慈恩寺——中國佛教法相宗的祖庭，在陝西省西安市和平門外雁塔村，始建於隋開皇九年(589年)，初名「無漏寺」，唐初荒廢。貞觀二十二年(648年)唐太子李治(唐高宗)給其母文德皇后追薦冥福，於無漏寺故址上擴建寺廟，定名「慈恩寺」。寺院宏闊壯觀，殿舍1897間。寺內為玄奘專建一座譯經院供玄奘率高僧學者譯經之用，是當時最大的國立譯場之一。
唐貞觀二十三年(649年)農曆十二月的一天，長安安福門街道上熙熙攘攘，唐朝廷正在舉行盛大的遷寺儀式。弘福寺山門前，擺著二百多尊各式佛像，五百多面金絲刺繡幡迎風招展。玄奘法師從天竺帶回的佛像、經典、舍利等物，也都由僧人們搬出，放置在停靠於寺外的一排花車上。玄奘微笑著登上頭輛花車，其後是五十位高僧分乘五十輛寶車，游龍般的車隊浩浩蕩蕩駛向慈恩寺。長街兩旁梵音高奏，佇列前後鐘鼓喧天，各寺僧眾手持鮮花，齊唱禮歌贊曲，文武百官率衙役尾隨其後。長安百姓夾道散花，大街小巷人聲鼎沸。玄奘法師住進了慈恩寺。
唐太子李治於次日清晨率百官到慈恩寺出席度僧大典。君臣們面朝佛像躬身膜拜後，李治聲淚俱下地敘說了為他逝去的母親文德皇后而建造慈恩寺的經過，言辭中充滿了對母后的懷念之情，令侍臣及僧眾側然心傷。玄類抬袖拭面，勸慰李治說：「太子孝母情摯，世人稱頌，而今又廣立伽藍，創建慈恩寺，更是有口皆碑。貧僧定不負太子恩德，早日將唯識佛經譯出，以弘揚佛法，渡萬民於苦海。」
自此，玄奘深居慈恩寺專心譯經，每日通霄達旦，刻苦異常。玄奘身為慈恩寺上座，同時還要處理日常廟務，負責監督製作皇帝要求完成的二百多尊寶裝佛像。許多俗家子弟欽慕玄奘大名，紛紛請其受戒。慈恩寺的迴廊上常有百餘人在耐心等待，虔誠至極。玄奘謙遜和藹，不厭其煩地為他們一一受戒。歷經數年，玄類度僧無數。他講經說佛言簡意賅，聽眾無不受益，前往皈依者與日俱增。慈恩寺因此聲名大振。
唐永徽四年(653年)，日本僧人道昭隨遣唐使來到長安，入慈恩寺求師玄奘，系統學習了唯識宗論。歸國後，他在奈良的元興寺廣傳唯識學說，成為日本慈恩宗的始祖。
唐顯慶三年(658年)，智通、智達二僧從日本渡海，來長安投奔慈恩寺受教於玄奘，成為日本唯識學派的第二代宗師。長安慈恩寺作為日本慈恩宗的發祥地，在日本佛學界享有極高的聲譽。
玄奘辛勞譯經的同時，還向門徒講授唯識經，培養了一批唯識學者。一次，玄類在慈恩寺為其高徒窺基秘傳唯識真經，另一位叫圓測的徒弟探知此事，就用銀兩賄賂守門人，潛入講經場暗中竊聽。玄類剛講完唯識論，圓測便自以為得到真傳，興奮地跑到長安西明寺設立講經場，照本宣科講起經來。窺基對圓測這一行為甚是氣憤，準備當眾揭穿他的行徑。玄奘阻止說：「圓測雖聽去唯識經法，卻不解《因明》意蘊，為師再將《因明》學另傳與你。」《因明》是天竺陳那所撰的經論，有「三支」，即「宗、因、喻」立破之說。窺基熟讀此經，耳目一新，遂自成一派，與圓測分庭抗禮，號稱「窺基派」。圓測的宗派則稱「圓測派」，後傳入高麗(朝鮮)風靡一時。
玄奘在漫長的譯經、傳法生涯中，深感世事滄桑，擔心自己歷盡艱辛從天竺取回的經卷及法器將隨著王朝的更迭而毀於一旦。因此，他決意要在慈恩寺建一座石佛塔，以珍藏這些無價之寶。
唐永徽三年(652年)，玄奘奏表高宗皇帝，陳述建塔之必要性，請求仿世尊故跡建一座高10米的巨型石塔。高宗閱過表章，派刺吏中書舍人李義府頒布詔令曰：「法師所需石佛塔工程浩大，按目前國庫財力，恐完工之日遙遙無期，鑒此，朕希望法師量力而行，改石塔為磚塔。」
新設計的磚塔高5層60餘米，塔基四邊寬46米，每層塔的中心建有內室，收藏舍利總計一萬多粒。整體建築模仿西域雁塔形狀，為土心磚面的方形樓閣式塔。動工之日，玄奘親自挑土搬磚，費時兩年，才建好這座佛塔。
唐麟德元年(664年)正月初一，協助玄奘譯經的諸位高僧請求他再主譯《大寶積經》一部，玄奘應允，提筆翻譯了幾行，卻力不從心，只好收起梵文原本，抱歉地對僧人們說：「貧僧自感大限將近，不久將脫離塵世，恐無力完成譯此浩繁之經卷了。」八天啟的傍晚，玄類不慎跌跤，傷及腿部，從此病臥在床，疲憊乏力。一天深夜，他從睡夢中驚醒，呼喚一位叫嘉尚的弟子說：「你把為師翻譯過的所有經卷都找來，編成一個目錄，讓為師看看。」嘉尚謹遵師命，詳細統計出玄奘譯過的經典75部，總計1335卷。
玄奘看著眼前豐碩的成果，欣慰地笑了，說：「貧僧終生披肝瀝膽，雖未能使天竺佛法普照東土，但也算盡力而為了。嘉尚，為師不久將訣別於人世，請速敲鐘召集有緣的人來。」慈恩寺大殿上的巨鍾霎時急促敲響，各位門徒及譯經高僧聞聲趕來，圍在玄奘的病榻前，傾聽法師默唸遺囑。二月初五夜半時分，玄類起身側臥，右手支住頭，左手放在大腿上，雙腳重疊屈伸，含笑進入涅槃世界。
玄奘圓寂，舉國哀思，唐高宗嗚咽飲泣。為避免皇帝觸景生情，唐總章二年(669年)，朝廷敕令將玄奘法體從長安遷至攀川北原(西安境內)改葬，先建靈塔，繼建寺院——興教寺。原靈塔毀於黃巢義軍兵火。現存玄奘靈塔，高23米，塔上嵌有塔銘，記述了玄奘的生平業績。靈塔兩側是玄奘兩位上座弟子窺基和圓測的陪侍塔，是高約10米的舍利靈塔。