(一)香贊
戒定真香焚起沖天上弟子虔誠熱在金爐上頃刻紛紜即遍滿十方昔日耶輸免難消災障
南無香雲蓋菩薩摩訶薩(三稱)
(二)稱聖號
南無藥師會上佛菩薩(三稱)
(三)藥師灌頂咒(二十一遍)(或大懺悔文一遍)
南無薄伽伐帝·鞞殺社·窶嚕·薜·琉璃·缽喇婆·喝囉闍也·怛他揭·多耶·阿囉訶諦·三藐三勃陀耶怛·姪他·唵·鞞殺逝·鞞殺逝·鞞殺社·三沒揭諦·莎訶
(四)唱贊偈
藥師佛延壽王，光臨水月壇場，悲心救苦降吉祥，免難消災障，懺悔眾等三世罪，願祈福壽綿長，吉星高照沐恩光，如意保全康。吉星高照沐恩光，如意保全康。藥師如來琉璃光，焰網莊嚴無等倫，無邊行願利有情，各遂所求皆不退。
南無東方淨琉璃世界消災延壽藥師佛
南無消災延壽藥師佛(約數百聲)
(五)拜願
南無本師釋迦牟尼佛(三拜)
南無消災延壽藥師佛(十二拜)
南無日光遍照菩薩(三拜)
南無月光遍照菩薩(三拜)
南無藥師海會佛菩薩(三拜)
(六)三皈依
自皈依佛·當願眾生·體解大道·發無上心;
自皈依法·當願眾生·深入經藏·智慧如海;
自皈依僧·當願眾生·統理大眾·一切無礙。和南聖眾。
一.藥師佛簡介
亦稱藥師如來、藥師琉璃光如來、大醫王佛、醫王善逝、十二願。
二、功德介紹
藥師，為東方淨琉璃世界之教主。此佛於過去世行菩薩道時，曾發十二大願，願為眾生解除疾苦，使具足諸根，導入解脫，故依此願而成佛，住淨琉璃世界，其國土莊嚴如極樂國。
如《藥師琉璃光如來本願功德經》雲，「若有淨信善男子善女人等，乃至盡形不事余天，惟當一心歸佛、法、僧，受持禁戒，若五戒、十戒、菩薩四百戒、苾芻二百五十戒、苾芻尼五百戒，於所受中或有毀犯，怖墮惡趣，若能專念彼佛名號恭敬供養者，必定不受三惡趣生。或有女人，臨當產時，受於極苦，若能至心稱名禮讚，恭敬供養彼如來者，眾苦皆除。所生之子，身分具足，形色端正，見者歡喜，利根聰明，安隱少病，無有非人，奪其精氣。」
「若有四眾，苾芻、苾芻尼、鄔波索迦、鄔波斯迦，及余淨信善男子、善女人等，有能受持八分齋戒，或經一年，或復三月，受持學處，以此善根，願生西方極樂世界無量壽佛所，聽聞正法，而未定者。若聞世尊藥師琉璃光如來名號，臨命終時，有八大菩薩，其名曰文殊師利菩薩，觀世音菩薩，得大勢菩薩，無盡意菩薩，寶檀華菩薩，藥王菩薩，藥上菩薩，彌勒菩薩，是八大菩薩，乘空而來，示其道路，即於彼界種種雜色眾寶華中，自然化生。或有因此生於天上，雖生天上，而本善根亦未窮盡，不復更生諸餘惡趣。天上壽盡，還生人間，或為輪王，統攝四洲，威德自在，安立無量百千有情於十善道;或生剎帝利、婆羅門、居士大家，多饒財寶，倉庫盈溢，形相端正，眷屬具足，聰明智慧，勇健威猛，如大力士。若是女人，得聞世尊藥師琉璃光如來名號，至心受持，於後不復更受女身。」
「若復有人，忽得惡夢，見諸惡相，或怪鳥來集，或於住處，百怪出現，此人若以眾妙資具，恭敬供養彼世尊藥師琉璃光如來者，惡夢惡相，諸不吉祥，皆悉隱沒，不能為患。或有水火刀毒、懸險惡象、師子虎狼、熊羆毒蛇、惡蠍蜈蚣、蚰蜒蚊虻等怖;若能至心憶念彼佛，恭敬供養，一切怖畏，皆得解脫。若他國侵擾，盜賊反亂;憶念恭敬彼如來者，亦皆解脫。」
此佛誓願不可思議，若有人身患重病，死衰相現，眷屬於此人臨命終時晝夜盡心供養禮拜藥師佛，讀誦《藥師如來本願功德經》四十九遍，燃四十九燈，造四十九天之五色彩幡，其人得以蘇生續命。
如果能夠不斷讀誦藥師經典，思惟其義，則善願能得藥師佛加持得以圓滿。如《藥師琉璃光如來本願功德經》雲，「隨所樂求，一切皆遂，求長壽得長壽，求富饒得富饒，求官位得官位，求男女得男女。」
弘一大師雲，「余自信佛法以來，專宗彌陀淨土法門，但亦當講《藥師琉璃光如來本願功德經》，講此經時所最注意者三事：一、若犯戒者，聞藥師名號已還得清淨。二、若求生西方極樂世界，而未定者，得聞藥師名號，有八大菩薩示其道路，即生極樂世界眾寶華中。三、現生種種厄難悉得消除。」
歌曲：禮拜藥師佛
三、讚頌(語)
如是發淨信心思藥師佛本尊無量功德而生歡喜、敬重而念頌言
藥師如來琉璃光，焰網莊嚴無倫比
無邊行願利有情，我今所求皆如意。
四、禮敬(身)
思惟藥師佛無量功德事業，內心發歡喜，而虔誠頂禮三、七或二十一、百八遍，或右繞三匝、七匝、百匝。五、祝願方式
心中默想自己現前當來之如法善願而念「南無消災延壽藥師佛」(三遍)，然後口念自己之願，希望藥師佛加被自己善願能滿(例如願消災延壽、產婦平安、解冤釋結、身體健康、親友健康等等)。
所謂有求必應、心誠則靈，祝願成功之關鍵在於：(一)、虔誠恭敬，相信三寶有力量成辦自己之心愿，持續地祈求;(二)、所求應是不損害他人利益之事，也就是要明白佛菩薩是善願滿足、惡願不會滿足的;(三)、身體健康之因，須結束殺業、多放生命、施眾生歡喜無畏等;(四)、不論此尊之像做工莊嚴、細緻與否，皆不應說此像不好、不美、甚難看等等;不論此尊之像以銅、金、木、石、泥乃至巴掌大的一張紙或商標形式出現，皆應心存恭敬，皆能得福。六、介紹藥師佛功德事跡的經文有：
《藥師琉璃光如來本願功德經》、《藥師七佛本願功德經》等。