《大乘起信論》一書言簡意賅，通過「一心二門」的心性學建構，層層展開染淨互薰的流轉與還滅運動，法、報、應三身佛說，以及止觀修習等大乘教義，明顯地表現出對南北朝以來大乘佛教的中觀、瑜伽、如來藏等各家學說，加以吸收融攝，並有意識地超越各家的爭論，融會貫通，曲成無遺。
《起信論》依照《華嚴》、《密嚴》、《勝鬘》、《楞伽》、《涅盤》等佛教如來藏系思想而提煉出心性本覺的學說，為中國佛學的發展開拓了一個新的境地。從佛學內部說，它發展了印度原有的空、有二宗，以染淨同於一心，心性不二，以及一體二面等中國哲學理路，通過體、相、用三大的不二關係，溝通了生滅變化的現象與永恆真理，在世與出世的二面，從而克服了印度空、有二宗的各自局限，也突破並發展了如來藏系學說。《起信論》的思想，以「眾生心」這個概念為主體，主張「眾生心」含攝一切萬法，同時又把心性結合起來，提出「色性即智」，「智性即色」的命題，這樣「眾生心」就具有超越與現實的雙重屬性。
它一方面有高蹈的出世追求，而同時又要內在於一切現實，不異一切現象，保持隨俗人世的情懷。這種出世與人世的二行之理，把超越的天國拉回到人們內在的心靈之中，由高遠走向平實，巧妙地把印度佛學的出世傾向與中國文化的入世精神相結合，在現實中求得超越，通過生滅的現象而「隨順」進入真如的永恆之域，形成一個中國化佛學的圓教體系。
《起信論》不僅初步完成印度佛學與中國哲學的融合，提出一個博大圓融的中國化佛學體系，而且其「一心二門」的心性論結構和心性本覺的思想，也提示了中國華嚴宗、天台宗、禪宗以及宋明理學的基本理路，對近現代中國哲學也產生了深遠影響。
起信論與華嚴宗華
嚴宗組織自己的學說，在很大程度上融攝了《起信論》思想在內。它經過地論、攝論的研討，到《起信論》的出現，再進一步發展而成為中國化佛教學說的一大系統。正如明代德清在《華嚴宗法界緣起綱要》一文中所指出的，「要入華嚴法界，必由此論為入法界之門」。實際上，中國華嚴宗的諸大師，大都是依據《起信論》而創教立義的。
華嚴初祖杜順所著《華嚴五教止觀》一文，就是直引《起信論》「一心二門」的思想來詮釋華嚴的「事理圓融觀」：又沿用《起信論》止觀、悲智不二的學說，提出「止觀雙行，悲智相尊」的思想。主張以「不住空」的大乘菩薩悲願，去攝化眾生。這些思想，到法藏手裏，得以較充分地發揮。
法藏很早就重視《起信論》，曾參照新羅元曉《起信疏》作《起信論義記》與《起信論義記別記》。法藏首先通過判教的方式，把《起信論》判為「終教」。在法藏的判教體系中，「終教」離最究竟的「圓教」只隔一層，是構成「圓教」的基礎。「圓教」講「事事無礙」，乃華嚴極境，必須通過「終教」的理事無礙為中介，所以法藏的華嚴學說，是以《起信論》為根基而有所發展的。法藏又以《起信論》如來藏不變隨緣與隨緣不變二義，來闡發華嚴宗的理事交徹，「一即一切，一切即一」的宗旨。
法藏晚年，主要發揮《起信論》「心性本覺」的思想，提出性體「圓明」，「言海印者，真如本覺」等主張。這些思想，都在其最成熟的《修華嚴奧旨妄盡還源觀》一文中得到體現。
華嚴四祖澄觀也很重視《起信論》，《宋高僧傳·澄觀傳》說他曾在瓦官寺給《起信論》作注，又與法藏學習過元曉的《起信疏》。可見，他的思想也多少受到《起信論》的影響。澄觀注意到《起信論》中的「性覺」說，並把它與禪宗荷澤一系的「靈知之心」結合起來，主張「無住心體，靈知不昧」。他又把《起信論》染淨不離心體的思想，與天台宗的「性具」理論相融會，提出「如來不斷性惡」的思想。
圭峰宗密，是華嚴諸師中貫徹《起信論》最充分的、徹底的。他的心性學說，就是以《起信論》「一心二門」為根據而建立的真心不變隨緣義。他以心為本源，以真如、生滅二門為義，認為「心真如是體，心生滅是相用」。關於真心之體的根本特性，宗密規定為「寂知」，在《圓覺經大疏釋義鈔》卷一之上中說：「寂是知寂，知是寂知。寂是知之自性體，知是寂之自性用。」就是說，寂是心性的根本，知是心性的妙用，強調心性的靈知妙用，顯然是受到《起信論》心性本覺說的影響。宗密把這種「本覺」的思想貫穿於他的判教體系之中。
他認為以《起信論》為代表的性宗，之所以比「破相顯性」的空宗更為圓融，在於空宗只是從心性本體為空寂，局限於性體，而不能運化無窮，下化眾生。而性宗主張「知為真體」，「照明為性」，則可以貫通一切現象，依據真體而又能融於事理，把本體與現象，理與事，超越的天國與世俗的生活打成一片。可見，宗密的宗旨，是力圖用《起信論》來發展華嚴理事無礙的圓融理論。
法藏、宗密主要以《起信論》來結合華嚴宗理事無礙的學說，到了宋代的長水子璿，則通過對《起信論》的綿密注釋，強調以《起信論》真如緣起說作為華嚴事事無礙理論的依據。在其《起信論疏筆削記》一書中說：「故知真如隨緣，是彼事事無礙之由，故得攝也。」中國華嚴宗推崇《起信論》的風氣一直沿續到近代，如近代居士佛教的一代宗師楊仁山，教宗賢首，同時十分重視《起信論》，認為此論「總括群經要義」，是了解大乘佛法的初階。
起信論與天台宗
早期天台大師是不注重《起信論》的，真正開始對《起信論》進行研究，並以天台宗思想來會通《起信論》的，是天台宗的中興者，唐代的荊溪湛然。湛然為了重興天台，與華嚴宗抗衡，於是開始注意到華嚴宗一向重視的《起信論》，尤其是《起信論》中「真如不變隨緣」的思想，並作了與華嚴宗不同的解釋與發揮。
《起信論》講真如與生滅「非一非異」本來就可以從不同方面理解。華嚴宗講理事不二，是從「性起」方面說的，所以法藏注釋《起信論》不變隨緣義，是基於「性起」的觀點。湛然依《起信論》，乃是為了說明天台宗的「性具」之義。他認為《起信論》之一心攝世、出世間法，即是一心本具十界三千世間法為體，所謂「一切諸法無非心性，一性無性，三千宛然」，就是此義。根據這種思想，湛然認為《起信論》的真如隨緣不變的學說，強調的是真如與變滅現象的一體性，有情無情事物都與佛性是同體的。他所著《金剛鋅》一文中云：「萬法是真如，由不變故：真如是萬法，由隨緣故。」即是說，不變與隨緣是一致的，不變即隨緣，隨緣即不變。這樣，湛然的「性具」說，依據《起信論》比華嚴更進一層，由理事無礙說而發展為理事互具說。
宋代天台宗內部山家、山外二派關於觀心問題的論爭，實際上也是圍繞著對《起信論》「一心二門」，真如不變隨緣的不同理解而發生的。
從晤恩為首的天台山外派，按照華嚴宗「性起」真心說的路子，對《起信論》加以引申發揮。在觀心方法上，他尤其發揮觀性義，主張修習觀法，要在直契真心中之佛性上下功夫，則自能隨十界緣而不變，亦不變而隨緣，不必通過「觀心」。後來他的弟子源清、洪敏也都堅持這種思想。而這卻引起以知禮為代表的天台山家派的批評。知禮認為晤恩的學說只講到《起信論》心真如門，不了解生滅門的意義，因而是有偏向的。他認為只有「觀心」，而不是「觀性」，才是天台宗的本來宗旨，才是《起信論》「圓教」的精神所在。所謂「觀心」法，就是依事見理，平看一切，從具體的事物、現象與生活現實人手，逐漸向上趨向菩提。無論是晤恩的「觀性說」，還是知禮的「觀心說」，其實都是各自引申《起信論》的一個方面而已。山外之學，直接從心真如門人手，認識真如，依理顯事的方法，走的正是《起信論》「唯證相應」的頓悟法門：山家之學主張從心生滅門人手，依事顯理的方法，則顯然是從《起信論》「隨順」的方便觀法中脫胎出來。而這兩種方法，在《起信論》中是兼容互補的。
明代的智旭大師，教宗天台，他十分推崇《起信論》，並為此寫了一部《起信論裂網疏》。他完全依照湛然、知禮的天台理路去發揮《起信論》，認為《起信論》中真如門與生滅門、染與淨、真與俗二諦唯是一法，不變隨緣即是隨緣不變，突出了理事互具的「性具」說傾向。從華嚴、天台諸家對《起信論》心性、緣起學說的不同理解與發揮，已可以看出《起信論》思想的複雜性與涵容性。
起信論與禪宗
中國禪宗的傳承與發展，經歷了由依《楞伽經》到依《起信論》的過程。四祖道信開始把《楞伽經》與《般若經》結合起來，並進而與《起信論》的思想相貫通，經弘忍、神秀、惠能、荷澤神會諸大師的不斷弘揚，《起信論》的精神越來越深入到中國禪學的骨髓之中。
五祖弘忍開創的「東山法門」，提倡「守心第一」的觀心方法。「守心」，從根本上說，就是「守本真心，妄念不生」，這種思想出自《起信論》一心即摩訶衍的說法，其突出當下悟人心真如門的頓悟方式，也是經由《起信論》真如門引申出來。
東山法門重視《起信論》的心真如門，神秀才引用心生滅門的本覺學說，傾向於從始覺向究竟覺的漸入方法。神秀所作《大乘無生方便門》一文中講的方便通經，廣引聖典，就是依照《起信論》的生滅門，通過「離念」的不斷修習，而最終證悟本有「覺性」的。由於神秀以《起信論》作為自己通經的根本，從而影響到禪門北宗的傳承，都以《起信論》為先要。
惠能主張「無念為宗，無住為本」，則是從另一個方面發揮《起信論》。惠能提出「直心」的觀心方法，所謂「直心」，具體說，就是從生滅門直下悟入真如本覺的證悟方法。這既不同於弘忍大師由真如門人手，直契真如，更不同於神秀禪師由生滅門出發，經由始覺到究竟覺的不斷漸修，而是《起信論》中念即無念，「知念無自相」方法的直接引入。
所以惠能反對「空心不思」，「念盡除卻」，而提出要在念念不住的生滅現象中，直下無住，見自本性：在活潑的生命流動中，當下解脫，「雖即見聞覺知，不染萬境而常自在」。這種不住內外，來去自由的觀心方法，經由神會「正念真如法」的進一步弘揚，到洪州禪提出「任心即修為」的見性方法，更是日見光大了。
《起信論》心性學說與理論構架，不僅影響中國佛學的發展，而且也提示了中國哲學的思惟理路。如宋明理學的「心統性情」說，就明顯地從《起信論》「一心二門」中提煉出來;而宋明理學講的「虛靈知覺」與「明覺」之心，也無非是《起信論》心性本覺說的延伸。乃至近現代中國哲學的許多思路，仍在自覺地沿用或發展《起信論》的思想。以馬一浮、熊十力、牟宗三、唐君毅等現代新儒學的代表，或多或少都受到《起信論》的啟示，來建構其道德形上學或文化哲學的思想體系。如牟宗三以「一心二門」的架構來建立的「二層存有論」，通過真如門與生滅門的劃分來詮釋康德區分自在之物與現象界的特殊意義，從此與康德哲學相會通，可以說是《起信論》精神和思維方式的現代運用。
《起信論》作者強調佛慧種子的綿延，它所創造的智慧成果，在中國哲學文化的發展中確乎具有蓬勃的生命力。