在念佛的過程當中伴隨著煩惱習氣，這是正常現象。所述越念佛煩惱妄念越多很正常，不念佛時煩惱妄念也很多，只是未能察覺而已。通過念佛才知道有這麼多的煩惱妄念，這是用功初步得力的表現。
如何對治這些煩惱呢?
首先得分析自己哪方面的煩惱最重，擒賊先擒王，對準最重的煩惱加以對治。一般來說，貪、瞋、痴、慢、疑是五種根本煩惱。
貪，貪，就是淫慾心，欲界眾生最重的煩惱，乃輪迴之根本，不加以降伏淡化，便會障道。持名念佛單刀直入，以名號內具的清淨光降伏淫慾污染心。當貪慾煩惱洶湧時，趕緊靜心自念自聽六字洪名，欲心煩惱就會減輕其強度直至被清淨光化解。同時亦配之於種種觀想，如不淨觀、死想、如母如妹想等，念佛與觀想雙管齊下，立見奇效，宜於煩惱境中時習之。
嗔，瞋恨心來自人我的對峙，宜以同體慈悲來對治。阿彌陀佛名號內具歡喜光，正是對治瞋恨的一帖良藥。要以同體的慈心等視一切眾生，如父如母，多生多劫互為六親眷屬，孝悌愛敬，惟恐不及，何可放縱恚恨，傷害對方呢?念佛人要有柔軟的慈心，這是成佛的種子，宜應善護念。
痴，愚痴是不了解事情的前因後果、不相信因緣果報，所以要觀察諸法緣起的事理。至誠念佛，佛號中內具的智慧光，正是對治愚痴的。愚痴黑暗的內心有著佛號光明的注入，如同千年暗室一燈照亮，是故念佛能開啟智慧，有智慧光明便自然沒有愚痴黑暗了。
慢，其次是與生俱來的貢高我慢，這是極為障道的。我慢高山，不留法水。淨業行人要卑以自牧，要生慚愧心。六字洪名內具的平等覺能對治驕慢的煩惱。
疑，最後是懷疑的煩惱，這在淨土法門來看，是「罪本」，有懷疑，就不會產生信心。隨著眾生的慧淺障深，疑根會更加堅固。環顧現代，眾生普遍都有懷疑的心理。從整個社會的道德來看，這是一個誠信度極為低落的時代，人與人之間豎起一道懷疑的高牆，加上所謂的科學懷疑精神，實在對淨土這一超然存在的信心樹立了強固的屏障。
《無量壽經》講，「人有信慧難」，真實不虛。對此，吾人宜以謙卑的心態，首先仰信佛言祖語，依教奉行，持戒念佛，漸次心地開朗，融化疑結，方可從仰信契入智信。另外，多看《淨土聖賢錄》以及淨宗祖師的著作，聽聞淨土經論，時時薰習，慢慢深植信根。在這個五濁惡世，真信淨土，老實念佛者，堪稱人中白蓮華，要自珍、自重、自勉。