藥師佛所設淨土為東方淨琉璃世界，大地純以琉璃所鋪，毫無塵埃，道路又以金繩分界，城牆、宮殿、樓台都以七寶(金、銀、琉璃、玻璃、硨磲、赤珠、瑪瑙)所作而成，清淨莊嚴，殊妙無比。慈悲接引無量無邊苦難眾生，往生藥師佛國，離苦得樂，聞法修行。
藥師佛能消滅災難，綿延壽命，所以也常被世人尊稱為「消災延壽藥師佛」。但其真正的佛號是「藥師琉璃光如來」，佛國有二大菩薩，一名為日光遍照菩薩，一名為月光遍照菩薩，護持佛法，與藥師如來佛並稱為「東方三聖」。世人慾求消災延壽，健康平安，可至心持念「南無消災延壽藥師佛」或「南無藥師如來佛」，必蒙慈佑。
藥師如來十二大願：
第一大願：願我來世成佛時，自身能放大光明照耀無量無數無邊世界。
第二大願：願我來世成佛時，身如琉璃晶瑩透徹，毫無瑕疵與垢穢，光明普照幽冥苦惱眾生，使他們蒙受利益，開曉智慧。
第三大願：願我來世成佛時，要以無量無邊智慧方便，使一切有情眾生受用不盡。
第四大願：願我來世成佛時，若有眾生行於邪道，使他早日皈向正道;若有修道者行於小乘法，使他早日皈向大乘，普渡眾生永不退轉。
第五大願：願我來世成佛時，若有無量無邊眾生，在修行之中不小心冒犯戒律，只要聽聞藥師如來佛的名號，即得清淨，不必因犯戒而墮入惡道之中。
第六大願：願我來世成佛時，若有眾生病苦纏身，只要聽聞藥師如來佛的名號，進而至心持念南無藥師如來佛，便能使病痛轉輕，病苦消除。
第七大願：願我來世成佛時，若者眾生流浪他鄉，身患重病，尋親不著，無錢就醫，只要聽聞藥師如來佛名號，更至心稱念南無藥師如來佛，不但重病漸消，更能早日尋到親人。
第八大願：願我來世成佛時，若有眾生對於自己的身相未盡滿意，只要聽聞藥師佛名號，更至心稱念南無藥師如來佛，來生轉世即得丈夫身，福德智慧具足。
第九大願：願我來世成佛時，若有眾生墮入邪魔惡道，當引導他們早日脫離魔窟，轉修菩薩道，早日證得無上正等正覺之佛位。
第十大願：願我來世成佛時，若有眾生冤枉被判犯罪，受盡侮辱欺凌，只要聽聞藥師佛名號，進而至心持念南無藥師如來佛，能使冤枉漸漸化解，苦難消除。
第十一大願：願我來世成佛時，若有眾生在饑渴難耐下，為求飲食，而造下種種惡業，只要聽聞藥師佛名號，至心持念南無藥師如來佛，當能早日得到貴人之助，得到飲食，不再有饑渴之苦。
第十二大願：願我來世成佛時，若有眾生因為貧窮，無衣可穿，無棉被可蓋，無蚊帳可掛，只要聽聞藥師佛的名號，及至心持念南無藥師如來佛，即能早日遇著貴人，得到衣服、棉被、蚊帳過著安適的生活。
以上是藥師如來佛的十二大願，這只是大略的述說而已，因為凡是由菩薩道中修成佛果，都必須具備慈悲喜舍，博濟眾生，弘慈大願。因此佛的慈悲是無限大的，佛的願力也是無限大的。
眾生病痛可持藥師陀羅尼，大陀羅尼即是總持一切法、一切功德，消滅一切罪惡、一切業障。釋迦牟尼佛在《藥師琉璃光如來本願功德經》中有詳細敘述。
藥師咒(藥師灌頂真言)：
南謨薄伽伐帝(nā mó bó qié fá dì)。鞞殺社(pí shā shè)。窶嚕薛琉璃(jù lǔ bì liú lí)。缽喇婆(bō lá pó)。喝囉闍也(hé là shé yě)。怛他揭多也(dá tuō jiē duō yě)。阿囉喝帝(ā là hē dì)。三藐三勃陀耶(sān miǎo sān bó tuó yě)。怛侄他(dá zhí tuō)。唵(ōng)。鞞殺逝(pí shā shì)。鞞殺逝(pí shā shì)。鞞殺社(pí shā shè)。三沒揭帝莎訶(sān mó jiē dì suō hē)。
凡是想為親友消災、延壽、治病，首先必須洗澡嗽口，一心虔誠，然後將病人要服的湯藥或開水，放在持咒之人的前面，然後持大陀羅尼咒文一百零八遍，再給病人服用，可減輕病人疼痛，甚至病苦消除。
藥師法門儀規：
藥師淨土修持課儀，分為七門。其中，禮敬、讚嘆、供養、回向、發願，必須行之;誦經、持名、持咒，可隨己意，或惟修二法，或僅修一法，皆可。
一、禮敬
十方三寶一拜，或分禮佛、法、僧三拜。本師釋迦牟尼佛一拜，藥師琉璃光如來三拜。此外若欲多拜，或兼禮敬其他佛菩薩者，隨己意增加。禮敬之時，須至誠恭敬，緩緩拜起，萬不可匆忙，寧可少拜，不可草率。
二、讚嘆
禮敬既畢，於佛前長跪合掌，唱贊偈云：「歸命滿月界，淨妙琉璃尊，法藥救人天，因中十二願，慈悲弘誓廣，願度諸含生，我今申讚揚，志心頭面禮。」上贊偈出《藥師如來消災除難念誦儀軌》，唱贊之時，聲宜遲緩，宜莊重。
三、供養
讚嘆既畢，於佛前長跪合掌，唱供養偈云：「願此香花雲，遍滿十方界，一一諸佛土，無量香莊嚴，具足菩薩道，成就如來香。」供養畢，或隨己意增誦《懺悔文》，或可略之。
四、誦經
字音不可訛誤，宜詳考之。誦經時，或跪或立，或坐或經行，皆可。
五、持名
先唱贊偈云：「藥師如來琉璃光，焰網莊嚴無等倫，無邊行願利有情，各遂所求皆不退。」續雲「南無東方淨琉璃世界藥師琉璃光如來」，以後即持念「藥師琉璃光如來」名號一百八遍，若欲多念者隨意。
六、持咒
或據經中譯音持念，或別依師學梵文原音持念，皆可。或念全咒一百八遍;或先念全咒七遍，繼念心咒一百八遍，後復念全咒七遍。心咒者，即是咒中唵字以下之文(唵。鞞殺逝。鞞殺逝。鞞殺社。三沒揭帝莎訶)。未經密宗阿闍黎傳授，不可結手印，擅結者有大罪。持咒時，不宜大聲，惟令自己耳中得聞。持咒時，以坐為正式，或經行亦可。
七、回向發願
回向與發願大同，故今並舉。其稍異者，回向須先修功德，再以此功德回向，惟願如何云云。若先未作功德者，僅可雲發願也。回向發願，為修持者最切要之事。若不回向，則前所修之功德無所歸趣。今修持藥師如來法門者，回向之願各隨己意。凡《藥師經》中所載者皆可發之，應詳閱經文，自適其宜可耳。以上所述之修持課儀，每日行一次或二次三次。必須至心誠懇，未可潦草塞責。印光老法師云：「有一分恭敬，得一分利益;有十分恭敬，得十分利益。」吾人修持藥師如來法門者，應深味斯言，以自求多福也。