安定，如大學所謂：『知止而後能定，定而後能靜，靜而後能安，安而後能慮』;此亦言由定而安也。藥師此願，欲使一切行邪道之有情，舍邪歸正，安住菩提正覺之道。正覺、邪道，相對而立，未入究竟之正覺，皆不免落邪，唯斷善根之闡提種姓純是邪，佛純是正，故正邪亦不能定限。但依普通標準言之，除人倫道德等世間善法，與出世之三菩提法為正道外，其自虛妄分別而執為有道者，皆為邪道。其所執道，與諸法實相，及世間資生事業倫理道德相違，而另有其無上至高之道，奉為最勝，余若無賭。瑜伽戒本所謂：『若諸有情，安住自見取中，起如是見，立如是論：唯此是實，余皆虛妄』;此即為邪見師資矣。昔有一人，終日思金，神經失常。一日上市，忽見有金，當眾即取，遂被捉住。詢其何以當眾盜金?彼言：我取金時，唯見有金，不見餘人。此與邪見眾生自立邪道，不見正理，恰恰相同。故邪見眾生深深安住自邪見道，雖有菩提正道，說之不信，須由諸佛威神之力，方便善巧之用，方能醒其頑迷，使之舍向邪見，安住菩提道中。菩提道者，即阿耨多羅三藐三菩提道。然此菩提，通指三乘菩提，皆為正道。此使邪見外道安住菩提，乃為第一重意義。若行聲聞、獨覺乘者，皆以大乘而安立之，此為第二重意義。聲聞者，聞佛說四諦音聲，知苦、斷集、慕滅、修道，證得須陀洹等四沙門果。獨覺者，出無佛世，孤峰獨宿，秋觀黃葉落，春聞百花香，覺榮枯無常，由之悟道;亦曰緣覺，緣佛說十二因緣之聲音，知眾生由順生門流轉生死，由是入還滅門，即得證果。於中聲聞根鈍，緣覺、獨覺根利，故增道損生皆有遲速。乘者，運載之義，如以車代步，達目的地。明聲聞、獨覺，各依四諦、十二因緣之教乘，度分段之生死海，到生空之涅槃岸。此行聲聞、獨覺乘者，若已證、若未證，皆使由二乘心而安定於大乘法中，一入永入，毋令退墮。故此願可為二重：一、對二乘眾生，使安立於大乘中;一、對邪外眾生，則先破其頑迷，使之舍邪入正，安立於世間倫理道德，即佛教人天、二乘、五戒、十善法中，然後再由人天進入三乘，復由三乘使安立於大乘。此與法華會三乘歸一乘之理相符。實則全部法華，明一佛乘，不外此『皆以大乘而安立之』一句也。故佛法於邪外二乘，皆能導入於大乘。又、大乘之法，乃諸佛通達諸法實相之智慧，無量無邊，故為眾生開示，皆悟入佛之知見也。是則此願雖寥寥數行，可判攝一切佛法，蓋一切佛法歸納之，不外五乘共法，三乘共法，大乘不共法，而此由邪外二乘以至導入大乘，皆可包括之。
藥師法會願云：『第四遵行世尊本願，服務社會，盡瘁人群，使一切人民，鹹歸大乘，捨身救世;世尊第四本願，如實成就』。
己五得戒清淨
『第五大願：願我來世得菩提時，若有無量無邊有情，於我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒、具三聚戒;設有毀犯，聞我名已還得清淨，不墮惡趣!』
前二願明慧與定，此明得戒清淨。無量無邊有情，顯有情數目之多。使此無量無邊之有情，皆於我藥師佛法中，修行梵行。梵、譯為淨，超出五欲之清淨行，乃為梵行。一切皆令得不缺戒者，即使行者得具足戒。不缺、顯不缺漏，大智度論明不缺、不穿、不漏等十事;並設喻云：凡夫持戒至於佛地，如渡海浮囊，中盛空氣，無少缺漏，方渡彼岸。囊即喻戒，戒行無缺，方至佛地;若稍缺漏，如浮囊有孔，即便沉沒，故戒也者，不可須臾離也。傳戒者須如法傳授，受戒者須如實修行，方能具足，無所缺漏。三聚戒者：一、攝律儀戒，二、攝善法戒，三、饒益有情戒。攝律儀戒，即持身口七支等戒。攝善法戒，即持善法戒。平常戒律中說有『止作持犯』：止持，即止一切惡行，所謂諸惡莫作;若經佛制止之事，皆不得作，若作即犯，此即攝律儀戒。作持、即作一切善法，所謂眾善奉行;凡經佛教授之事，如六度萬行，皆須工作，若不工作，即是違犯，此即攝善法戒。饒益有情戒，即諸菩薩廣行四攝，饒益眾生;若不作饒益眾生之事，即是犯戒。此中攝律儀，攝善法，通諸聲聞;而菩薩戒則以饒益有情為主，餘二為助伴。聚為類聚，每戒之中，各有類聚，如律儀戒之五篇、七聚等。梵網兼律儀戒，而瑜伽則即以七眾律儀戒為律儀，專明攝善、利生。若本已受持三聚戒，設一時迷昧而有毀犯，若聞藥師佛名，還得清淨，不墮惡趣。惡趣者，即地獄、餓鬼、畜生、三途惡道;或加阿修羅為四惡趣。因犯戒故，須墮三途，但聞藥師佛名，由其本誓願力加被，犯戒有情還復清淨。因犯戒如衣被染污，即不清淨，由佛力故，如洗淨之。但唯有佛果功德加被，若無本因誓願之力，則加被即非真切，如日光泛照萬物;若佛果加被，復有本誓願力，則如收光鏡將日光攝集增強。吾人今皆已受戒，若有誤毀者，聞此藥師名號後，宜發露懺悔，誓不更犯，亦得解脫，不墮惡趣。後滅罪文，廣說其事。此上三願，皆依慧定戒發，亦使一切有情依之得慧定戒者也。
藥師法會願云：『第五遵行世尊本願，精嚴戒律，調伏身心，使一切人民身口意業，鹹歸清淨;世尊第五本願，如實成就』。
己六得身健美
『第六大願：願我來世得菩提時，若諸有情其身下劣，諸根不具，醜陋、頑愚、盲、聾、喑、啞、攣躄、背僂、白癩、顛狂、種種病苦;聞我名已，一切皆得端正黠慧，諸根完具，無諸疾苦』。
此第六願明諸有情六根不具，醜陋癃殘者，若聞藥師名號，即得身心健美;以此願乃緣苦諦境而發，故在使諸有情脫離諸苦。相傳中國清代玉琳國師，前世為出家人，諸根不具，醜陋頑愚。結緣施主見而嗤笑譏刺，因有感焉。尋聞受持藥師此願，能得六根完具，身心健美，遂受持奉行此法門，而轉世即得玉琳身，智慧殊勝，諸根聰利，相貌端嚴。有清一代，不少名師，而為後人聞名敬信無間言者，厥惟玉師。是皆由藥師佛果本誓願力加被而致者，吾人若能如是發願，弘法利生，亦可成就如是勝報。
此中若諸有情之言