蓮花生大士咒，稱為金剛上師咒。用藏文轉寫漢語後為：嗡阿吽班雜咕嚕叭嘛悉地吽。據說，這十二個字母帶著佛陀說法十二部（八萬四千法門的精華）的整個加持，因此念金剛上師咒就等於念頌或修持佛陀全部教法的加持。十二部教法是解藥，可以讓我們從「十二因緣」解脫出來。這個十二因緣是輪迴的機制，讓輪迴不斷進行。透過念金剛上師咒的十二個字母，十二因緣就被淨化，你就可以完全驅除和淨化煩惱，從輪迴中獲得解脫。
雖然我們無法看到蓮花生大士本人，但他的智慧心已經顯現在咒的形式上，這十二個字母事實上是他的智慧心的發射，具有他的加持。金剛上師咒是蓮花生大士的聲音顯現。因此當你以念頌十二個字母來啟請他時，你將獲得巨大的加持和功德。在當前的困難時代裡，我們所能啟請與皈依的，以蓮花生大士最殊勝，所以，金剛上師咒最適合這個時代。」
蓮花生大士咒包含了顯教的三藏和密續的四部九乘法門的一切精髓心要，具足三世一切諸佛的功德成就。如果能夠如理如法地精進修持蓮師心咒，一定能夠得到非常殊勝的成就。
這個咒語念一次的功德，若比喻為有一個形狀的的實體話，可以裝滿整個南瞻部洲；能夠聽到、看到或思惟這個咒語的所有眾生，都可以和持明佛父佛母同處。
《西藏生死書》：佛經中講，修蓮師法，有無量無邊不可思議的功德，簡單言之，能具足息增懷誅，普度一切眾生之大威德。且能了知世間出世間一切諸法，顯密圓通，堅固戒律，頓開智慧，辯才無礙。其餘如祛病、免難、長壽、衣食具足，息滅一切地方人風空所生諸災，摧滅妖魔，能令一切鬼無不恭敬聽命等等。
這個咒的重要意義是：「我祈請你，金剛上師，蓮花生大士，以你的加持力賜給我們一般和無上的成就。」
詳解蓮花生大士咒語的功德利益：嗡阿吽—是身口意最殊勝的精華
班渣——是金剛部最殊勝的精華
咕嚕——是寶生部最殊勝的精華
貝瑪——是蓮花部最殊勝的精華
悉地——是事業部(羯磨部)最殊勝的精華
吽———是佛部最殊勝的精華
嗡———是法身不變圓滿
阿———是五方佛報身圓滿
吽———是化身蓮師尊前圓滿
班渣——是嘿嚕嘎（飲血尊）本尊壇城圓滿
咕嚕——是上師持明本尊壇城圓滿
貝瑪——是空行本尊壇城圓滿
悉地——是所有財神及岩藏取者的命脈
吽———是所有護法的命脈
嗡阿吽—是三傳承(密意/持明/口耳)命脈
班渣——是經律二藏的命脈
咕嚕——是論藏和事續部的命脈
貝瑪——是行續部和瑜伽續部的命脈
悉地——是瑪哈瑜伽的命脈
吽———是阿努瑜伽和阿底瑜伽的命脈
嗡阿吽—可以消除三世一切的罪障
班渣——可以消除瞋恨心所造的一切罪障
咕嚕——可以消除傲慢心所造的一切罪障
貝瑪——可以消除貪心所造的一切罪障
悉地——可以消除嫉妒所造的一切罪障
吽———可以消除煩惱所造的一切罪障
嗡阿吽—可以獲得法報化三身
班渣——可獲得大圓鏡智(東方不動佛的智慧型)
咕嚕——可獲得平等性智(南方寶生佛的智慧型)
貝瑪——可獲妙觀察智(西方阿彌陀佛的智慧型)
悉地——可得成所作智(北方不空成就佛的智慧型)
吽———可獲得五種本智任運成就
嗡阿吽—可以勾召天、魔、人
班渣——可以去除食香及火神的障礙
咕嚕——可以去除閻魔及羅剎的障礙
貝瑪——可以去除水神及風主的障礙
悉地——可以去除夜*及自在天神的障礙
吽———可去除羅喉星耀(致使癲癇)及地主的障礙
嗡阿吽—可以成辦六度波羅密
班渣——可以成辦一切息災的事業
咕嚕——可以成辦一切增益的事業
貝瑪——可以成辦一切懷愛的事業
悉地——可以成辦所有的事業
吽———可以成辦一切誅伏的事業
嗡阿吽—可以去除外道的詛咒
班渣——可以去除本智天神(耶喜啦)的詛咒
咕嚕——可以去除天龍八部的詛咒
貝瑪——可以去除世間天的詛咒
悉地——可以去除龍和地主的詛咒
吽———可以去除天、人、魔的詛咒
嗡阿吽—可以摧滅五毒魔軍
班渣——可以摧滅瞋恨的魔軍
咕嚕——可以摧滅傲慢的魔軍
貝瑪——可以摧滅貪的魔軍
悉地——可以摧滅嫉妒的魔軍
吽———可以摧滅天、人、魔三種魔軍
嗡阿吽—可獲得身、口、意的成就
班渣——可以獲得本尊寂忿的成就
咕嚕——可以獲得持明無上的成就
貝瑪——可以獲得空行的成就
悉地——可以獲得共與不共的成就
吽———可以獲得如願的成就
嗡阿吽—可以到達普賢王如來本初淨土
班渣——可以到達東方不動佛妙喜世界淨土
咕嚕——可以到達南方寶生佛眾寶莊嚴淨土
貝瑪——可到達西方阿彌陀佛極樂世界淨土
悉地——生北方不空成就佛無上妙行成就淨土
吽———可以到達中央毗盧遮那佛密嚴淨土
嗡阿吽—可以獲得三身持明果位
班渣——可以獲得此地持明果位
咕嚕——可以獲得壽命自在持明果位
貝瑪——可以獲得大手印持明果位
悉地——可以獲得任運成就持明果位
吽———可以獲得成熟持明果位