阿賴耶識與第六意識完全是兩碼事。第六意識是自主的，我要思考什麼問題、我想要怎麼樣——這些都是第六意識主管的。當然我們也可以反省到阿賴耶識。阿賴耶識與現代心理學講的「無意識」有相似之處。但是，我們一般人看不見它，只有聖者才能看見。但它起著最重要的作用。
我們的意識是能自主的，是有自我意識的；阿賴耶識完全沒有自我意識，它就是一個機器，一個心靈電腦。它在我們心靈的底層，默默地做著處理信息、儲藏信息的工作。它是無情的，我們的第六意識是有情的——我們想要達到什麼目的，怎麼去做。但是，阿賴耶識不是這樣。它就像一個機器一樣，第六意識儲藏了什麼，它就保存了。保存以後，它就會很公正地按照因果律處理。
比如說我們想要發財，這是第六意識管的。想要發財的這個願望阿賴耶識儲藏了，只能說使你以後繼續保持著想要發財的心愿。但能不能發財，第六意識也不能保證，阿賴耶識更不能保證。它只能是按照你的所作所為處理你的信息，如果你的所作所為符合於發財的規律——佛教講發財是布施的果報，它處理這個果報，將來到一定的時候，它就會處理成能夠發財。如果你沒有能夠按照發財的規律，沒有布施的福報，不管第六意識怎麼想發財，阿賴耶識也處理不出能夠使你實際發財的結果。所以說它完全是無私的，很客觀、很公正的一個機器。就是我們看不到它，但是它又能決定我們的思想，能決定我們的感情。最能決定的就是一些我們不由自主的事情。
比如說在年青的時候愛上一個人是不由自主的。誰管的呢？阿賴耶識管的。因為你的阿賴耶識中有你現在必須要愛上那個人的種子，所以，這是一種業報。你要跟哪一個人結婚，多一半也是不大自主的。一般人反省到這個事情的時候都是糊裡糊塗，覺得好像沒有什麼規律可尋，也不是自主的。還有其他一些事情，比如說你碰到一些事情要發脾氣，發脾氣的根源在哪兒呢？必須要有一個因、一個緣。別人觸怒了你，這僅僅是一個外在的緣。光憑一個外在的緣，是不可能發脾氣的，它必須要有一個內在的種子，這個種子就在阿賴耶識里。各人的種子不一樣，有些人阿賴耶識里的種子在處理這種事情的時候，就不發脾氣，有些人不由自主就要發脾氣。凡是不由自主的東西都屬於阿賴耶識。