為證三昧普陀閉關，誦經持咒虔修六年。
光緒二十三年（1897年）丁酉夏，（普陀山）法雨寺大眾一再堅請大師講經，大師推辭不掉，就為大家講了一座《佛說阿彌陀經要解便蒙鈔》。《便蒙鈔》是清代紅螺山資福寺達默法師在道光十七年己亥（1837年）於武漢寶通寺編寫的，他在自序中介紹他曾講《彌陀要解》十有餘座：「於己亥歲結夏武昌寶通寺，共二三蓮友敷揚此解，隨解隨錄，次後漸集成帙。」至於首次出版流通，可能是在道光末年（三十年，1850年），見當時資福寺方丈淨業蓮村氏的序言。達默法師以《彌陀要解》文深理奧、不便童蒙，所以按照天台教理逐條著鈔，使初學之士易於進步。印光大師這次講經，就選擇《便蒙鈔》來講。
大師講完《便蒙鈔》後，就在寶珠殿一側的關房閉關專修念佛。大師不是講經的法師，大概講經的人也需要相應的身體素質，大師小時候害過眼病，如果說話過多，眼睛就發紅而難以看字，這是大師所示現不講經的一個重要原因。更重要的原因在於，大師以淨土為宗，淨土宗的道風在實行而不在講說。以言教者訟，如果沒有實證的功夫，你說得就算有道理，別人也不一定聽從，還會腹誹。以身教者從，如果你首先做到了，再去教別人，別人就會遵從。因此，大師把主要精力放在實修念佛上。
閉關是佛教的一種修持方式，指閉門謝客而隱居修行。大師修淨土宗，閉的是淨土關。閉關者或者閱藏研教，或者專修一門，根據各人預期的目標而有所不同。期限也不一定，有幾個月的，也有數年的。閉關期間以不出關房為原則，因此關房外須有人護持飲食、醫護等事，稱為護關。閉關先制身一處，進一步制心一處。佛經上說：「制心一處，無事不辦。」大師閉關的期限定為三年，護關侍者是融明法師。一座寺院有法師發心閉關修行是寺院的一件大事，往往要舉行很隆重的閉關儀式，由方丈帶領全體僧眾到大殿禮佛後，送閉關者入關，等閉關圓滿結束時，方丈再帶領大眾迎接閉關者出關。
印光大師這次閉關如何修行，沒有留下記載，不敢妄測。這裡引用大師復明心師書，從大師對明心法師閉關指導中可以看出大師閉關的經驗：「閉關專修淨業，當以念佛為正行。早課仍照常念楞嚴、大悲、十小咒。如《楞嚴咒》不熟，不妨日日看本子念，及至熟極再背念。晚課《彌陀經》，大懺悔、蒙山亦須日日常念。此外念佛宜從朝至暮，行住坐臥常念。又立一規矩，朝念一次，未念前拜若干拜。（先拜本師釋迦牟尼佛三拜，次拜阿彌陀佛若干拜，再拜觀音勢至清淨大海眾各三拜，再拜常住十方一切諸佛、一切尊法、一切賢聖僧三拜。）念佛或一千聲，或多或少，念畢再拜若干拜，午前一次，午後一次。再歇一刻，做晚課。初夜念蒙山，後念佛若干聲，拜若干拜，發願回向，三皈依後，心中默念佛號養息。臥時只許心中默念，不可出聲；出聲則傷氣，久則成病。雖是睡覺，心仍常存恭敬。只求心不外馳，念念與佛號相應。若或心起雜念，即時攝心虔念，雜念即滅。切不可瞎打妄想，想得神通、得緣法、得名譽，想興寺廟，若有此種念頭，久久必至著魔。若不與汝說破，恐汝以此為好念頭，妄想日日增長，必定著魔無疑。縱令心淨妄伏，亦不可心生歡喜、對人自誇。有一分就說有十分，此亦著魔之根。……入關儀式亦無定章，總以至誠恭敬為主。要在先日禮佛，陳己志願。當日大殿禮佛，至關房令護關人鎖門。門上只貼『不慧明心，發心閉關，專修淨業，普為自他，懺除宿咎，增長善根』，作兩行寫於一紙上，貼於門正中上節。不必學不懂事的人，用三叉封皮寫封條，俗鄙之極。日期自擇，亦不可請人封關。此種都是擺空架子，光極不以為然。」
印光大師1897年閉關，到1900年第一期三年閉關結束後，護關侍者融明法師回了家鄉，大師給他寫了一封信，囑咐他要親近淨土道場和淨業知識，以免在與俗人的來往中忘掉了念佛求生淨土的大事，要做到「當時時努力，若能念念在道，隨忙隨閒不離彌陀名號，順境逆境不忘往生西方，便可於父母之邦隨緣常住」，又說：「諦法師專修淨業，予料其必得大利益。以彼撐持道場種種心皆死盡無餘，念佛之心又懇切之極。恐彼深得三昧，我尚未能一心，他日何顏見彼？故當仁不讓，又欲閉關。」於是，大師從1900年到1903年，又繼續閉關三年。
大師的長期閱藏和閉關專修念佛，實證念佛三昧，為民國建立後出世弘揚淨土打下了堅實的基礎。