佛陀在游化廣嚴城，住樂音樹下為比丘、菩薩、國王、大臣、天龍八部等無量大眾說法之時，文殊師利菩薩向佛陀請問諸佛名號、本願功德，以便令聽聞佛名號的眾生能夠業障消除，同時還能夠利樂像法之時的一切有情。這時佛陀稱讚文殊師利為拔除有情眾生的業障，並且利益像法轉時的一切有情眾生所作的勸請。接著佛陀便向文殊師利菩薩講說了東方琉璃世界藥師佛國土的莊嚴殊勝，往生藥師琉璃淨土的修行方法，以及藥師佛在往昔行菩薩道時所發的十二種大願。
像阿彌陀佛在過去世修行時所發的四十八大願一樣，藥師佛在往昔行菩薩道時，為了救拔有情眾生，分別從不同方面發了十二大願。願願都是為了更加方便善巧地度化眾生。本文現主要介紹藥師佛所發的十二大願。
第一大願為生佛平等願。藥師佛在此願中云：願我來世，得阿耨多羅三藐三菩提時，自身光明熾然，照耀無量無數無邊世界。以三十二大丈夫相、八十隨形好莊嚴其身，令一切有情，如我無異。
藥師佛首先發願，願自己將來成就佛果之時，自身能夠光明無量，照耀無量無邊世界，並且同時具足諸佛菩薩的三十二相、八十種隨形好。藥師佛不僅發願自身具足上好妙相，而且還要讓一切有情眾生，都與其無二無別。藥師佛在本願中，真正體現了佛教眾生平等的思想。
經文中的「阿耨多羅三藐三菩提」是梵文音譯，漢文意為「無上正等正覺」，即成就佛果之意。「三十二相、八十種隨行好」是印度公認的大人相，特別是男子的勝相。比如，佛足平滿相、垂手過膝相等為三十二相的特徵。八十種隨形好，是隨身體的某部形態，具有某種美好的特徵。比如佛手柔軟相、毛髮光澤、面容豐滿等。在佛法中認為，三十二相、八十種隨形好是佛菩薩的殊勝之相。
佛法本來不著相，但為了更好的引導眾生，令眾生歡喜生信，藥師佛在因地中特別發願要具足這種福德莊嚴之相。
第二大願為開曉事業願。本願云：願我來世得菩提時，身如琉璃，內外明徹，淨無瑕穢，光明廣大，功德巍巍，身善安住，焰網莊嚴，過於日月，幽冥眾生，悉蒙開曉，隨意所趣，作諸事業。
本願是針對藥師佛的應化身而說的，意在開曉眾生。藥師佛發願將來自己證得菩提之果的時候，身相如琉璃寶珠，內外都明亮瑩徹，潔淨得沒有任何污穢之物。並且身放光明，照破黑暗。藥師佛的清淨之身善於安住，其身焰網莊嚴，超日月之光華。藥師佛的這種光明能夠使一切世間眾生，受到佛光照耀，並進而得到藥師佛的開示啟發，隨著自己的意願來做他們所樂於做的事業。
本願最主要說明藥師佛發願以佛的慈悲願力，啟發眾生的智慧，讓他們明了各種事業，學會各種謀生的知識和技能，從而為社會創造更多的財富。
第三大願為無盡資生願。本願云：願我來世得菩提時，以無量無邊智慧方便，令諸有情，皆得無盡所受用物，莫令眾生有所乏少。
人生世間，必須要有衣服飲食、湯藥、臥具等各種生活所必須的資生之具，才能維持正常的生活。但是，世間眾生，常常因為天災人禍等各種原因，使原本殷實的家庭突然變得一貧如洗。一個人一旦過著貧窮的生活，就無法隨心所欲的生活和幫助他人。自己還經常因為貧窮的困擾而身心憔悴。而藥師佛深深感受到了眾生的貧困之苦，於是在因地修行時發願，將來自己成佛之後，要以自己的無邊智慧，讓一切有情眾生都過上富足的生活，凡是眾生所需要之物，都能夠使他們得到滿足，不會有任何的缺少。
第四大願為安立大道願。此願云：願我來世得菩提時，若諸有情行邪道者，悉令安住菩提道中;若行聲聞、獨覺乘者，皆以大乘而安立之。
《法華經》中說，「佛以一大事因緣出現於世，欲令眾生開示悟入佛之知見」但是眾生根性各別，行為各異，有很多眾生便難以開佛知見。還有的眾生的行為不僅與道不符，反而還會有做出不信因果，觸犯五戒等邪惡行為。藥師佛十分憐憫這些眾生，於是發願，自己將來成菩提道果之時，一定要讓行邪道的眾生都安住於菩提道中。那些修行聲聞、獨覺乘的眾生，都能夠讓他們安住於大乘之中。
經文的中的聲聞是指聽佛音聲的教化而修行悟道的;獨覺是指不待佛的教化，看見現象世界的無常變化，就會自己發心修行，開悟證果。聲聞與獨覺，都能夠出生死，從此岸登上彼岸，但都是小乘，而佛陀的本懷在大乘，所以，藥師如來在因地中，發願要以大乘法來轉化他們，使他們能夠回小向大，會三歸一，而入究竟的大乘。
第五大願為戒行清淨願。願云：願我來世得菩提時，若有無量無邊有情，於我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。設有毀犯，聞我名已，還得清淨，不墮惡趣。
本願是藥師佛從戒行方面所發的宏願。藥師佛發願如果將來得菩提之果時，如果有有情眾生修行梵行，這些眾生都能得到不缺戒，具足三聚淨戒。即使有人有意或無意中毀犯，聽到藥師佛的名號，還復清淨，不會墮於惡道之中受苦。
發願文中的梵行，一般是指清淨行，凡是佛陀所制定的各種戒行都為梵行。在藥師佛土中修行、受戒的信徒，藥師佛都令得不缺戒。其中「不缺戒」是指對戒律能夠圓滿受持。以五戒為例，對五戒全部持守得嚴格、清淨，便是不缺;若只能持得三四戒，即是缺戒。「三聚戒」分別指攝律儀戒、攝善法戒、饒益有情戒。攝律儀戒是指五戒、十戒、二百五十戒等;攝善法戒，包括修布施、六度四攝;饒益有情戒是指大乘菩薩要以利益眾生為前提，如果只是為了自利而不利他，即是犯戒。
第六大願為諸根具足願。經云：願我來世得菩提時，若諸有情其身下劣，諸根不具，醜陋頑愚、盲聾喑啞、攣躄背僂、白癩顛狂種種病苦，聞我名已，一切皆得端正黠慧，諸根完具，無諸疾苦。
在娑婆世界中，具有各種生理缺陷的人數不勝數。這些身體殘疾的人，常常會因為自身的缺陷，給生活造成了很多困難。也有身體殘疾的人，常為自身的缺陷而悲觀失望，嚴重的甚至走上絕路。另一方面，具有身體缺陷的人，不僅自身痛苦，也給自己的親朋好友帶來了很多痲煩。因此，世間之人，都希望自己的六親眷屬都能身無病苦和缺陷，身體健康。
針對娑婆世界的各種痛苦，藥師佛在因地修行時發願，將來成就佛果之後，要讓那些諸根不具，醜陋頑愚、盲聾喑啞、攣躄背僂、白癩顛狂種種病苦之人，如果能夠聽到或者念誦藥師佛的名號，就會生得端莊聰明，諸根俱全，沒有任何疾病的痛苦。這是藥師佛悲憫苦海病苦眾生所發的慈悲願心。
第七大願為身心康樂願。願文云：願我來世得菩提時，若諸有情，眾病逼切，無救無歸，無醫無藥，無親無家，貧窮多苦，我之名號，一經其耳，眾病悉除，身心安樂，家屬資具，悉皆豐足，乃至證得無上菩提。
身心健康是每個人的心愿。我們可以沒有高官厚祿，也可以沒有名聞利養，但不可以沒有健康。當一個原本健康的人失去健康的時候，他就會倍感擁有健康的可貴。我們常說健康是第一財富，足見健康對一個人的重要意義。
藥師佛在因地修行時，深知健康對人的重要，因此發願，自己將來成就佛果時，如果有有情眾生被各種疾病痛苦所逼迫，沒有醫藥可救，無家可歸，貧窮多苦，在這種苦難逼迫之際，如果能夠聽聞到藥師佛的名號，就能夠當下眾病消除，身心安樂。各種家庭所用之物，都能豐足，任其所用，直至證得無上菩提。
第八大願為轉女成男願。佛教認為，女人學佛有多種障礙，如果一個女人由於現世修行的功德，將來往生西方極樂世界時，將會女轉男身。因為，在極樂世界沒有女人。藥師佛在第八大願中，也發了女轉男身願。願云：
願我來世得菩提時，若有女人，為女百惡之所逼惱，極生厭離，願舍女身，聞我名已，一切皆得轉女成男，具丈夫相，乃至證得無上菩提。
藥師佛針對女人被各種過惡所逼惱的現實發願，當自己成就無上正覺之時，如果有女人被各種痛苦煩惱所逼迫，對自己的女身產生厭惡情緒，希望捨棄自己的女身，如果能夠聽到藥師佛的名號，就能夠轉女成男，具有大丈夫之相。
佛教認為，女人的百惡苦惱，大體上有生理與心理兩個方面：一、生理方面的苦惱有很多，比如，女孩一到成年就有月經，女人生小孩是女人最痛苦的事情。二、心理方面的苦惱。心理上的病患，如嫉妒心、虛榮心，一般都比男子重。如果能夠女轉男身了，就沒有這麼多的痛苦煩惱了。因而藥師佛要發這個大願。
第九大願為回邪歸正願。本願云：願我來世得菩提時，令諸有情出魔罥網，解脫一切外道纏縛。若墮種種惡見稠林，皆當引攝置於正見，漸令修習諸菩薩行，速證無上正等菩提。
佛教主張，為佛弟子，皈依佛教之後，不能再皈依邪魔外道。以免妨礙正法。為了避免有情眾生被邪魔外道所纏縛，藥師佛發願自己將來成佛道時，要讓一切有情眾生都能脫離魔障的纏縛。讓各種墮落入惡見的眾生都能夠歸於正見，使他們都能修菩薩行，速證得無上菩提。
本願是藥師佛令一切眾生，從邪魔外道的羅網中解脫，走向光明的正法。魔障的力量很大，眾生若沒有從佛法中得不退轉，就有被魔障所轉的可能。必須如大乘發菩提心，小乘發出離心，得不退轉，才能遠離魔障的稠林，得到真正的歡喜。
第十大願為從縛得脫願。願云：願我來世得菩提時，若諸有情王法所加，縛錄鞭撻，系閉牢獄，或當刑戮及余無量災難凌辱。悲愁煎逼，身心受苦，若聞我名，以我福德威神力故皆得解脫一切憂苦。
本願是藥師佛在因地中所發的大願，目的在於救拔觸犯王法，受到禁閉的眾生。藥師佛發願，在自己成就無上正覺之後，如果有有情眾生觸犯了王法，或被繩索捆綁，遭受鞭撻之苦;或被關押在牢獄之中，受拘押之苦;或即將被執行死刑，或者其他的各種災難，遭遇各種凌辱、憂悲苦惱，使身心遭受極大的痛苦。這些眾生如果在此時能夠聽聞藥師佛名號，仰仗藥師佛的福德威神之力，就能夠脫離一切痛苦煩惱。
第十一大願為得妙飲食願。願文云：願我來世，得菩提時，若諸有情，饑渴所惱，為求食故，造諸惡業，得聞我名，專念受持。我當先以上妙飲食飽足其身，後以法昧畢竟安樂，而建立之。
藥師佛在本願中發願，將來自己成佛時，如果有有情眾生，被飲食所困惑，為了生存，求取飲食，造作種種惡業，聽到藥師佛的名號，專心受持。藥師佛就會首先以上妙飲食讓其解決對飲食的需求，然後再以佛法來開導他，讓他們得到無上的法味之樂。
飲食是人們維持生命的必需品。但飲食不是我們想得到就能擁有的。有技術和才能的人，依靠自己的技術和才能獲取飲食。沒有知識技能之人，有的可以依靠體力獲取飲食。但也有的人，沒有甚麼特長，又好逸惡勞，於是便依靠偷盜、搶劫的惡行來謀取生路。對於這些缺乏飲食而造作惡業的人，藥師佛首先滿足其飲食需要，然後讓其學會謀生的技能，再進一步讓他們學習佛法，在佛法豐富的寶藏中，得到世間希有的無上法樂，最終使眾生遠離飢餓的困擾，成就佛道。
第十二大願為得妙衣具願。願云：願我來世，得菩提時，若諸有情，貧無衣服，蚊蟲寒熱，晝夜逼惱。若聞我名，專念受持，如其所好，即得種種上妙衣服，亦得一切，寶莊嚴具：華鬘、塗香、鼓樂、眾伎。隨心所欲玩，皆令滿足。
本願是針對貧窮困苦之人所發的願。在人間，有大富大貴之人，也有貧病交加之人。無論任何時代，真正富有的人畢竟是少數，更多的人是缺衣少食的窮人。對於那些貧窮之人來說，有很多人在冬天沒有禦寒的衣服，夏天沒有可以阻擋蚊子的蚊帳。他們每天都為衣食之需而苦惱。如果這些被貧苦所惱的人，能夠有機緣聽到藥師佛的名號，並且持誦藥師佛的名號，藥師佛就能滿其所願。這些眾生就能夠根據自己的喜好，得到種種上妙衣服，同時還能得到一切寶莊嚴具。比如珠寶首飾、寶石古董，還有花鬘、塗香等用於莊嚴身體的物品。此外，還能獲得鼓樂和娛樂所用的各種器具。總之，藥師佛能夠隨順眾生的愛好，讓他們所求都能得到滿足。
藥師佛的十二大願，分別從十二個方面表達了藥師佛在往昔因修行時，對於生佛平等、開曉事業、受用無盡、安立大道、戒行清淨、諸根具足、身心康樂、轉女成男、回邪歸正、從縛得脫、得妙飲食和得妙衣具等方面所發的大願。修行藥師法門的學佛者，深味藥師佛的十二大願，將更為增長往生藥師佛國土的信念。