《雜寶藏經》既然是佛經，就有別於一般的故事，不可能通篇都講故事，也有說理的成分，有些篇目說理所占的比重還很大。而且出於宣說佛教義理的需要，《雜寶藏經》還形成了固定的文本結構模式和故事結構模式。
(一)文本結構
《雜寶藏經》的文本結構主要有兩種：二段式和三段式。
二段式一般都是開首直接講述故事，故事的敘述方式往往是先順序，後倒敘。順序部分講「果」，倒敘部分講「因」。如第20則《波斯匿王醜女賴提緣》的主題是：辱罵得惡報，布施得福報;辱罵佛者變醜陋，念佛使醜女變成美人。說明善有善報，惡有惡報，因果報應分毫不爽。故事先說賴提有多醜，後說賴提為什麼這麼醜，即賴提長得醜的前生因緣。第21則《波斯匿王女善光緣》的主題是：自作善惡，自受其報。敬重佛、供養佛者能得大富大貴。阻攔他人供養佛者受貧賤之苦。故事首先敘述波斯匿王的女兒善光即使嫁給最貧窮的乞丐也能發財致富，享盡榮華富貴。然後講述善光今生受福報的前生因緣。
三段式的結構模式為：引子加故事正文加結語。引子往往以佛祖與諸比丘的問答引出故事，一般分為四層：先是佛祖宣說教義。接著是諸比丘稱讚佛祖。然後是佛祖以「非但今日……過去亦爾」的句式應答諸比丘的稱讚。最後以諸比丘順著佛祖話頭的提問引出佛祖的故事。故事正文後面的結語往往說明故事中的人物是當今的誰誰。結語的意義：一是宣揚佛教的因果報應，生死輪迴思想。二是增加故事的真實性。佛教故事要讓讀者認為是真實存在過的事實，而不是文學的虛構，這樣才有宗教啟示意義。對於佛教徒來說，這一點尤為重要。只有讓人深信不疑，才能吸引人信仰佛教，使人願意接受佛教的教義和教誡，並以教奉行。
如第3則《鸚鵡子供養盲父母緣》的文本結構即為三段式。開頭是佛陀直接向弟子說理。中間是佛陀講述的關於他自己的本生故事，說的是他前世為鸚鵡時是如何供養自己的父母的事情。結語指出故事中的人物是當今的誰。第一段與第二段之間有過渡句「非但如今，於過去世……」，以這樣的句式將說理部分與故事部分巧妙地串聯起來了。第4則《棄老國緣》的文本結構也為三段式。開首是諸比丘與佛陀的問答，以引出下文佛陀講述的故事。中間是佛陀講的故事。結尾指明故事中的人物是現在的誰。諸比丘與佛陀的問答由敘述人轉述。以佛陀所說「不但今日，我於過去無量劫中，恆恭敬父母耆長宿老」的語句和緊接著諸比丘的「過去恭敬，其事云何」的提問很自然地引出了下面的故事。佛陀所講的故事是對諸比丘的提問所作的回答。
卷五第51-72則及卷七第83-90則故事都是同一個主題的因緣故事：主人公因行善獲生天之福報。除主題相同外，這些故事還有一個共同點，即文本的敘事模式是固定的，形成了不變的套路。這類故事的文本結構分為二段式和三段式兩類。二段式的前半部分敘述主人公因行善而生天。後半部分敘述主人公從天宮下到佛所，聽佛說法而得果位。眾比丘因感到驚奇向佛祖詢問主人公生天的因緣，佛祖作答。三段式的開頭與二段式的前半部分相同。中間是帝釋以偈語問主人公生天的因緣，主人公以偈語作答。結尾與二段式的後半部分相同。實際上，二段式與三段式的敘事模式基本相同，只是二段式缺少帝釋與主人公以偈語問答的部分而已，但故事的主幹結構是一樣的。這類故事的文學價值在於：敘事手法統一中有變化。統一表現在：故事的主題相同，敘事模式相同，故事結構基本相同，結尾部分的句式相似。變化表現在：一是故事結構有二段式和三段式之分;二是同是三段式，敘事結構有細微的變化。第51、52則開頭沒有敘述主人公因作何善業而生天，而是描述了已經生天的主人公光彩照人的儀容儀表。第51、52、53則故事在主人公以偈語回答帝釋的提問，說明自己生天的因緣的後面，有帝釋的偈贊，三段式的其餘幾則沒有偈贊。第65則是三段式的變體，只有三段式的前兩個部分，而沒有三段式的「結尾」部分，因為主人公布施的對象是羅漢，而不是佛祖，不存在「聽佛說法，佛說因緣」的事件。
這22則故事敘事模式固定不變，變化的是主人公，及主人公行善的具體事件。從文學的角度說，這種固定不變的敘事模式反覆出現顯得單調，但從宗教的角度而言，這樣做是必要的，用固定不變的敘事模式和基本相同的故事結構反覆講述同一個主題，可以加深讀者的印象，使讀者在反覆的閱讀中理解「行善得福報」的教義。
(二)故事結構
《雜寶藏經》故事結構分為單一結構和複合結構兩種。單一結構，經文只有一個故事。如《十奢王緣》就屬於單一結構。所謂複合結構是指文本由兩個或兩個以上相互有關聯的故事組成，後一故事往往是由前一故事引出的，但兩個故事宣說同一個主題，後一故事進一步深化前一故事宣說的義理。如卷一第2則《王子以肉濟父母緣》即為複合結構，文本由兩個本生故事組成。第一個故事說的是：在逃難途中，當糧食斷絕時，王子以自己身上的肉濟養父母。第二個故事說的是：兒子孝養雙目失明的老父母。「王子以肉濟父母」是一個完整的故事，本來講完這個故事就可以結尾了，不必再有下文。但佛陀接著又講了主題相同的第二個故事。這是為什麼?從宗教的角度說，佛陀用兩個主題相同的故事反覆說教，是為了增強宣說的力度，強調孝順父母、供養父母之重要。從敘事的角度說，複合結構可以增加故事的可讀性和吸引力，也可以擴充文本的容量，使故事不單調。兩個故事同中有異，多樣統一。相同處：故事主題相同，都是孝養父母;主人公所受的福報相同，都是逢凶化吉，死裡逃生;兩個故事中都有「發誓」這一情節。不同處：「發誓」的情節雷同，但誓言的內容及誓言所包含的佛教義理不同。前一個故事是王子發誓以證明自己對於割肉供養父母之舉並不後悔，強調的義理是「慈孝」，這是故事中的顯性主題;後一故事是睒摩迦發誓以證明自己對於向他誤射毒箭的國王沒有憎恨之心，強調的義理是「寬容」，這是故事中的隱性含義。又如第28則《昔仇伽離謗舍利弗等緣》也是複合結構，由三個故事組成，故事中套故事。前兩個故事有因果關係。第三個故事與前兩個故事沒有因果關係，因故事發生的時間、人物、情節、主旨皆與前兩個故事有別，但第三個故事與前面兩個故事又有內在邏輯聯繫。聯繫之一，第三個故事是由前二個故事引出的。聯繫之二，故事中的事件有相似之處，都與誹謗有關，且誹謗之事都是男女關係之事，只是受誹謗者對待誹謗者的態度和行為不同而已。三個故事相互串聯，每個故事側重宣說一個主旨，又相互涵容，共同揭示「誹謗」這個主題。
《雜寶藏經》的複合型故事結構多為主從式結構，一般為今生故事加前生因緣故事。或者前後故事的角色相同，或者兩個故事中的人物不同，但相互有關聯，後一故事中的人物是前一故事中的人物的前生。如第5則《佛於忉利天上為母摩耶說法緣》的主題是孝敬父母，拔母苦難。文本由兩個故事組成。前一故事講述佛祖到忉利天上為母說法，使其母脫離三惡道。後一故事講述在過去世中佛祖為獼猴王時把掉進深坑的老母從深坑中救出。又如第95則《拘屍彌國輔相夫婦噁心於佛佛即化導得須陀洹緣》，第一個故事是與佛有關的今生故事，說的是佛祖以神通降伏和感化兇殘暴虐的拘屍彌國輔相夫婦之事。第二個故事說的是佛祖的前生鸚鵡王規勸迦屍國王改邪歸正之事。
(三)敘述結構
文本結構是文本的謀篇布局的方式，是敘事作品中的表層結構，它與具體的故事內容和故事情節無關，好比收藏故事的一種容器，什麼樣的故事都可以往裡面放。故事結構是文本結構背後的敘述者組織和講述故事的方法，它關涉到具體的故事內容和故事情節。敘述結構有別於文本結構和故事結構，是一種隱藏在具體故事敘述背後的深層敘事結構，它不但牽涉到具體的故事內容和故事情節，還包含著敘述者的話語策略和敘述意圖。如果說分析故事結構側重於故事的內容和主題的話，那麼分析敘述結構應側重於故事的內容和主題是怎樣表現在故事敘述中的。
《雜寶藏經》故事的敘述結構中最值得稱道也最能顯示其文學性的是雙層結構的運用。這在第4則《棄老國緣》中表現得尤為突出。這則故事說的是老人的智慧達成了由「棄老」到「敬老」的轉變，宣揚要敬重老人，孝養老人。故事用明暗兩條線索揭示敬老、養老這一主題。從敘述結構角度來說，用的是雙層結構，即故事具有表層結構和深層結構兩個層面。表層結構就是故事中的明線，深層結構即故事中的暗線。歷來的研究者只注意明線，而忽視了暗線。實際上暗線宣說的義理是對明線宣揚的主題思想的強化和深化，它在表達主題方面所起的作用不可小覷。故事中的明線由大臣的父親解答天神提出的九個難題串聯而成。這九個難題依次為：(1)辨別兩條蛇的雌雄。(2)解答「誰於睡者名之為覺，誰於覺者名之為睡?」(3)稱大白象的重量。(4)解釋「一掬水多於大海」的道理。(5)天神變成一個形銷骨立的飢餓者，問世上有象他這樣飢餓窮困、骨瘦如柴的嗎?(6)天神變成一個帶著手銬腳鐐，脖子鎖著鐵鏈，全身冒火，燒得爛焦的人，問世上還有人比他更痛苦的嗎?(7)天神變成一個端正美麗絕世無雙的女子，問世上有比她更端莊美麗的人嗎?(8)辨別檀木的根梢。(9)辨別兩匹形色一樣的白母馬，哪匹是母，哪匹是子。老人以其智慧和豐富的生活經驗一一解答了天神所出的難題。國王原先以為是大臣自己解答了這些難題，當知道事情真相後，猛然醒悟，明白老人有智慧、有大用，老人是個寶，於是下旨普告國人不準遺棄老人，必須敬老、養老。九個難題中，第一、第三、第八、第九個難題是具象的，貼近生活，可以用常識、生活經驗作解答，且這些問題本身與佛教義理沒有多大關係，純粹是為顯示老人的智慧而設定的。其餘幾個問題都是抽象的，並與佛教義理緊密相關，實際上這些問題的答案都是在直接或間接地宣說故事的主題，或者是從正面說明孝養父母可得福報，或者是從反面強調不孝順父母必遭惡報。這些問題單憑常識與生活經驗回答不了，必須熟悉佛教義理，且有很高的悟性才能解答。由於雙層結構的運用，大大擴充了故事的思想容量，既使故事在有限的篇幅內蘊含了更多的含義，也深化了故事的主題。故事設定九個難題也頗耐人尋味，表面看來是不經意為之，事實上是刻意為之，包含著說法者或撰經者的良苦用心。若故事的題旨是「老人智救王國」，那麼，不必設定這麼多的難題，光有四個具象的難題就足夠了，對這四個難題的解答已足以顯示老人的智慧。然而，這則故事的題旨是借「老人智救王國」這個故事宣揚敬老、養老的重要性，那麼設定其他五個難題就顯得很重要了，因為對於這些難題的解答不僅將佛教義理表現在故事的敘述中，而且大大深化了敬老、養老的主題思想。