如是我聞：一時，薄伽梵游化諸國，至廣嚴城，住樂音樹下，與大苾芻眾八千人俱，菩薩摩訶薩三萬六千，及國王、大臣、婆羅門、居士，天、龍、藥叉、人非人等，無量大眾恭敬圍繞，而為說法。
爾時，曼殊室利法王子，承佛威神，從座而起，偏袒一肩，右膝著地，向薄伽梵曲躬合掌，白言：「世尊，惟願演說如是相類諸佛名號，及本大願殊勝功德，令諸聞者，業障銷除，為欲利樂像法轉時諸有情故。」
爾時，世尊贊曼殊室利童子言：「善哉!善哉!曼殊室利，汝以大悲，勸請我說諸佛名號、本願功德，為拔業障所纏有情，利益安樂像法轉時諸有情故。汝今諦聽，極善思惟，當為汝說。」
曼殊室利言：「唯然願說，我等樂聞。」
佛告曼殊室利：「東方去此，過十殑伽沙等佛土，有世界名淨琉璃，佛號藥師琉璃光如來、應、正等覺、明行圓滿、善逝、世間解、無上士、調御丈夫、天人師、佛、薄伽梵。曼殊室利，彼世尊藥師琉璃光如來本行菩薩道時，發十二大願，令諸有情所求皆得。
「第一大願，願我來世得阿耨多羅三藐三菩提時，自身光明熾然，照耀無量無數無邊世界，以三十二大丈夫相、八十隨好莊嚴其身，令一切有情如我無異。
「第二大願，願我來世得菩提時，身如琉璃，內外明徹，淨無瑕穢;光明廣大，功德巍巍;身善安住，焰網莊嚴過於日月。幽冥眾生悉蒙開曉，隨意所趣，作諸事業。
「第三大願，願我來世得菩提時，以無量無邊智慧方便，令諸有情皆得無盡所受用物，莫令眾生有所乏少。
「第四大願，願我來世得菩提時，若諸有情行邪道者，悉令安住菩提道中;若行聲聞、獨覺乘者，皆以大乘而安立之。
「第五大願，願我來世得菩提時，若有無量無邊有情於我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒;設有毀犯，聞我名已，還得清淨，不墮惡趣。
「第六大願，願我來世得菩提時，若諸有情，其身下劣，諸根不具，醜陋、頑愚，盲、聾、喑啞、攣躄、背僂、白癩、癲狂種種病苦;聞我名已，一切皆得端正黠慧，諸根完具，無諸疾苦。
「第七大願，願我來世得菩提時，若諸有情眾病逼切，無救無歸，無醫無藥，無親無家，貧窮多苦;我之名號一經其耳，眾病悉除，身心安樂，家屬資具悉皆豐足，乃至證得無上菩提。
「第八大願，願我來世得菩提時，若有女人為女百惡之所逼惱，極生厭離，願舍女身;聞我名已，一切皆得轉女成男，具丈夫相，乃至證得無上菩提。
「第九大願，願我來世得菩提時，令諸有情出魔羂網，解脫一切外道纏縛;若墮種種惡見稠林，皆當引攝置於正見，漸令修習諸菩薩行，速證無上正等菩提。
「第十大願，願我來世得菩提時，若諸有情王法所録，繩縛鞭撻，系閉牢獄，或當刑戮，及余無量災難凌辱，悲愁煎迫，身心受苦;若聞我名，以我福德威神力故，皆得解脫一切憂苦。
「第十一大願，願我來世得菩提時，若諸有情饑渴所惱，為求食故造諸惡業;得聞我名，專念受持，我當先以上妙飲食飽足其身，後以法味畢竟安樂而建立之。
「第十二大願，願我來世得菩提時，若諸有情貧無衣服，蚊虻寒熱晝夜逼惱;若聞我名，專念受持，如其所好即得種種上妙衣服，亦得一切寶莊嚴具，華鬘、塗香、鼓樂、眾伎，隨心所玩，皆令滿足。
「曼殊室利，是為彼世尊藥師琉璃光如來、應、正等覺，行菩薩道時，所發十二微妙上願。
「複次，曼殊室利，彼世尊藥師琉璃光如來行菩薩道時，所發大願，及彼佛土功德莊嚴，我若一劫、若一劫餘，說不能盡。然彼佛土一向清淨，無有女人，亦無惡趣及苦音聲，琉璃為地，金繩界道，城闕、宮閣、軒窗、羅網皆七寶成;亦如西方極樂世界，功德莊嚴，等無差別。於其國中，有二菩薩摩訶薩，一名日光遍照，二名月光遍照，是彼無量無數菩薩眾之上首，悉能持彼世尊藥師琉璃光如來正法寶藏。是故，曼殊室利，諸有信心善男子、善女人等，應當願生彼佛世界。」
爾時，世尊復告曼殊室利童子言：「曼殊室利，有諸眾生不識善惡，唯懷貪吝，不知布施及施果報，愚痴無智，闕於信根，多聚財寶，勤加守護。見乞者來，其心不喜;設不獲已而行施時，如割身肉，深生痛惜。復有無量慳貪有情，積集資財，於其自身尚不受用，何況能與父母、妻子、奴婢、作使及來乞者?彼諸有情從此命終，生餓鬼界，或旁生趣。由昔人間曾得暫聞藥師琉璃光如來名故，今在惡趣暫得憶念彼如來名，即於念時，從彼處沒還生人中，得宿命念，畏惡趣苦，不樂欲樂，好行惠施，讚嘆施者，一切所有悉無貪惜，漸次尚能以頭、目、手、足、血、肉、身分施來求者，況余財物!
「複次，曼殊室利，若諸有情，雖於如來受諸學處，而破尸羅;有雖不破尸羅，而破軌則;有於尸羅、軌則雖得不壞，然毀正見;有雖不毀正見，而棄多聞，於佛所說契經深義不能解了;有雖多聞，而增上慢，由增上慢覆蔽心故，自是非他，嫌謗正法，為魔伴黨。如是愚人自行邪見，復令無量俱胝有情墮大險坑。此諸有情，應於地獄、旁生、鬼趣流轉無窮。若得聞此藥師琉璃光如來名號，便舍惡行，修諸善法，不墮惡趣。設有不能舍諸惡行、修行善法，墮惡趣者，以彼如來本願威力，令其現前暫聞名號，從彼命終還生人趣，得正見精進，善調意樂，便能舍家，趣於非家;如來法中，受持學處無有毀犯，正見、多聞，解甚深義，離增上慢，不謗正法，不為魔伴，漸次修行諸菩薩行速得圓滿。
「複次，曼殊室利，若諸有情慳貪嫉妒，自贊毀他，當墮三惡趣中，無量千歲受諸劇苦。受劇苦已，從彼命終來生人間，作牛、馬、駝、驢，恆被鞭撻，饑渴逼惱，又常負重隨路而行。或得為人，生居下賤，作人奴婢，受他驅役，恆不自在。若昔人中，曾聞世尊藥師琉璃光如來名號，由此善因，今復憶念，至心歸依;以佛神力，眾苦解脫，諸根聰利，智慧多聞，恆求勝法，常遇善友，永斷魔羂，破無明[穀-禾+卵]，竭煩惱河，解脫一切生老病死憂悲苦惱。
「複次，曼殊室利，若諸有情好喜乖離，更相鬥訟，惱亂自他，以身、語、意造作增長種種惡業，展轉常為不饒益事，互相謀害。告召山林樹塚等神，殺諸眾生取其血肉，祭祀藥叉、羅剎婆等;書怨人名，作其形像，以惡咒術而咒咀之，厭媚蠱道，咒起屍鬼，令斷彼命及壞其身。是諸有情，若得聞此藥師琉璃光如來名號，彼諸惡事悉不能害，一切展轉皆起慈心，利益安樂，無損惱意及嫌恨心，各各歡悅，於自所受生於喜足，不相侵凌，互為饒益。
「複次，曼殊室利，若有四眾苾芻、苾芻尼、鄔波索迦、鄔波斯迦，及余淨信善男子、善女人等，有能受持八分齋戒，經一年、或復三月受持學處;以此善根，願生西方極樂世界無量壽佛所聽聞正法而未定者，若聞世尊藥師琉璃光如來名號，臨命終時，有八菩薩乘神通來，示其道路，即於彼界種種雜色眾寶華中自然化生。或有因此生於天上，雖生天中而本善根亦未窮盡，不復更生諸餘惡趣;天上壽盡還生人間，或為輪王統攝四洲，威德自在，安立無量百千有情於十善道;或生剎帝利、婆羅門、居士大家，多饒財寶，倉庫盈溢，形相端嚴，眷屬具足，聰明智慧，勇健威猛如大力士。若是女人，得聞世尊藥師如來名號，至心受持，於後不復更受女身。」
『複次、曼殊室利!彼藥師琉璃光如來得菩提時，由本願力，觀諸有情，遇眾病苦瘦攣、乾消、黃熱等病;或被厭魅、蠱毒所中;或復短命，或時橫死;欲是等病苦消除所求願滿』。
『時彼世尊，入三摩地，名曰除滅一切眾生苦惱。既入定已，於肉髻中出大光明，光中演說，大陀羅尼曰：「那謨薄伽筏帝，裨殺社窶嚕，薛琉璃缽剌婆喝囉闍也，怛陀揭多耶，阿羅訶帝，三藐三勃陀耶。怛侄阤：唵，鞞殺逝，鞞殺逝，鞞殺社，三沒揭帝娑訶」』。爾時、光中說此咒已，大地震動，放大光明，一切眾生病苦皆除，受安隱樂。
『曼殊室利!若見男子、女人有病苦者，應當一心，為彼病人，常清淨澡漱，或食、或藥、或無蟲水、咒一百八遍，與彼服食，所有病苦悉皆消滅。若有所求，志心念誦，皆得如是無病延年;命終之後，生彼世界，得不退轉，乃至菩提。是故曼殊室利!若有男子、女人，於彼藥師琉璃光如來，至心殷重，恭敬供養者，常持此咒，勿令廢忘』。
『複次、曼殊室利!若有淨信男子女人，得聞藥師琉璃光如來應正等覺所有名號，聞已誦持。晨嚼齒木，澡漱清淨，以諸香花，燒香、塗香，作眾伎樂，供養形象。於此經典，若自書，若教人書，一心受持，聽聞其義。於彼法師，應修供養：一切所有資身之具，悉皆施與，勿令乏少。如是便蒙諸佛護念，所求願滿，乃至菩提』。
爾時，曼殊室利童子白佛言：「世尊，我當誓於像法轉時，以種種方便，令諸淨信善男子、善女人等，得聞世尊藥師琉璃光如來名號，乃至睡中亦以佛名覺悟其耳。世尊，若於此經受持讀誦，或復為他演說開示，若自書，若教人書;恭敬尊重，以種種華香、塗香、末香、燒香、華鬘、瓔珞、幡蓋、伎樂而為供養;以五色彩作囊盛之，掃灑淨處，敷設高座而用安處。爾時，四大天王與其眷屬，及余無量百千天眾，皆詣其所，供養守護。世尊，若此經寶流行之處，有能受持，以彼世尊藥師琉璃光如來本願功德，及聞名號，當知是處無復橫死，亦復不為諸惡鬼神奪其精氣;設已奪者，還得如故，身心安樂。」
佛告曼殊室利：「如是，如是，如汝所說。曼殊室利，若有淨信善男子、善女人等，欲供養彼世尊藥師琉璃光如來者，應先造立彼佛形像，敷清淨座而安處之。散種種華，燒種種香，以種種幢幡莊嚴其處。七日七夜受八分齋戒，食清淨食，澡浴香潔，著新淨衣。應生無垢濁心、無怒害心，於一切有情起利益安樂、慈悲喜舍平等之心，鼓樂歌贊，右繞佛像。復應念彼如來本願功德，贊誦此經，思惟其義，演說開示。隨所樂願，一切皆遂，求長壽得長壽，求富饒得富饒，求官位得官位，求男女得男女。
「若復有人，忽得惡夢，見諸惡相，或怪鳥來集，或於住處百怪出現。此人若以眾妙資具，恭敬供養彼世尊藥師琉璃光如來者，惡夢惡相諸不吉祥，皆悉隱沒，不能為患。或有水、火、刀、毒、懸險、惡象、師子、虎、狼、熊羆、毒蛇、惡蠍、蜈蚣、蚰蜓、蚊、虻等怖，若能至心憶念彼佛恭敬供養，一切怖畏皆得解脫。若他國侵擾、盜賊反亂，憶念恭敬彼如來者，亦皆解脫。
「複次，曼殊室利，若有淨信善男子、善女人等，乃至盡形不事余天，惟當一心歸佛法僧，受持禁戒，若五戒、十戒、菩薩四百戒、苾芻二百五十戒、苾芻尼五百戒。於所受中或有毀犯，怖墮惡趣，若能專念彼佛名號恭敬供養者，必定不受三惡趣生。或有女人，臨當產時受於極苦;若能至心稱名禮讚恭敬供養彼如來者，眾苦皆除。所生之子，身分具足，形色端正，見者歡喜，利根聰明，安隱少病，無有非人奪其精氣。」
爾時，世尊告阿難言：「如我稱揚彼佛世尊藥師琉璃光如來所有功德，此是諸佛甚深行處，難可解了!汝為信不?」
阿難白言：「大德世尊，我於如來所說契經不生疑惑。所以者何?一切如來身語意業無不清淨。世尊，此日月輪可令墮落，妙高山王可使傾動，諸佛所言無有異也!世尊，有諸眾生信根不具，聞說諸佛甚深行處，作是思惟：『云何但念藥師琉璃光如來一佛名號，便獲爾所功德勝利?』由此不信，返生誹謗，彼於長夜失大利樂，墮諸惡趣，流轉無窮。」
佛告阿難：「是諸有情，若聞世尊藥師琉璃光如來名號，至心受持，不生疑惑，墮惡趣者，無有是處。阿難，此是諸佛甚深所行，難可信解!汝今能受，當知皆是如來威力。阿難，一切聲聞、獨覺，及未登地諸菩薩等，皆悉不能如實信解，惟除一生所系菩薩。阿難，人身難得，於三寶中信敬尊重亦難可得，得聞世尊藥師琉璃光如來名號復難於是!阿難，彼藥師琉璃光如來，無量菩薩行、無量善巧方便、無量廣大願，我若一劫、若一劫餘而廣說者，劫可速盡，彼佛行願善巧方便無有盡也。」
爾時，眾中有一菩薩摩訶薩，名曰救脫，即從座起，偏袒一肩，右膝著地，曲躬合掌而白佛言：「大德世尊，像法轉時，有諸眾生為種種患之所困厄，長病羸瘦，不能飲食，喉唇乾燥，見諸方暗，死相現前，父母、親屬、朋友、知識啼泣圍繞。然彼自身臥在本處，見琰魔使，引其神識至於琰魔法王之前。然諸有情，有俱生神，隨其所作若罪若福，皆具書之，盡持授與琰魔法王。爾時，彼王推問其人，算計所作，隨其罪福而處斷之。時彼病人親屬知識，若能為彼歸依世尊藥師琉璃光如來，請諸眾僧轉讀此經，燃七層之燈，懸五色續命神幡，或有是處彼識得還，如在夢中明了自見。或經七日，或二十一日，或三十五日，或四十九日，彼識還時如從夢覺，皆自憶知善不善業所得果報;由自證見業果報故，乃至命難，亦不造作諸惡之業。是故淨信善男子、善女人等，皆應受持藥師琉璃光如來名號，隨力所能恭敬供養。」
爾時，阿難問救脫菩薩曰：「善男子，應云何恭敬供養彼世尊藥師琉璃光如來?續命幡燈復云何造?」
救脫菩薩言：「大德，若有病人慾脫病苦，當為其人七日七夜受持八分齋戒。應以飲食及余資具，隨力所辦供養苾芻僧，晝夜六時禮拜供養彼世尊藥師琉璃光如來。讀誦此經四十九遍，燃四十九燈。造彼如來形像七軀，一一像前各置七燈，一一燈量大如車輪，乃至四十九日光明不絕。造五色彩幡，長四十九搩手。應放雜類眾生至四十九。可得過度危厄之難，不為諸橫惡鬼所持。
「複次，阿難，若剎帝利灌頂王等，災難起時，所謂人眾疾疫難、他國侵逼難、自界叛逆難、星宿變怪難、日月薄蝕難、非時風雨難、過時不雨難。彼剎帝利灌頂王等，爾時應於一切有情起慈悲心，赦諸系閉。依前所說供養之法，供養彼世尊藥師琉璃光如來。由此善根，及彼如來本願力故，令其國界即得安隱，風雨順時，谷稼成熟，一切有情無病歡樂。於其國中，無有暴惡藥叉等神惱有情者，一切惡相皆即隱沒。而剎帝利灌頂王等壽命、色、力，無病自在，皆得增益。阿難，若帝后、妃主、儲君、王子、大臣、輔相、中宮婇女、百官黎庶，為病所苦及余厄難，亦應造立五色神幡，燃燈續明，放諸生命，散雜色華，燒眾名香，病得除愈，眾難解脫。」
爾時，阿難問救脫菩薩言：「善男子，云何已盡之命而可增益?」
救脫菩薩言：「大德，汝豈不聞如來說有九橫死耶?是故勸造續命幡燈，修諸福德;以修福故，盡其壽命不經苦患。」
阿難問言：「九橫云何?」
救脫菩薩言：「有諸有情得病雖輕，然無醫藥及看病者，設復遇醫授以非藥，實不應死而便橫死。又信世間邪魔外道、妖[薛/女]之師妄說禍福，便生恐動，心不自正，卜問覓禍，殺種種眾生，解奏神明，呼諸魍魎，請乞福祐，欲冀延年，終不能得。愚痴迷惑，信邪倒見，遂令橫死入於地獄，無有出期，是名初橫。二者、橫被王法之所誅戮。三者、畋獵嬉戲，耽淫嗜酒，放逸無度，橫為非人奪其精氣。四者、橫為火焚。五者、橫為水溺。六者、橫為種種惡獸所啖。七者、橫墮山崖。八者、橫為毒藥、厭禱、咒咀、起屍鬼等之所中害。九者、饑渴所困，不得飲食而便橫死。是為如來略說橫死有此九種。其餘復有無量諸橫難可具說。
「複次，阿難，彼琰魔王，主領世間名籍之記。若諸有情不孝五逆，破辱三寶，壞君臣法，毀於信戒，琰魔法王隨罪輕重考而罰之。是故我今勸諸有情燃燈造幡，放生修福，令度苦厄，不遭眾難。」
爾時，眾中有十二藥叉大將俱在會坐，所謂：
宮毗羅大將，伐折羅大將，迷企羅大將，安底羅大將，頞你羅大將，珊底羅大將，因達羅大將，波夷羅大將，摩虎羅大將，真達羅大將，招杜羅大將，毗羯羅大將。
此十二藥叉大將，一一各有七千藥叉以為眷屬，同時舉聲白佛言：「世尊，我等今者蒙佛威力，得聞世尊藥師琉璃光如來名號，不復更有惡趣之怖。我等相率皆同一心，乃至盡形歸佛法僧，誓當荷負一切有情，為作義利，饒益安樂。隨於何等村城國邑、空閒林中，若有流布此經，或復受持藥師琉璃光如來名號恭敬供養者，我等眷屬衛護是人，皆使解脫一切苦難，諸有願求悉令滿足。或有疾厄求度脫者，亦應讀誦此經，以五色縷結我名字，得如願已，然後解結。」
爾時，世尊贊諸藥叉大將言：「善哉!善哉!大藥叉將，汝等念報世尊藥師琉璃光如來恩德者，常應如是利益安樂一切有情。」
爾時，阿難白佛言：「世尊，當何名此法門?我等云何奉持?」
佛告阿難：「此法門名《說藥師琉璃光如來本願功德》，亦名《說十二神將饒益有情結願神咒》，亦名《拔除一切業障》，應如是持。」
時，薄伽梵說是語已，諸菩薩摩訶薩，及大聲聞，國王、大臣、婆羅門、居士，天、龍、藥叉、揵達縛、阿素洛、揭路荼、緊捺洛、莫呼洛伽、人非人等，一切大眾，聞佛所說，皆大歡喜，信受奉行。