一、來源與功效
漢地佛教徒早晚課誦十小咒中的〈藥師灌頂真言〉，是藥師琉璃光如來的根本咒，常被簡稱為〈藥師咒〉。它是佛教徒經常誦持的幾個咒語之一，尤其是在有病苦時。
據《藥師經》記載，誦持此經咒的功效有二：
一、聞說藥師名號即得滅罪往生。
二、修藥師法及持藥師咒，可除病離苦。
因此藥師法與咒在漢地、日、韓、西藏等地相當盛行。
一般通行於中、日、韓地區的漢譯《藥師經》，是玄奘譯於650年的《藥師琉璃光如來本願功德經》。該經原無咒語，但通行的所謂玄奘本可見有Me述藥師咒的誦出因緣、咒文、持咒法及功效的經文;這應該是後人參照義淨譯本，從中摘錄添加到玄奘本而成的。茲摘錄此段要點如下：
「……彼藥師琉璃光如來得菩提時，……說此咒已，大地震動，放大光明，一切眾生，病苦皆除，受安隱樂。……應當一心，為彼病人，常清淨澡漱，或食、或藥、或無蟲水，咒一百八遍，與彼服食，所有病苦，悉皆消滅。若有所求，至心念誦，皆得如是;無病延年;命終之後，生彼世界，……如是便蒙諸佛護念，所求願滿，乃至菩提。」
二、持法
由上文可知此咒的持法為：對食物、藥、或水持咒一百零八遍，再讓病人服食。當然，「常清淨澡漱」的基本醫療處置，也是必要條件之一。其功效如上經文所述為：除病離苦，所求皆得。
《藥師咒》解讀與結構解析
依文字的有無意義，咒語可分為：1.全有文字意義、2.全無文字意義、3.混合型等三種。藥師咒每個字皆有清楚意涵，我覺得了解咒語意義有助於學習與記憶，因此雖知咒語不譯屬所謂五不翻原則，但仍解釋其意。
藥師咒有大咒與小咒之分，或稱長咒與短咒，又名根本咒與心咒。茲將藥師根本咒分成下列五部份，並逐句解釋其意。
(1)歸敬呼請文
(2)即說咒曰
(3)咒語主文
(4)祈願祝禱文
(5)結語
《藥師咒》分段逐字解析
(1)歸敬呼請文：
在禮敬世尊之後，以藥師佛的全名「藥師琉璃光王如來.應供.正等覺」來禮敬藥師佛，做為歸敬呼請文。
簡易羅馬拼音：
1.namobagavatebaisajya-guru-vaidurya-praba-rajayatatagatayaarhatesamyaksambudaya2.tadyata
傳統漢字音譯：
1.南謨薄伽伐帝鞞殺社窶嚕薜琉璃b憹vC喝囉闍也怛他揭多也阿囉喝帝三藐三勃陀耶2.怛侄他
簡易漢字音譯：
1.那摩拔軋哇貼百沙加姑魯外丟里牙普拉巴拉夾牙塌塌軋塌牙阿爾哈貼三藐客三菩達牙2.塌地牙踏
咒語漢語翻譯：
1.禮敬世尊.藥師琉璃光王如來.應供.正等覺!2.即說咒曰：
南謨(namo)是南無，禮敬、歸命之意;薄伽伐帝(bhagavate)是世尊;合起來是：禮敬世尊。
鞞殺社(bhaisajye)是藥;窶嚕(guru)是師;薜琉璃(vaidurya)常簡稱為琉璃;b憹vC(prabha)是光;喝囉闍也(rajaya)來自raja，是王;ya是梵文與格字尾，表示禮敬的對象，合起來是：藥師琉璃光王。
怛他揭多也(tathagataya)來自tathagata，是如來;阿囉喝帝(arhate)來自arhat，為應供或阿羅漢。三藐三勃陀耶(samyaksambuddhaya)為正等覺、正等覺者之意，英文為onewhohasattainedtocompleteenlightenment。合起來是：如來.應供.正等覺;為常見的如來稱號。
(2)即說咒曰：
「怛侄他(tadyatha)」是咒語的重要分水嶺，在型式完整的咒語中，此句之前為歸敬呼請文，之後是咒語的中心內容;意思是即說咒曰，英文常譯為Itrunslikethis。
簡易羅馬拼音：3.ombaisajyebaisajye4.baisajyasamudgate5.svaha
傳統漢字音譯：3.唵鞞殺逝鞞殺逝4.鞞殺社三沒揭帝5.莎婆訶
簡易漢字音譯：3.唵百沙傑百沙傑4.百沙加三木的軋貼5.刷哈
咒語漢語翻譯：：3.唵!藥!藥!4.藥生起來!5.刷哈!
(3)咒語主文：
唵(om)是咒語中心內容常見的起始句。鞞殺逝(bhaisajye，百沙傑)來自bhaisajya，藥之意。咒語用字精簡，往往只是幾個單字，幾乎不用完整的句子。
(4)祈願祝禱文：
在咒語主文及結語間，常會有一段祈求本咒成就的祈願祝禱文。本咒此段可說是「祈求生起能解除眾生病痛的藥」之意。
鞞殺社(bhaisajya)是藥，三沒揭帝(samudgate)來自samudgata，出生、出現、成就之意;英文為risenup,comeforth,appeared,begun等意。
梵文屬印歐語系，用英文比用中文易解讀。三沒揭帝(samudgate)的字源是sam+ud+√gaj(gate)。sam的英文是together;ud是up;gaj是go之意，而梵文gate為英文的gone，因此samudgate的英文為goneuptogether或risenuptogether之意。細心的讀者也許會想起心經的咒語中也有sam與gate，即波羅僧揭諦(para+sam+gate)。各種咒語用字常相同，多學幾個咒語就會發現學習梵文咒語並不難，因多半的字都通用而易認得。
(5)結語：
莎婆訶(svaha)是咒語最常見的結尾語。有吉祥、成就之意。
《藥師心咒》解讀與結構解析
(1)漢傳心咒
藥師咒有大咒、小咒之分;大咒就是上文所說的咒語全文。小咒即心咒，其內容在漢、藏、日各有不同說法：漢地流通者，即上述咒語主文「唵」之後的部份：「唵!鞞殺逝，鞞殺逝，鞞殺社，三沒揭帝，莎訶!ombhaisajyebhaisajyebhaisajyasamudgatesvaha」(意為：唵!藥!藥!藥生起來!刷哈!)。
(2)藏傳心咒
藏傳的〈藥師小咒〉類似漢傳的用法，但咒文較長，且依傳承尚有長短之分，長的為：tadyathaombhaisajyebhaisajyemahabhaisajyebhaisajyerajasamudgatesvaha，意為：唵!藥!藥!大藥!藥王!生起來!刷哈!可見咒文有四次的bhaisajye。短的則少了一次，即少了raja之前的bhaisajye，而只有三次，亦即將「大藥、藥王」並稱為「大藥王」。流通的音樂帶以三次的較常見。
通行藏傳發音與梵文念法不同，其心咒念成deyataombekanjebekanjemahabekanjerajasamudgatesoha。不同之處在deyata,bekanje與soha。藏傳何以如是發音的理由，我留在下幾期的藏傳阿彌陀小咒一文中再談。
(3)日傳心咒
小咒的另一種說法是日本東密、台密的習慣用法，他們的〈藥師小咒〉是根據唐.阿地瞿多所譯《陀羅尼集經》卷二，或金剛智所譯《藥師如來觀行儀軌法》等所記之〈藥師琉璃光佛印咒〉。咒文為：「唵!呼嚧，呼嚧，戰馱利，摩橙只，莎訶!omhuruhurucandalimatangisvaha」。另據田久保周譽的研究，小咒還有：「唵戰馱只哩娑婆呵!omcanda-girisvaha」，它的出處是《大正藏》924A、B的《藥師如來念誦儀軌》。
《東西方淨土咒》解析
太虛大師在《藥師經講記》中說：此經的二大功效為：(一)拔除一切業障。(二)十二神將饒益有情;是故此經亦名《十二神將饒益有情經》。
太虛大師所說的「拔除一切業障」，讓人想起前幾期介紹過的，俗名為〈往生咒〉，原名為〈拔一切業障根本得生淨土神咒〉的西方淨土阿彌陀佛咒，其與俗名〈藥師咒〉的東方淨土藥師琉璃光如來咒，有相當類似的名稱及功效。
知名佛教學者藍吉富教授曾在拙著《往生咒研究》序文中指出：「相對於阿彌陀佛西方淨土世界的來生效益，東方藥師琉璃光淨土較強調現世效益。我也覺得多數眾生皆希望現世得安樂，而較不寄望虛無飄渺的來世。」由此不難了解何以藥師法與藥師咒盛行於漢、藏、韓、日等地。隨著高齡化社會的形成，與人類破壞環境所造成的大自然反撲，相信藥師咒在將來會更盛行。