佛教開示淨土法門，告訴我們大千世界中有許許多多佛土，但特別提倡兩處：一是在我們這個世界以西，稱西方極樂淨土;一是在我們這個世界以東，稱東方琉璃淨土。西方淨土的教主阿彌陀佛，在因地發了四十八大願，令眾生來世往生極樂;而東方淨土的藥師如來，在因地發了十二大願，更為重視人生的現世快樂。所以在佛教徒中自然形成這樣一種觀念：往生西方念阿彌陀佛，消災延壽念藥師如來。
西方淨土的弘揚，一向為教界所重視，相關典籍可謂汗牛充棟;而東方藥師法門卻鮮少有人提倡，這方面的著述更寥寥無幾。這一現象也使得社會對佛教產生了諸多誤會，認為信佛但求來世快樂而不重視現世的人生，甚至認為佛教乃逃避現實的宗教。近代佛教領袖太虛大師為改變人們這種錯誤認識，曾大力提倡人間佛教，並親自講解過《藥師經》，認為可以依藥師法門創建人間淨土。所以說，藥師法門的弘揚是很有現實意義的。
一、藥師誓願
推動有情流轉生死的力量有業力和願力兩種。眾生因業力而在六道輪迴，聖賢則依願力而成佛作祖。因此，想成就佛道首先要發願。說到願力，人們都會想到四弘誓願，但這只是一切菩薩的通願，每位菩薩還有自己的別願，東方琉璃世界教主藥師如來，在因地時曾發了十二大願。
第一生佛平等願：成佛時，願自身光明照耀無邊世界，具三十二相，八十種隨形好，一切有情與我無異。
第二開曉事業願：成佛時，願身如琉璃放大光明，開曉幽冥眾生，作諸事業。
第三無盡資生願：成佛時，願能以無邊智慧方便，令眾生受用無盡，永無乏少。
第四安立大道願：成佛時，願邪道者安立正道，小乘轉大乘。
第五戒行清淨願：成佛時，願一切有情與我法中修行，具三聚淨;既使違犯，聞我名號還能清淨。
第六諸根具足願：成佛時，願身體下劣、諸根不具、盲聾喑?種種疾病有情，聞我名已，端正黠慧，諸根完具，無有病苦。
第七身心康樂願：成佛時，願身患重病有情，聞我名已，健康富樂乃至成佛。
第八轉女成男願：成佛時，願厭惡女身有情，聞我名已，轉成男身，具大丈夫相。
第九回邪歸正願：成佛時，願有情離外道魔網，出惡見稠林，修菩薩道乃至成佛。
第十從縛得脫願：成佛時，願為王法制裁，身心受苦有情，聞我名已，痛苦解脫。
第十一得妙飲食願：成佛時，願食心渴所逼有情，聞我名已，先得美食後餐法味。
第十二得妙衣具願：成佛時，願寒冷無衣有情，聞我名已，先得上妙衣服，後具種種莊嚴具。
十二大願體現了藥師如來的慈悲和偉大。他給予眾生所需要的一切：衣食、健康、娛樂、教育乃至未來的幸福。十二大願與彌陀四十八願顯然不同：彌陀願力是成就極樂國土的莊嚴殊勝，願眾生往生彼國;藥師願力則從有情現世利益出發，貧困的給予衣食，缺陷的令其完善，病患的加以救治，苦痛的施以安樂，邪道的引入正道，墮落的使其超升，從而令人類達到和樂生存的境地，難怪眾生有困難之時總要念藥師如來。
二、消災免難
人活著總希望能平平安安的過日子，可有時難免出現災難：比如大自然的水災、火災、風災、地震、人為的戰爭、野獸的侵犯，以及來自幽冥的橫禍，種種不詳和災難給人類帶來了無盡的痛苦，此時，我們倘若能一心稱藥師如來名號，祈求藥師如來的加被，就能消災免難，逢凶化吉。
1、救國土難：一個國家會面臨種種災難，諸如瘟疫流行、敵國侵逼、國內叛亂、星宿變怪、非時風雨、過時不雨等等。此時，只要大家齊心協力地誦念藥師如來名號，建立藥師法會，由此善根和藥師如來的本願力量，就能使國家安寧，風調雨順，谷稼成熟，一切惡相都不顯現。
2、百怪出現難：有人夢中看到種種惡相，或有不詳的怪鳥突然聚集到家中，或者在房屋的住處出現巨響，驟然發生這些不詳的預兆，一定會讓我們忐忑不安。此時如果以眾妙資具恭敬供養藥師如來，惡夢惡相及諸不詳物都能隱沒。
3、一切怖畏難：當水災、刀毒、懸險、惡象、獅子、虎狼、熊羆、毒蛇、蜈蚣、蚰蜒等怖畏現象出現在面前時，如能憶念藥師如來並恭敬供養，一切怖畏都能解脫。
4、女人生產難：女人在臨產時要遭受極大苦痛，如能至心稱念藥師如來句號，禮讚供養，眾苦都能消除，而所生的孩子也能身分具足，相貌端正，見者歡喜，聰明伶俐，安隱少病，無有非人奪其精氣。
人世間的災難都是我們的業力所感，業有共業和不共業。共業是大家都能感受到的，如自然災害所帶來的痛苦;不共業則是唯有個人才能感受的。業由心造，然而，心既能造業也能改變業力，當災難將要來臨時，我們如能改變自己的心態，真誠懺悔，去惡修善，同時至心誦念藥師如來名號，依彼如來本願和功德的力量，就能消災免難;如果三業依然故我，既使誦念供養藥師如來，也是沒有用的。
三、除病延壽
健康長壽是人人都希望的，但伴隨色身而來的生老病死任何人都不能倖免。有病就不能健康的生活，就面臨著死亡的威脅。面對這一切，我們該怎麼辦?求醫吃藥是一方面，但醫藥治病的能力非常有限，世上許多疑難雜症至今沒有妥善的解決之道，連最高明的醫生也束手無策。此時，我們就應該祈求藥師如來的加持，認真修習藥師法門。
1、持咒治病：咒語是諸佛的秘密語言，有不可思議的力量。經曰：藥師如來為解除一切眾生痛苦，入「除滅一切眾生苦惱」三摩地，於肉髻中出大光明，光中宣說神咒。如果有人病了，在病人服用的藥食或淨水中，咒一百八遍，給病人服食，病患自然消除;而經常虔誠誦念此咒，還能免除種種病患，獲得健康長壽的果報。
2、修延壽法：雖然人都有一死，但有人壽終正寢，有人意外橫死，所謂橫死是指那些因為特殊因緣而慘遭死亡的人。經中略舉了九種：一、有病不得治療或者治療失誤，病患一天天嚴重，終於導致死亡;二、被王法誅戮;三、喜歡獵獲鳥獸，賭博淫慾，嗜酒無度，被非人奪精氣死;四、焚死;五、溺死;六、惡獸啖食;七、墮入懸崖山谷;八、被毒藥、咒詛或起屍鬼中傷而死;九、餓死。對於這種種橫死的人，只要色身沒有遭到嚴重破壞，通過修延壽法，可以起死回生，延長壽命。病人生命垂危之時，雖然還臥在病榻上，神識已到閻王所在之處，平生所作業相一一現前。在這危急的時刻，病人的親屬、朋友如能為彼歸依藥師如來，修習藥師法門，經七日乃至四十九天，病人神識就能回到肉體上，如從夢中醒來。
修延壽的儀式：為病者七日七夜受持八分齋戒，辦理飲食資具供養比丘僧，晝夜六時禮拜供養藥師琉璃光如來，讀誦《藥師經》四十九遍，燃四十九燈，造藥師如來形像七軀，一一像前各置七燈，一一燈量如大車輪，乃至四十九日光明不絕，造五色彩幡，長四十九桀手，放雜類眾生四十九種，以此種種功德度過厄難。
也許有人會提出疑問：佛教講因果，講業力，人的一生是由業力決定的，修習藥師法門又是怎麼改變命運?須知佛教雖講業力，但還講緣起，業力是建立在緣起的基礎上。修習藥師法門是通過自己真誠的懺悔和藥師如來的本願力，改變成熟業力的客觀條件，從而使惡業不再現前。
四、具足福德
組成人生幸福有兩大因素：一者福德，一者智慧。一切生命中，唯有佛陀的福智二者都已徹底圓滿，而凡夫眾生總是或多或少有所欠缺。一個人缺少了福德勢必會活得很不自在，諸如事業不順利，所求不能得，這時就有必要修藥師法門。
1、所求皆得：淨信男女供養藥師如來，造立形像，敷清淨座安處之，散種種華，燒種種香，以種種幢幡莊嚴處所;七日七夜，受八分齋戒食清淨食，澡浴香潔，著清淨衣服，對一切眾生起四無量心，利益安樂，念藥師如來本願功德，讀誦《藥師經》，思惟其義，學說開示。此人隨所樂求，諸如長壽、富饒、官位、男女等，一切都能得到。
2、天神護持：受持讀誦《藥師經》，為他人學說開示、書寫、恭敬尊重，以種種華香、塗香、末香、燒香、華鬘、瓔珞、幡蓋、伎樂供養，用五色彩作囊盛之，掃灑淨處，敷設高座而安放四大天王及其眷屬，無量百萬天眾都來供養守護，使得經典流通之處無諸橫死，也不為諸惡鬼神奪其精氣，即使奪了也還得如故，身心安樂。又有十二藥叉大將，在聞佛說《藥師經》後，共同發願，盡形皈依三寶，作護法將，護持修習藥師法門者，使其解脫一切厄難，獲得種種利益。
世間上總是苦多樂少，因為造成人生痛苦的條件很多：有來自現實世界，也有來自幽冥世界。現實的災難有時還可以防備或者躲避;冥冥中的侵犯卻是無法防治的。這就有必要修習藥師法門，取得護法神的護持，以諸佛菩薩及護法的力量去對治來自冥冥之中侵犯，自然是最好的策略。