《藥師經》之功德利益如下文所述
一、藥師法門以讀誦《藥師琉璃光如來本願功德經》，念藥師咒，念南無藥師琉璃光如來名號為根本，法門殊勝。修藥師法門的人切記多多幫助病苦的人，多多施藥關心病人，如經所說而行。如法修持，獲福無邊。
二、藥師法門是現生就能得福慧的法門。藥師佛行菩薩道時發十二大願，令我們發揮財富，所求皆得。
三、藥師法門是最適合相貌不好的人修。有人體身下劣諸根不具。醜陋頑愚，盲聾喑啞，攣躄背僂，白癩癲狂，種種病苦。念南無藥師琉璃光如來名號，來生就會長得非常美麗。
四、藥師法門是最適合貧窮的人修。念南無藥師琉璃光如來名號，很快就能得到財富。
五、藥師法門是最適合病苦的人修。眾人有病，逼切無救無歸，無醫無藥，無親無家，貧窮多苦。念南無藥師琉璃光如來名字，一經其耳，眾病悉得除身心安樂，家屬資具悉皆豐足。乃至證得無上菩提。
六、藥師法門是最適合諸事不順的人修。眾生心中隨所樂求，一切皆遂。求長壽得長壽。求富饒得富饒。求官位得官位。求男女得男女。
七、藥師法門是最適合一心求生極樂世界，而沒有把握的人修。有人願生西方極樂世界無量壽佛所。聽聞正法，而未定者。修學藥師法門，臨命終時有八菩薩。乘神通來示其道路，即於彼界種種雜色眾寶華中自然化生。易得彌陀本願海，唯修藥師本願海。
八、藥師法門是最適合持戒不嚴的人修。有人學習如來正法，而破戒律。有誰不破戒律而破規則。由於戒律規則雖得不壞，聽到藥師琉璃光如來名號，便舍惡行修諸善法。不墮惡趣。設有不能舍諸惡行，修行善法，墮惡趣者。由於如來本願威力，令其現前暫聞名號，從彼命終還生人趣，得正見精進善調意樂。
九、藥師法門是最適合災難重重的人修。災難起時，所謂人眾疾疫難，外國侵逼難，國家政變難，星宿變怪難，日月薄蝕難，非時風雨難，過時不雨難。如果能供養藥師琉璃光如來，眾難解脫。
十、修藥師法門，不會九橫死，不會中邪，因為有藥叉菩薩保護。
十一、若是女人討厭女人身，聽到世尊藥師如來名號，至心稱念，於後不復更受女身。
十二、修藥師法門，聰明智慧，勇健威猛，如大力士，速成佛道。
藥師琉璃光如來在過去世行菩薩道時，為救度眾生而發十二大願如下：
第一大願：願我來世得阿耨多羅三藐三菩提時，自身光明熾然，照耀無量無數無邊世界，以三十二大丈夫相、八十隨形，莊嚴其身;令一切有情，如我無異。
第二大願：願我來世得菩提時，身如琉璃，內外明徹，淨無瑕穢，光明廣大，功德巍巍，身善安住，焰網莊嚴過於日月;幽冥眾生，悉蒙開曉，隨意所趣，作諸事業。
第三大願：願我來世得菩提時，以無量無邊智慧方便，令諸有情，皆得無盡所受用物，莫令眾生有所乏少。
第四大願：願我來世得菩提時，若諸有情，行邪道者，悉令安住菩提道中;若行聲聞、獨覺乘者，皆以大乘而安立之。
第五大願：願我來世得菩提時，若有無量無邊有情，於我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。設有毀犯，聞我名已，還得清淨，不墮惡趣。
第六大願：願我來世得菩提時，若諸有情，其身下劣，諸根不具，醜陋頑愚，盲聾喑啞，攣躄背僂，白癩癲狂，種種病苦。聞我名已，一切皆得端正黠慧，諸根完具，無諸疾苦。
第七大願：願我來世得菩提時，若諸有情，眾病逼切，無救無歸，無醫無藥，無親無家，貧窮多苦。我之名號一經其耳，眾病悉除，身心安樂，家屬、資具悉皆豐足，乃至證得無上菩提。
第八大願：願我來世得菩提時，若有女人，為女百惡之所逼惱，極生厭離，願舍女身。聞我名已，一切皆得轉女成男，具丈夫相，乃至證得無上菩提。
第九大願：願我來世得菩提時，令諸有情，出魔罥網，解脫一切外道纏縛。若墮種種惡見稠林，皆當引攝置於正見，漸令修習諸菩薩行，速證無上正等菩提。
第十大願：願我來世得菩提時，若諸有情，王法所錄，繩縛鞭撻，系閉牢獄，或當刑戮，及余無量災難陵辱，悲愁煎逼，身心受苦。若聞我名，以我福德威神力故，皆得解脫一切憂苦。
第十一大願：願我來世得菩提時，若諸有情，饑渴所惱，為求食故，造諸惡業。得聞我名，專念受持，我當先以上妙飲食飽足其身，後以法味畢竟安樂而建立之。
第十二大願：願我來世得菩提時，若諸有情，貧無衣服，蚊虻寒熱，晝夜逼惱。若聞我名，專念受持，如其所好，即得種種上妙衣服，亦得一切寶莊嚴具、華鬘、塗香、鼓樂、眾伎，隨心所玩，皆令滿足。
常念藥師佛的聖號，或常誦藥師經，也會獲得十二藥叉大將的守護，每位藥叉大將各率領七千的眷屬，等於修持藥師法門就能獲得更多的守護。
每天恭誦一部藥師經，對藥師經的體會更深刻，希望大家有空多持「南無藥師琉璃光佛」的聖號，並做功德回向，必能獲得殊勝的功德利益。