蕅益祖師五十六歲，這一年臥病靈峰，整個夏天，大病發作兩次。發病當頭，即使是酷暑三伏天，身子冷到要裹上幾條棉被。分分秒秒的痛烈，跟在地獄裡上刀山一般。平常人一夜到天明，不過是眼睛一閉一合而已，蕅祖卻是像一小劫那般漫長。病到極處時，七天七夜，不能坐，不能臥，不能吃，不能喝，醫療藥方全用不上力。
蕅祖病到百苦煎熬，不怨天，不尤人，更不疑因果。在枕榻上輾轉，一心「懺罪何殊囚伏辜」，多生多劫的業緣，一條條地以病苦示現，叢叢簇簇地蜂湧而來，自己有如階下待罪的囚徒。平常人病到這個田地，只能癱瘓任人宰割的份了，還能指望什麼?這時的蕅祖，唯有「痛哭稱佛菩薩名字，求生淨土」而已，拼力念出的佛號，可不是無病無痛人念的不痛不癢佛號，而是「稱名不異兒號乳」，如嗷嗷待哺的孩子，餓到拚命哭號，要慈母聽得見，快來餵奶止飢。
病到「身經九死渾亡力」的關頭，蕅祖多年來在心性上的禪定力量以及文字功用，似乎使不上力。平素傷心法運垂危，誓作佛門孤臣，力挽狂瀾於不墜，病到「皮纏骨」之際，從前多少痴夢消了，百年閒活計也破了。
此刻只有「歸命大慈父，早出娑婆關」，把握最後一口氣，「薦取寶池春富樂，從茲貧與病俱除」。一生損己利人，人未必利，到頭來是自己大受其害，所以蕅祖不免有「名字位中真佛眼，未知畢竟付何人」的悵然。眼下若沒有「樂邦慈父願」可以依憑，沒有「六八願王恆攝取」，沒有「六字洪名真法界」消褪病苦，那這一生真是沒個人依怙了。
人間畢竟不是無間地獄，這一年蕅祖雖然為病所苦，期間還是有「暫停暫去」的病閒時光。大病過後，宛如死囚突逢大赦，那分輕爽非外人所能體味。蕅祖自知命光不再來，利用病閒的空檔，放下萬緣，提起佛號。病後的佛號，念來句句分明，蕅祖記下當時的念佛情形：
久向阿彌誓力深，浮生無奈染相侵;聞聲見色多忘念，計後思前轉昧心。
痛極色聲緣自斷，病危前後影方沈;孤明六字全提出，百獸群中師子音。
嘗盡病苦的燒痛，什麼色聲香味都忘了，什麼身前身後的妄想也管不了了，現在是「色聲自斷，幻影方沉」，心裡只有一句六字洪名。南-無-阿-彌-陀-佛，每個字孤孤單單，每一句明明白白，不臃腫，不含糊;六個字，也不增，也不減，一字不漏地提出來。念來氣若遊絲，卻是「百獸群中師子音」，字字重如千鈞，聲聲好似獅子吼，百獸一聞此音，肝膽俱裂。
乙未年元旦，爆竹聲傳到了靈峰幽谷，蕅祖在病卻輕利中，坐看人間新年的來到，還發了一個願：「課續三時接蓮漏，論開百部擬天親」，一天三時念佛功課不斷，要向「千部論主」天親菩薩看齊，繼續註疏經論。祖師是何等人也，焉能不知自己就要與法藏菩薩同行了，不久就要進入選佛場，與佛同歸圓覺了。遠近法侶們，到時候請勤來相助!一生修學所得，在同仁道友前面，蕅祖無絲毫的隱藏吝惜，盼望「諸仁應信吾無隱，快與高賢繼宿盟」，唯有大家同生極樂，方能再續舊盟。
過完了元宵燈節，正月二十日，蕅祖大病復發。二十一日午時，一代祖師趺坐繩床角，向西舉手而逝。