叢林通常指禪宗寺院而言，故亦稱禪林，但後世教、律等各宗寺院也有仿照禪林制度而稱叢林的。中國禪宗從曹溪慧能後，四傳至於懷海，百餘年間禪徒只以道相授受，多岩居穴處，或寄住律宗寺院。到了唐貞元、元和間(785—806)，禪宗日盛，宗匠常聚徒多人於一處，修禪辦道。江西奉新百丈山懷海以禪眾聚處，尊卑不分，於說法住持，未合規制，於是折衷大小乘經律，創意別立禪居，此即叢林之始。叢林的意義，舊說是取喻草木之不亂生亂長，表示其中有規矩法度雲(《禪林寶訓音義》)。
叢林規模開始不大，到唐末五代之間，南方有發展。如洪住浙江徑山，道膺住江西雲居山，僧眾多至千數;義存住福州雪峰，冬夏禪徒更不減一千五百人(《宋高僧傳》卷十二)。入宋，叢林建置益臻完備，禪眾亦以集中居住為常，凡名德住持的叢林，都有千人以上。如宋太祖建隆二年(961)，延壽自杭州靈隱移住同地永明寺(今淨慈寺)，學侶多至二千(《景德傳燈錄》卷二十六)。
北方叢林，亦始盛於宋代。仁宗皇元年(1049)，內侍李允寧施住宅創興禪席，仁宗給與寺額為十方淨因禪院。廬山圓通寺懷璉應命為住持，禪道大弘於汴京。神宗元豐五年(1082)，又命京師(今開封)大相國寺，創立慧林、智海二大禪院，後都成為京師有名的禪林。至徽宗崇寧二年(1103)，宗賾集《禪苑清規》時，叢林制度已燦然大備。宋室南渡以後，禪宗名僧輩出，所居叢林，皆極一時之盛。如克勤所住江西雲居山、宗杲所住浙江徑山、正覺所住泗州普照寺及明州天童寺，清了所住真州長蘆崇福寺等，其住眾常至千人以上。史彌遠因而請定江南禪寺為五山十剎(餘杭徑山、杭州靈隱、淨慈、寧波天童、育王等寺為禪院五山。杭州中天竺、湖州道場、溫州江心、金華雙林、寧波雪竇、台州國清、福州雪峰、建康靈谷、蘇州萬壽、虎丘等寺為禪院十剎。見《七修類稿》)，俾拾級而登，於是叢林制度遂遍行於江南，迄後世不衰。
叢林制度，最初只有方丈、法堂、僧堂和寮舍。以住持為一眾之主，非高其位則其道不嚴，故尊為長老，居於方丈。不立佛殿，唯建法堂(後世乃立佛殿)。所集禪眾無論多少，盡入僧堂，依受戒先後臘次安排。行普請法(集體勞動)，無論上下，均令參加生產勞動以自給。又置十務(十職)，謂之寮舍;每舍任用首領一人，管理多人事務，令各司其局(《景德傳燈錄》卷六《禪門規式》)。
在這以前寺院的首腦為三綱：即上座、寺主、維那(或稱都維那)，都是領導大眾維持綱紀的職僧。上座以年德俱高，都是朝廷任命。如姚秦、元魏，常有命令補上座。唐道宣亦曾被命為西明寺上座，其位居寺主、維那之上。寺主知一寺之事。如後周陟岵寺、隋大興善寺等，皆有寺主。維那意為次第，謂知僧事之次第，或稱為悅眾;但後世常以悅眾為維那之副，其職有數人，以大、二、三、四等別之(《百丈清規證義記》卷六)。
至於叢林古規的職事，則有首座、殿主、藏主、莊主、典座、維那、監院、侍者等名目。如黃檗希運在池州南泉寺為首座、遵布衲為湖南藥山殿主、雪竇重顯為南嶽福嚴寺藏主、南泉普願於莊上為莊主、溈山靈在江西百丈山為典座、克賓於河北魏府(今大名縣)興化寺為維那、玄則在法眼會下為監院(見元道泰《禪林類聚》第九)、興化存獎為臨濟義玄侍者等。
後世叢林組織日漸龐大，各寺家風不同，為住持者多因時制宜、自立職事，名目層出不窮。宋宗賾《禪苑清規》的序文說：『莊嚴佛社，建立法幢，佛事門中，闕一不可。豈立法之貴繁，蓋隨機而設教』。在《禪苑清規》所載叢林職事名目即有二十三種。宗賾還撰了一篇《龜鏡文》(貳鹹《禪林備用清規》卷七稱之為《百丈龜鏡文》)，概括地說明設立各種職事的必要。文云：
『叢林之設要之本為眾僧，是以開示眾僧故有長老，表儀眾僧故有首座，荷負眾僧故有監院，調和眾僧故有維那，供養眾僧故有典座，為眾僧作務故有直歲，為眾僧出納故有庫頭，為眾僧主典翰墨故有書狀，為眾僧守護聖教故有藏主，為眾僧迎待故有知客，為眾僧召請故有侍者，為眾僧看守衣缽故有寮主，為眾僧供侍湯藥故有堂主，為眾僧洗濯故有浴主，為眾僧禦寒故有炭頭，為眾僧乞丐故有街坊化主，為眾僧執勞故有園頭、磨頭、莊主，為眾僧滌除故有淨頭，為眾僧給侍故有淨人』(《禪苑清規》卷八)。
以上制度，自宋以來通行甚久，少有更改。至於今日可行的，則根據元代《敕修百丈清規》更有增益，且分成東西兩序。東序序職(資格)有都監、監院等二十一員，列職(實職)有化主、庫頭等二十六員;西序序職有首座、西堂等十二員，列職有殿主、寮元等二十一員。細分職別可達八十種，可謂繁雜(見清儀潤《百丈清規證義記》)。
叢林職事人員之多寡，各依其規模建制大小而定。方丈為禪林正寢、住持所居之處，故稱寺主為方丈，他為全寺諸堂之頭，故又稱堂頭和尚。至西序的重要職員，則為首座(即古之上座)、西堂、後堂、堂主、書記、知藏、藏主、知客、寮元(雲水堂首領)等。東序為監院(即古之寺主，俗稱當家)、副寺(即知庫)、維那、悅眾、侍者、莊主等，是一般叢林所常設的。此外，列職各專一務者，還有飯頭、菜頭、火頭、水頭、碗頭(通稱行堂)、鐘頭、鼓頭、門頭、園頭、浴頭(亦稱知浴)、圊頭(即淨頭)、塔頭(亦稱塔主)、樹頭(巡視山林、栽補樹木)、柴頭、磨頭、茶頭、炭頭、爐頭、鍋頭、桶頭、燈頭、巡山、夜巡、香燈、司水(禪堂專任)、照客、聽用等。以上各種職事名稱，以等級分，可統稱為知事人員(一級)、主事人員(二級)和頭事人員(三級)。規模較小的叢林，即以主事兼知事。規模較大的叢林，則有很完備的組織。方丈之下有庫房、客堂、維那寮、衣缽寮四個機構(通稱四堂口)，是為叢林的基本組織，重要寺務由住持會同首座等班首與四堂口首領共議進行。此外有首座寮以處上座名宿，有侍者寮以處初學新參，有行者寮以處雜務行者和童行，有眾寮(雲水堂)以臨時接待過往禪衲。又有蒙堂以處知事職僧以上退職人員，有單寮以處副寺以下退職人員，有延壽堂以處老病僧人，有莊田以供禪眾從事生產。各堂又各立規約以資遵守(參看本書《清規》條目)。
現今叢林，以其住持傳承的方式不同，又可分為子孫的與十方的兩類。本來從宋代起，叢林即有甲乙徒弟院、十方住持院、敕差住持院三種之分。甲乙徒弟院，是由自己所度的弟子輪流住持甲乙而傳者，略稱為甲乙院。十方住持院系公請諸方名宿住持，略稱為十方院。敕差住持院，是由朝廷給牒任命住持者，略稱為給碟院。甲乙院住持是一種師資相承的世襲制，故又稱為剃度叢林或子孫叢林。十方住持院由官吏監督的選舉，故稱為十方叢林。後世即大體沿用其制度，無大變動(現無其第三種)。
另外，十方叢林中依住持繼承制度的不同，還有選賢叢林與傳法叢林之分。有如鎮江金山寺名剎的住持，即是依法系相傳的，稱為傳法叢林;寧波天童寺自清末寄禪(敬安)重興後，改為十方選賢制度，稱為選賢叢林。1924年廈門南普陀寺改子孫叢林為十方選賢叢林，即依天童寺選賢方法，訂立『十方常住規約』二十條。並規定選舉法、住持任期及進院退院等手續(《廈門南普陀寺志》)。這種選賢制度是叢林住持史上的一個進步。
關於叢林制度詳見於《百丈清規》和它的注書《百丈清規證義記》等。至於叢林中行事和古德風規，則有道融《叢林盛事》、慧彬《叢林公論》、慧洪《林間錄》、淨善《禪林寶訓》、無慍《山庵雜錄》等可資參考。(當代佛教--佛教文化網)