《藥師懺》是以藥師如來為本尊而舉行的懺悔罪障的修行法門，是依據《藥師如來本願功德經》而作成的一種懺法，是說明藥師如來的誓願而離苦得樂的行法。
何為藥師懺
《藥師如來本願功德經》記載，藥師佛的誓願不可思議，如果有人身患重病，死亡的衰相現前，親友眷屬能為他歸依藥師如來，晝夜盡心供養藥師佛，讀誦《藥師如來本願功德經》四十九遍，燃四十九盞燈，造如來像七軀，造四十九天的五色彩幡，那麼這個人便能得以恢復生命，度過危厄諸難。這就是以藥師如來為崇拜對象而形成的續命法，從南北朝以來，這種信仰一直十分盛行。
《藥師懺》正是說明藥師如來的誓願而離苦得樂的行法，是天溪大覺寺受登在康熙三年(1664)纂集，稱為《藥師三昧行法》。《藥師三昧行法》內容包括：(1)定名，敘述藥師三昧名稱的緣由;(2)勸修，勸誡修習本三昧，則所求長壽、富饒、官位、男女等，皆得順遂;(3)方法，揭示供養藥師如來的方法;(4)釋疑，因當時住生西方淨土的思想極為流行，所以作釋疑，以肯定本行法為致福消災之要法及明心作佛的秘典。
在《藥師三昧行法》的方法中，總共包括有十項內容：(1)嚴道場，列出莊嚴道場的方法，在閒靜的堂室，用新土填地，懸掛新寶蓋及五色幡，正中安置藥師像，在左面安置日光菩薩像，在右面安置月光菩薩像，外面用欄桿圍起來。(2)淨三業，修行者應該穿著新做的或乾淨的衣服，齋戒素食，沐浴清淨，然後才進道場。(3)修供養，行者入道場後，應該憶念藥師佛的本願功德，然後手執香爐，唱：「一心頂禮十方法界常住佛，一心頂禮十方法界常住法，一心頂禮十方法界常住僧」，其次，維那呼：「是諸眾等，各各互跪，嚴持香花，如法供養」，然後大眾同音唱：「願此香花雲，遍滿十方界，一一諸佛土，無量香莊嚴，具足菩薩道，成就如來午」。(4)請三寶諸天，即奉請釋迦牟尼佛、藥師佛等諸佛世尊，藥師琉璃光本願經等法寶，日光遍照菩薩、月光遍照菩薩等諸大菩薩，十二藥叉神將等天龍八部，希望三寶及護法神將能降臨道場。(5)讚嘆，讚嘆藥師佛的功德。(6)禮敬，即禮拜前面所奉請的三寶及護法龍天。(7)發願持咒，即是發藥師佛的十二大願，然後再誦《藥師灌頂真言》一百零八遍。(8)懺悔，誦懺悔文，願諸業障消滅，同得清淨。(9)行道旋繞，具足威儀，右繞佛座，大眾同音唱：「南無十方佛、南無十方法、南無十方僧、南無本師釋迦牟尼佛、南無教主藥師琉璃光佛、南無藥師如來本願功德經、南無日光遍照菩薩、南無月光遍照菩薩、南無曼殊室利菩」，三遍或七遍，到佛像前唱三歸依。(10)思惟義處，即是觀想藥師佛的身相光明，修習三昧。
由於《藥師三昧行法》的文字說明太多，而且行儀不夠詳細，所以後來又有人重新編纂了《消災延壽藥師懺法》三卷，現代寺院舉行藥師法會，多用此本。在《消災延壽藥師懺法》開頭，首先嚴淨壇場，唱《楊枝淨水贊》，念《大悲咒》若干遍，繞壇場一周，然後唱回向偈。其次，開懺頭，這是清代以來各種懺法比較常見的儀式，唱《爐香贊》及各種供養偈，最後宣讀文疏。在《消災延壽藥師懺法》每一卷中，都是先禮拜「南無毗盧遮那佛、南無本師釋迦牟尼佛、南無藥師琉璃光如來…」等三寶，接著念一段懺悔文，然後念《藥師灌頂真言》七遍或四十九遍，最後唱《藥師贊》。
《消災延壽藥師懺法》是現代佛教經常使用的懺法，許多居士在生日及祈福的時候，都請僧人們禮拜此懺。
消災延壽藥師佛懺法
禮懺儀
香贊
爐香乍爇法界蒙熏藥師海會悉遙聞隨處結祥雲誠意方殷諸佛現全身
南無香雲蓋菩薩摩訶薩(三稱)
(跪誦藥師經一卷或藥師如來十二大願)
開經偈
無上甚深微妙法百千萬劫難遭遇
我今見聞得受持願解如來懺法義
藥師如來十二大願
佛告曼殊室利。東方去此過十殑伽沙等佛土。有世界名淨琉璃。佛號藥師琉璃光如來、應正等覺、明行圓滿、善逝、世間解、無上士、調御丈夫、天人師、佛、薄伽梵。曼殊室利。彼世尊藥師琉璃光如來。本行菩薩道時。發十二大願。令諸有情。所求皆得。
第一大願。願我來世。得阿耨多羅三藐三菩提時。自身光明熾然。照耀無量無數無邊世界。以三十二大丈夫相。八十隨形。莊嚴其身。令一切有情。如我無異。
第二大願。願我來世。得菩提時。身如琉璃。內外明徹。淨無瑕穢。光明廣大。功德巍巍。身善安住。焰網莊嚴。過於日月。幽冥眾生。悉蒙開曉。隨意所趣。作諸事業。
第三大願。願我來世。得菩提時。以無量無邊智慧方便。令諸有情。皆得無盡所受用物。莫令眾生有所乏少。
第四大願。願我來世。得菩提時。行邪道者。悉令安住菩提道中。行聲聞獨覺乘者。皆以大乘而安立之。
第五大願。願我來世。得菩提時。若有無量無邊有情。於我法中。修行梵行。一切皆令得不缺戒。具三聚戒。設有毀犯。聞我名已。還得清淨。不墮惡趣。
第六大願。願我來世。得菩提時。若諸有情。其身下劣。諸根不具。醜陋、頑愚、盲聾、喑、啞、攣、躄、背僂、白癩、顛狂，種種病苦。聞我名已。一切皆得端正黠慧。諸根完具。無諸疾苦。
第七大願。願我來世。得菩提時。若諸有情。眾病逼切。無救無歸。無醫無藥。無親無家。貧窮多苦。我之名號。一經其耳。眾病悉除。身心安樂。家屬資具。悉皆豐足。乃至證得無上菩提。
第八大願。願我來世。得菩提時。若有女人。為女百惡之所逼惱。極生厭離。願舍女身。聞我名已。一切皆得轉女成男。具丈夫相。乃至證得無上菩提。
第九大願。願我來世。得菩提時。令諸有情。出魔絹網。解脫一切外道纏縛。若墮種種惡見稠林。皆當引攝置於正見。漸令修習諸菩薩行。速證無上正等菩提。
第十大願。願我來世。得菩提時。若諸有情王法所錄。繩縛鞭撻。系閉牢獄。或當刑戮。及余無量。災難凌辱。悲愁煎逼。身心受苦。若聞我名。以我福德威神力故。皆得解胱一切憂苦。
第十一大願。願我來世。得菩提時。若諸有情。饑渴所惱。為求食故。造諸惡業。得聞我名。專念受持。我當先以上妙飲食。飽足其身。後以法味。畢竟安樂而建立之。
第十二大願。願我來世。得菩提時。若諸有情。貧無衣服。蚊虻寒熱。晝夜逼惱。若聞我名。專念受持。如其所好。即得種種上妙衣服。亦得一切寶莊嚴具。華鬘塗香。鼓樂眾伎。隨心所玩。皆令滿足。
曼殊室利。是為彼世尊藥師琉璃光如來、應正等覺行菩薩道時。所發十二微妙上願。(起立問訊)
普賢王菩薩象駕光臨
(維那舉。眾聞引磬下跪)(一字一引磬)
有一菩薩結跏趺坐名曰普賢
身白玉色五十種光光五十種色
以為項光身諸毛孔流出金光
其金光端無量化佛諸化菩薩
以為眷屬安詳徐步雨大寶華
至行者前其象開口於象牙上
諸池玉女鼓樂弦歌其聲微妙
讚嘆大乘一實之道行者見已
歡喜敬禮復更讀誦甚深經典
遍禮十方無量諸佛禮多寶佛塔
及釋迦牟尼並禮普賢諸大菩薩
發是誓願若我宿福應見普賢
願尊者遍吉示我色身
南無普賢王菩薩摩訶薩(三稱)(聽引磬聲起立)
一切恭敬(維那舉)
一心頂禮十方法界常住佛(同拜下)
一心頂禮十方法界常住法(同拜下)
一心頂禮十方法界常住僧(同拜下)
(唯那舉)是諸眾等各各胡跪
(跪下)嚴持香花如法供養
(唯那白)願此香花遍十方
(眾俯伏默念)以為微妙光明台
諸天音樂天寶香諸天餚膳天寶衣
不可思議妙法塵一一塵出一切塵
一一塵出一切法旋轉無礙互莊嚴
遍至十方三寶前十方法界三寶前
皆有我身修供養一一皆悉遍法界
彼彼無雜無障礙盡未來際作佛事
普熏法界諸眾生蒙熏皆發菩提心
(維那白)同入無生證佛智
(仍跪念下文，一字一引磬)
願此香花雲遍滿十方界
供養一切佛尊法諸菩薩
緣覺聲聞眾及一切天仙
以起光明台過於無邊界
無邊佛土中受用作佛事
普熏諸眾生皆發菩提心
容顏甚奇妙光明照十方
我適曾供養今復還親覲
聖主天中王迦陵頻伽聲
哀愍眾生者我等今敬禮
南無寶曇華菩薩摩訶薩(三稱)(起立問訊)
藥師如來雲證明禮懺述和主白雲
妄念成生滅真如不變遷
總持難思議無住對空宣
仰白十方三寶。藥師如來。剎海天龍。一切聖眾。
願賜。慈悲。俯垂。證鑒。有疏。披宣。伏希慈攝。
上來情旨。恭對披宣。大圓鏡中。諒垂印可。是以修香花供養。燈燭莊嚴。命我等流。代行懺法。今則依仗如來大寂滅海。皈投普門大悲願王。盪罪業於無何有之鄉。剪芥蒂於不萌枝之地。心純是法。與法相應。理事圓融。行願成就。我既如是。佛必哀憐。祈叩洪慈。冥熏加被。(以丈分東西拜)
佛面猶如淨滿月亦如千日放光明
圓光普照於十方喜舍慈悲皆具足
啟運藥師道場懺法
今當歸命三世諸佛
南無過去毗婆尸佛
南無尸棄佛
南無毗舍浮佛
南無拘留孫佛
南無拘那含牟尼佛
南無迦葉佛
南無本師釋迦牟尼佛
南無當來彌勒尊佛
南無藥師琉璃光如來(拜後問訊，聞引磬聲下跪)
南無藥師海會佛菩薩(三稱)
消災延壽藥師懺法卷上
一切諸佛。愍念眾生。為說藥師道場懺法。良以眾生垢重。無明暗覆。不諳因果。不勤懺悔。縱貪瞠痴。肆殺盜淫。無量無邊。所作罪垢。無量無邊。所結冤業。不覺不知。日深日厚。以致促長壽而夭枉。黜官位而下賤。削富饒而貪窮。摺子女而孤獨。罹斯九橫。墜墮三塗。紛紛苦果。自作自受。種種惡報。或現或後。纖毫無差。遲速必報。爾時藥師琉璃光如來慈悲拯濟說是本願功德經。令讀誦者。造彼如來形像七軀。一一像前。各置七燈。一一燈量。大如車輪。燃至四十九日。光明不絕。是惟剎利、居士大家。多饒財寶。倉庫盈溢。之所堪為。而綿力眾生。心雖喜樂。不能如法莊嚴以是因緣。即於本願功德經中。譯出消災延壽懺法。便諸眾生。齋戒沐浴。或於寺院。或在家庭。或延禪侶。或偕善士。灑掃熏修。香花燈燭。隨分供養。依科贊詠。虔誠敬禮。則無求不應。無願不成。經雲。說悔先罪。淨名所尚。改往修來。洗浣身心。斷除眾惡。誓不更造。多劫罪愆。淨盡無餘。隨所樂求悉令滿足。眾等志心頂禮。求哀懺悔。
(拜下，聞引磬聲起立問訊)
南無毗盧遮那佛
南無本師釋迦牟尼佛
南無藥師琉璃光如來
南無無量壽佛
南無盡十方遍法界過去一切諸佛
南無盡十方遍法界現在一切諸佛
南無盡十方遍法界未來一切諸佛
南無藥師琉璃光如來本願功德經
南無日光遍照菩薩
南無月光遍照菩薩
南無文殊師利菩薩
南無觀世音菩薩
南無得大勢菩薩
南無無盡意菩薩
南無寶曇華菩薩
南無藥王菩薩
南無藥上菩薩
南無彌勒菩薩
南無消災障菩薩
南無增福壽菩薩
南無樂音樹下三萬六千菩薩
南無阿難尊者八千比丘諸大聖僧
南無救脫菩薩(拜後，聞引磬聲問訊)(跪念經文)
禮諸佛已。次復懺悔。緣念家法轉時。若諸有情。為欲利益安樂拔除一切業障。建立殊勝功德者為欲滿修諸佛大願。具足受持諸佛名號。及正法寶藏者。欲得阿耨多羅三藐三菩提。三十二相。八十隨形。莊嚴其身者。欲得無量智慧方便。令諸眾生安立大乘者。為欲修行梵行。得不缺戒。具三聚戒。究竟清淨。無有毀犯者。欲得諸根完具。無諸疾苦。家屬資具。悉皆豐足者。欲得破魔絹網。解脫一切外道纏縛。拔種種惡見稠林者。若有女人。欲轉女成男。具丈夫相者。為欲求男求女而得男女。求長壽而得長壽者。或當王法所加。欲解脫一切憂苦者。欲得上妙飲食。飽足法味。及種種上妙衣服。一切寶莊嚴具者。欲行惠施。一切所有悉無貪惜。施來求者。欲得正見精進。善調意樂。多聞聰明。解甚深義。恆求勝法。常遇善友者。欲受持學處。願生西方極樂世界無量壽佛所。聽聞正法者。若有已毀之戒。而欲還清淨。已盡之命。而欲復救續。乃至國界人眾。種種諸橫。種種諸難。而欲消伏隱沒順時歡樂者。應當如法莊嚴。歸命藥師琉璃光如來。一心精進。修三摩地。所以者何。彼如來行菩薩道時。所發十二微妙上願。殊勝功德。令諸聞者。業障消除。一切所求。皆得滿願故。是唯一心所系菩薩。為能如實信解。如說修行。應當以身命財。不生恪惜。竭力莊嚴。必獲果遂。是故今日。與現前眾等各各志心。皈命頂禮。
(拜下，聞引磬聲起立問訊)
南無毗盧遮那佛
南無本師釋迦牟尼佛
南無藥師琉璃光如來
南無無量壽佛
南無盡十方遍法界過去一切諸佛
南無盡十方遍法界現在一切諸佛
南無盡十方遍法界未來一切諸佛
南無藥師琉璃光如來本願功德經
南無日光遍照菩薩
南無月光遍照菩薩
南無文殊師利菩薩
南無觀世音菩薩
南無得大勢菩薩
南無無盡意菩薩
南無寶曇華菩薩
南無藥王菩薩
南無藥上菩薩
南無彌勒菩薩
南無消災障菩薩
南無增福壽菩薩
南無樂音樹下三萬六千菩薩
南無阿難尊者八千比丘諸大聖僧
南無救脫菩薩
(拜後，聞引磬聲問訊)(跪念經文)
禮諸佛已。志心皈命。惟願諸佛菩薩。同運慈悲。降臨道場。一切天龍八部。藥叉諸將。悉生哀愍。來到道場。是諸聖眾。願悉證明。我於今日。欲為十方一切六道眾生。修行無上菩提。斷除一切業障。同入如來本大願海。普現色身。於一念中。供養一切十方三寶。於一念中。普度一切六道眾生。令入平等大慧。故於今日。一心精進。如說修行。惟願諸佛菩薩。
藥師如來本願力故。受我懺悔。令我所行。決定破除罪障。行願圓成。如經所說。願悉證明。
南無藥師琉璃光如來。應正等覺。明行圓滿。光明廣大。功德巍巍。身善安住。焰網莊嚴。過於日月。幽冥眾生。悉蒙開曉。隨所樂求。一切皆遂。所有病苦。悉皆消滅。無量菩薩。行無量善巧方便。無量願廣大願。我若一劫。若一劫餘。而廣說者。劫可速盡。彼佛行願。善巧方便。無有盡也。是故志心。皈命頂禮。
藥師灌頂真言
南無薄伽伐帝。鞞殺社。窶嚕薜琉璃。缽囉婆。喝喇闍也。怛他揭多耶。阿囉訶帝。三藐三勃陀耶。怛侄他。唵。鞞殺逝。鞞殺逝。鞞殺社。三沒揭帝莎訶。
(三遍)(藥師如來灌頂真言)
南謨薄伽筏帝鞞殺社窶嚕蔽琉璃缽喇婆喝囉闍耶怛他揭多怛侄他唵鞞殺逝鞞殺逝鞞殺社三沒揭帝娑婆訶
贊
(唯那舉)藥師如來世界琉璃慈悲喜舍悉隨宜
懺法度群迷稽首皈依所願滿求祈
藥師佛藥師佛消災延壽藥師佛
南無消災延壽藥師佛(三稱)
繞壇起佛偈念佛迥向
稽首東方滿月界微妙正覺藥師尊
三隻果滿不思議十號名彌無等倫
二六願門因地發百千相好果中圓
慈悲海闊測難量功德山高贊莫盡
南無東方淨琉璃世界藥師琉璃光如來
南無消災延壽藥師佛(或百聲千聲隨意迥向)
消災延壽藥師懺法卷上
三千界內慈悲主百億洲中大法王
開蓮目鑒凡情眾生有求皆感應
一切諸佛。愍念眾生。為說藥師道場懺法。今當皈命。一切諸佛。
(拜下，聞引磬聲起立問訊)
南無毗盧遮那佛
南無本師釋迦牟尼佛
南無藥師琉璃光如來
南無無量壽佛
南無盡十方遍法界過去一切諸佛
南無盡十方遍法界現在一切諸佛
南無盡十方遍法界未來一切諸佛
南無藥師琉璃光如來本願功德經
南無日光遍照菩薩
南無月光遍照菩薩
南無文殊師利菩薩
南無觀世音菩薩
南無得大勢菩薩
南無無盡意菩薩
南無寶曇華菩薩
南無藥王菩薩
南無藥上菩薩
南無彌勒菩薩
南無消災障菩薩
南無增福壽菩薩
南無樂音樹下三萬六千菩薩
南無阿難尊者八千比丘諸大聖僧
南無救脫菩薩
(拜後，聞引磬聲問訊)(跪念經文)
禮諸佛已。次復懺悔。弟子眾等。普為四恩三有。及法界一切眾生。悉願斷除三障。皈命懺悔。我與眾生。無始來今。由愛見故。內計我人。外因惡友。不隨喜他。一毫之善。惟遍三業。廣作眾罪。事雖不廣。噁心遍布。晝夜相續。無有間斷。覆諱過失。不欲人知。不畏惡道。無慚無愧。撥無因果。如斯罪障。未經懺悔。我於今日。對十方佛。藥師如來。深信因果。生重慚愧。生大怖畏。發露懺悔。斷相續心。發菩提心。斷惡修善。勤策三業。翻昔重過。隨喜凡聖。一毫之善。念藥師佛。有大願力。能救拔我。出二死海。置三德岸。惟願慈悲。哀憐攝授。各各志心。皈命頂禮。
(拜下，聞引磬聲起立問訊)
南無毗盧遮那佛
南無本師釋迦牟尼佛
南無藥師琉璃光如來
南無無量壽佛
南無盡十方遍法界過去一切諸佛
南無盡十方遍法界現在一切諸佛
南無盡十方遍法界未來一切諸佛
南無藥師琉璃光如來本願功德經
南無日光遍照菩薩
南無月光遍照菩薩
南無文殊師利菩薩
南無觀世音菩薩
南無得大勢菩薩
南無無盡意菩薩
南無寶曇華菩薩
南無藥王菩薩
南無藥上菩薩
南無彌勒菩薩
南無消災障菩薩
南無增福壽菩薩
南無樂音樹下三萬六千菩薩
南無阿難尊者八千比丘諸大聖僧
南無救脫菩薩
(拜後，聞引磬聲問訊)(跪念經文)
禮諸佛已。次復懺悔。弟子眾等。自從無始以來。至於今日。所有貪瞠嫉妒之病。憍慢自傲之病。不識善惡之病。不信罪福之病。不孝五逆之病。破辱三寶之病。不修齋戒之病。破犯尸羅之病。自贊毀他之病。貪得無厭之病。迷聲逐色之病。貪香愛觸之病。信邪倒見之病。耿淫嗜酒。放逸無度之病。設復遇醫。授與非藥之病。及余無量災難陵辱。悲愁煎逼。身心受若之病。欲令是等病苦消除。所求願滿。爾時
藥師琉璃光如來入三摩地。名曰。除滅一切眾生苦惱。既入定己。於肉髻中。出大光明。光中演說大陀羅尼曰
南無薄伽伐帝。鞞殺社。窶嚕薜琉璃。缽囉婆。喝喇闍也。怛他揭多耶。阿囉訶帝。三藐三勃陀耶。怛侄他。唵。鞞殺逝。鞞殺逝。鞞殺社。三沒揭帝莎訶。
爾時。光中說此咒已。大地震動。放大光明。一切眾生。病若皆除。受安隱樂。是知懺悔之功。諸病心瘳之靈劑。了生脫死之奇方。有
大醫王。應病設藥。所謂慈悲喜舍是藥。忍辱柔和是藥。正信三寶是藥。勤修福慧是藥。六波羅蜜是藥。飽餐甘露是藥。貪求法味是藥。修真養氣是藥。返本還原是藥。有過能改是藥。善巧方便是藥。不動聲色是藥。清心斷欲是藥。常用如是等藥。搗篩和合。時取服之。眾生若病。應同一病。眾生須藥。應同一藥。若說多法。是名顛倒。若據一乘。實相而言。則何增何減。何垢何淨。何善何惡。何罪何福。何病何藥。觀昔方便。如夢中人夢身患病。求醫服藥。而得除愈。及其夢醒。則悟本來無病。無病亦無。而況醫藥。故眾生之病。同一幻病。如來之藥。同一幻藥。故知如來說法。一相一味。所謂解脫相、離相、滅相。究竟涅槃。終歸於空。如一雲所雨。而藥樹大小。各得滋茂。我等今者。蒙佛恩力。得聞世尊藥師琉璃光如來名號。不復更有病苦之難。乃能究竟無上菩提。是故今日。我等相率。皆同一心。乃至盡形歸佛法僧。今當皈命一切諸佛。
(拜下，聞引磬聲起立問訊)
南無毗盧遮那佛
南無本師釋迦牟尼佛
南無藥師琉璃光如來
南無無量壽佛
南無盡十方遍法界過去一切諸佛
南無盡十方遍法界現在一切諸佛
南無盡十方遍法界未來一切諸佛
南無藥師琉璃光如來本願功德經
南無日光遍照菩薩
南無月光遍照菩薩
南無文殊師利菩薩
南無觀世音菩薩
南無得大勢菩薩
南無無盡意菩薩
南無寶曇華菩薩
南無藥王菩薩
南無藥上菩薩
南無彌勒菩薩
南無消災障菩薩
南無增福壽菩薩
南無樂音樹下三萬六千菩薩
南無阿難尊者八千比丘諸大聖僧
南無救脫菩薩
(拜後，聞引磬聲問訊)(跪念經文)
禮諸佛已。次復懺悔。若有眾生。欲脫病苦。當為其人七日七夜受持八關齊戒。應以飲食。及余資具。隨力所辦。供養苾芻僧。晝夜六時。禮拜行道。供養彼世尊。藥師琉璃光如來。讀誦尊經。四十九遍。燃四十九燈。乃至四十九日。光明不絕。可得過度危厄之難。不為諸橫惡鬼所持。是故今日。與現前眾等。各各翹勤。燒香散花。燃燈造幡。放生修福。令度苦厄。不遭眾難。惟願如來。證明懺悔。眾等又復無始以來。至於今日。凡有所為。皆不稱意。當知悉是過去已來。惡業遺報所致。是故今當勤求懺悔。懺悔人間惡夢惡相諸不吉祥之報。懺悔人間惡病。連年累月不瘥。枕臥床蓆。不能起居之報。懺悔人間冬瘟夏疫。毒癘傷寒之報。懺悔人間水火盜賊。刀兵危險之報。懺悔人間為被獅子、虎、狼、毒蛇、惡蠍、蜈蚣、蚰蜒。害人之報。懺悔人間生老病死。憂愁苦惱之報。懺悔眾生身語意業。造作增長種種惡業之報。懺悔眾生當墮三惡趣中。無量千歲受諸劇苦之報。懺悔眾生應以地岳、傍生、鬼趣。流轉無窮之報。懺悔眾生不復更生諸餘惡趣之報。懺悔眾生為人奴婢。受他驅役之報。懺悔眾生或作牛馬駝驢。恆被鞭撻之報。又常負重隨路而行。饑渴逼惱之報。懺悔人間厭魅蠱毒。飛屍邪鬼。偽作妖異之報。如是現在未來人天之中。無量禍橫。災疫死難衰惱之報。眾等今日至誠向藥師佛。海會聖眾。求哀懺悔。願皆消滅。前已究竟。是病是藥。同歸一幻。惡業所致。一切報障。今當次笫。發願迥向。眾等願以此懺悔三障所生功德。悉皆迥向。施與一切眾左。俱同懺悔。願與一切眾生。從今以去。乃至菩提。念生死苦。發菩提心。改惡修善。返邪歸正。身心安樂。妙算無窮。衣食豐饒。家屬資具。倉庫盈溢。形相端正。聰明智慧。勇健威猛。諸將擁護。佛聖匡扶。凡所施為悉希
慈蔭。弟子眾等。又願從今以去。速證菩提。相好光明。莊嚴殊勝。願諸眾生。蒙光開曉。隨意所趣。作諸事業。願諸眾生皆得無盡。所受用物。無所乏少。願諸眾生建立大乘。悉令安住菩提道中。願諸眾生得不缺戒。設有毀犯。還得清淨。願諸眾生端正黠慧。諸根完具。無諸疾苦。願諸眾生眾病悉除家屬資具。悉皆豐足。願諸眾生轉女成男。具丈夫相。乃至菩提。願諸眾生出魔絹網。解脫一切外道纏縛。願諸眾生王法所加。悲愁煎逼。皆得解脫。願諸眾生飲食飽足。後以法味。畢竟安樂。願諸眾生如其所好。種種衣服。隨心滿足。願諸眾生長壽富饒。官位男女。凡有所求。一切皆遂。令諸世界。百怪九橫。八難三災。他國侵擾。盜賊反亂。一切惡難。盡皆消滅。國界安隱。風雨順時。谷稼成熟。一切有情。無病歡樂。菩提行願。念念增明。救苦眾生。常如己想。又願生生世世。在在處處。不墮邊鄙。生正信家。相貌端嚴。智慧辯才。遠離惡法。親近善友。堅持律行。安立大乘。又願生生世世。在在處處。興顯佛法。破諸魔網。奮志滿修六波羅蜜。廣修供養。福慧莊嚴。忍辱精進。證菩提道。我等今日。應當念報
藥師琉璃光如來恩德。常應如是利益安樂一切有情。是故志心。歸命頂禮。
藥師灌頂真言
南無薄伽伐帝。鞞殺社。窶嚕薜琉璃。缽囉婆。喝喇闍也。怛他揭多耶。阿囉訶帝。三藐三勃陀耶。怛侄他。唵。鞞殺逝。鞞殺逝。鞞殺社。三沒揭帝莎訶。
(三遍)
贊
(唯那舉)
東方端坐無上醫王十二大願妙難量
滅罪殄災殃降福垂祥增益壽綿長
藥師佛藥師佛消災延壽藥師佛
南無消災延壽藥師佛(三稱)
如前起佛偈繞壇念佛迥向
消災延壽藥師懺法卷中
佛身充滿於法界普現一切眾生前
隨緣赴感靡不周而恆處此菩提座
三世諸佛。愍念眾生。為說藥師道場懺法。今當皈命。一切諸佛。
(拜下，聞引磬聲起立問訊)
南無毗盧遮那佛
南無本師釋迦牟尼佛
南無藥師琉璃光如來
南無無量壽佛
南無盡十方遍法界過去一切諸佛
南無盡十方遍法界現在一切諸佛
南無盡十方遍法界未來一切諸佛
南無藥師琉璃光如來本願功德經
南無日光遍照菩薩
南無月光遍照菩薩
南無文殊師利菩薩
南無觀世音菩薩
南無得大勢菩薩
南無無盡意菩薩
南無寶曇華菩薩
南無藥王菩薩
南無藥上菩薩
南無彌勒菩薩
南無消災障菩薩
南無增福壽菩薩
南無樂音樹下三萬六千菩薩
南無阿難尊者八千比丘諸大聖僧
南無救脫菩薩
(拜後，聞引磬聲問訊)(跪念經文)
禮諸佛已。次復懺悔。弟子眾等。上來既懺悔已。應生無垢濁心。無怒害心。於一切有情。起利益安樂慈悲喜舍平等之心。於是斂念正觀。不斷結使。不住使海。觀一切法空。如實相。云何名觀一切法空。行者諦觀。現在一心。妄心隨所緣起如此之心。為因心故心。為不因心故心。為亦因心。亦不因心故心。為非因心非不因心故心。為在三世。為在內外中間。有何足跡。在何方所。如是等種種因緣中。求心畢竟不可得。如夢如幻。無名無相。爾時行者。尚不見心是生死。豈見心是涅槃。既不得所觀。亦不得能觀。不取不捨。不依不著。亦不住寂然。言語道斷。不可宣說。觀心無心。則罪福無主。罪福性空。則一切法皆空。心無所心。法不住法。作是懺悔。名大懺悔。名破壞心識懺悔。以是因緣。心心寂滅。念念無住。如太虛空。虛空亦不可得。究竟不可得。亦不可得。自然超諸三昧。光明照耀。萬法顯現。通達無礙。廣大如法性。究竟如虛空。惟願得如所願。滿菩提願。眾等各各運心。歸命頂禮。
(拜下，聞引磬聲起立問訊)
南無毗盧遮那佛
南無本師釋迦牟尼佛
南無藥師琉璃光如來
南無無量壽佛
南無盡十方遍法界過去一切諸佛
南無盡十方遍法界現在一切諸佛
南無盡十方遍法界未來一切諸佛
南無藥師琉璃光如來本願功德經
南無日光遍照菩薩
南無月光遍照菩薩
南無文殊師利菩薩
南無觀世音菩薩
南無得大勢菩薩
南無無盡意菩薩
南無寶曇華菩薩
南無藥王菩薩
南無藥上菩薩
南無彌勒菩薩
南無消災障菩薩
南無增福壽菩薩
南無樂音樹下三萬六千菩薩
南無阿難尊者八千比丘諸大聖僧
南無救脫菩薩
(拜後，聞引磬聲問訊)(跪念經文)
禮諸佛已。複次觀心實相。於一一時。行一一法。若行若坐。若出入。大小便利。灑掃洗澣。運為舉動。俯仰視聽。應當一心。存念三寶。觀心性空。不得於剎那頃。憶念五欲世事。生邪念心。及與外人言語議論。放逸戲笑。視色聽聲。著諸塵境。起不善業。無記煩惱雜念。不能如法修行。若果心心相續。不離實相。不惜身命。為一切眾生。行懺悔法。是名真實。一心精進。以法莊嚴。是故眾等。重複至誠。五體投地。歸命頂禮。
(接下句)
常住三寶(拜下，聞引磬聲起立問訊)
南無毗盧遮那佛
南無本師釋迦牟尼佛
南無藥師琉璃光如來
南無無量壽佛
南無盡十方遍法界過去一切諸佛
南無盡十方遍法界現在一切諸佛
南無盡十方遍法界未來一切諸佛
南無藥師琉璃光如來本願功德經
南無日光遍照菩薩
南無月光遍照菩薩
南無文殊師利菩薩
南無觀世音菩薩
南無得大勢菩薩
南無無盡意菩薩
南無寶曇華菩薩
南無藥王菩薩
南無藥上菩薩
南無彌勒菩薩
南無消災障菩薩
南無增福壽菩薩
南無樂音樹下三萬六千菩薩
南無阿難尊者八千比丘諸大聖僧
南無救脫菩薩(拜後，聞引磬聲問訊)(跪念經文)
禮諸佛已。至心懺悔。弟子眾等。與法界一切眾生。從無始來。三障所纏。覆蔽心故。於諸境緣。妄生貪著。愚痴無智。缺於信根。以身口意。造種種業。乃至嫌謗正法。破犯尸羅。展轉常為不饒益事。或住淨地。聖果未圓。流注細微。三味難就。今遇
藥師琉璃光如來。速除罪障。令成妙覺。故我至心歸向。稽顙投誠。發露眾罪。乞求懺悔。惟願大慈願海。平等攝授。使我與法界一切眾生。宿障自除。眾難解脫。破無明殼。竭煩惱河。正見開悟。妙心明徹。安住菩提。常光現前。無病安樂。如所樂求。一切莊嚴。隨心具足。諸根聰利。多聞解了。精持梵行。入三摩地。以無量無邊智慧方便。令諸有情。得受用物。無所乏少。善修種種諸菩薩行。速證無上正等菩提。至於臨欲命終。分明安豫。決往西方。無量壽佛。極樂世界。八大菩薩。示其道路。於寶華中。自然化生。承佛授記。獲證無量陀羅尼門。一切功德。皆悉成就。然後分身無數。遍十方剎。於一念中。供養法界一切諸佛。於一念中。現種種神力。度脫法界一切眾生。成等正覺。虛空有盡。我願無窮。懺悔發願已。歸命禮常住三寶。
藥師灌頂真言
南無薄伽伐帝。鞞殺社。窶嚕薜琉璃。缽囉婆。喝喇闍也。怛他揭多耶。阿囉訶帝。三藐三勃陀耶。怛侄他。唵。鞞殺逝。鞞殺逝。鞞殺社。三沒揭帝莎訶。(三遍)
贊
(唯那舉)藥師海會(起立)熾盛光王八大菩薩降吉祥七佛助宣揚日月迥光福壽永安康
藥師佛藥師佛消災延壽藥師佛
南無消災延壽藥師佛(三稱)
繞壇起佛偈念佛畢對佛跪諷怡山發願文迥向
歸命十方調御師演揚清淨微妙法
三乘四果解脫僧願賜慈悲哀攝受
弟子某甲。自違真性。枉入迷流。隨生死以飄沉。逐色聲而貪染。十纏十使。積成有漏之因。六根六塵。妄作無邊之罪。迷淪苦海。深溺邪途。著我耽人。舉枉措直。累生業障。一切愆尤。仰三寶以慈悲。瀝一心而懺悔。所願能仁拯拔。善友提攜。辦煩惱之深淵。到菩提之彼岸。此世福基命位。各願昌隆。來生智種靈苗。同希增秀。生逢中國。長遇明師。正信出家。童真入道。六根通利。三業純和。不染世緣。常修梵行。執持禁戒。塵業不侵。嚴護威儀。蜎飛無損。不逢八難。不缺四緣。般若智以現前。菩提心而不退。修習正法。了悟大乘。開六度之行門。越三隻之劫海。建法幢於處處。破疑網於重重。降伏眾魔。紹隆三寶。承事十方諸佛。無有疲勞。修學一切法門。悉皆通達。廣作福慧。普利塵沙。得六種之神通。圓一生之佛果。然後不捨法界。遍入塵勞。等觀音之慈心。行普賢之願海。他方此界。逐類隨形。應現色身。演揚妙法。泥犁苦趣。餓鬼道中。或放大光明。或現諸神變。其有見我相。乃至聞我名。皆發菩提心。永出輪迥苦。火鑊冰河之地。變作香林。飲銅食鐵之徒。化生淨土。披毛戴角。負債含怨。盡罷辛酸。鹹沾利樂。疾疫世而現為藥草。救療沉疴。饑饉時而化作稻粱。濟諸貪餒。但有利益。無不興崇。次期界世冤親。現存眷屬。出四生之汩沒。舍萬劫之愛纏。等與含生。齊成佛道。虛空有盡。我願無窮。情與無情。同圓種智。
消災延壽藥師懺法卷下
結壇
禮懺功德殊勝行無邊勝福皆迥向
普願沈溺諸眾生速往無量光佛剎
已上因緣三世佛文殊普賢觀自在
諸尊菩薩摩訶薩摩訶般若波羅蜜
處世界若虛空似蓮花不著水
心清淨超於彼稽首禮無上尊
三皈依
自皈依佛當願眾生體解大道發無上心
自皈依法當願眾生深入經藏智慧如海
自皈依僧當願眾生統理大眾一切無礙
和南聖眾