道光二十九年(1849)六七月間，魏源被任命為揚州府興化縣知縣，該縣容易發生洪水。在魏源以前的地方官，因為堤防不堅實，害怕朝廷治罪，所以一遇到漲水就開閘放水，即使壩內稻穀成熟待收，也置之不顧。魏源到任後，為了保住當地農民辛勤耕作的果實，堅決反對草率啟壩，「冒風雨伏堤上哀號，願以身貸民命……」這年稻穀獲得大豐收，當地百姓感激地將所收穫的稻穀稱為「魏公稻」。
晚年的魏源求法於北京紅螺山的瑞安法師，這是一位專修淨土的高僧，是清代淨土宗的代表人物之一。後來魏源在高郵作知州時，特邀請法師到高郵弘揚淨土，受到信眾廣泛歡迎，當地念佛人短時間內驟增劇長。
鹹豐四年(1854)六十歲的魏源正式皈依佛門，決志專修淨土，成為了一個純然的念佛行者。
魏源不僅自己信佛念佛，還老婆心切地勸人信佛念佛。魏源在給周詒朴的信中寫道：
「老年兄弟，值此難時，一切有為皆不足恃，惟此橫出三界之法乃我佛願力所成，但辦一心，終登九品。」他叮囑友人對念佛法門力行毋怠：「此念佛法門，普被三根，無分男女，皆可修持。」
古今世間風雲人物生前往往能叱吒百端，騰挪萬千，但仔細推尋，似乎能得五福中之善終者並不十全。人在平生尚能作偽虛假，唯獨臨終，無論如何也欺騙不得人。
魏源的臨終行狀，據其子魏耆記述：鹹豐七年(1857)二月，(其父)「偶感微疾，謂從子彥曰：『昨有所征，吾殆不久。至時，毋號哭相擾，惟靜俟氣盡，乃含殮耳。』旬日疾止，神志如常。至晦日，索湯洗濯，易襦袴。明日三月朔，金廉訪安清過候，劇談逾晷。徐謂曰：『君且休，吾將逝矣。幸致何子敬，勉進德，不及決矣!』入室凝坐，至酉刻，嗒然而逝，時年六十有四。」
「昨有所征，吾殆不久」，此處可知魏源應是對自己的往生預知時至，且有所靈應。當然，何種徵兆，無從知道。
「至晦日，索湯洗濯，易襦袴」，二月的最後一天，他知道翌日便要往生了，故自行沐浴，以恭候佛菩薩來迎。
「明日三月朔」，往生那天是三月初一，客人金安清來訪，魏源與之相談，很有精神。談後精力稍衰，對金說：「君且休，吾將逝矣。」——「金兄少坐片刻，我將往生西方了!」說完進入佛堂，凝坐念佛，不多久就安然往生了!
其所囑家人者唯「至時毋號哭相擾」一語，所囑友人者唯「勉進德」三字。
面對死亡的來臨，如此地不憂不懼，不戀不悲，這是何等的灑脫自在!佛力的不可思議極顯於魏源這末後一著。這自是其平日篤實真切的念佛所感，也不得不說與他敦樸謹嚴的為人有關。
綜觀魏源的一生，從性理到行履，從文字到事功，不但有出格手段，而且也顯示出其超世之才學。其晚歲歸心佛教，融通諸宗，專志淨土，「求出世之要」，編訂淨土四經，臨終自在往生等等，在中國佛教近代淨宗發展史上應占有一席之地;而對後世一切世間英才俊傑一個都不可免之此生結束心屬何方、魂歸何處的問題，相信他也給出了最明晰、最確切、最精彩的回答!