欲修持藥師如來法門者，應供藥師如來像。供像之處，不可在臥室;若不得已在臥室中供奉者，睡眠之時宜以淨布覆蓋像上。
《藥師經》供於几上，不讀誦時，宜以淨布覆蓋。
供佛像之室內須十分潔淨，每日宜掃地，並常常拂試几案。
供佛之香，須擇上等有香氣者。
供佛之花，須擇開放圓滿者，若稍殘萎即除去;花瓶之水宜每日更換，若無鮮花時可用紙製者代之。
此外如供淨水供食物等，隨各人意。但所供食物須人可食者乃供之，若未熟之水果及未烹調之蔬菜等皆不可供。
以上所舉之供物，應於禮佛之前預先供好。凡在佛前供物或禮佛時，必須先洗手漱口。
此外如能懸幡燃燈尤善，無者亦可。
以下略述修持課儀，分為七門。其中，禮敬、讚嘆、供養、回向、發願，必須行之;誦經、持名、持咒，可隨己意，或惟修二法，或僅修一法，皆可。
一、禮敬
十方三寶一拜，或分禮佛法僧三拜。本師釋迦牟尼佛一拜，藥師琉璃光如來三拜。此外若欲多拜，或兼禮敬其他佛菩薩者，隨己意增加。
禮敬之時，須至誠恭敬，緩緩拜起，萬不可匆忙，寧可少拜，不可草率。
二、讚嘆
禮敬既畢，於佛前長跪合掌，唱贊偈云：
歸命滿月界淨妙琉璃尊
法藥救人天因中十二願
慈悲弘誓廣願度諸含生
我今申讚揚志心頭面禮
上贊偈出《藥師如來消災除難念誦儀軌》，唱贊之時，聲宜遲緩，宜莊重。
三、供養
讚嘆既畢，於佛前長跪合掌，唱供養偈云：
願此香花雲遍滿十方界
一一諸佛土無量香莊嚴
具足菩薩道成就如來香
供養畢，或隨己意增誦《懺悔文》，或可略之。
四、誦經
字音不可訛誤，宜詳考之。
誦經時，或跪或立，或坐或經行，皆可。
五、持名
先唱贊偈云：
藥師如來琉璃光焰網莊嚴無等倫
無邊行願利有情各遂所求皆不退
續雲「南無東方淨琉璃世界藥師琉璃光如來」，以後即持念「藥師琉璃光如來」名號一百八遍，若欲多念者隨意。
六、持咒
或據經中譯音持念，或別依師學梵文原音持念，皆可。
或念全咒一百八遍;或先念全咒七遍，繼念心咒一百八遍，後復念全咒七遍。心咒者，即是咒中唵字以下之文。
未經密宗阿闍黎傳授，不可結手印，擅結者有大罪。
持咒時，不宜大聲，惟令自己耳中得聞。
持咒時，以坐為正式，或經行亦可。
七、回向發願
回向與發願大同，故今並舉。其稍異者，回向須先修功德，再以此功德回向，惟願如何云云。若先未作功德者，僅可雲發願也。
回向發願，為修持者最切要之事。若不回向，則前所修之功德無所歸趣。今修持藥師如來法門者，回向之願各隨己意。凡《藥師經》中所載者皆可發之，應詳閱經文，自適其宜可耳。
以上所述之修持課儀，每日行一次或二次三次。必須至心誠懇，未可潦草塞責。印光老法師云：「有一分恭敬，得一分利益;有十分恭敬，得十分利益。」吾人修持藥師如來法門者，應深味斯言，以自求多福也。