修藥師法門一定不能忽略一尊菩薩，藥王菩薩。這個菩薩在道家，是孫思邈，他活了一百六十多歲。從龍宮裡取了許多藥方。在佛教，這個藥王菩薩名氣也很大。《法華經》中藥王菩薩多次出現。在《觀藥王藥上菩薩經》中則描述了藥王菩薩的種種功德。
如果要修藥師法門，一定要多念法華經。其中有講到藥王菩薩過去的因緣。為什麼叫藥王菩薩，就是在日月淨明德佛時，他燃身供佛，就成就了。因為有藥王菩薩作為典範，後來許多修行人就有了燃身，或者燃指供佛。燒一個指頭來供佛。近代最有名的就是虛雲老和尚，他燒一個指頭，還有一個叫八指頭陀，他燒了兩個指頭，所以叫做八指頭陀，他的詩寫的很好。是個有名的詩僧。佛教就一直有了這個燃指的習俗。
燃指不僅在《法華經》有講到。《楞嚴經》也說到，我們過去惡業太重了，你要一一還報，幾乎都不可能，那怎麼辦，就在佛前燃一指頭，過去的惡業都得以消滅。後來的人，更是希望通過燃指來滅惡業。智者大師念到藥王菩薩本事品，看到燃指供佛這一段，他就開悟了。親見佛在靈山說法。
大家去看，藥王菩薩燒他的手臂，是燒了七萬二千歲，這個是怎麼燒?對不對。大家看《法華經》，有時候像看天書一樣，但確實不可思議。
《法華經》還講到了佛的壽是無窮盡的，你的壽命也是無量的。所以你也叫無量壽。有人看了如來壽量品，就開悟了。開悟了什麼，我也是無量壽，死不了的。所以你要修藥師法門，就不要太過分執著這個色身，色身終究會壞的，你怎麼保存都沒有用。但壞了就壞了，換個再來。所以佛弟子也有這個魄力。
這樣子你來講藥師法門，就很有高度的。現在人養生，就局限在你要怎麼吃，怎麼睡，怎麼補營養。這些其實都是很小兒科的。學佛要有佛的高度嘛。高度在哪裡找，就要到《法華經》找。
《法華經》還講到了，六根清淨的功德。一般人學佛，都搞不清自己要什麼，福報是長大了，但煩惱並沒有少。這就是要明白，六根清淨的功德。功德是用來莊嚴六根的。真正健康，是要六根清淨才叫健康。
如果身體經常生病，可以去念《法華經藥王菩薩本事品》，這品不可思議。成佛的品。不單單只是治療身體的病這麼簡單。心的病，靈性的病，都要治療。