佛教說的因果不虛，並不是宿命論，並非認為一切都是命中已經註定，連一點點的改變都不可能。我們造下了惡因，在惡果還沒有成熟之前，如果能發自內心懺悔，有了懺悔的助緣，就能阻擋惡因的成熟，清淨業障。只要不提供惡果成熟的因緣條件，就可以改變我們的業力。改變因和緣，就可以改變結果，這是佛法的因果論和宿命論最大的不同之處。
對於因果的道理，我們要謹慎取捨，千萬不能以「萬法皆空」、「究竟無善無惡」、「萬法唯心造」等作為藉口，而輕視因果。雖然在勝義的本智空性，沒有因果可言，但因為我們被五毒煩惱遮障了，仍然會顯現一切事物，因果也是這樣顯現的。蓮師說「即使見解比虛空高，取捨因果要比麵粉細」。
分辨善惡業和果報的大小，不是根據外相，而是以內在的發心和強弱而定。就像樹根有毒，枝葉花果也是有毒的。雖然從外表看不出內在想法，但我們應當清楚自己的起心動念，不能以發心清淨作為藉口，實際上卻是為了滿足私慾而行惡，還自稱是利益眾生，這樣就會造下嚴重罪業。反之，如果一個人的意念是清淨的，絲毫不涉及私慾，他的所作所為就是善業。