藥師咒是《佛教念誦集》中十小咒之一，來自《藥師琉璃光如來本願功德經》。經常念誦此咒，臨終時可以往生淨土琉璃世界，有八大菩薩護送到西方極樂世界。現生可以健康長壽，此咒有大威德，若能念誦藥師真言，即可消除病苦，延年益壽。
經言：曼殊師利!若見男子女人有病苦者，應當一心，為彼病人，常清淨澡漱，或食，或藥，或無蟲水。咒一百八遍，與彼服食，所有病苦悉皆消滅。若有所求，志心念誦，皆得如是，無病延年。命終之後，生彼世界，得不退轉，乃至菩提」。此言於此真言若自誦，若教人誦，皆得消災獲福者也。
藥師灌頂真言，修持讀頌能拔一切業障、護持身心安康、使得消災免難、去病卻苦、得無量福慧。
許多人都聽過藥師佛的殊勝功德，藥師法門是根據經典唐朝玄奘大師所譯的《藥師琉璃光如來本願功德經》。在這部經中，釋迦牟尼佛介紹出藥師佛國，藥師佛十二大願度眾生。並開示許多消災延壽之妙法。以及東方淨琉璃世界的種種殊妙，修學藥師法門還有十二藥叉大將，在佛前發願守護，因此修持藥師法門者，不僅能得到藥師佛三尊的加持，亦可受到十二藥叉大將的護念，感應迅速。
藥師佛不忍眾生深受病苦惡業纏身，入於除滅一切眾生苦惱三摩地，頂髻放光、大地震動，宣說藥師咒，我們如果發清淨心、慈愍心，用一杯乾淨的水置於佛前，念108遍藥師佛咒給病人飲用，必能早日解脫病苦。若能日日念誦此咒，能滅除惡業和病苦。
若有受病苦纏身者，尤其在這五濁惡世的時候，人們遭受病魔之苦，很多無明病、瘟疫橫行，若能發清淨心，持念藥師佛咒，甚至能懺悔、素食，加持力更是加倍功效。
亦可兼念南無藥師琉璃光如來聖號，若能觀想藥師佛像，功德月無量，大家都修行藥師咒，身心自在、福慧圓滿。