《清心咒》是明朝智真法師所傳，也是唯一一個除了古佛經以外由後人自創的咒語，功用為清心定神，去煩止惡。
觀自在菩薩，行深般若波羅蜜多時，照見五蘊皆空，渡一切苦厄。舍利子，色不異空，空不異色，色即是空，空即是色，受想行識，亦復如是。舍利子，是諸法空相，不生不滅，不垢不淨，不增不減。是故，空中無色，無受想行識，無眼耳鼻舌身意，無色聲香味觸法，無眼界，乃至無意識界，無無明，亦無無明盡，乃至無老死，亦無老死盡，無苦集滅道，無智亦無得，以無所得故。菩提薩陀，依般若波羅蜜多故，心無掛礙，無掛礙故，無有恐怖，遠離顛倒夢想，究竟涅槃。三世諸佛，依般若波羅蜜多故，得阿褥多羅三藐三菩提。故知，般若波羅蜜多，是大神咒，是大明咒，是無上咒，是無等等咒，能除一切苦，真實不虛，故說般若波羅蜜多咒，即說咒曰：
揭締，揭締，波羅揭締，波羅僧揭締，菩提薩婆呵。
佛頭—— 南無佛馱耶。南無達摩耶。南無僧伽耶。南無本師釋迦牟尼佛。南無大悲觀世音菩薩。南無普庵祖師菩薩。南無百萬火首金剛王菩薩。
起咒 ——咒首。迦迦迦研界。遮遮遮神惹。吒吒吒怛那。多多多檀那。波波波梵摩。
咒身——合尾 摩梵波波波。那檀多多多。那怛吒吒吒。惹神遮遮遮 界研迦迦迦。迦迦迦研界
一回
一段 回身-合尾 迦迦雞雞俱俱雞。俱雞俱。兼喬雞。喬雞兼。 界研迦迦迦。迦迦迦研界
二段 回身-合尾 遮遮支支朱朱支。朱支朱。占昭支。昭支占。 惹神遮遮遮。遮遮遮神惹
三段 回身-合尾 吒吒知知都都知。都知都。擔多知。多知擔。 那怛吒吒吒。吒吒吒怛那
四段 回身-合尾 多多諦諦多多諦。多諦多。談多諦。多諦談。 那檀多多多。多多多檀那
五段 回身-合尾 波波悲悲波波悲。波悲波。梵波悲。波悲梵。 摩梵波波波。波波波梵摩
六段 咒身-合尾 摩梵波波波。那檀多多多。那怛吒吒吒。惹神遮遮遮 界研迦迦迦。迦迦迦研界
二回
一段 回身-合尾 迦迦雞雞俱俱雞喬兼。兼兼兼兼兼。驗堯倪。堯倪驗 界研迦迦迦。迦迦迦研界
二段 回身-合尾 遮遮支支朱朱支昭占。占占占占占。驗堯倪。堯倪驗 惹神遮遮遮。遮遮遮神惹
三段 回身-合尾 吒吒知知都都知多擔。擔擔擔擔擔。喃那呢。那呢喃 那怛吒吒吒。吒吒吒怛那
四段 回身-合尾 多多諦諦多多諦多談。談談談談談。喃那呢。那呢喃 那檀多多多。多多多檀那
五段 回身-合尾 波波悲悲波波悲波梵。梵梵梵梵梵。梵摩迷。摩迷梵 摩梵波波波。波波波梵摩
六段 咒身-合尾 摩梵波波波。那檀多多多。那怛吒吒吒。惹神遮遮遮 界研迦迦迦。迦迦迦研界
三回
一段 回身-合尾 迦迦雞雞俱俱耶。喻喻喻喻喻喻喻喻喻。 界研迦迦迦。迦迦迦研界
二段 回身-合尾 遮遮支支朱朱耶。喻喻喻喻喻喻喻喻喻。 惹神遮遮遮。遮遮遮神惹
三段 回身-合尾 吒吒知知都都耶。奴奴奴奴奴奴奴奴奴。 那怛吒吒吒。吒吒吒怛那
四段 回身-合尾 多多諦諦多多耶。奴奴奴奴奴奴奴奴奴。 那檀多多多。多多多檀那
五段 回身-合尾 波波悲悲波波耶。母母母母母母母母母。 摩梵波波波。波波波梵摩
六段 咒身-合尾 摩梵波波波。那檀多多多。那怛吒吒吒。惹神遮遮遮 界研迦迦迦。迦迦迦研界
佛尾，波多吒。遮迦耶。夜闌。阿瑟吒。薩海吒。漏瀘漏瀘吒。遮迦夜。挲婆。無數天龍八部，百萬火首金剛。昨日方隅。今日佛地。普善到此。百無禁忌。