《藥師經》的全名是《藥師琉璃光如來本願功德經》，「藥師琉璃光」，是這尊佛的名號;「如來」，就是佛的十號之一。這部經有一個很大的特點：只要你念「藥師琉璃光」的名號，就可以成辦種種好處。就經題而言，它裡面有很多的內涵。
【如來】
藥師琉璃光是一佛的專名，如，即琉璃光;來，即藥師。
如來是諸佛的通名，凡證獲無上佛果的，皆可通稱如來。《金剛經》云：「如來者，無所從來，亦無所去，諸法如義，名為如來」。
如來，梵語怛陀阿伽陀，有三義：即如來、如解、如說。
一、如來
如，是一模一樣，沒有差別的意思。菩薩到了功行圓滿，以最高的智慧，體證了究竟的真理，此真理就是如;佛是契此平等不二真如而來，故名如來。
二、如解
佛陀有無上的智慧，對世出世間的一切法相，無不正確通達，毫無顛倒錯亂，如法的實相而解了，是名如解。
三、如說
佛陀不僅是解悟正確，就是說法也如實而說。應該如何說就如何說，有如實說有，無如實說無，說得都恰到好處，故經里稱佛為實語者，如語者，不誑語者，不異語者。
如來、如解、如說，是佛陀所有的功德;譯者因不能遍譯三義，所以都譯為如來。
【本願功德】
願是願望，本願即菩薩因地所發的弘願。修學佛法，以發願為先，發願可說為成佛的根本。
菩薩在因地所發誓願，有通有別，如願成佛道，願度眾生;及「眾生無邊誓願度」等四弘誓願，名為通願，是每一菩薩都如此發的。
阿彌陀佛在因地中發四十八願，藥師佛因地的十二大願，便是別願。在這裡別以為發願多，功德就大，發願少，功德就小;要知道諸佛願力，是平等的。願是凡夫趨證佛果的動力，若無願，便什麼也不得成。不獨修學大乘法門，即學小乘法，無願也同樣不能成就。
所以修學菩薩，首先必須立定志願，然後從願起行，依行得證。阿彌陀佛和藥師佛在菩薩因地，發廣大願;行到目的地時，願也就圓滿成就了。
《藥師琉璃光如來本願功德經》的經題，但說本願功德，而經里卻說到廣大行，可見行是實踐志願的心要。我們每天都要發願，但大都發願而不能付諸實行，所以不能實現學佛──自利利人的目的。
【功德】
功德，不僅僅是在寺院裡做些佛事。功是功力，如行布施、持戒、忍辱、禮佛、坐禪等。
功，是指要有一番功力。德，即是得，修行而得成績，做一分得一分，名為功德。依本願去實踐，所成就的功德，稱為本願功德。