佛教寺院中的正殿——大雄寶殿，也有稱為大殿的。大雄寶殿是整座寺院的核心建築，也是僧眾朝暮集中修持的地方。大雄寶殿中除供奉本師釋迦牟尼佛、三世佛像外，有的寺院還會在大殿內供奉三身佛像。
三身佛是根據大乘教理表示釋迦牟尼佛的三種不同的身。當中一尊是法身佛，名「毗盧遮那佛」，此雲遍一切處，表示絕對真理就是佛身，法身佛結法界定印，兩手仰掌相迭，右手在上，左手在下，兩手大拇指向上相觸;左旁一尊是報身佛，名「盧舍那佛」，此雲光明遍照，表示證得絕對真理而自受法樂的智慧是佛身，報身佛結與願印，左手安於雙膝上，右手仰掌垂下;右旁一尊是應身佛，名「釋迦牟尼佛」，此雲能仁寂默，表示隨緣教化各種不同眾生的佛身，應身佛就是釋迦牟尼成道的姿勢。
大乘佛教認為佛身有三種，即法身、報身、應身。「身」是「積集」的意思，但這裡的身不是指肉身，主要表示理性和智慧。
法身：為梵語意譯，音譯「毗盧遮那」，是佛教真理之身。法身又分自性清淨法身和離垢妙極法身兩種。自性清淨法身就是真如。真如對有情來說叫佛性，對無情來說叫法性。佛教認為一切有情無情體皆真如，佛經常言「一切有情，皆有佛性」，「山河大地盡皆真如」，正是說明了這個道理。離垢妙極法身是指佛在因地之中，勤修福德與智慧，斷煩惱、證菩提而成就的清淨之身。
報身：梵語稱「盧舍那佛」，漢譯為「淨滿」，即一切妄想徹底斷除、智慧圓滿之意，是真、善、美的高尚境界和無我純潔的精神果報。報身也有兩種：自受用三身佛報身和他受用報身。自受用報身就是以法身為因，經過累劫的修行而證得的圓滿無上菩提之身，也就是唯識宗所稱之根本智。此智體性寂然，不起任何分別;佛持此智住於真境，享受法樂。釋迦牟尼佛在菩提樹下證果後，初七日不起法座，思維法樂，就是顯現的具備根本智的報身。他受用報身是佛為十地菩薩顯現的莊嚴報身。「如來現起他受用，十地菩薩所被機」。十地菩薩根機深，智慧大，能見佛聞法，所以佛現這種報身，以讓十地菩薩受用。
應身：即應物現身，指佛為普度三界六道不同根基的眾生所現之身，為隨類化現之功德身。應身也有兩種：示身化身和應生化身。示身化身就是方便示現的「生身」(生理之身)佛身。2500年前，釋迦佛以「八相」成道，示現的佛身就是應身化身。應身化身是指隨類化現之身，有勝應身和劣應身兩種。佛為地上菩薩說圓頓大教《華嚴經》，示現千丈盧舍那佛身，這是勝應身;為鹿野苑五比丘三轉四諦法輪，現比丘相，這是劣應身。
三身佛中，盧舍那佛有時單獨供奉在大雄寶殿或毗盧閣中，結跏趺坐，左手安放於雙膝上，右手結施願印，佛座為千葉蓮座，每一蓮瓣上有一尊小佛，那是應身釋迦佛。這是根據《梵網經》所說：「我今盧舍那，方坐蓮花台，周匝千花上，復現千釋迦，一花百億國，一國一釋迦，各坐菩提樹，一時成佛道」的內容而塑造的。每一蓮瓣表現一百億國土的光景，而成三千大千世界的大觀，整個蓮座代表華藏世界。